genome.fa.s8772.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008772.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111877_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3098974

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2118222--2118299	30	2.6	31	89	4	115	30	2	34	32	1.71
2118690--2118728	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2118627--2118771	65	2.2	64	82	11	163	30	26	16	26	1.97
2118712--2118815	45	2.3	46	88	5	149	30	21	16	31	1.95
2127847--2127927	23	3.8	21	80	7	83	28	30	22	18	1.97
2128226--2128267	14	3.2	13	81	15	50	33	16	2	47	1.60
2131486--2131590	37	2.8	37	86	0	147	40	13	15	30	1.85
2132032--2132061	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2132217--2132264	22	2.1	23	85	11	64	27	0	2	70	0.98
2132276--2132311	11	3.2	11	92	4	54	19	8	5	66	1.38
2132321--2132367	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
2132794--2132842	23	2.1	23	85	7	64	32	2	0	65	1.04
2132862--2132936	20	3.6	20	75	13	71	14	2	5	77	1.06
2137378--2137434	6	9.0	6	84	9	60	77	5	15	1	1.03
2137354--2137403	21	2.3	21	82	3	64	78	6	16	0	0.95
2137370--2137407	12	2.7	15	80	19	55	84	2	13	0	0.73
2137378--2137434	13	4.5	12	78	10	60	77	5	15	1	1.03
2138037--2138113	22	3.5	22	87	0	118	35	29	14	20	1.92
2138938--2140428	106	14.0	106	89	3	2120	34	25	17	22	1.96
2141146--2141249	37	2.8	37	85	0	136	41	12	13	32	1.82
2141811--2141920	15	7.3	15	68	20	61	28	5	0	65	1.21
2141941--2141981	11	3.6	11	87	6	55	24	4	4	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2141935--2141982	11	4.3	11	84	5	51	20	4	4	70	1.21
2142202--2142228	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2142458--2142544	34	2.5	34	76	17	81	28	3	2	65	1.21
2142533--2142557	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
2142524--2142618	27	3.6	27	68	25	76	17	5	2	74	1.10
2145021--2145074	27	2.0	27	92	0	90	22	14	20	42	1.88
2148727--2148790	21	3.0	21	88	2	92	28	17	29	25	1.97
2152952--2153368	48	8.6	48	75	7	331	27	16	23	32	1.96
2153115--2153360	99	2.5	98	82	8	283	26	17	24	31	1.97
2152952--2153383	147	2.9	147	78	6	401	26	16	24	32	1.96
2154830--2154890	27	2.3	27	85	0	77	55	1	1	40	1.19
2165448--2165481	9	3.8	9	88	11	52	76	0	2	20	0.92
2165958--2166000	18	2.5	17	81	7	52	69	2	2	25	1.12
2165960--2165998	14	2.8	13	88	11	51	71	2	2	23	1.10
2166391--2166492	34	2.9	36	88	7	163	28	13	13	44	1.82
2167040--2167871	105	8.0	105	93	1	1314	22	17	26	33	1.96
2168514--2168671	68	2.4	65	84	4	199	35	9	22	32	1.86
2168647--2168927	36	8.0	35	78	12	272	40	14	19	25	1.90
2168595--2168901	138	2.2	137	85	1	409	39	13	19	27	1.89
2168789--2168961	36	4.8	36	85	4	172	39	16	20	23	1.91
2169407--2169442	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
2169857--2169927	22	3.2	22	95	0	124	28	14	23	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170587--2170653	16	4.3	15	77	21	59	0	14	7	77	0.97
2170590--2170657	22	3.0	22	79	16	59	0	13	8	77	0.98
2170555--2170662	24	4.5	22	74	21	76	0	14	8	75	1.07
2173760--2173800	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2174184--2174222	12	3.1	12	88	7	51	66	5	2	25	1.25
2174617--2174718	34	2.9	36	88	7	163	28	13	13	44	1.82
2178393--2178426	3	11.3	3	93	0	59	32	2	0	64	1.08
2182152--2182180	13	2.2	13	100	0	58	41	13	13	31	1.84
2186392--2186429	16	2.3	17	81	4	51	21	0	10	68	1.19
2190161--2190230	34	2.1	32	86	5	95	22	30	15	31	1.95
2190514--2190555	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
2190641--2190687	19	2.5	19	85	0	58	40	14	6	38	1.72
2190752--2190811	29	2.0	31	87	6	88	41	15	6	36	1.73
2193291--2193354	23	2.8	23	78	0	74	35	25	23	15	1.94
