genome.fa.s8721.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008721.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111779_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2464137

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2149441--2149512	30	2.4	30	81	4	83	11	8	16	63	1.49
2149553--2149627	28	2.7	28	77	10	82	25	9	8	57	1.57
2160266--2160362	42	2.3	41	85	1	131	24	21	23	29	1.99
2160482--2160574	42	2.2	42	94	0	159	25	23	19	31	1.98
2160613--2160637	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
2160627--2160908	80	3.5	80	88	1	442	30	18	22	28	1.97
2160866--2160978	42	2.7	41	84	9	140	23	19	23	32	1.97
2161391--2161595	53	3.9	53	88	4	283	32	22	24	20	1.97
2173618--2174424	145	5.5	146	86	4	1054	33	11	13	41	1.80
2178819--2178866	24	2.0	25	84	12	64	45	2	2	50	1.25
2181603--2181681	21	3.8	21	79	5	88	34	16	25	24	1.95
2181662--2181739	41	1.9	41	84	5	104	39	20	16	23	1.92
2181707--2181758	20	2.6	20	93	0	86	26	28	19	25	1.98
2182274--2182354	19	4.5	19	73	16	73	46	24	17	11	1.80
2182350--2182496	20	8.1	19	70	18	98	12	22	21	42	1.87
2182384--2182468	33	2.5	33	92	1	134	12	23	24	38	1.90
2183538--2183604	19	3.5	19	95	0	125	16	20	14	47	1.82
2185680--2185736	14	3.8	14	78	17	69	49	26	15	8	1.74
2185664--2185754	32	2.8	33	93	3	157	47	23	17	12	1.81
2185606--2185759	19	8.6	19	72	17	105	42	24	19	13	1.87
2185785--2185869	19	4.4	19	83	5	82	14	22	23	40	1.90
2185785--2185869	20	4.4	19	83	5	91	14	22	23	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2186251--2186295	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
2193739--2193778	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2197260--2197297	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
2197561--2197604	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2197792--2197885	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
2197812--2197889	41	1.9	41	86	0	111	21	16	21	39	1.92
2197772--2197886	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
2197875--2198011	41	3.3	41	98	0	238	18	24	17	39	1.92
2197875--2198008	20	6.6	20	77	4	133	18	24	17	38	1.92
2197855--2198008	82	1.9	81	88	6	231	19	24	18	37	1.94
2198707--2199251	271	2.0	273	97	0	1040	32	14	13	40	1.84
2199544--2199587	20	2.2	20	91	0	70	25	15	11	47	1.79
2199553--2199596	20	2.2	20	83	0	52	25	20	11	43	1.85
2199919--2199974	28	2.0	28	89	0	85	44	10	8	35	1.71
2200787--2200817	14	2.2	14	94	0	53	9	6	3	80	0.99
2201523--2201578	21	2.7	21	80	5	60	30	16	1	51	1.54
2201540--2201583	21	2.1	21	83	8	54	34	18	0	47	1.49
2201795--2202244	149	3.0	149	94	1	780	36	21	15	26	1.93
2203593--2203753	64	2.5	63	82	5	189	26	21	17	34	1.95
2206669--2206724	21	2.7	21	80	5	60	30	16	1	51	1.54
2206686--2206729	21	2.1	21	83	8	54	34	18	0	47	1.49
2206941--2207392	149	3.0	149	94	0	780	37	21	14	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208740--2208863	64	1.9	65	88	4	189	26	20	16	36	1.94
2212871--2212952	32	2.6	32	79	9	87	36	8	7	47	1.62
2213458--2213494	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2220144--2220181	16	2.4	16	90	0	58	60	0	39	0	0.97
2225335--2225374	21	1.9	21	100	0	80	30	20	10	40	1.85
2226593--2226773	89	2.0	89	100	0	362	52	6	8	32	1.58
2227026--2227191	83	2.0	83	100	0	332	20	20	26	32	1.97
2231949--2232226	137	2.0	138	99	0	549	29	27	15	26	1.96
2233577--2233624	20	2.4	20	82	0	60	10	29	58	2	1.43
2233594--2233625	17	1.9	16	93	6	55	9	31	59	0	1.29
2245377--2245437	2	30.5	2	96	0	113	47	0	1	50	1.10
2245551--2245593	3	14.3	3	100	0	86	34	0	0	65	0.93
2245938--2245993	25	2.2	26	96	3	105	32	12	3	51	1.56
2249297--2249333	17	2.2	17	100	0	74	59	5	13	21	1.54
