genome.fa.s8803.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008803.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111954_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1826237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8281--8352	36	2.0	36	97	0	135	30	6	30	31	1.84
8916--8964	20	2.5	20	93	0	80	40	0	10	48	1.37
9609--9678	21	3.4	21	86	5	81	42	20	0	37	1.52
9627--9678	21	2.5	20	90	6	86	44	23	0	32	1.54
10277--10399	64	1.9	63	86	4	176	43	4	6	44	1.51
10237--10473	34	7.0	34	68	19	111	42	5	6	45	1.54
11770--11819	26	1.9	26	84	8	66	50	4	6	40	1.46
12259--12408	56	2.7	55	79	6	167	38	7	12	42	1.70
13972--14208	130	1.8	130	87	0	357	40	17	7	34	1.78
16937--17305	192	1.9	193	89	0	578	34	18	19	27	1.95
17644--17992	177	2.0	176	87	2	504	34	19	17	28	1.95
25585--25841	130	2.0	128	83	4	329	42	15	9	33	1.79
27590--27619	15	1.9	16	93	6	53	26	20	20	33	1.97
27741--27786	6	7.3	6	88	9	56	78	2	0	19	0.86
28541--28611	36	2.0	36	86	5	99	38	16	14	30	1.89
30575--30709	34	4.3	32	70	22	99	32	5	17	43	1.73
30523--30710	91	2.0	94	86	8	267	32	5	17	44	1.72
30773--30872	2	50.0	2	71	15	64	45	3	8	44	1.48
33766--33815	21	2.4	21	90	3	75	24	20	10	46	1.81
39040--39382	172	2.0	171	99	0	677	24	20	16	38	1.92
39715--39771	18	3.1	18	94	2	96	33	5	7	54	1.50
39724--39779	18	3.1	18	87	10	71	33	7	5	53	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50767--50808	21	2.0	21	90	0	66	30	23	19	26	1.98
59907--59941	17	2.1	17	94	0	61	14	0	20	65	1.26
62897--62939	10	4.2	10	82	11	52	86	2	2	9	0.76
63230--63283	24	2.2	24	100	0	108	35	42	5	16	1.72
66068--66096	14	2.0	15	93	6	51	27	6	24	41	1.80
67863--67905	21	2.0	21	91	8	70	18	4	41	34	1.71
71106--71302	98	2.0	98	95	0	358	43	8	6	41	1.61
71427--71481	20	2.7	21	91	5	69	40	10	18	30	1.85
71434--71481	20	2.4	20	100	0	96	35	10	18	35	1.85
71593--71644	21	2.3	22	80	12	61	28	17	17	36	1.92
79505--79543	2	19.0	2	94	5	69	48	2	0	48	1.15
93148--93190	21	2.0	22	82	13	54	51	9	0	39	1.34
96667--96718	13	4.0	13	87	0	68	36	15	21	26	1.93
102902--102963	27	2.3	27	88	2	88	37	9	4	48	1.57
102916--102974	27	2.2	27	100	0	118	37	10	5	47	1.59
108266--108338	20	3.6	21	78	7	80	30	23	24	21	1.99
108359--108416	21	2.7	21	87	12	75	20	18	37	22	1.94
109769--109806	20	1.9	20	88	0	58	28	13	7	50	1.69
111038--111111	20	3.7	20	80	7	87	31	22	25	20	1.98
111146--111188	22	1.9	23	90	4	70	20	20	30	27	1.98
111175--111230	21	2.7	21	88	0	85	21	16	37	25	1.93
113659--113690	16	2.1	15	94	5	55	65	0	15	18	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114290--114329	8	5.0	8	87	0	62	40	22	10	27	1.86
114828--114870	21	2.0	22	82	13	54	51	9	0	39	1.34
115429--115576	60	2.5	59	83	7	167	37	4	21	35	1.75
121346--121393	23	2.0	25	84	8	64	50	0	2	47	1.12
128548--128586	18	2.2	17	86	4	51	35	17	15	30	1.91
130458--130494	19	1.9	19	88	0	56	40	8	16	35	1.78
138806--138855	23	2.2	23	92	0	82	50	18	20	12	1.78
142899--142975	21	3.5	22	78	7	86	24	20	18	36	1.95
147730--147759	13	2.3	13	94	0	51	0	10	6	83	0.81
161263--161315	21	2.5	21	93	0	88	22	24	16	35	1.95
161305--161355	20	2.6	19	87	12	68	35	23	19	21	1.96
161534--161599	22	3.0	22	84	0	87	24	37	16	21	1.93
161926--162016	19	4.6	20	79	5	87	15	15	21	47	1.82
163885--163992	20	5.5	20	85	8	159	41	22	17	18	1.90
163888--164013	38	3.4	37	84	10	168	42	21	19	16	1.89
163885--164013	58	2.3	55	84	12	158	42	21	18	17	1.89
