genome.fa.s8717.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008717.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111772_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3453450

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2074211--2074332	35	3.3	35	77	11	127	31	26	14	27	1.95
2074223--2074329	24	4.3	24	77	14	119	33	28	14	24	1.94
2074258--2074294	17	2.2	17	100	0	74	27	32	16	24	1.96
2074281--2074327	12	3.9	12	91	0	76	40	29	10	19	1.85
2074234--2074327	6	16.0	6	65	12	52	35	28	13	22	1.92
2076289--2076378	7	12.7	7	75	15	78	53	30	2	14	1.53
2076289--2076381	21	4.4	21	81	8	116	52	30	2	15	1.54
2076452--2076481	14	2.1	14	93	0	51	43	0	6	50	1.28
2084827--2084974	77	1.9	77	82	8	185	47	1	1	49	1.18
2085394--2085468	23	3.3	23	75	15	68	48	1	0	50	1.09
2085399--2085459	28	2.1	29	85	8	81	49	1	0	49	1.10
2092276--2092702	44	9.8	44	90	2	553	31	23	26	18	1.97
2092314--2092702	132	3.0	131	91	2	613	31	24	26	17	1.97
2095417--2095458	13	3.2	13	82	0	57	21	19	42	16	1.89
2097465--2097763	44	6.8	44	94	1	519	31	24	27	17	1.97
2097427--2097763	132	2.6	131	92	2	550	31	23	26	18	1.97
2100580--2100608	13	2.2	13	100	0	58	13	24	44	17	1.85
2101549--2101591	22	1.9	23	95	4	79	34	0	34	30	1.58
2102223--2102267	22	2.0	22	87	8	65	17	13	15	53	1.73
2104251--2104279	8	3.6	8	100	0	58	89	0	0	10	0.48
2107041--2107106	31	2.1	31	81	15	75	36	4	9	50	1.55
2112789--2112829	18	2.3	18	86	0	55	70	0	4	24	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2113315--2113344	12	2.5	12	88	0	51	66	3	23	6	1.30
2114696--2114805	47	2.4	44	78	14	107	13	13	9	63	1.51
2115898--2115944	14	3.3	14	85	5	58	70	2	2	25	1.10
2118612--2118775	74	2.2	76	86	2	233	31	26	19	22	1.98
2120531--2120588	20	2.7	22	74	10	59	56	3	13	25	1.53
2122911--2122994	32	2.7	32	78	9	93	10	29	33	26	1.90
2130388--2130502	58	2.0	58	98	0	221	18	35	4	41	1.70
2134063--2134148	31	2.9	30	79	10	95	32	18	4	44	1.71
2134243--2134402	32	4.9	31	75	17	137	26	8	11	53	1.65
2136080--2136126	22	2.1	23	88	4	69	42	2	2	53	1.25
2136074--2136133	30	1.9	32	83	6	79	45	1	1	51	1.21
2136263--2136307	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
2137615--2137651	19	1.9	19	100	0	74	27	5	29	37	1.79
2140964--2140992	14	2.0	15	93	6	51	31	13	6	48	1.69
2144499--2144569	29	2.4	30	78	4	81	45	7	16	30	1.75
2145603--2145653	18	2.9	17	85	8	66	27	27	7	37	1.84
2148439--2148569	59	2.2	59	78	10	142	33	18	3	45	1.65
2148748--2148890	60	2.4	60	79	8	141	40	6	22	30	1.79
2162726--2162752	13	2.1	13	100	0	54	18	14	7	59	1.58
2163118--2163158	21	1.9	22	85	5	57	29	4	7	58	1.46
2169614--2169680	34	1.9	34	82	14	84	40	29	11	17	1.86
2170928--2170985	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173294--2173324	4	7.8	4	100	0	62	25	0	0	74	0.82
2176863--2176914	13	4.0	13	89	0	77	26	23	17	32	1.96
2177070--2177118	2	25.0	2	95	4	91	48	0	0	51	1.00
2186629--2186669	14	2.9	14	85	3	55	21	2	9	65	1.34
2186958--2187081	30	4.4	27	76	10	77	21	9	8	60	1.54
2186975--2187130	30	5.3	30	86	3	194	22	10	7	60	1.53
2186975--2187155	60	3.1	56	83	9	204	20	11	7	60	1.55
2191427--2191533	31	3.3	31	69	16	99	31	21	11	35	1.89
2191395--2191590	67	2.9	67	93	1	313	31	19	12	36	1.89
2193094--2193776	67	10.2	67	87	3	930	31	19	13	36	1.90
2193094--2193742	334	1.9	334	89	2	1009	30	20	13	36	1.90
2196496--2196678	37	5.3	35	70	21	120	27	21	13	37	1.91
2196438--2196941	66	7.6	66	76	9	420	26	21	13	38	1.91
2196497--2196941	134	3.4	131	79	7	438	26	21	13	38	1.90
2197159--2197197	3	12.3	3	89	10	60	35	0	0	64	0.94
