genome.fa.s8803.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008803.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111954_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1826237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  7  of  9  ( 1039 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1383387--1383589	26	8.5	26	70	19	165	22	22	9	45	1.81
1383387--1383663	72	3.9	72	72	16	249	23	22	9	45	1.81
1383458--1383707	46	5.6	46	81	9	311	24	22	9	44	1.82
1383623--1383702	38	2.1	38	95	4	144	25	25	7	42	1.80
1388304--1388476	47	3.8	46	91	3	253	33	22	7	36	1.82
1388585--1388713	59	2.2	59	87	0	177	28	24	17	28	1.98
1390319--1390347	14	2.0	15	93	6	51	41	20	6	31	1.79
1395346--1395723	179	2.1	177	82	4	454	38	14	14	32	1.86
1395627--1396069	198	2.2	198	83	4	559	39	13	13	33	1.84
1395235--1395915	377	1.8	376	89	1	1069	38	13	14	33	1.85
1396204--1396267	18	3.6	18	80	0	74	29	32	4	32	1.78
1402484--1402850	178	2.1	179	87	4	528	39	13	12	34	1.82
1402659--1403028	200	1.9	200	83	5	489	38	12	14	34	1.84
1403193--1403244	21	2.5	21	78	12	54	46	13	15	25	1.82
1403376--1403739	198	1.9	193	85	4	505	39	12	15	32	1.85
1407560--1407598	20	2.0	20	100	0	78	35	10	23	30	1.88
1408387--1408455	23	3.0	23	86	0	93	27	26	26	20	1.99
1408471--1408791	103	3.1	103	97	0	597	36	23	13	26	1.91
1410133--1410178	21	2.2	21	88	0	65	13	23	30	32	1.93
1411043--1411095	26	2.2	25	87	12	76	45	0	5	49	1.26
1411058--1411309	39	7.0	36	84	15	337	46	0	8	44	1.39
1411043--1411309	139	2.0	134	93	3	462	46	0	7	45	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1411273--1411330	25	2.4	24	91	8	91	46	0	8	44	1.34
1411172--1411373	64	3.2	66	81	13	194	46	1	7	44	1.41
1411058--1411376	139	2.3	140	88	6	456	45	1	8	45	1.41
1411095--1411376	100	2.8	100	94	3	478	45	1	8	45	1.42
1411370--1411412	15	2.9	14	83	13	50	27	0	0	72	0.85
1411371--1411430	11	5.1	11	76	23	52	21	0	1	76	0.87
1418546--1418604	23	2.7	21	82	10	73	23	30	25	20	1.98
1418556--1418603	23	2.1	22	96	3	87	20	35	25	18	1.95
1420386--1420424	20	1.9	21	84	5	53	12	2	25	58	1.47
1421076--1421124	22	2.2	22	88	0	71	18	42	18	20	1.89
1422272--1422333	19	3.2	19	75	18	56	19	3	1	75	1.02
1427932--1428511	230	2.5	230	84	2	788	39	20	15	24	1.91
1428459--1428545	34	2.6	34	90	3	131	41	25	12	20	1.88
1428231--1428775	264	2.1	264	86	2	763	39	21	15	23	1.91
1429733--1429778	22	2.1	22	91	0	74	43	0	6	50	1.28
1429745--1430069	39	9.1	37	79	17	352	44	1	8	45	1.43
1429816--1429875	25	2.3	26	97	2	113	46	0	8	45	1.33
1429841--1430069	110	2.0	115	90	7	364	44	2	7	45	1.43
1431402--1431459	21	2.7	21	76	21	57	22	3	1	72	1.09
1433179--1433213	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
1434821--1434875	26	2.2	26	90	6	87	47	0	5	47	1.25
1434864--1435104	11	19.9	11	66	25	75	45	0	9	44	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1434838--1435210	39	10.1	37	88	9	534	45	1	8	44	1.42
1436645--1436854	100	2.1	99	92	3	350	31	9	12	45	1.75
1439227--1439251	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
1439261--1439581	130	2.5	127	81	5	360	42	12	13	32	1.81
1439579--1440186	226	2.7	225	87	1	871	31	16	14	37	1.89
1440170--1440208	18	2.2	18	95	0	69	25	17	20	35	1.95
1443907--1443963	25	2.3	24	91	5	80	63	3	3	29	1.28
1444001--1444032	17	1.9	17	93	6	57	40	6	0	53	1.26
1444158--1444256	47	2.1	47	96	0	180	43	6	9	41	1.61
1444221--1444294	37	2.0	38	91	2	123	44	1	10	43	1.47
1444300--1444350	16	3.1	16	88	5	75	50	1	0	47	1.12
1446308--1446351	23	1.9	23	95	0	79	38	6	9	45	1.63
1446782--1446830	20	2.4	20	89	3	71	34	32	10	22	1.88