2194346--2194395	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2194960--2195000	18	2.4	18	88	8	59	41	17	7	34	1.77
2198253--2198317	23	2.8	23	78	0	85	33	23	24	18	1.96
2198314--2198364	22	2.3	22	83	6	59	43	17	11	27	1.84
2199375--2199443	34	2.0	34	97	0	129	37	15	23	23	1.93
2199902--2199939	15	2.5	15	100	0	76	31	13	13	42	1.82
2214886--2214930	21	2.1	21	83	0	54	31	31	24	13	1.93
2215322--2215359	20	1.9	20	88	0	58	47	5	13	34	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2215401--2215437	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2216374--2216588	103	2.1	103	94	0	376	27	12	23	36	1.91
2216608--2216667	23	2.6	23	89	0	84	20	25	28	26	1.99
2216597--2216675	23	3.4	22	79	6	77	22	20	22	34	1.97
2219849--2219893	21	2.1	21	83	0	54	31	31	24	13	1.93
2221409--2221626	103	2.1	103	96	1	402	25	13	23	37	1.91
2221642--2221702	23	2.7	23	89	0	95	19	26	27	26	1.99
2222492--2222553	1	62.0	1	77	0	52	87	0	12	0	0.55
2222492--2222550	7	7.6	8	83	12	79	86	0	13	0	0.57
2222492--2222553	30	2.1	30	87	6	90	87	0	12	0	0.55
2222492--2222553	18	3.3	19	76	15	74	87	0	12	0	0.55
2222492--2222553	15	4.2	14	84	10	79	87	0	12	0	0.55
2222492--2222550	22	2.6	23	89	8	93	86	0	13	0	0.57
2225831--2225878	13	3.7	13	84	13	55	20	8	0	70	1.12
2225857--2225895	14	2.8	14	88	7	53	25	2	0	71	0.98
2225844--2225999	13	11.8	13	68	22	67	21	6	0	71	1.13
2226091--2226122	15	2.0	17	88	11	50	21	6	0	71	1.07
2227542--2227609	30	2.2	30	82	12	77	61	1	0	36	1.05
2227733--2227802	35	2.0	35	97	0	131	24	22	12	40	1.89
2243178--2243474	77	3.9	77	80	0	326	40	16	18	25	1.91
2243188--2243474	154	1.9	152	83	5	371	39	16	18	26	1.91
2244890--2244942	25	2.1	24	82	10	61	45	3	7	43	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246553--2246583	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
2246551--2246632	39	2.1	39	90	6	130	52	3	2	41	1.32
2246762--2247091	172	1.9	168	96	3	608	41	15	14	29	1.86
2247357--2247422	26	2.8	23	72	14	71	45	18	16	19	1.86
2247498--2247548	24	2.0	25	92	7	86	37	15	7	39	1.77
2247501--2247556	24	2.2	25	87	6	78	41	16	7	35	1.75
2251176--2251257	30	2.8	30	81	1	85	34	31	18	15	1.92
2251202--2251283	30	2.7	31	78	1	76	34	26	18	20	1.96
2254520--2254570	26	2.0	26	88	0	75	47	19	15	17	1.83
2263547--2263603	23	2.5	23	97	0	105	26	12	12	49	1.75
2265986--2266021	17	2.1	17	89	0	54	75	2	2	19	1.06
2266509--2266533	11	2.3	11	100	0	50	36	8	0	56	1.29
2267379--2267426	3	17.0	3	83	12	66	35	2	0	62	1.07
2267379--2267432	14	4.1	13	79	18	58	35	3	0	61	1.14
2267389--2267426	11	3.4	11	96	3	67	34	0	0	65	0.93
2267392--2267444	20	2.6	21	82	11	65	35	1	0	62	1.06
2268341--2268399	29	2.0	29	100	0	118	30	38	0	30	1.57
2269316--2269354	16	2.5	15	92	8	69	17	5	0	76	0.96
2269329--2269400	18	3.7	20	72	20	62	20	5	2	70	1.20
2270693--2270757	27	2.4	27	92	0	112	15	9	33	41	1.79
2270691--2270763	27	2.5	31	80	15	100	13	9	36	39	1.78
2271340--2271392	18	3.0	17	86	8	70	30	28	7	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2272423--2272465	18	2.5	17	92	7	70	11	6	9	72	1.29
2275014--2275053	20	2.0	21	85	5	55	40	12	5	42	1.64
2283237--2283480	95	2.7	93	84	11	307	29	18	20	31	1.97
2284462--2285173	116	6.0	116	87	4	971	32	25	18	24	1.97
2284809--2285176	124	3.0	124	88	0	558	32	24	17	25	1.97
2285667--2285859	79	2.4	79	98	0	368	31	23	18	26	1.97
2286024--2286061	3	13.3	3	83	10	53	34	2	0	63	1.09
2286024--2286067	17	2.6	17	92	0	70	34	4	0	61	1.16
2287909--2288013	46	2.3	46	79	9	110	24	4	1	68	1.19
2290507--2290539	17	2.0	17	88	5	50	39	3	0	57	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16