2197159--2197197	10	4.1	9	96	3	60	35	0	0	64	0.94
2198368--2198397	14	2.1	14	93	0	51	16	0	13	70	1.18
2198693--2198804	30	3.7	30	89	1	152	21	8	10	59	1.56
2198693--2198821	30	4.3	30	84	4	145	20	9	10	59	1.58
2205528--2205641	59	1.9	59	90	0	183	26	18	26	28	1.98
2209688--2209716	10	3.0	10	95	5	51	27	10	20	41	1.85
2225020--2225061	2	20.5	2	95	4	75	50	2	0	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2225825--2226004	90	2.0	90	90	0	279	34	9	7	48	1.64
2232289--2232331	18	2.4	19	80	11	54	81	2	2	13	0.89
2243177--2243214	3	12.7	3	88	0	58	39	0	0	60	0.97
2243179--2243213	12	2.9	12	100	0	70	40	0	0	60	0.97
2243575--2243831	82	3.1	82	89	1	390	23	20	20	35	1.96
2243716--2243999	137	2.1	137	83	2	356	26	19	20	34	1.96
2244391--2244595	45	4.6	45	79	8	167	39	19	18	23	1.92
2244376--2244563	90	2.1	90	80	7	204	42	17	19	21	1.90
2244424--2244596	90	2.0	87	85	5	231	39	19	18	23	1.92
2244421--2244616	45	4.5	43	79	5	189	40	18	19	21	1.92
2244578--2244875	38	7.8	37	81	7	271	39	18	17	23	1.92
2244603--2244875	114	2.4	114	82	3	309	40	18	17	23	1.91
2283562--2283972	204	2.0	204	100	0	822	30	13	20	36	1.91
2294152--2294204	23	2.3	22	90	9	88	22	33	18	24	1.97
2296721--2296765	22	2.1	22	91	4	74	33	31	24	11	1.90
2301023--2301358	168	2.0	168	100	0	672	32	25	22	19	1.98
2312416--2312506	34	2.7	34	98	0	173	24	30	17	27	1.97
2312789--2312830	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
2312924--2312969	19	2.4	19	92	0	74	39	13	8	39	1.75
2313034--2313124	31	3.0	31	96	3	168	42	17	6	32	1.75
2313284--2313330	22	2.1	22	96	0	85	34	2	8	55	1.42
2321793--2321847	2	27.0	2	96	3	101	49	0	1	49	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2322214--2322288	30	2.5	30	97	2	143	66	13	9	10	1.44
2325636--2325693	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
2327921--2327949	7	4.1	7	100	0	58	72	0	0	27	0.85
2328777--2328815	16	2.5	16	87	4	53	33	23	7	35	1.83
2334799--2334951	77	2.0	78	82	10	188	43	7	4	43	1.53
2339988--2340270	140	2.0	140	98	0	548	28	13	14	43	1.84
2340241--2340377	20	6.8	20	92	0	220	31	21	19	27	1.97
2340538--2340574	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
2340471--2340642	81	2.1	79	84	11	215	48	18	2	30	1.62
2341964--2342044	42	1.9	42	85	5	110	20	20	38	19	1.94
2341982--2342063	42	2.0	42	82	4	103	21	18	39	20	1.93
2342550--2342593	20	2.2	20	95	0	79	50	22	13	13	1.77
2342580--2342662	20	4.2	20	92	0	130	36	24	20	19	1.95
2342673--2342738	32	2.0	33	85	2	89	50	22	18	9	1.75
2342703--2342739	19	1.9	19	100	0	74	48	29	16	5	1.68
2342744--2342781	20	1.9	20	94	0	67	13	21	18	47	1.82
2342748--2342843	33	2.9	34	79	3	104	15	20	19	43	1.87
2342815--2342863	20	2.5	20	93	0	80	16	22	24	36	1.94
2344774--2344863	20	4.6	20	81	1	83	46	21	16	15	1.84
2345428--2345494	20	3.3	20	68	12	64	19	13	29	37	1.90
2345445--2345521	21	3.7	21	69	10	77	18	14	25	41	1.88
2345428--2345515	41	2.1	41	93	0	158	19	13	28	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2345513--2345561	20	2.5	20	89	0	80	26	18	12	42	1.85
2350258--2350382	55	2.2	56	90	7	191	31	16	5	47	1.69
2352190--2352252	29	2.2	29	83	8	76	25	1	17	55	1.51
2353776--2353831	28	2.0	29	82	10	71	23	1	19	55	1.53
2354576--2354722	60	2.5	60	85	4	181	33	16	18	31	1.93
2357926--2358072	60	2.4	59	83	8	172	32	18	15	33	1.92
2358271--2358392	59	2.1	59	84	6	158	34	18	16	30	1.93
2360408--2360465	29	2.0	30	86	3	82	58	18	0	22	1.39
2360408--2360473	29	2.2	30	83	2	80	60	18	1	19	1.44
2360408--2360473	30	2.2	30	83	5	80	60	18	1	19	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16