genome.fa.s8826.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008826.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112000_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3884024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2117867--2117906	3	13.7	3	94	5	73	32	0	0	67	0.91
2118223--2118272	24	2.1	23	82	14	57	10	8	16	66	1.44
2118724--2119092	131	2.8	131	87	2	535	31	10	17	40	1.83
2119434--2119475	18	2.2	19	83	8	50	42	4	0	52	1.22
2122061--2122107	15	3.1	15	93	3	76	34	25	19	21	1.96
2122663--2122695	17	1.9	17	93	0	57	24	18	9	48	1.76
2129317--2129440	13	9.8	13	70	25	65	77	0	14	7	1.02
2129311--2129431	7	16.9	7	73	19	81	77	0	15	5	1.00
2129311--2129421	36	3.0	35	77	13	116	78	0	15	5	0.98
2129311--2129424	9	12.7	9	72	22	55	78	0	15	5	0.98
2129318--2129421	45	2.4	44	83	12	119	77	0	15	5	1.00
2130628--2131107	133	3.6	132	77	2	480	29	22	18	30	1.97
2131315--2131353	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
2132175--2132533	131	2.7	131	86	3	481	33	10	16	38	1.84
2133759--2133828	36	1.9	36	82	5	88	35	15	18	30	1.92
2133680--2133912	102	2.3	102	77	9	231	38	12	16	32	1.86
2133805--2134215	66	6.2	66	87	2	495	39	12	19	29	1.88
2133931--2133972	21	2.0	21	85	0	57	47	14	16	21	1.82
2133920--2134168	36	7.4	36	64	20	126	40	12	18	28	1.87
2136297--2136417	7	17.1	7	78	15	83	1	17	0	80	0.78
2136297--2136417	13	9.1	13	73	13	77	1	17	0	80	0.78
2136304--2136413	18	6.5	17	72	10	91	1	17	0	80	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2136297--2136413	21	5.6	21	75	16	100	1	17	0	81	0.78
2144786--2144926	72	2.0	72	85	2	194	28	17	21	31	1.96
2151666--2151778	57	2.0	56	96	3	210	56	9	1	31	1.42
2173997--2174046	23	2.1	24	88	7	75	22	18	26	34	1.96
2177641--2177679	2	19.5	2	87	10	53	48	0	5	46	1.24
2177642--2177680	13	3.0	13	88	0	60	48	0	7	43	1.31
2177641--2177684	15	2.9	15	89	0	70	45	0	9	45	1.35
2181575--2181644	33	2.1	33	91	0	113	15	28	1	54	1.50
2186099--2186143	18	2.4	18	92	3	72	17	33	6	42	1.76
2192247--2192294	24	2.0	25	84	12	64	14	10	2	72	1.19
2204575--2204647	20	3.7	20	94	0	128	38	13	20	27	1.90
2204591--2204697	20	5.3	20	87	2	83	30	21	21	26	1.98
2204631--2204698	20	3.4	20	89	0	100	25	27	22	25	1.99
2205519--2205572	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2208606--2208769	65	2.5	64	84	1	220	27	15	25	31	1.96
2208608--2208818	65	3.3	63	82	7	219	27	17	24	31	1.97
2208720--2208766	19	2.5	19	83	10	62	25	17	31	25	1.97
2212833--2212879	20	2.2	21	78	17	53	44	6	12	36	1.68
2214938--2215101	65	2.5	64	85	1	229	27	15	26	30	1.96
2215052--2215098	19	2.5	19	83	10	62	25	17	31	25	1.97
2214942--2215141	65	3.1	62	79	13	199	28	17	24	31	1.97
2215318--2215357	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2215536--2215706	20	8.9	20	80	7	183	32	21	19	26	1.97
2215543--2215710	54	2.9	60	84	7	188	32	21	20	25	1.97
2215543--2215755	20	11.3	20	73	15	69	32	21	20	25	1.97
2215926--2215962	14	2.6	14	95	0	65	45	16	0	37	1.47
2217349--2217452	21	5.0	21	76	3	102	23	18	35	23	1.95
2217345--2217452	42	2.6	41	78	8	119	22	17	37	23	1.94
2218031--2218078	20	2.4	20	85	0	69	20	20	25	33	1.97
2219962--2220068	20	5.4	20	85	3	119	45	23	16	14	1.84
2220604--2220697	20	4.7	20	90	0	152	24	20	27	27	1.99
2220686--2220756	20	3.5	20	94	0	124	23	21	16	38	1.93
2220626--2220756	40	3.3	40	82	4	122	24	19	22	33	1.97
2220746--2220798	21	2.5	21	87	0	79	33	20	24	20	1.97
2227517--2227554	17	2.2	17	86	9	51	63	13	10	13	1.53
2229892--2229931	21	1.9	21	84	0	53	37	10	7	45	1.66
2232442--2232482	18	2.3	18	87	4	66	43	31	7	17	1.76
