genome.fa.s8826.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008826.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112000_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3884024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2322862--2322980	42	2.8	42	80	0	121	22	21	33	22	1.97
2325103--2325241	20	7.2	20	76	11	146	46	21	16	15	1.83
2325250--2325338	20	4.4	20	91	0	133	11	17	23	47	1.80
2325660--2325716	22	2.6	22	88	0	87	21	21	42	15	1.89
2325864--2325905	20	2.1	20	95	0	75	14	11	23	50	1.76
2325907--2325969	20	3.2	20	88	0	90	26	19	19	34	1.95
2328345--2328427	29	2.8	29	88	1	121	42	10	13	33	1.79
2330511--2330540	15	2.0	15	93	0	51	13	0	30	56	1.37
2331827--2331909	29	2.8	29	88	1	121	43	10	13	32	1.78
2335174--2335353	90	2.0	90	98	0	351	28	9	15	46	1.77
2335196--2335337	47	3.1	47	63	19	127	26	9	16	46	1.79
2339511--2339543	15	2.1	16	88	5	50	15	27	0	57	1.38
2343099--2343138	21	1.9	21	100	0	80	22	20	25	32	1.98
2343548--2343731	45	4.1	45	94	0	314	32	21	5	40	1.76
2343613--2343687	25	3.2	25	62	30	65	33	21	8	37	1.83
2350025--2350069	22	2.1	21	84	12	56	64	4	0	31	1.13
2350062--2350122	14	4.3	14	74	10	52	67	3	1	27	1.16
2351876--2352064	83	2.3	83	88	3	285	28	14	17	39	1.89
2351969--2352225	128	2.0	128	96	0	469	27	15	15	40	1.88
2352614--2352693	22	3.6	22	89	0	124	35	13	13	37	1.85
2353031--2353074	20	2.2	20	87	0	61	31	25	11	31	1.91
2353327--2353364	18	2.1	18	100	0	76	57	5	5	31	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2353715--2353768	9	6.0	9	76	23	60	12	12	0	74	1.08
2353706--2353768	24	2.7	24	81	18	80	12	12	0	74	1.07
2353725--2353765	15	2.6	16	92	7	75	12	12	0	75	1.05
2361107--2361138	15	2.1	16	94	5	57	53	3	18	25	1.59
2364082--2364146	29	2.2	30	78	13	73	67	1	4	26	1.18
2364490--2364542	25	2.1	25	85	0	70	39	5	11	43	1.64
2366010--2366192	99	1.8	99	86	0	267	21	19	23	35	1.96
2367200--2367260	11	5.5	11	82	2	68	0	13	1	85	0.68
2367200--2367242	1	43.0	1	80	0	50	0	6	2	90	0.52
2372115--2372150	17	2.1	17	89	0	54	19	27	16	36	1.93
2376467--2376498	10	3.2	10	95	0	55	71	0	25	3	1.00
2378029--2378095	25	2.6	25	80	4	71	34	11	8	44	1.73
2379903--2379959	26	2.2	26	81	6	62	66	0	7	26	1.17
2380517--2380560	21	2.0	21	82	8	52	40	4	2	52	1.34
2380908--2380945	8	4.8	8	84	12	51	65	0	0	34	0.93
2380913--2380945	14	2.2	16	89	10	52	66	0	0	33	0.92
2385854--2385905	15	3.9	14	73	19	56	59	0	0	40	0.97
2386121--2386286	83	2.0	84	88	3	246	27	15	18	38	1.91
2387041--2387124	3	28.7	3	92	4	145	1	33	0	65	1.00
2387662--2387820	64	2.5	64	85	4	196	33	20	18	27	1.96
2388475--2388598	31	4.0	31	92	2	205	19	17	23	39	1.92
2391545--2391595	3	16.7	3	91	4	84	0	31	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2392195--2392246	19	2.7	19	100	0	104	30	17	25	26	1.97
2392134--2392310	83	2.1	83	84	6	225	34	19	18	27	1.95
2392967--2393029	31	2.0	31	84	6	83	20	19	22	38	1.94
2397635--2397678	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2397676--2397719	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
2401271--2401322	23	2.4	22	76	20	56	50	5	11	32	1.62
2406506--2406883	160	2.3	160	93	0	630	46	10	18	24	1.80
2407389--2407443	20	2.7	20	75	13	58	45	0	5	49	1.25
2415378--2415411	15	2.3	15	100	0	68	0	41	14	44	1.45
2419522--2419865	55	6.3	55	85	4	441	31	24	15	28	1.95
2419522--2420015	161	3.1	159	83	6	532	30	24	15	29	1.95
2419542--2420023	55	8.9	55	83	6	417	30	24	15	29	1.96
2420026--2420135	37	3.0	37	80	7	125	22	18	16	42	1.88
2421091--2421146	16	3.4	15	75	24	51	5	14	0	80	0.88
2421100--2421283	23	8.7	20	67	23	94	9	15	0	74	1.07
2421086--2421210	39	3.2	38	80	14	132	7	17	0	75	1.02
