genome.fa.s8826.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008826.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112000_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3884024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2615445--2615520	24	2.9	28	69	23	76	69	1	19	9	1.22
2615435--2615531	33	2.9	32	75	17	92	74	1	17	7	1.10
2615473--2615549	20	3.8	20	81	5	93	79	1	12	6	0.99
2615485--2615560	18	4.1	18	81	9	73	78	0	13	7	0.94
2616711--2616793	37	2.2	37	91	4	132	42	18	19	20	1.90
2616798--2617389	55	10.9	55	88	5	644	29	15	23	31	1.96
2634865--2634920	29	1.9	29	92	0	94	64	1	3	30	1.21
2634865--2634938	29	2.6	29	82	8	80	67	2	4	25	1.21
2635236--2635316	28	2.9	27	80	9	72	45	13	1	39	1.52
2637022--2637058	19	1.9	19	100	0	74	27	24	27	21	1.99
2641581--2641849	55	4.9	55	86	1	335	31	19	19	30	1.96
2647856--2647892	7	5.0	7	87	12	56	67	0	29	2	1.04
2649275--2649937	55	12.0	55	81	5	610	28	20	18	31	1.96
2649966--2650168	37	5.4	36	76	9	165	21	20	22	35	1.96
2650062--2650171	37	3.0	37	95	0	193	20	20	19	39	1.93
2652134--2652185	11	4.3	11	77	17	50	36	0	0	63	0.95
2652148--2652237	28	3.1	28	72	24	80	45	0	1	53	1.07
2652292--2652370	27	3.0	26	74	20	74	48	1	2	48	1.23
2652363--2652408	19	2.4	19	85	7	58	45	2	2	50	1.26
2652710--2652768	30	2.0	30	86	0	82	33	8	5	52	1.54
2653235--2653379	55	2.7	53	78	15	145	48	0	1	50	1.09
2653350--2653395	19	2.4	19	85	7	58	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2653278--2653386	57	2.0	54	82	8	130	48	0	0	50	1.07
2653356--2653417	30	2.2	27	83	13	72	46	1	3	48	1.28
2653684--2653746	30	2.1	31	90	3	101	39	11	7	41	1.70
2654918--2654960	21	2.0	21	100	0	86	20	27	18	32	1.96
2656013--2656081	25	2.7	27	80	15	83	42	0	1	56	1.08
2655977--2656124	13	12.4	13	63	19	56	39	0	1	58	1.12
2656020--2656142	29	4.4	28	70	17	87	41	0	2	55	1.19
2656024--2656143	60	2.0	61	96	1	224	41	0	2	55	1.19
2656033--2656157	60	2.2	57	87	9	175	44	1	2	51	1.24
2656661--2656720	31	1.9	31	96	0	111	43	8	6	41	1.61
2663389--2663834	240	1.8	244	90	3	720	28	17	16	36	1.92
2675831--2675869	19	2.0	20	85	14	55	66	2	5	25	1.25
2676413--2676805	186	2.1	188	91	3	645	46	8	3	41	1.51
2679912--2679979	32	2.1	32	91	0	109	29	22	2	45	1.67
2680073--2680253	78	2.3	78	85	3	240	25	23	9	41	1.84
2680073--2680276	78	2.6	77	81	4	239	25	23	10	41	1.86
2683499--2683532	17	1.9	18	94	5	61	52	2	5	38	1.41
2686679--2686849	86	2.0	86	94	0	297	39	15	15	30	1.88
2691840--2691873	13	2.5	13	90	4	50	58	0	5	35	1.22
2691982--2692033	20	2.5	20	72	25	54	73	1	7	17	1.16
2693437--2693480	3	13.7	3	86	13	61	70	0	0	29	0.88
2693437--2693477	10	4.1	10	93	6	66	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2693429--2693491	13	5.5	11	79	18	67	69	0	1	28	0.97
2693440--2693487	13	3.6	14	91	8	82	70	0	0	29	0.87
2693429--2693484	23	2.4	23	96	3	103	69	0	1	28	0.98
2693508--2693595	43	2.0	44	82	10	108	44	5	3	46	1.43
2693602--2693749	78	1.9	79	89	9	232	47	5	4	41	1.47
2693602--2693804	78	2.6	79	81	9	227	45	6	4	43	1.49
2693590--2693804	41	5.5	38	83	9	220	44	6	4	44	1.50
2694364--2694636	86	3.2	84	76	4	289	24	20	22	31	1.98
2705456--2705493	18	2.1	18	100	0	76	26	23	39	10	1.87
2706699--2706747	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
2706699--2706878	64	2.8	61	78	12	177	28	16	26	28	1.97
2706889--2706928	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
2708922--2708970	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
2708922--2709101	64	2.8	61	79	12	186	27	16	26	29	1.97
2711136--2711184	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
2711258--2711296	19	2.1	19	90	0	60	28	12	38	20	1.89
