genome.fa.s8772.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008772.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111877_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3098974

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2703458--2703524	2	33.0	2	88	8	100	49	1	2	46	1.26
2704161--2704217	14	4.1	14	88	0	78	15	14	12	57	1.65
2704401--2704469	23	3.0	23	81	10	86	7	10	20	62	1.50
2705499--2705591	33	2.8	33	96	0	168	16	8	16	59	1.60
2705773--2706001	102	2.3	99	87	3	325	21	7	17	52	1.70
2707592--2707643	24	2.2	24	89	0	77	9	13	23	53	1.68
2707996--2708057	32	1.9	32	86	0	88	11	11	20	56	1.65
2707995--2708059	16	4.1	16	79	0	76	10	10	21	56	1.63
2708129--2708161	16	2.1	16	94	0	57	6	15	24	54	1.63
2708498--2708545	21	2.2	21	82	10	53	16	12	4	66	1.39
2709356--2709400	14	3.2	14	84	6	56	0	35	22	42	1.54
2709356--2709400	21	2.1	21	88	8	65	0	35	22	42	1.54
2709354--2709388	7	5.0	7	96	0	52	0	34	22	42	1.54
2709964--2710010	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
2709962--2710011	23	2.1	24	96	3	93	48	4	0	48	1.20
2710261--2710311	16	3.2	16	91	0	75	41	13	27	17	1.87
2710269--2710319	16	3.2	16	91	0	75	37	11	31	19	1.88
2710846--2711220	146	2.6	146	80	2	412	33	21	23	22	1.98
2711368--2711502	30	4.6	29	76	12	125	20	11	11	56	1.65
2714783--2714830	15	3.1	15	84	3	51	70	8	12	8	1.32
2715703--2715745	21	2.1	20	83	12	52	34	13	2	48	1.56
2715893--2715966	32	2.3	32	88	0	103	33	10	25	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2716199--2716354	64	2.5	64	89	3	226	35	22	12	29	1.91
2716560--2716643	43	2.0	43	95	0	150	27	32	20	20	1.97
2716562--2716690	43	3.0	42	85	5	145	29	31	19	19	1.96
2716443--2717010	206	2.7	206	87	2	764	32	26	18	23	1.97
2716765--2716867	43	2.4	43	83	3	127	30	32	15	22	1.95
2716851--2717104	124	2.0	124	87	5	363	32	24	17	25	1.97
2717324--2717577	84	3.0	84	93	0	409	22	33	19	24	1.97
2717327--2717568	40	5.8	40	71	19	167	22	33	19	24	1.97
2719091--2719142	17	3.2	17	89	10	83	13	23	44	19	1.86
2719116--2719152	5	7.6	5	87	6	58	2	21	54	21	1.58
2719116--2719161	24	1.9	24	90	0	74	6	23	50	19	1.71
2719146--2719229	19	4.3	19	82	10	80	27	26	27	19	1.99
2719108--2719168	24	2.5	24	72	5	59	14	22	44	18	1.86
2719149--2719228	9	8.3	9	69	13	52	28	26	27	17	1.98
2725687--2725744	17	3.5	17	76	19	61	13	24	43	18	1.87
2725749--2725794	19	2.5	19	96	3	85	30	30	23	15	1.95
2726670--2726707	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
2726942--2726968	3	9.0	3	100	0	54	66	33	0	0	0.92
2731199--2731561	139	2.6	141	80	10	382	34	21	22	21	1.97
2731688--2731752	29	2.2	28	79	12	69	15	9	12	63	1.52
2731728--2731789	30	2.1	29	84	3	79	20	9	11	58	1.61
2737683--2737716	4	8.5	4	100	0	68	76	0	0	23	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2738091--2738117	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2738251--2738296	15	3.1	15	75	6	58	43	8	19	28	1.80
2738516--2738580	30	2.0	33	82	11	82	47	0	4	47	1.22
2738609--2738671	23	2.7	23	82	2	72	46	1	1	50	1.20
2738609--2738671	11	5.4	12	70	19	53	46	1	1	50	1.20
2738768--2738807	14	2.8	14	84	3	53	52	0	0	47	1.00
2738749--2738817	29	2.3	29	80	14	79	52	0	1	46	1.09
2739004--2739119	42	2.8	42	88	2	162	51	13	15	18	1.76
2740146--2740208	24	2.5	25	82	10	67	38	4	1	55	1.31
2753424--2753454	15	2.1	15	93	0	53	41	6	25	25	1.79
2775250--2775281	16	2.0	16	93	0	55	40	18	0	40	1.51
2776557--2776589	16	2.1	16	100	0	66	42	6	12	39	1.67
2789730--2789853	61	2.0	62	96	3	232	31	6	25	36	1.81
2791835--2792176	57	6.0	57	93	0	533	15	20	29	34	1.94
2792636--2792683	23	2.1	23	84	0	60	37	12	16	33	1.86