2421086--2421290	7	26.7	7	69	23	87	9	16	0	74	1.07
2421124--2421246	65	1.9	65	82	12	155	8	19	0	71	1.12
2427578--2427622	23	2.0	23	86	8	65	46	6	20	26	1.75
2433519--2433580	31	2.0	31	100	0	124	41	0	25	32	1.56
2433600--2433629	13	2.2	14	94	5	53	46	13	0	40	1.43
2440479--2440577	45	2.1	48	85	7	132	41	19	10	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2442207--2442266	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
2445772--2445804	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
2460697--2460885	99	1.9	99	90	4	301	23	16	16	43	1.87
2460897--2460989	32	2.9	32	88	4	134	26	12	5	54	1.59
2461709--2461775	18	3.6	17	75	20	55	17	5	1	74	1.09
2461740--2461771	6	5.5	6	92	7	57	18	0	0	81	0.70
2461743--2461768	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2463372--2463408	13	2.8	13	83	0	56	16	18	0	64	1.29
2464708--2464741	17	2.1	15	89	10	50	52	11	17	17	1.73
2466482--2466628	44	3.4	44	70	12	124	31	22	17	28	1.96
2466483--2466652	86	2.0	86	90	0	268	34	20	17	27	1.95
2466460--2466861	218	1.8	217	83	3	502	31	20	19	28	1.97
2466569--2467396	133	6.3	133	85	5	1033	31	20	18	29	1.96
2466569--2467396	390	2.1	390	85	4	1092	31	20	18	29	1.96
2468249--2468295	13	3.7	13	80	13	53	6	12	0	80	0.88
2468240--2468288	24	2.0	24	92	0	80	2	16	0	81	0.78
2468240--2468293	6	8.7	6	78	13	56	3	14	0	81	0.82
2479308--2479356	23	2.1	24	81	11	57	69	6	2	22	1.21
2484040--2484074	7	4.9	7	86	6	52	8	2	2	85	0.79
2484040--2484076	15	2.5	15	86	4	58	10	2	5	81	0.96
2492354--2492409	29	2.0	28	86	13	80	28	5	10	55	1.56
2500724--2500781	2	29.5	2	91	3	91	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2501385--2501418	16	2.1	17	88	5	52	41	2	11	44	1.56
2502105--2502340	117	2.0	117	100	0	472	31	9	16	42	1.80
2506223--2506267	17	2.6	17	85	3	63	60	2	0	37	1.09
2514236--2514287	16	3.1	17	78	10	54	44	1	0	53	1.11
2514592--2514735	60	2.4	60	87	2	209	34	20	12	32	1.90
2517121--2517226	55	1.9	55	86	0	149	26	17	22	33	1.96
2518063--2518452	195	2.0	195	91	2	640	23	29	20	26	1.99
2531154--2531196	19	2.3	19	84	8	52	34	2	0	62	1.08
2531915--2531952	11	3.2	12	88	7	51	81	0	18	0	0.69
2531915--2531952	6	6.3	6	82	11	51	81	0	18	0	0.69
2546541--2546578	17	2.2	17	100	0	76	26	5	23	44	1.74
2547252--2547306	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
2547692--2547760	23	3.0	23	93	0	111	15	26	26	31	1.96
2547896--2547949	28	1.9	28	81	7	65	37	1	18	42	1.61
2548643--2548697	25	2.2	25	96	0	101	12	21	36	29	1.91
2549196--2549247	19	2.7	20	75	6	61	34	28	9	26	1.88
2572709--2572785	31	2.5	31	91	0	118	53	16	10	19	1.72
2576135--2576214	21	3.8	21	76	12	76	23	15	21	40	1.91
2576268--2576352	23	3.7	23	85	1	118	15	28	25	30	1.96
2577129--2577172	23	1.9	23	95	0	79	27	27	27	18	1.98
2577131--2577181	23	2.2	23	82	6	68	27	27	25	19	1.99
2577388--2577456	30	2.3	30	85	5	86	31	23	5	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2585950--2586055	56	1.9	55	86	1	149	22	16	23	36	1.94
2592461--2592492	7	4.6	7	100	0	64	0	59	0	40	0.97
2594386--2594430	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2596244--2596311	23	3.0	23	91	0	100	20	27	26	25	1.99
2596485--2596537	16	3.2	16	75	5	52	32	1	22	43	1.64
2599300--2599344	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2601152--2601219	23	3.0	23	88	0	91	22	27	25	25	1.99
2605629--2605727	45	2.1	48	85	5	132	28	10	20	41	1.84
2615391--2615545	8	19.9	8	69	23	68	74	0	16	8	1.08
2615375--2615555	7	23.9	7	69	19	73	75	0	16	7	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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