genome.fa.s8914.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008914.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112217_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1601432

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297--520	64	3.5	63	80	8	201	30	20	21	26	1.98
826--873	12	4.0	12	92	7	80	31	8	25	35	1.85
889--962	29	2.6	29	97	2	141	43	16	21	18	1.88
1047--1121	15	5.2	15	85	9	102	16	21	30	32	1.95
1047--1117	27	2.5	29	88	6	101	15	22	29	32	1.95
1047--1136	27	3.0	30	85	9	96	16	22	32	28	1.96
7272--7495	64	3.5	63	79	8	197	31	20	21	25	1.98
7805--7851	12	3.9	12	91	0	67	29	6	25	38	1.81
7867--7940	29	2.6	29	97	2	141	43	16	21	18	1.88
8025--8102	15	5.2	15	96	0	147	14	20	33	32	1.92
14283--14506	64	3.5	63	79	8	197	31	20	21	25	1.98
14816--14862	12	3.8	13	89	10	73	29	4	25	40	1.75
14880--14951	29	2.5	29	95	2	128	45	16	19	18	1.85
15036--15098	15	4.2	15	91	0	108	15	20	31	31	1.94
21280--21503	64	3.5	63	80	8	206	31	20	21	25	1.98
21813--21859	12	3.9	12	91	0	67	29	6	25	38	1.81
21875--21948	29	2.6	29	97	2	141	43	16	21	18	1.88
22033--22080	15	3.2	15	93	0	87	14	20	33	31	1.93
22033--22095	30	2.0	30	87	9	90	15	22	34	26	1.94
23365--23423	23	2.5	24	80	8	66	25	1	13	59	1.44
24304--24346	13	3.2	13	81	12	50	37	2	20	39	1.66
28556--28600	18	2.4	19	81	7	56	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36115--36141	7	3.9	7	100	0	54	14	0	0	85	0.61
38284--38329	18	2.5	19	89	3	67	36	0	8	54	1.32
48769--48797	14	2.1	14	100	0	58	58	0	0	41	0.98
50077--50176	30	3.3	29	77	5	101	42	2	1	55	1.18
50077--50173	19	4.9	19	70	19	65	42	2	1	54	1.19
50854--50912	21	2.7	22	76	5	75	22	25	20	32	1.98
50901--50972	20	3.6	20	80	0	99	34	19	23	22	1.96
50898--51014	20	5.8	20	75	7	94	30	21	21	26	1.98
50897--50992	40	2.4	40	91	0	156	33	20	21	23	1.97
51188--51230	22	2.0	22	90	0	68	23	39	16	20	1.92
51628--51679	19	2.7	19	90	3	77	15	21	26	36	1.93
51627--51700	20	3.8	19	83	5	94	13	18	24	43	1.86
51626--51709	20	4.2	20	75	6	73	14	17	23	44	1.86
53440--53489	18	2.8	18	100	0	100	32	20	6	42	1.76
53640--53702	20	3.2	20	86	0	90	39	23	17	19	1.92
53728--53802	40	2.0	37	82	14	93	14	20	22	42	1.88
53747--53802	20	2.8	20	100	0	112	16	19	25	39	1.91
53747--53813	20	3.5	19	93	4	100	14	19	26	38	1.91
54299--54385	21	4.1	21	71	0	75	21	36	18	22	1.95
55771--55834	30	2.1	30	97	0	119	29	4	12	53	1.59
55985--56317	20	17.9	20	69	16	153	24	20	19	35	1.96
56099--56309	54	3.9	54	91	0	323	22	20	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55947--56255	74	4.2	74	75	10	281	23	20	20	36	1.95
56492--56526	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
58563--58599	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
59516--59585	20	3.5	20	84	0	86	31	18	22	27	1.97
59554--59645	20	4.6	20	75	2	87	26	20	18	34	1.96
59554--59648	40	2.4	40	85	0	136	26	20	18	34	1.96
59634--59716	41	2.0	42	83	4	105	33	19	25	21	1.97
62156--62184	14	2.1	14	100	0	58	44	27	0	27	1.54
67880--67911	16	2.0	16	93	0	55	34	0	25	40	1.56
69925--69987	27	2.3	27	91	0	99	30	14	20	34	1.92
72776--72827	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
72816--72929	20	5.7	20	81	6	104	32	25	17	24	1.97
73463--73507	19	2.4	19	88	0	63	48	26	13	11	1.75
73508--73571	34	1.9	34	90	3	103	10	25	21	42	1.85
