genome.fa.s8826.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008826.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112000_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3884024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2934--2991	21	2.9	19	80	12	64	41	12	13	32	1.82
3754--3808	16	3.5	16	72	20	53	23	1	1	72	1.04
4425--4535	41	3.0	39	70	23	114	15	9	20	54	1.67
5279--5314	18	1.9	19	88	5	56	30	8	27	33	1.86
7177--7268	23	4.0	23	81	0	103	25	11	19	43	1.85
7179--7268	46	2.0	46	86	0	126	25	11	18	44	1.83
7507--7547	16	2.5	17	88	4	57	68	21	2	7	1.26
9335--9380	15	3.5	15	67	32	50	34	23	21	19	1.96
9288--9393	24	4.4	24	92	2	160	31	24	22	21	1.98
17407--17458	13	4.1	13	71	14	54	40	0	1	57	1.10
17418--17560	78	1.9	74	87	9	209	39	3	6	50	1.47
17982--18118	60	2.3	61	75	12	147	29	20	5	44	1.75
18263--18392	60	2.2	60	85	2	172	40	4	21	33	1.74
30167--30206	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
30180--30224	17	2.6	17	85	3	54	46	0	0	53	1.00
31605--31642	3	12.7	3	88	0	58	60	0	0	39	0.97
31605--31645	15	2.7	15	88	0	64	58	0	0	41	0.98
33362--33398	19	1.9	19	89	10	58	5	24	10	59	1.52
33823--33902	3	26.7	3	79	5	90	62	0	0	37	0.95
34221--35236	113	9.0	113	91	1	1531	28	19	14	37	1.91
35942--36490	83	6.7	83	93	1	935	35	22	15	27	1.94
35941--36490	164	3.3	164	95	1	976	35	22	15	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35942--36490	247	2.2	247	93	2	942	35	22	15	27	1.94
37637--37722	17	5.2	17	83	12	108	0	15	0	84	0.61
37641--37722	20	4.1	19	80	9	83	0	14	0	85	0.60
37639--37722	32	2.5	33	88	5	125	0	14	0	85	0.59
37639--37718	33	2.4	32	89	4	115	0	13	0	86	0.58
37638--37700	1	63.0	1	80	0	72	0	9	0	90	0.45
41580--41612	14	2.4	14	100	0	66	24	15	9	51	1.72
47480--47552	28	2.6	29	78	6	78	60	0	8	31	1.26
49176--49212	19	1.9	19	89	10	58	5	24	10	59	1.52
49636--49718	3	27.7	3	80	4	96	62	0	0	37	0.95
50037--51052	113	9.0	113	90	1	1468	28	19	13	38	1.90
51757--52242	81	5.9	81	93	1	828	35	21	15	27	1.94
53369--53452	18	4.8	18	85	10	111	1	15	0	83	0.71
53376--53450	10	7.3	10	80	18	75	1	14	0	84	0.70
53369--53431	1	63.0	1	74	0	54	0	12	0	87	0.55
57300--57332	14	2.4	14	100	0	66	24	15	9	51	1.72
64777--64816	12	3.1	13	82	10	55	40	0	0	60	0.97
67307--67395	3	29.7	3	81	4	108	62	0	0	37	0.95
67712--68725	113	9.0	113	90	2	1578	28	18	14	38	1.90
67714--68717	226	4.5	226	95	1	1793	28	19	14	38	1.90
68295--68353	18	3.2	18	66	29	52	18	22	8	50	1.73
67714--68717	448	2.2	451	95	1	1818	28	19	14	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68519--68563	23	1.9	23	82	13	56	15	26	6	51	1.68
69421--69898	81	5.9	81	93	2	786	35	21	14	27	1.93
69954--70356	113	3.6	113	92	2	620	30	19	13	37	1.90
70300--70401	40	2.5	40	87	0	168	21	22	6	49	1.73
70343--70738	113	3.7	109	88	6	506	29	19	13	37	1.90
70437--70763	113	2.9	113	95	0	577	31	18	14	35	1.91
71599--71986	83	4.7	83	93	0	643	36	23	13	26	1.92
71593--71986	165	2.4	166	93	3	677	36	23	13	26	1.92
73128--73229	7	15.1	7	78	13	92	0	13	0	84	0.73
73134--73229	9	10.0	9	85	11	129	1	13	1	84	0.73
73128--73226	40	2.5	39	87	8	128	1	13	1	84	0.72
73128--73214	1	87.0	1	73	0	66	1	12	0	86	0.64
84437--84476	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
84450--84494	17	2.6	17	85	3	54	46	0	0	53	1.00
84540--84595	28	1.9	30	85	7	80	64	3	3	28	1.27
85800--85859	3	20.0	3	83	6	77	61	0	0	38	0.96
