genome.fa.s8721.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008721.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111779_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2464137

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1937235--1937259	13	1.9	13	100	0	50	24	16	16	44	1.86
1939490--1939534	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
1941229--1941295	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
1944436--1944480	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
1946176--1946242	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
1952897--1952922	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
1953634--1953689	24	2.3	24	81	6	60	41	3	1	53	1.29
1955044--1955081	11	3.4	11	96	3	67	89	10	0	0	0.49
1955045--1955081	16	2.2	16	90	4	56	89	10	0	0	0.49
1958215--1958254	21	1.9	21	89	0	62	55	7	7	30	1.56
1963116--1963150	18	1.9	18	88	0	52	51	25	22	0	1.48
1966397--1966457	30	2.0	30	87	0	86	26	22	32	18	1.97
1967518--1967583	34	2.0	32	82	8	80	54	7	0	37	1.29
1968834--1968864	16	1.9	16	100	0	62	58	22	12	6	1.58
1968930--1968966	16	2.3	16	100	0	74	59	21	10	8	1.56
1969128--1969158	16	1.9	16	93	0	53	48	25	12	12	1.77
1969165--1969251	23	3.7	23	82	1	84	27	22	21	27	1.99
1969204--1969245	12	3.6	12	74	6	50	16	23	23	35	1.95
1969187--1969251	11	5.7	11	71	7	58	23	23	23	30	1.99
1970094--1970153	24	2.5	24	94	0	93	56	18	11	13	1.66
1970094--1970143	14	3.9	14	72	20	54	58	16	12	14	1.64
1971063--1971107	22	2.0	22	83	8	56	44	2	4	48	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1971332--1971389	29	2.0	30	93	3	100	39	13	3	43	1.61
1971996--1972020	12	2.1	12	100	0	50	32	16	8	44	1.76
1972912--1972949	16	2.2	16	90	9	58	28	2	0	68	1.03
1973184--1973218	6	5.7	6	89	3	52	31	2	0	65	1.07
1977165--1977248	32	2.6	31	79	7	87	29	15	23	30	1.95
1977496--1978155	110	6.0	110	91	0	1013	34	23	17	24	1.95
1978358--1978483	50	2.5	50	98	0	243	35	18	20	25	1.95
1982425--1982473	23	2.1	23	96	0	89	59	16	8	16	1.60
1995548--1995590	17	2.5	17	100	0	86	4	6	23	65	1.37
1995854--1996017	65	2.5	66	79	5	174	28	17	23	31	1.97
1998643--1998706	24	2.9	21	74	17	58	29	20	18	31	1.96
1998609--1998706	45	2.2	44	82	8	110	27	21	21	29	1.98
2000704--2000738	12	2.9	12	100	0	70	25	34	14	25	1.94
2004619--2004655	19	1.9	19	100	0	74	48	16	16	18	1.81
2005480--2005876	82	4.8	82	82	5	476	34	18	10	36	1.85
2005480--2005919	167	2.6	165	83	4	537	35	18	10	36	1.84
2008451--2008481	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2009096--2009136	11	3.6	11	80	6	55	39	17	0	43	1.49
2009087--2009138	23	2.3	23	93	0	95	36	15	0	48	1.45
2017906--2017968	31	2.0	31	90	0	99	23	15	31	28	1.96
2023265--2023595	55	6.0	54	91	1	493	28	19	20	31	1.97
2023898--2024108	95	2.2	95	88	0	305	24	25	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2029446--2029549	18	5.4	19	77	16	81	49	0	43	7	1.31
2029482--2029549	21	3.4	21	80	15	81	54	0	41	4	1.20
2035352--2035833	162	3.0	159	82	3	532	22	9	26	41	1.84
2035351--2035833	54	8.9	55	87	2	482	22	9	26	41	1.84
2047158--2047186	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2047572--2047630	23	2.6	23	88	0	82	42	8	18	30	1.80
2047545--2047706	87	1.9	87	92	0	270	41	11	15	30	1.83
2047734--2048179	197	2.2	197	83	6	555	32	16	13	37	1.87
2051384--2052324	201	4.7	199	79	7	997	31	14	15	38	1.87
2051383--2052347	405	2.4	403	89	2	1426	31	14	15	38	1.87
2053831--2054481	182	3.6	181	88	3	887	27	17	12	42	1.84
2065790--2066059	13	19.5	13	70	20	131	48	4	4	42	1.44
2065780--2065936	59	2.7	59	90	4	192	48	4	3	43	1.41
