genome.fa.s8772.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008772.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111877_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3098974

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2290942--2291078	60	2.4	58	84	7	172	40	10	13	35	1.79
2290965--2291080	60	1.9	60	91	0	187	38	13	12	34	1.84
2297590--2297666	12	6.8	12	72	11	54	28	9	19	42	1.81
2298170--2298421	131	1.9	131	99	0	495	24	23	20	32	1.98
2299760--2299835	10	8.0	9	77	11	53	15	26	31	26	1.96
2299774--2299841	19	3.6	19	84	4	84	19	26	30	23	1.98
2299763--2299843	9	8.6	9	77	12	65	17	28	29	24	1.97
2304453--2304488	17	2.1	17	100	0	72	13	27	8	50	1.71
2306281--2306321	13	3.0	14	85	7	57	60	9	0	29	1.28
2309243--2309270	11	2.5	11	100	0	56	28	10	32	28	1.90
2314514--2314572	31	2.0	29	86	6	82	57	3	6	32	1.41
2315011--2315139	63	2.0	63	96	0	240	32	7	8	51	1.61
2317178--2317362	92	2.0	92	100	0	370	31	28	11	28	1.92
2323651--2323685	17	1.9	19	88	11	56	51	8	2	37	1.47
2324228--2324261	15	2.3	15	94	0	59	32	29	23	14	1.94
2324538--2324566	14	2.0	15	93	6	51	13	13	13	58	1.63
2328010--2328216	6	34.7	6	68	10	50	8	34	1	55	1.42
2328010--2328216	12	17.8	12	66	13	94	8	34	1	55	1.42
2328003--2328225	24	9.6	24	68	14	117	9	33	2	54	1.46
2328128--2328234	56	1.9	56	80	0	124	8	34	2	54	1.45
2328261--2329077	3	277.3	3	78	8	795	0	40	0	58	1.04
2329985--2330025	3	13.7	3	84	0	55	63	0	36	0	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2329985--2330028	9	4.9	9	85	0	61	61	0	38	0	0.96
2330339--2330405	31	2.2	31	100	0	134	29	5	7	56	1.51
2330339--2330413	31	2.4	31	95	0	123	28	5	9	57	1.52
2330566--2330631	23	2.9	23	95	0	114	34	19	22	22	1.96
2330617--2330680	27	2.4	27	89	0	101	37	14	17	31	1.89
2336831--2336889	4	14.8	4	87	0	82	30	0	16	52	1.44
2336831--2336923	12	7.7	12	79	7	89	29	3	17	50	1.61
2344125--2344193	31	2.2	31	89	2	102	26	10	10	53	1.66
2344452--2344483	5	6.4	5	100	0	64	78	0	0	21	0.76
2353301--2353445	75	1.9	74	95	1	263	40	13	13	33	1.84
2364705--2364731	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2373190--2373252	23	2.7	23	85	5	81	38	20	15	25	1.92
2376679--2376754	25	3.1	25	96	1	136	50	10	7	31	1.66
2384106--2384139	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2386056--2386112	20	2.8	20	94	0	105	36	19	7	36	1.79
2387010--2387050	21	2.0	21	85	9	57	24	26	24	24	2.00
2387812--2387874	21	3.0	21	85	0	81	30	26	15	26	1.96
2390084--2390151	31	2.2	31	78	5	75	29	8	27	33	1.87
2391518--2391560	18	2.4	18	100	0	86	32	9	32	25	1.88
2398323--2398459	17	7.8	18	83	8	167	33	10	13	43	1.77
2398327--2398442	35	3.3	35	89	1	180	34	11	12	41	1.79
2398323--2398443	52	2.3	53	81	8	151	33	10	13	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2398324--2398459	35	3.9	34	87	3	173	33	10	13	42	1.78
2398323--2398459	52	2.6	52	76	13	147	33	10	13	43	1.77
2398764--2398799	17	2.1	17	90	10	56	72	0	13	13	1.13
2400056--2400082	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2403231--2403295	32	2.0	32	93	0	112	20	7	20	52	1.70
2404619--2404798	65	2.8	65	81	12	219	28	17	22	30	1.97
2406593--2406639	20	2.3	20	92	0	85	21	25	23	29	1.99
2406627--2406706	23	3.6	22	77	5	90	23	26	25	25	2.00
2406631--2406725	44	2.2	42	85	7	120	24	23	25	27	2.00
2406627--2406725	21	4.7	20	75	10	74	23	23	26	27	2.00
2410515--2410567	21	2.5	20	82	11	54	35	9	1	52	1.45
2412444--2412551	45	2.4	46	85	11	143	31	17	19	31	1.95
2416203--2416255	18	2.9	18	97	0	97	30	33	20	15	1.93
2416364--2416407	23	1.9	23	90	0	70	29	27	27	15	1.96
2421119--2421163	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
