genome.fa.s8717.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008717.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111772_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3453450

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  13  of  16  ( 1896 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2553203--2553278	18	4.6	18	76	18	92	11	18	50	19	1.78
2553175--2553221	8	6.5	8	79	20	59	21	25	38	14	1.92
2553182--2553226	13	3.3	13	90	6	63	17	24	42	15	1.88
2553197--2553273	30	2.5	31	87	4	120	14	18	48	19	1.82
2555406--2555512	24	4.5	24	75	0	106	47	16	14	20	1.82
2555406--2555514	48	2.3	48	78	0	128	47	16	15	20	1.82
2557976--2558007	7	4.4	7	92	7	55	25	28	34	12	1.92
2557977--2558023	15	3.3	15	91	5	71	21	25	38	14	1.92
2558005--2558080	18	4.6	18	76	18	92	11	18	50	19	1.78
2557977--2558023	8	6.5	8	79	20	59	21	25	38	14	1.92
2557984--2558028	13	3.3	13	90	6	63	17	24	42	15	1.88
2557999--2558075	30	2.5	31	87	4	120	14	18	48	19	1.82
2560208--2560314	24	4.5	24	75	0	106	47	16	14	20	1.82
2560208--2560316	48	2.3	48	78	0	128	47	16	15	20	1.82
2562778--2562809	7	4.4	7	92	7	55	25	28	34	12	1.92
2562779--2562825	15	3.3	15	91	5	71	21	25	38	14	1.92
2562807--2562882	18	4.6	18	76	18	92	11	18	50	19	1.78
2562779--2562825	8	6.5	8	79	20	59	21	25	38	14	1.92
2562786--2562830	13	3.3	13	90	6	63	17	24	42	15	1.88
2562801--2562877	30	2.5	31	87	4	120	14	18	48	19	1.82
2564571--2564706	3	43.0	3	72	10	83	57	5	4	33	1.41
2564571--2564707	16	8.4	16	66	18	77	56	5	5	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2564610--2564709	35	2.9	34	81	10	103	57	5	4	34	1.39
2566907--2566992	29	2.9	29	72	13	77	20	10	4	63	1.43
2567273--2567473	95	2.1	95	91	2	325	34	9	12	43	1.75
2569511--2569541	13	2.4	13	100	0	62	32	48	0	19	1.49
2570348--2570392	24	1.9	23	82	13	56	48	2	4	44	1.35
2570325--2570607	38	7.6	38	82	8	262	49	2	4	43	1.36
2570353--2570607	75	3.4	73	83	6	289	48	2	4	44	1.36
2570513--2570614	39	2.8	37	81	10	120	52	3	3	39	1.38
2570633--2570686	18	2.9	18	86	10	65	14	0	1	83	0.73
2570634--2570667	14	2.5	13	86	9	50	5	0	2	91	0.51
2570636--2570686	24	2.1	24	85	7	68	13	0	1	84	0.71
2571865--2571913	20	2.5	19	76	23	57	26	8	0	65	1.20
2579475--2580049	201	2.9	200	81	1	666	32	19	21	27	1.97
2580473--2580823	37	9.4	37	88	5	433	44	3	8	43	1.52
2580551--2580615	12	5.2	12	71	20	53	43	1	12	43	1.51
2580463--2580817	76	4.8	73	86	5	421	44	3	8	43	1.52
2583122--2583155	15	2.3	15	89	0	50	35	20	0	44	1.52
2583678--2583925	138	1.8	137	85	2	354	29	11	14	44	1.80
2586643--2587009	76	4.9	74	75	11	291	27	20	9	42	1.83
2586648--2586935	114	2.5	112	79	3	290	27	19	9	43	1.82
2586643--2587014	152	2.5	150	80	7	380	28	20	9	41	1.83
2586641--2586971	38	8.8	37	74	11	226	26	19	9	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2586641--2587015	38	9.9	38	73	9	167	28	20	9	41	1.83
2587986--2588026	19	2.3	19	87	8	59	24	29	17	29	1.97
2587929--2588072	64	2.2	64	85	10	188	27	24	17	30	1.97
2592881--2592959	24	3.5	22	76	15	81	22	26	22	27	1.99
2596946--2596970	12	2.1	12	100	0	50	36	24	16	24	1.94
2598045--2598246	100	2.0	102	98	1	390	37	18	9	34	1.84
2606577--2606631	22	2.5	22	81	0	65	34	21	20	23	1.97
2615371--2615407	19	1.9	19	94	0	65	45	5	16	32	1.70
2624622--2624666	23	1.9	24	95	4	83	55	6	6	31	1.52
2628323--2628478	65	2.4	65	85	2	206	31	20	19	28	1.97
2628803--2628860	30	1.9	30	96	0	107	29	5	8	56	1.51
2630380--2630417	15	2.7	14	84	11	51	39	0	13	47	1.42
2630499--2630538	22	2.0	21	85	14	57	32	7	2	57	1.40
2637301--2637349	20	2.5	20	96	0	89	44	24	14	16	1.84