2065785--2065851	11	6.4	11	71	22	54	53	2	0	43	1.16
2065805--2065964	28	5.6	28	77	12	146	46	5	5	43	1.49
2065827--2066059	41	5.7	40	71	15	129	47	4	5	42	1.48
2065951--2066107	79	2.0	79	91	2	253	48	2	4	44	1.36
2066221--2066331	18	6.1	18	78	10	100	42	3	5	48	1.43
2066230--2066313	2	41.0	2	83	4	105	45	3	3	47	1.37
2066331--2066375	7	6.4	7	86	0	63	20	0	33	46	1.51
2066337--2066376	21	1.9	21	94	0	71	20	0	30	50	1.49
2066595--2066645	20	2.7	19	88	8	77	27	23	0	49	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2066758--2066810	2	26.5	2	84	7	72	52	0	3	43	1.19
2070051--2070257	80	2.5	81	83	4	265	50	9	8	31	1.66
2070521--2070587	2	35.5	2	77	16	72	52	2	0	44	1.16
2071483--2071518	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2072074--2072119	3	14.7	3	91	8	74	65	2	0	32	1.05
2072200--2072279	18	4.9	18	70	25	70	21	21	31	26	1.98
2072168--2072228	28	2.2	28	85	5	79	19	22	27	29	1.98
2072173--2072279	46	2.3	46	96	0	196	20	21	29	28	1.98
2072219--2072273	28	2.0	28	89	7	85	20	23	27	29	1.99
2073079--2073111	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2073257--2073489	115	2.0	116	98	1	450	25	18	14	42	1.87
2073833--2073925	14	7.7	14	67	31	72	51	4	0	44	1.21
2073831--2073926	23	4.1	23	98	1	183	50	4	0	45	1.21
2075778--2075860	33	2.4	36	80	6	91	46	3	2	46	1.33
2075852--2076080	123	1.9	121	83	7	297	48	2	4	44	1.36
2075937--2076080	2	74.0	2	74	13	113	48	0	4	46	1.26
2075944--2076115	95	1.8	95	83	9	235	48	1	4	44	1.33
2076124--2076170	14	3.4	14	84	0	67	48	31	0	19	1.49
2076501--2076585	32	2.7	32	83	0	107	42	10	23	23	1.85
2076500--2076585	16	5.4	16	81	0	91	41	11	23	23	1.87
2077889--2077988	49	2.0	50	98	1	193	30	28	22	20	1.98
2083800--2083851	21	2.4	21	80	3	59	48	1	3	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2087378--2087410	17	1.9	17	100	0	66	30	6	3	60	1.36
2088482--2088626	53	2.9	48	81	10	191	41	6	10	42	1.64
2092400--2092473	23	3.3	21	75	18	69	51	2	0	45	1.15
2102938--2103559	91	6.9	91	90	2	929	24	22	16	36	1.94
2102938--2103551	181	3.4	181	91	2	961	23	22	16	37	1.93
2103308--2103456	39	3.5	39	70	19	127	20	23	16	38	1.92
2102977--2103559	272	2.1	272	94	1	1008	24	22	16	37	1.94
2103622--2103666	20	2.2	20	100	0	90	31	20	11	37	1.87
2103630--2103674	20	2.4	18	89	10	65	22	24	6	46	1.75
2103642--2103815	91	1.9	91	95	0	312	24	23	14	37	1.92
2104350--2104732	36	10.6	36	77	8	325	38	15	20	25	1.92
2104405--2104466	21	3.2	21	63	25	55	41	20	19	17	1.90
2104759--2104856	37	2.7	36	79	4	117	37	12	17	32	1.87
2104895--2105341	90	5.0	90	90	0	680	35	21	17	25	1.95
2107388--2107431	19	2.3	19	88	4	61	9	4	4	81	0.96
2107681--2107727	2	23.5	2	91	0	76	48	2	2	46	1.25
2110409--2110450	18	2.3	18	84	8	50	45	2	2	50	1.27
2116593--2116648	19	2.8	19	81	8	58	25	30	26	17	1.97
2129988--2130027	3	13.7	3	89	5	64	37	0	0	62	0.95
2130401--2130448	21	2.3	20	83	13	62	83	4	10	2	0.87
2133168--2133235	29	2.3	30	80	10	77	19	7	4	69	1.30
2133272--2133343	30	2.4	30	81	4	83	11	8	16	63	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133382--2133505	30	4.2	30	72	12	85	23	8	8	60	1.51
2143345--2143400	28	2.0	28	96	0	103	30	23	17	28	1.97
2144602--2144689	21	4.2	23	77	15	66	75	1	14	9	1.11
2144611--2144681	14	5.2	14	82	14	87	76	0	12	11	1.03
2144600--2144676	29	2.7	28	86	6	93	75	1	14	9	1.10
2145929--2145982	17	3.1	17	70	15	56	48	11	16	24	1.79
2145906--2146199	105	2.8	105	78	7	306	39	17	18	24	1.91
2146333--2146380	3	16.3	3	95	4	89	35	0	0	64	0.94
2146327--2146378	23	2.3	23	96	0	95	36	0	0	63	0.95
2149337--2149404	29	2.3	30	80	10	77	19	7	4	69	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12