2425065--2425093	9	3.3	9	95	4	51	37	0	0	62	0.96
2425352--2425384	15	2.1	16	88	5	50	54	0	3	42	1.15
2425444--2425470	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2425442--2425494	15	3.7	14	80	11	54	66	3	0	30	1.10
2426892--2426941	18	2.8	17	79	11	55	74	0	2	24	0.93
2427185--2427245	16	3.6	16	73	16	59	24	21	6	47	1.74
2427513--2428037	112	4.8	112	85	7	732	26	20	15	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2427395--2428028	327	2.0	317	90	3	1000	26	20	14	37	1.91
2427388--2428037	215	3.0	214	88	5	887	27	20	14	37	1.92
2428406--2428482	22	3.5	22	92	0	118	36	14	12	36	1.84
2428423--2428489	22	3.0	22	91	0	98	34	13	14	37	1.86
2428846--2428988	53	2.7	53	91	3	225	27	24	12	35	1.92
2430451--2430562	31	3.6	31	97	0	206	38	23	19	18	1.93
2434894--2435049	31	5.0	31	90	1	233	39	22	17	21	1.93
2435614--2435681	35	1.9	35	91	5	111	20	26	32	20	1.97
2441596--2441664	30	2.3	30	92	5	113	39	2	24	33	1.70
2441874--2441942	23	3.0	23	91	0	102	21	26	24	27	1.99
2445646--2445684	12	2.9	14	85	14	55	56	7	20	15	1.63
2445745--2445783	15	2.7	15	85	14	55	58	10	17	12	1.61
2445739--2445787	8	7.0	7	86	13	57	55	10	18	16	1.69
2447244--2447288	2	22.5	2	90	0	72	55	0	0	44	0.99
2448183--2448224	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
2448216--2448272	25	2.2	27	84	12	75	64	7	1	26	1.28
2448184--2448272	24	3.5	24	82	15	69	65	4	1	29	1.20
2449652--2449690	13	2.9	13	85	14	53	76	2	2	17	1.01
2467917--2467957	22	1.9	22	95	5	75	46	14	4	34	1.66
2474821--2474876	23	2.4	23	82	5	78	25	23	25	26	2.00
2474994--2475042	24	2.1	23	84	3	62	53	0	2	44	1.12
2475630--2475699	16	4.4	16	88	0	104	58	22	10	8	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2475896--2475961	24	2.8	24	88	2	89	28	24	22	24	1.99
2478543--2478588	22	2.1	22	91	0	74	26	19	23	30	1.98
2479567--2479609	22	2.0	20	86	8	59	30	4	0	65	1.13
2485601--2485667	33	2.0	33	94	0	116	41	10	10	37	1.74
2491198--2491236	21	1.9	20	84	5	51	35	2	0	61	1.10
2492134--2492160	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2492930--2492966	16	2.5	14	87	12	56	43	0	0	56	0.99
2495583--2495636	20	2.8	20	82	2	74	27	24	25	22	2.00
2497260--2497299	17	2.3	17	86	4	53	35	20	25	20	1.96
2508389--2508424	17	2.1	18	89	5	56	33	22	27	16	1.95
2512212--2512253	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2512729--2512801	23	3.2	23	84	0	83	42	15	26	16	1.87
2515093--2515171	26	3.0	26	83	3	88	51	3	8	35	1.51
2517843--2517949	36	3.0	35	89	8	162	36	15	13	34	1.87
2519364--2519401	19	2.0	19	100	0	76	47	26	10	15	1.78
2524093--2524117	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
2530022--2530116	44	2.2	44	85	7	124	27	25	23	24	2.00
2530022--2530116	23	4.4	21	75	9	77	27	25	23	24	2.00
2530041--2530121	23	3.7	23	75	8	87	25	24	25	23	2.00
2530040--2530139	44	2.3	42	78	8	103	27	25	26	22	2.00
2532806--2532890	45	1.9	45	87	2	127	29	21	16	32	1.95
2534285--2534386	35	2.9	36	83	13	142	33	17	14	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2536566--2536615	24	2.1	24	82	14	59	60	0	6	34	1.21
2539575--2539647	34	2.1	35	92	7	123	24	21	17	35	1.95
2541476--2541580	54	1.9	54	94	0	183	35	18	20	26	1.95
2550687--2550779	30	3.1	29	76	8	80	46	6	2	45	1.41
2554126--2554159	18	1.9	18	88	5	52	38	14	2	44	1.61
2554275--2554305	16	1.9	16	93	0	53	41	3	6	48	1.45
2555514--2555568	26	2.1	26	96	0	101	36	3	23	36	1.73
2558111--2558264	21	7.2	21	71	11	75	27	12	22	38	1.90
2558193--2558277	21	4.0	21	84	9	100	25	15	25	32	1.95
2559582--2559619	18	2.1	18	95	0	67	13	47	23	15	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16