2647904--2648059	66	2.4	65	85	9	194	31	17	20	30	1.95
2650130--2650240	52	2.1	53	84	1	143	38	1	20	38	1.63
2652176--2652214	15	2.7	15	84	4	53	53	2	23	20	1.57
2652336--2652365	15	2.0	15	93	0	51	50	13	16	20	1.78
2652350--2652420	23	3.2	23	75	11	67	36	14	12	36	1.84
2658503--2658570	12	5.7	12	74	6	57	4	38	0	57	1.19
2658498--2658546	24	2.0	24	88	0	71	6	34	0	59	1.22
2661323--2661363	19	2.1	19	86	4	55	48	0	17	34	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2664954--2664989	16	2.1	17	90	10	56	36	2	22	38	1.69
2664971--2665063	49	1.9	48	89	8	145	35	4	22	37	1.74
2672332--2672620	146	2.0	146	89	1	445	38	11	12	37	1.80
2672729--2672768	20	2.0	21	85	14	57	30	7	15	47	1.72
2672544--2673527	199	5.1	198	79	10	994	39	12	13	34	1.82
2672939--2673284	179	1.9	179	83	4	439	42	13	10	33	1.78
2680159--2680508	176	2.0	177	83	1	443	43	10	15	30	1.81
2683163--2683192	15	1.9	16	93	6	53	66	0	13	20	1.24
2683161--2683200	16	2.5	15	84	8	53	67	0	17	15	1.23
2686650--2686975	131	2.5	130	89	3	512	34	13	12	40	1.81
2686854--2687079	110	2.1	110	88	1	328	34	14	13	38	1.85
2687388--2687552	75	2.2	74	84	5	208	34	16	9	39	1.81
2687831--2687911	33	2.5	33	83	4	92	41	32	3	22	1.71
2688660--2688742	33	2.5	33	80	3	96	15	7	31	45	1.73
2688917--2688979	2	32.0	2	96	3	119	50	0	0	49	1.00
2691404--2691446	18	2.4	18	88	0	59	34	2	34	27	1.70
2709613--2709667	24	2.3	24	84	12	78	12	16	10	60	1.60
2722556--2723202	168	3.9	164	84	4	802	32	22	19	25	1.97
2722556--2723186	83	7.6	83	87	2	801	32	22	19	24	1.97
2723726--2723760	16	2.2	16	89	0	52	42	0	0	57	0.99
2729192--2729283	3	31.3	3	73	4	71	54	1	2	42	1.19
2729469--2729571	53	1.9	53	92	0	170	22	25	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2732168--2732214	18	2.5	19	80	13	53	72	6	6	14	1.25
2735045--2735099	18	3.1	18	83	0	74	30	10	10	47	1.73
2744052--2744141	3	30.3	3	71	6	58	53	2	2	42	1.25
2744059--2744153	20	4.7	20	76	3	73	51	2	2	44	1.25
2744369--2744403	18	1.9	18	100	0	70	22	34	22	20	1.97
2744405--2744467	22	2.9	22	75	0	72	17	23	23	34	1.96
2745177--2745292	31	3.7	31	88	0	169	14	28	31	25	1.95
2758451--2758483	15	2.2	15	94	0	57	27	57	12	3	1.49
2761150--2761201	3	17.0	3	84	7	61	38	0	0	61	0.96
2762590--2762650	31	2.0	31	86	0	86	42	0	1	55	1.09
2763385--2763437	10	5.2	11	71	15	51	26	1	0	71	0.96
2765839--2765875	18	2.1	17	95	5	65	16	8	5	70	1.30
2773979--2774300	166	1.9	164	91	3	529	34	13	13	37	1.85
2774314--2774675	73	5.0	73	95	1	663	30	20	12	35	1.90
2774830--2774880	3	17.0	3	82	8	59	41	0	0	58	0.98
2774830--2774880	21	2.5	20	90	6	75	41	0	0	58	0.98
2776382--2776442	31	2.0	31	86	0	86	42	0	1	55	1.09
2784209--2784285	39	2.0	39	84	5	102	22	11	7	58	1.58
2785843--2786025	82	2.2	81	87	3	258	31	18	20	28	1.97
2785844--2786054	82	2.6	81	84	4	219	30	17	21	30	1.96
2785894--2786063	41	4.1	41	69	10	123	32	17	20	29	1.95
2785894--2786124	123	1.9	123	87	3	340	31	16	22	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786087--2786191	33	2.8	39	70	19	105	21	13	25	39	1.90
2792936--2792969	16	2.1	16	89	10	52	44	2	2	50	1.32
2798289--2798355	21	3.2	20	79	8	71	44	11	37	5	1.66
2798760--2798874	43	2.7	43	73	6	117	29	22	18	29	1.97
2798848--2799038	84	2.3	84	79	7	190	29	18	17	34	1.94
2802567--2802707	56	2.5	56	82	6	169	45	5	6	42	1.53
2808079--2808180	51	2.0	51	94	0	177	32	17	18	31	1.94
2811164--2811557	202	1.9	203	82	8	491	30	7	29	33	1.85
2811216--2811557	101	3.4	101	88	6	464	29	7	29	33	1.85
2811812--2811849	20	1.9	20	94	0	67	31	2	10	55	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16