genome.fa.s8772.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008772.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111877_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3098974

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7341--7385	19	2.4	18	88	3	63	13	24	13	48	1.78
7446--7575	66	2.0	66	86	3	181	16	18	24	40	1.91
12159--12372	114	1.9	115	95	2	385	42	8	6	41	1.62
20294--20342	23	2.1	23	88	0	71	40	8	18	32	1.80
20257--20419	87	1.9	87	89	0	254	43	11	12	31	1.79
20441--20892	197	2.3	197	79	6	450	31	14	14	39	1.86
24206--24252	21	2.2	22	84	3	60	44	10	14	29	1.79
24007--24907	193	4.5	197	81	8	956	31	13	16	38	1.87
24009--24907	391	2.3	397	80	8	994	31	13	16	38	1.87
25600--25647	18	2.7	17	84	12	53	27	18	29	25	1.98
25616--25722	45	2.4	42	77	13	115	31	14	23	29	1.95
25706--25744	19	2.1	19	85	0	51	35	12	30	20	1.90
25770--25809	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
33492--33655	64	2.6	63	80	5	197	28	15	25	29	1.96
33602--33652	19	2.7	19	85	8	70	29	15	31	23	1.95
33666--33705	21	1.9	21	89	0	62	25	15	27	32	1.95
34996--35860	198	4.4	198	92	2	1434	32	16	16	34	1.91
37285--37320	17	2.1	17	94	0	63	30	11	11	47	1.74
38039--38063	9	2.8	9	100	0	50	0	56	8	36	1.29
38301--38356	24	2.4	24	77	14	64	51	8	0	39	1.33
41391--41500	47	2.4	46	86	4	143	40	9	20	30	1.83
43123--43147	6	4.2	6	100	0	50	16	16	36	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48538--48647	47	2.4	46	86	4	143	40	9	20	30	1.83
50285--50331	20	2.3	20	78	7	60	14	21	14	48	1.80
50467--50513	20	2.3	20	75	7	51	17	21	12	48	1.79
50248--51394	182	6.3	182	95	0	1916	27	17	13	40	1.88
50649--50695	20	2.3	20	78	7	60	14	21	14	48	1.80
50831--50877	20	2.3	20	78	7	60	14	21	14	48	1.80
52331--52689	156	2.3	154	83	2	459	47	6	16	28	1.72
56713--56805	29	3.2	29	78	3	105	55	9	13	20	1.66
56606--56856	30	8.4	29	74	9	141	56	11	13	17	1.66
59193--59285	30	3.1	30	96	3	179	63	0	3	33	1.10
67498--67540	19	2.3	18	88	4	59	44	4	25	25	1.73
67691--67761	34	2.0	37	81	10	87	52	1	1	45	1.18
68478--68515	16	2.4	16	95	0	67	28	26	0	44	1.54
68573--68650	40	2.1	36	82	15	90	20	24	8	46	1.79
68594--68664	20	3.5	20	94	0	124	19	21	11	47	1.80
76924--76961	13	2.9	14	88	11	62	52	5	5	36	1.47
76891--77065	94	1.9	94	97	0	332	46	4	20	29	1.68
77018--77055	13	2.9	14	88	11	62	52	5	5	36	1.47
77784--78035	102	2.5	98	83	5	308	31	6	30	31	1.83
77784--78065	102	2.8	98	77	12	268	30	6	29	32	1.83
78115--78157	20	2.3	19	81	14	54	62	4	18	13	1.48
78121--78161	20	2.1	20	90	4	66	60	4	19	14	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78383--78497	29	3.8	29	74	17	108	44	3	4	47	1.39
78410--78573	22	7.8	20	75	13	125	43	3	4	48	1.42
78410--78597	22	8.9	20	72	16	96	43	3	5	47	1.43
78469--78704	13	18.2	13	72	16	147	41	2	6	49	1.43
78452--78572	44	2.8	43	81	8	147	42	3	4	49	1.38
78548--78671	2	59.5	2	72	13	90	42	1	6	49	1.38
78559--78642	9	9.7	9	73	21	56	40	1	8	50	1.40
79187--79297	2	51.5	2	68	16	53	40	3	7	48	1.48
79170--79266	22	4.5	22	89	3	135	39	2	9	49	1.47
79579--79880	2	148.0	2	67	17	113	48	3	4	43	1.41
79600--79755	9	18.1	8	68	21	52	53	4	3	39	1.37
79664--79759	43	2.3	41	85	5	131	52	6	2	39	1.39
85245--85321	37	2.1	37	87	0	109	32	40	9	18	1.82
87580--87655	37	2.1	37	94	0	134	27	30	15	26	1.96
95519--95576	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
95576--95709	4	33.0	4	73	11	85	44	1	29	25	1.63
99884--99926	20	2.1	21	83	12	54	30	0	2	67	1.03