164042--164199	20	8.2	20	74	13	98	20	19	20	39	1.93
164056--164199	56	2.5	56	77	6	157	19	20	21	38	1.94
164142--164198	18	3.1	18	87	9	87	15	21	24	38	1.92
164166--164209	20	2.2	20	83	0	52	13	18	22	45	1.84
164681--164787	21	5.1	21	72	4	81	20	35	18	25	1.95
164681--164791	42	2.6	42	78	2	116	20	36	18	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166170--166205	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
166331--166384	14	3.5	14	73	22	54	44	20	24	11	1.83
166311--166406	33	2.8	33	92	3	147	42	20	23	12	1.86
166412--166467	20	2.8	20	89	5	87	17	21	26	33	1.96
167586--167652	20	3.3	20	93	0	107	23	19	25	31	1.98
167639--167730	20	4.7	20	93	2	159	20	20	19	39	1.93
167639--167730	39	2.3	40	96	1	168	20	20	19	39	1.93
167727--167772	21	2.2	21	88	0	65	39	15	26	19	1.91
168034--168108	31	2.4	31	88	4	107	28	10	14	46	1.78
168231--168303	25	3.0	23	79	15	76	54	0	4	41	1.19
168254--168312	23	2.6	23	81	2	66	50	0	5	44	1.24
172167--172220	26	2.1	26	82	6	65	68	1	3	25	1.16
172214--172270	8	6.9	8	75	13	53	73	1	3	21	1.07
172200--172271	34	2.2	31	81	13	83	75	2	2	19	1.06
172211--172291	32	2.5	31	75	16	85	72	6	4	16	1.22
172279--172339	23	2.6	23	77	15	63	75	6	9	8	1.19
172306--172400	50	1.9	50	85	8	131	73	3	6	16	1.17
172545--172620	36	2.1	36	82	4	91	76	3	5	14	1.11
174338--175352	85	11.9	85	84	2	1126	24	17	22	35	1.95
174338--175352	340	3.0	337	84	2	1264	24	17	22	35	1.95
174290--175352	425	2.5	423	85	3	1348	25	17	21	35	1.95
176194--176516	161	2.0	161	100	0	646	31	20	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179444--179486	18	2.4	18	92	0	77	55	9	18	16	1.67
180777--180849	18	3.9	18	82	7	92	27	30	20	21	1.98
180779--180871	38	2.4	40	85	7	129	30	30	18	21	1.97
181612--181663	19	2.7	19	90	0	86	23	28	15	32	1.95
181763--181796	12	2.8	12	100	0	68	23	32	0	44	1.54
186457--186576	60	2.0	60	100	0	240	26	23	16	33	1.96
186860--186933	22	3.8	20	73	14	73	28	29	21	20	1.98
187128--187184	24	2.5	24	76	23	68	33	22	5	38	1.77
188650--188786	6	22.0	6	66	24	54	75	2	4	18	1.08
188618--188699	11	7.6	11	76	15	57	70	2	2	24	1.11
188616--188705	30	2.9	30	73	18	80	72	2	2	23	1.07
188740--188781	19	2.2	19	86	0	57	78	0	7	14	0.95
188713--188794	29	3.0	28	79	13	82	76	1	6	15	1.04
188808--188833	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
188812--188869	30	1.9	29	82	6	71	74	1	3	20	1.06
189028--189082	9	6.1	9	79	6	58	80	1	3	14	0.94
189022--189082	18	3.6	16	83	14	77	80	1	3	14	0.92
189157--189278	38	3.2	38	67	12	88	74	5	4	15	1.16
189976--190041	33	2.0	33	100	0	132	33	21	6	39	1.78
192634--192664	16	1.9	16	100	0	62	6	12	6	74	1.21
195979--196017	21	1.9	20	84	5	51	41	2	2	53	1.28
198987--199032	21	2.2	21	92	0	74	19	15	6	58	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199974--200042	35	1.9	36	94	2	122	18	26	31	23	1.97
200610--200751	31	4.6	31	91	1	214	21	18	21	38	1.93
201824--202024	95	2.1	95	87	0	285	34	16	18	30	1.93
201831--202086	95	2.7	95	83	3	271	33	17	18	31	1.94
203134--203280	53	2.7	55	85	3	181	35	22	17	25	1.95
203635--204226	84	7.0	84	86	2	758	31	26	18	24	1.97
203635--204226	253	2.3	252	85	0	781	31	26	18	24	1.97
205116--205244	63	2.0	64	95	4	235	32	22	12	32	1.91
205312--205385	15	5.0	15	82	11	82	32	1	0	66	1.00
205324--205383	16	3.7	16	82	6	59	31	1	0	66	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9