2233891--2233946	3	20.0	3	76	20	50	28	1	1	67	1.10
2233891--2233945	16	3.3	16	74	5	56	27	1	1	69	1.09
2238543--2238577	18	1.9	18	100	0	70	40	0	2	57	1.14
2243903--2245180	424	3.0	424	89	1	1894	33	15	17	33	1.92
2246234--2246322	34	2.6	34	78	7	83	41	12	15	30	1.84
2252340--2252379	18	2.2	18	86	0	53	25	7	0	67	1.16
2252489--2252547	30	1.9	31	86	10	86	18	11	0	69	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2257774--2257955	84	2.1	86	90	3	296	30	26	21	21	1.99
2258034--2258965	198	4.7	200	83	4	1019	33	19	19	27	1.96
2258033--2258965	392	2.4	393	83	4	1115	33	19	19	27	1.96
2259979--2260021	18	2.4	18	88	0	59	20	9	0	69	1.15
2260183--2260250	15	4.8	14	73	14	50	29	5	0	64	1.17
2265349--2265508	81	2.0	83	88	2	243	31	27	21	19	1.97
2265592--2266512	195	4.7	194	80	7	894	32	19	20	27	1.97
2266702--2266739	19	2.0	19	94	0	67	50	15	18	15	1.79
2266854--2266882	12	2.3	13	94	5	51	37	0	3	58	1.15
2267507--2267549	18	2.4	18	92	0	68	20	6	0	72	1.08
2267600--2267677	32	2.5	31	83	10	95	14	7	2	75	1.12
2267659--2267813	67	2.2	73	81	13	184	22	7	1	68	1.23
2267803--2267827	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
2283803--2283833	7	4.4	7	100	0	62	61	0	12	25	1.32
2285743--2285828	31	2.8	30	75	7	84	32	16	13	37	1.88
2285837--2285929	32	3.0	31	79	3	123	27	10	16	45	1.80
2296369--2296414	12	3.8	12	97	0	83	23	13	0	63	1.30
2296393--2296980	112	5.3	112	95	0	1054	26	11	8	53	1.64
2296738--2296907	52	3.1	52	64	18	137	23	14	9	52	1.70
2297160--2297243	20	4.2	20	90	3	132	35	19	21	23	1.96
2297221--2297328	40	2.7	40	78	4	119	40	22	14	22	1.90
2297245--2297328	20	4.2	20	84	1	105	44	22	13	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2297308--2297405	19	5.1	19	91	1	142	35	16	11	36	1.84
2300497--2300532	18	2.0	18	94	0	63	58	22	0	19	1.40
2300782--2300824	20	2.2	20	91	0	68	44	23	16	16	1.86
2300814--2300838	13	1.9	13	100	0	50	64	16	8	12	1.49
2300846--2300903	20	2.9	20	81	0	80	22	18	20	37	1.94
2300887--2300941	20	3.0	20	65	29	59	32	23	21	21	1.98
2300886--2300953	34	2.0	34	97	0	127	36	22	20	20	1.95
2300888--2300971	34	2.5	34	88	3	116	34	23	19	22	1.96
2302306--2302396	46	2.0	46	84	2	121	29	20	18	30	1.97
2309714--2309769	20	2.9	19	75	19	62	66	1	8	23	1.30
2309852--2309900	26	2.0	24	84	8	62	69	0	2	28	1.00
2309861--2309950	17	5.5	17	65	24	59	63	1	4	31	1.21
2309849--2309924	38	2.0	40	86	5	111	64	0	3	31	1.12
2309875--2309952	29	2.6	29	75	17	70	64	1	3	30	1.20
2309982--2310133	76	2.0	75	82	11	184	61	2	7	27	1.37
2310164--2310214	22	2.4	22	86	3	68	66	0	1	31	1.03
2310167--2310211	18	2.5	17	82	10	54	68	0	2	28	1.01
2310929--2310977	14	3.4	14	78	15	64	61	0	2	36	1.08
2310935--2310984	16	3.3	16	75	16	61	64	2	2	32	1.16
2311736--2311915	100	1.8	100	87	0	270	19	20	25	35	1.96
2311909--2312616	106	6.6	106	89	3	1019	22	17	25	35	1.95
2312521--2312552	12	2.7	12	100	0	64	28	12	25	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2313317--2313379	23	2.8	22	77	13	65	50	4	9	34	1.56
2313566--2313627	22	2.8	22	95	0	115	22	9	25	41	1.84
2314236--2314307	32	2.2	33	80	7	85	1	19	6	72	1.15
2318532--2318586	19	2.9	19	74	15	60	65	1	9	23	1.31
2318918--2318966	21	2.2	21	82	10	53	61	0	4	34	1.15
2319768--2319816	14	3.4	14	78	15	64	61	0	2	36	1.08
2319774--2319823	16	3.3	16	75	16	61	64	2	2	32	1.16
2320314--2320357	21	2.1	21	82	0	52	9	43	15	31	1.79
2321443--2321481	20	2.0	20	89	0	60	30	33	15	20	1.94
2322862--2322929	21	3.2	21	76	0	73	16	23	38	22	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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