105236--105277	20	2.1	20	95	0	75	33	9	16	40	1.81
105239--105286	20	2.3	20	89	3	69	37	8	18	35	1.81
105804--105854	24	2.2	23	82	3	57	50	1	3	43	1.31
110995--111073	31	2.5	31	79	2	86	27	30	26	15	1.96
114021--114076	29	1.9	29	96	0	103	21	41	25	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114266--114353	42	2.1	42	97	0	167	13	18	43	25	1.86
114378--114461	29	2.9	28	91	3	123	25	29	29	15	1.96
114524--114559	11	3.2	11	84	7	54	22	22	19	36	1.95
114864--114916	28	1.9	27	88	3	79	32	1	16	49	1.57
114863--114927	27	2.3	29	82	10	82	36	1	15	46	1.55
115043--115097	18	3.4	18	65	31	52	38	0	9	52	1.33
115125--115164	21	1.9	21	100	0	80	27	0	15	57	1.38
115343--115446	30	3.4	30	83	11	115	39	0	10	49	1.44
117758--117805	14	3.6	14	81	16	66	47	16	0	35	1.47
117757--117805	25	2.0	25	95	0	89	46	16	0	36	1.47
117773--118146	60	6.2	60	92	2	619	45	13	0	40	1.49
117827--117853	10	2.7	10	100	0	54	40	18	0	40	1.51
117886--118033	11	12.6	11	67	19	50	44	13	0	41	1.49
117946--118033	21	4.3	21	64	18	60	45	14	0	39	1.45
121217--121270	28	1.9	28	96	0	99	57	12	0	29	1.36
121213--121277	28	2.3	28	84	10	96	55	10	0	33	1.35
121247--121295	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
121939--122024	29	3.0	29	82	0	100	16	22	37	24	1.93
136698--136733	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
139738--139778	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
143523--143566	22	2.0	22	90	0	70	40	11	11	36	1.77
143880--143957	31	2.5	31	85	0	111	21	12	14	51	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148286--148310	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
148681--148728	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
152218--152242	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
156245--156316	31	2.3	31	90	0	108	36	19	9	34	1.85
158469--158594	4	31.5	4	100	0	252	24	0	25	50	1.50
159521--159594	35	2.1	35	97	0	139	51	12	12	24	1.73
164154--164209	17	3.2	17	77	5	67	23	33	17	25	1.96
164156--164208	18	3.0	18	80	2	63	22	35	16	24	1.95
164200--164224	11	2.3	11	100	0	50	24	40	20	16	1.91
168683--169076	196	2.0	198	92	3	652	31	17	20	31	1.95
171872--171919	23	2.0	24	88	4	71	29	22	27	20	1.99
178460--178489	13	2.2	14	94	5	53	40	0	13	46	1.43
184542--184581	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
191163--191837	336	2.0	336	97	0	1287	27	11	24	36	1.90
196962--197003	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
205624--205669	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
206682--206733	18	2.8	18	85	8	61	3	25	0	71	1.03
207361--207408	20	2.3	22	85	7	64	41	0	2	56	1.11
210572--210626	9	6.1	9	77	8	58	58	3	1	36	1.26
210572--210626	18	3.1	18	84	7	76	58	3	1	36	1.26
217648--217702	29	1.9	28	85	10	76	47	3	0	49	1.19
217986--218023	18	2.1	18	100	0	76	34	34	5	26	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228565--228609	23	2.0	23	82	4	56	53	8	0	37	1.32
228694--228725	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
236467--236553	35	2.5	34	78	12	88	56	10	5	27	1.55
237150--237184	18	1.9	18	88	0	52	31	22	20	25	1.98
238798--239089	117	2.5	117	89	2	444	31	33	16	19	1.94
240022--240200	29	6.2	29	78	8	132	40	23	5	31	1.76
242806--242874	29	2.3	29	82	7	86	42	7	18	31	1.78
244060--244085	11	2.4	11	100	0	52	34	0	11	53	1.37
249146--249227	40	2.0	40	95	4	148	24	15	26	32	1.95
254596--254886	117	2.5	117	88	2	424	32	33	14	19	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16