2793167--2793223	23	2.5	23	91	0	87	40	21	5	33	1.75
2793577--2793647	22	3.2	22	80	9	81	40	19	4	35	1.71
2793587--2793647	22	2.7	22	89	2	86	39	18	4	37	1.72
2794015--2794074	23	2.6	23	91	0	93	38	20	5	36	1.74
2794232--2794282	23	2.1	26	82	13	65	45	0	3	50	1.20
2794436--2794498	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2792994--2795609	425	6.2	428	92	5	4379	40	12	7	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2792994--2795609	847	3.1	850	93	4	4503	40	12	7	39	1.72
2794864--2794922	22	2.6	23	89	2	84	38	18	5	37	1.73
2795220--2795258	20	2.0	20	89	0	60	51	7	12	28	1.67
2795261--2795329	23	3.1	22	85	12	88	39	24	2	33	1.70
2795611--2795674	24	2.7	24	88	9	103	39	10	10	39	1.76
2798627--2798697	21	3.3	21	81	13	81	39	23	2	33	1.70
2798632--2798702	23	3.2	21	82	15	81	39	23	2	33	1.70
2799060--2799122	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2799489--2799551	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2799899--2799971	23	3.2	23	88	7	96	39	23	2	34	1.69
2798299--2800260	849	2.3	849	96	2	3614	39	12	7	40	1.71
2798299--2800260	420	4.6	425	94	4	3424	39	12	7	40	1.71
2800260--2800324	25	2.6	25	97	0	121	36	12	10	40	1.78
2803285--2803357	23	3.2	23	88	7	96	39	23	2	34	1.69
2803722--2803784	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2804143--2804215	23	3.2	23	78	7	85	38	21	4	35	1.73
2802950--2804421	429	3.5	430	96	2	2688	39	12	7	41	1.71
2805805--2805928	12	10.3	12	83	0	140	20	33	8	37	1.82
2805811--2805928	36	3.3	36	95	0	200	20	33	8	38	1.83
2805805--2805928	6	20.7	6	79	0	104	20	33	8	37	1.82
2807396--2808563	199	5.9	199	96	0	2041	30	17	15	37	1.91
2808682--2808730	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810509--2810574	33	2.0	33	87	0	96	24	46	0	28	1.52
2810608--2810651	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
2812675--2812727	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
2812872--2812918	20	2.4	19	79	10	58	21	17	8	53	1.70
2812839--2813311	181	2.6	182	90	1	725	27	16	13	42	1.85
2817113--2817444	166	2.0	166	96	0	610	31	16	24	27	1.96
2825804--2825854	21	2.4	22	96	3	95	25	7	11	54	1.63
2829532--2829584	2	26.0	2	77	11	54	43	1	5	49	1.37
2829641--2829681	2	21.0	2	85	14	59	48	0	2	48	1.14
2830116--2830158	20	2.2	20	87	8	61	55	2	0	41	1.12
2833894--2833929	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2840839--2840880	20	2.1	20	95	0	75	28	19	16	35	1.93
2841871--2841920	7	7.3	7	81	18	61	54	0	30	16	1.42
2841873--2841912	14	2.9	14	100	0	80	52	0	27	20	1.46
2851768--2851807	20	2.0	20	90	0	62	32	17	12	37	1.87
2851778--2851820	20	2.2	20	87	8	61	30	18	13	37	1.90
2851813--2851867	20	2.8	20	88	2	85	23	25	12	38	1.90
2854913--2855442	267	2.0	267	95	0	963	37	11	14	36	1.83
2857710--2857757	21	2.2	22	82	10	55	35	10	6	47	1.63
2858954--2858991	19	2.0	20	89	5	60	44	2	0	52	1.14
2859168--2859211	22	2.0	22	86	4	61	52	2	0	45	1.13
2859324--2859388	25	2.7	24	79	15	64	50	0	3	46	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2859834--2859983	68	2.2	68	81	8	171	42	3	6	48	1.44
2860333--2860375	21	2.0	21	81	0	50	32	2	4	60	1.30
2860560--2860679	50	2.4	50	85	0	168	41	11	14	32	1.81
2861899--2861959	29	2.1	29	100	0	122	26	13	18	42	1.86
2863742--2863776	18	1.9	18	88	11	54	17	17	34	31	1.93
2864775--2864807	16	2.1	16	100	0	66	21	18	42	18	1.89
2870026--2870066	18	2.3	18	100	0	82	14	21	34	29	1.93
2872225--2872281	22	2.6	22	100	0	114	17	45	22	14	1.84
2878145--2878184	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2881552--2881581	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16