2711136--2711341	64	3.3	64	81	6	217	27	15	26	30	1.96
2711322--2711361	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
2713912--2713991	24	3.5	23	77	14	94	27	23	26	22	2.00
2713890--2714011	44	2.8	42	75	13	120	24	21	27	26	1.99
2717459--2717583	31	4.0	31	88	2	180	38	21	19	20	1.94
2718521--2718564	21	2.1	21	86	0	61	15	25	27	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2722207--2722255	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
2722227--2722436	64	3.2	64	82	4	217	26	15	25	32	1.95
2722333--2722383	19	2.7	19	79	8	61	25	13	35	25	1.93
2722397--2722436	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
2729143--2729191	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
2729250--2729300	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2729208--2729333	64	2.0	64	84	4	164	26	15	23	33	1.95
2729314--2729353	21	1.9	21	90	10	64	25	15	27	32	1.95
2730144--2730557	168	2.5	168	88	0	594	25	18	23	32	1.97
2730144--2730581	85	5.2	85	78	2	445	26	18	23	32	1.97
2731721--2731898	86	2.0	88	88	2	261	30	19	17	33	1.95
2731900--2731942	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2735712--2735794	20	4.2	20	74	11	73	72	2	4	20	1.15
2737201--2737327	42	3.1	41	80	14	147	51	3	1	42	1.29
2737293--2737384	30	3.0	30	87	4	123	48	7	4	39	1.51
2737352--2737564	41	5.4	38	82	10	209	46	7	4	42	1.50
2737229--2737564	39	8.9	37	77	15	218	47	6	3	42	1.48
2737432--2737458	14	1.9	14	100	0	54	55	7	7	29	1.55
2737578--2737612	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
2737699--2737728	3	10.0	3	92	0	51	66	3	0	30	1.07
2751949--2752050	28	3.5	28	77	9	105	37	14	13	34	1.86
2757500--2757584	24	3.5	24	93	0	143	18	10	15	55	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2766977--2767012	18	1.9	19	94	5	65	19	22	8	50	1.74
2773217--2773288	32	2.2	32	85	0	90	34	8	19	37	1.82
2774777--2774812	17	2.1	17	94	0	63	55	0	8	36	1.30
2775877--2776078	40	5.1	40	89	0	314	34	25	16	23	1.95
2776551--2776709	45	3.6	45	90	0	239	38	7	24	28	1.83
2779235--2779395	65	2.5	63	77	8	164	33	22	12	31	1.91
2779256--2779395	65	2.2	65	80	6	169	34	24	11	30	1.90
2785164--2785220	24	2.6	21	74	15	60	29	21	19	29	1.97
2785167--2785254	45	2.0	44	82	14	110	29	21	20	28	1.98
2787906--2788043	65	2.1	64	85	6	181	32	24	15	27	1.95
2787940--2788085	65	2.2	65	80	7	154	32	26	15	25	1.96
2799660--2799818	31	5.1	31	77	4	151	28	29	27	14	1.95
2799660--2799818	62	2.6	62	82	4	178	28	29	27	14	1.95
2803959--2804093	31	4.4	31	76	14	127	32	31	22	13	1.92
2803948--2804097	62	2.4	62	84	4	196	32	30	23	14	1.94
2803948--2804123	62	2.8	62	79	3	158	31	28	23	15	1.95
2808359--2808431	31	2.3	31	79	11	85	31	24	26	17	1.97
2811835--2811873	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
2824312--2824418	40	2.7	40	91	0	178	24	14	25	35	1.94
2826222--2826271	19	2.8	17	77	11	55	22	6	26	46	1.74
2829831--2829895	22	3.0	21	70	17	53	40	6	0	53	1.26
2831273--2831310	16	2.3	17	90	4	60	63	7	5	23	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2832989--2833637	83	7.9	83	83	4	787	24	18	22	34	1.96
2833007--2833637	163	3.8	164	86	4	849	23	18	23	35	1.96
2833011--2833637	246	2.5	249	86	5	889	23	18	23	34	1.96
2833568--2833697	69	1.9	69	90	3	208	23	20	23	33	1.97
2838271--2838312	20	2.1	20	86	8	59	57	2	9	30	1.44
2838592--2838643	22	2.5	21	85	14	72	55	7	9	26	1.59
2850771--2850839	31	2.2	30	87	10	95	21	7	4	66	1.34
2852118--2852637	43	12.0	42	76	8	404	26	17	5	50	1.69
2852162--2852582	85	4.9	83	78	8	308	26	17	5	50	1.67
2854137--2854426	77	3.5	84	85	10	427	31	7	24	37	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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