2249294--2249336	17	2.4	18	88	11	70	60	4	16	18	1.52
2254190--2254232	22	2.0	21	82	13	52	18	0	13	67	1.23
2259492--2259526	18	1.9	18	100	0	70	51	37	5	5	1.50
2262361--2262812	41	10.9	41	79	4	435	29	18	16	34	1.93
2262369--2262812	125	3.6	123	79	3	395	29	19	16	35	1.93
2262373--2262812	166	2.7	166	89	0	682	29	19	16	35	1.93
2262926--2262966	21	2.0	21	85	9	57	29	39	2	29	1.70
2266224--2266544	43	7.5	43	82	5	330	23	22	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2266225--2266544	128	2.5	128	81	6	369	23	22	20	33	1.97
2266224--2266544	85	3.7	86	83	5	384	23	22	20	33	1.97
2266224--2266575	86	4.1	85	81	7	383	23	21	20	33	1.97
2270412--2270437	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2282881--2283032	78	1.9	78	81	5	182	28	16	26	28	1.97
2286551--2286690	36	3.9	35	86	2	190	20	24	19	35	1.95
2286551--2286695	72	2.0	71	91	1	236	20	24	18	37	1.94
2293381--2293565	31	6.0	31	97	1	336	19	19	22	38	1.93
2297786--2297970	31	6.0	31	97	1	336	19	19	22	38	1.93
2306038--2306122	41	2.0	42	95	2	154	28	27	12	31	1.93
2306098--2306145	23	2.1	22	92	3	78	22	37	18	20	1.94
2311189--2311664	216	2.2	219	87	2	663	31	15	25	27	1.95
2312236--2312359	28	4.5	28	97	1	223	11	9	33	45	1.73
2312948--2313011	18	3.6	18	95	2	112	29	31	4	34	1.78
2313288--2313403	57	2.0	57	81	6	137	28	15	22	33	1.95
2313045--2314063	278	3.7	277	83	3	1226	29	15	24	30	1.95
2319143--2319416	64	4.3	63	76	10	236	28	16	20	35	1.94
2325503--2325564	32	1.9	32	96	0	115	41	14	9	33	1.79
2341187--2341216	5	6.0	5	96	0	51	43	0	36	20	1.52
2344025--2344096	36	2.0	36	81	7	85	37	6	12	43	1.70
2347345--2347415	19	3.6	19	88	5	97	33	4	26	35	1.76
2347882--2347986	20	5.2	20	72	13	97	22	17	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2347900--2347970	21	3.4	21	75	11	83	19	16	25	38	1.93
2347854--2348160	41	7.4	41	77	5	312	24	16	21	37	1.93
2347865--2348191	168	2.0	167	91	0	528	24	16	21	37	1.93
2348090--2348298	20	10.4	20	67	12	79	24	17	24	32	1.97
2359465--2359512	25	1.9	25	83	8	62	43	8	2	45	1.45
2364151--2364207	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
2367837--2368195	71	5.0	71	80	9	367	46	10	9	33	1.71
2367841--2368192	143	2.5	144	79	11	411	46	10	9	33	1.71
2368443--2368641	100	2.0	100	91	2	319	42	12	13	32	1.80
2368559--2368747	76	2.5	75	87	3	272	44	10	13	31	1.77
2368728--2368789	21	3.0	21	87	0	97	43	16	8	32	1.77
2368885--2368938	27	2.0	27	96	0	99	46	3	7	42	1.49
2377982--2378068	29	3.0	29	93	0	147	29	4	18	47	1.69
2382968--2383061	48	2.0	47	89	2	143	48	7	22	21	1.74
2383933--2383980	20	2.4	20	100	0	96	22	20	16	39	1.92
2383933--2384069	61	2.2	61	76	14	140	21	18	23	36	1.95
2383972--2384066	21	4.6	21	79	7	106	18	18	27	34	1.95
2384018--2384087	21	3.5	19	70	12	59	20	18	22	38	1.93
2383997--2384091	40	2.3	42	94	3	167	20	18	25	35	1.95
2391483--2391567	3	27.3	3	74	15	50	1	27	2	69	1.08
2391504--2391567	17	4.0	16	73	20	62	1	25	1	71	1.03
2391493--2391559	31	2.2	29	92	5	107	1	22	2	73	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2391491--2391566	13	5.8	13	70	22	52	1	23	2	72	1.05
2397813--2397848	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
2401511--2401557	20	2.4	19	89	10	76	55	8	19	17	1.67
2401299--2401771	181	2.6	182	88	1	673	42	13	17	26	1.86
2401683--2401738	20	2.8	19	81	7	67	55	8	16	19	1.67
2403958--2404022	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
2404056--2404121	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
2405913--2405961	19	2.6	19	93	6	82	34	2	8	55	1.41
2406080--2406656	200	2.9	200	95	1	1007	37	14	17	31	1.89
2408123--2408180	6	9.7	6	76	0	53	37	8	34	18	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12