87236--87283	20	2.3	21	82	3	62	66	2	4	27	1.21
87963--88032	36	1.9	37	88	8	108	27	14	17	41	1.87
88542--89015	100	4.5	99	82	10	396	21	19	25	33	1.97
88486--89112	109	5.9	105	82	8	378	22	19	25	32	1.97
88486--89112	216	3.0	209	81	7	698	22	19	25	32	1.97
88644--89112	109	4.4	108	86	5	621	21	19	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89598--89669	35	2.0	36	86	2	101	40	15	20	23	1.91
89628--89802	63	2.8	64	88	4	266	35	13	21	30	1.91
89753--90128	36	10.9	36	68	18	181	39	14	19	26	1.90
89693--90037	99	3.5	102	89	5	526	38	13	19	28	1.90
89852--90128	36	7.9	37	71	12	208	40	14	19	25	1.90
89953--90125	73	2.4	73	86	0	220	40	15	20	23	1.90
90971--91019	22	2.3	22	89	6	75	26	10	28	34	1.89
91623--91669	20	2.3	21	85	3	60	2	10	6	80	0.96
103815--103882	20	3.4	20	97	0	127	27	25	13	33	1.93
103806--103882	40	1.9	40	91	0	127	31	22	14	32	1.93
110913--110991	15	5.3	15	90	0	104	18	10	20	50	1.75
110916--110989	5	14.8	5	97	0	94	20	10	20	48	1.79
113295--113342	18	2.7	18	93	0	78	4	43	4	47	1.41
113687--113723	16	2.2	18	90	9	60	29	0	0	70	0.88
114583--114625	3	15.0	3	85	9	63	32	0	0	67	0.91
114589--114630	14	3.0	14	89	6	59	35	0	0	64	0.94
115985--116165	93	1.9	94	81	7	217	42	9	7	40	1.66
118113--118198	43	2.0	43	90	0	136	30	8	24	37	1.84
118364--118398	6	5.7	6	93	6	61	31	14	0	54	1.40
121185--121236	8	6.6	8	80	12	54	82	0	17	0	0.66
121182--121236	24	2.2	24	90	3	83	81	0	18	0	0.68
121186--121219	7	4.9	7	92	0	59	85	0	14	0	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122839--122951	59	1.9	59	89	3	174	35	23	13	27	1.92
127248--127427	59	3.1	59	92	1	281	34	22	16	27	1.95
136686--137178	247	2.0	244	96	2	909	30	18	12	38	1.88
141833--141873	13	3.2	12	86	6	55	9	0	21	68	1.18
153210--153241	15	2.1	15	100	0	64	40	6	40	12	1.68
154520--154552	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
155025--155145	31	3.8	31	76	7	100	36	10	7	45	1.67
155227--155330	28	3.5	28	74	12	66	38	9	12	39	1.76
157374--157620	44	5.6	44	92	0	368	35	6	21	37	1.78
157486--157558	22	3.3	21	67	14	58	32	5	23	38	1.78
157722--157819	23	4.3	23	74	0	79	21	24	20	33	1.97
158050--158087	18	2.1	18	85	9	51	36	0	10	52	1.36
159758--159907	64	2.4	63	79	8	144	32	21	15	30	1.94
161074--161461	186	2.1	186	91	1	645	41	3	9	45	1.53
165991--166073	37	2.2	36	77	10	87	38	34	10	15	1.83
167526--167575	18	2.6	19	79	17	59	24	28	20	28	1.99
172380--172446	20	3.5	19	79	16	61	41	1	1	55	1.18
172751--173027	145	1.9	147	86	3	398	48	6	16	28	1.72
173634--173698	15	4.6	14	71	17	55	58	0	0	41	0.98
173635--173682	25	1.9	26	87	8	73	56	0	0	43	0.99
174761--174809	14	3.5	14	91	5	64	51	0	0	48	1.00
174770--174812	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174551--175335	406	1.9	414	87	7	1162	43	6	4	45	1.50
182452--182542	46	2.0	46	93	0	155	26	12	15	46	1.81
182693--182730	11	3.6	11	82	10	53	73	0	0	26	0.83
187374--187497	54	2.3	54	83	8	162	32	13	19	34	1.91
187584--187974	81	4.8	82	87	2	534	35	11	22	30	1.89
187930--188066	49	2.8	49	88	4	206	27	15	26	30	1.96
187932--188098	49	3.4	48	84	4	192	29	14	28	28	1.95
188074--188161	46	1.9	46	88	0	131	42	13	21	22	1.88
204862--204895	9	3.8	9	92	0	59	35	0	14	50	1.44
204859--204895	18	2.1	18	100	0	74	32	0	18	48	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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