1447328--1447488	5	30.4	5	67	21	62	75	3	3	16	1.09
1447385--1447475	10	8.9	10	73	8	76	80	3	3	13	0.97
1447380--1447453	27	2.7	28	83	6	89	81	5	4	9	0.98
1447468--1447497	9	3.2	9	95	4	51	66	0	0	33	0.92
1447441--1447500	17	3.1	20	75	22	56	73	0	0	26	0.84
1447682--1447716	16	2.2	16	90	5	54	80	0	2	17	0.84
1447766--1447802	19	1.9	19	88	0	56	75	2	0	21	0.92
1447752--1447817	3	22.7	3	77	20	61	71	1	1	25	1.04
1448707--1448765	17	3.4	17	72	11	57	54	5	1	38	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1449173--1449246	32	2.3	32	95	0	130	21	14	31	32	1.94
1450246--1450410	65	2.6	62	78	7	190	26	13	20	39	1.90
1450290--1450419	65	2.0	65	89	0	197	26	14	19	39	1.90
1451238--1451282	7	6.6	7	79	5	56	0	20	0	80	0.72
1451234--1451284	12	4.2	12	90	5	68	0	19	0	80	0.71
1451238--1451281	20	2.2	20	88	8	63	0	20	0	79	0.73
1451236--1451284	25	1.9	24	88	12	71	0	20	0	79	0.73
1456976--1457033	20	2.9	20	94	0	98	32	32	13	20	1.92
1457053--1457141	45	2.0	46	90	2	144	28	25	19	26	1.99
1457525--1457710	93	2.0	93	100	0	372	22	15	13	48	1.80
1465803--1465891	45	2.0	46	90	2	144	28	26	17	26	1.98
1468609--1468804	100	2.0	100	98	0	383	23	25	11	39	1.89
1471707--1471780	11	6.7	11	70	22	57	77	5	9	8	1.13
1471674--1471745	28	2.5	28	84	8	83	79	5	5	9	1.06
1471944--1472130	3	63.7	3	72	21	130	66	2	2	28	1.14
1472022--1472130	10	10.2	11	79	12	50	69	2	0	27	1.02
1471937--1472112	46	3.8	43	76	16	140	67	2	2	27	1.16
1473751--1473788	16	2.3	17	86	4	51	36	2	0	60	1.11
1477413--1477442	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
1479158--1479209	26	2.0	26	100	0	104	26	15	23	34	1.94
1482460--1482496	19	1.9	19	88	0	56	37	5	13	43	1.67
1482544--1482615	31	2.3	32	79	15	80	41	1	1	55	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1483595--1483665	34	2.1	35	84	7	94	42	1	4	52	1.29
1483586--1483665	34	2.4	32	81	10	88	40	1	3	55	1.26
1483659--1483718	32	1.9	31	83	10	77	55	1	5	38	1.32
1484660--1484712	20	2.7	20	75	16	56	49	1	0	49	1.12
1484668--1484814	29	5.0	30	73	17	105	48	1	0	48	1.14
1484756--1484809	14	3.4	16	72	20	51	48	0	1	50	1.11
1485019--1485138	42	2.9	42	89	0	186	45	17	17	19	1.85
1487442--1487481	20	2.0	20	100	0	80	30	10	15	45	1.78
1492480--1492876	149	2.7	149	93	0	668	40	3	12	44	1.58
1492781--1492956	89	2.0	90	95	1	318	40	3	13	42	1.62
1496503--1496656	31	5.0	31	92	4	251	38	22	18	19	1.93
1496516--1496656	60	2.3	62	92	4	250	39	22	19	18	1.92
1497189--1497231	20	2.1	21	87	8	63	32	11	6	48	1.66
1497195--1497241	20	2.2	20	85	7	58	36	12	6	44	1.68
1497426--1497473	20	2.4	20	92	0	78	14	25	0	60	1.34
1497689--1497732	21	2.2	20	87	4	61	15	25	27	31	1.96
1502853--1502917	12	5.1	12	74	20	51	66	4	0	29	1.12
1502884--1502917	11	2.9	12	86	8	52	67	5	0	26	1.13
1508793--1508884	14	6.2	15	67	19	59	55	4	17	22	1.59
1508823--1508890	30	2.2	31	84	7	86	60	4	14	20	1.51
1508823--1508890	16	4.4	16	72	10	70	60	4	14	20	1.51
1509047--1509204	32	4.9	32	89	5	221	55	5	12	27	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1510416--1510755	123	2.8	123	83	1	378	27	14	22	35	1.93
1511304--1511539	102	2.3	100	77	9	246	36	11	14	36	1.83
1513750--1513807	25	2.4	24	85	8	73	55	1	8	34	1.41
1517877--1517928	26	1.9	28	84	7	72	71	1	7	19	1.20
1521672--1521702	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1523705--1524024	6	53.3	6	91	0	424	50	19	19	10	1.77
1523714--1524129	6	69.3	6	92	0	310	50	19	18	11	1.77
1524011--1524150	6	23.3	6	94	0	226	50	17	16	15	1.78
1528943--1528972	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
1530420--1530461	21	2.0	21	85	0	57	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9