73503--73596	20	5.1	19	73	17	81	12	24	19	43	1.85
75720--75858	42	3.3	42	76	4	172	21	35	19	23	1.96
75692--75867	84	2.1	84	93	0	307	21	35	17	25	1.95
75747--75897	42	3.6	41	72	8	115	23	33	19	23	1.97
75692--75897	84	2.5	84	87	3	254	22	33	18	25	1.96
77224--77259	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
77419--77554	19	7.7	19	76	15	148	13	22	17	45	1.84
77423--77554	33	3.8	33	84	9	183	14	22	17	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77430--77563	71	1.9	71	93	0	232	15	21	16	46	1.84
80533--80592	21	2.9	20	73	11	59	20	13	45	21	1.85
80959--81012	20	2.7	20	85	0	81	37	22	24	16	1.94
81015--81105	14	5.9	14	68	20	56	49	23	17	9	1.76
80999--81110	33	3.4	33	90	6	174	48	22	18	10	1.79
81117--81232	19	6.6	19	74	17	92	13	21	21	43	1.87
81139--81196	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
81122--81212	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
81197--81240	20	2.2	20	92	4	72	20	25	18	36	1.95
81733--81777	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
83098--83156	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
83419--83462	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
83630--83764	20	6.7	20	80	7	121	24	17	24	33	1.96
83630--83767	61	2.3	61	85	0	195	23	17	23	34	1.96
83630--83785	61	2.6	61	82	4	181	23	18	23	34	1.96
83793--83821	14	2.1	14	100	0	58	20	20	20	37	1.94
83849--83889	21	2.0	21	85	0	55	34	29	17	19	1.94
84578--84627	23	2.2	23	100	0	100	18	16	26	40	1.90
85207--85238	12	2.8	12	95	4	57	65	6	0	28	1.16
85605--85646	22	1.9	22	85	0	57	35	4	14	45	1.66
85604--85652	22	2.2	21	79	10	53	38	4	14	42	1.64
89654--89693	20	2.0	20	90	0	62	15	15	30	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93470--93496	14	1.9	14	100	0	54	74	7	0	18	1.05
96433--96476	16	2.8	16	93	6	72	47	18	13	20	1.82
98760--98813	21	2.5	22	78	6	74	31	0	5	62	1.18
98760--98850	14	6.1	14	69	26	55	32	0	5	61	1.19
98822--98867	24	2.0	24	87	12	69	39	0	0	60	0.97
100220--100275	14	4.3	14	76	17	66	10	12	23	53	1.69
100227--100296	24	2.9	24	87	4	97	12	10	18	58	1.62
101019--101093	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
101025--101089	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
101159--101191	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
105354--105629	110	2.5	110	86	0	372	23	16	23	35	1.95
114792--114827	4	9.8	4	93	6	51	72	0	0	27	0.85
114909--114942	8	4.0	8	92	7	50	2	23	0	73	0.97
123078--123133	19	2.9	18	81	5	67	19	25	30	25	1.98
138421--138449	15	1.9	15	100	0	58	55	6	37	0	1.27
138665--138921	37	6.9	37	79	9	265	45	3	6	44	1.44
138638--138930	148	2.0	151	89	4	461	45	3	5	45	1.44
138894--138959	29	2.3	29	83	0	78	46	3	4	45	1.38
138923--138998	34	2.2	36	88	4	111	50	0	2	47	1.15
138855--138991	65	2.1	64	81	7	161	48	1	4	45	1.31
139050--139088	15	2.5	16	88	12	55	20	5	0	74	1.01
145510--146678	249	4.7	244	88	3	1534	30	24	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145609--146687	415	2.6	412	92	1	1725	31	23	19	25	1.98
145501--146769	415	3.1	413	88	3	1684	31	23	19	25	1.98
147379--147635	37	6.9	37	79	9	265	45	3	6	44	1.44
147352--147644	148	2.0	151	89	4	461	45	3	5	45	1.44
147562--147707	29	4.4	33	74	17	106	49	1	4	45	1.29
147562--147721	31	4.9	32	75	14	121	48	1	5	45	1.32
147754--147791	16	2.5	15	84	16	51	18	5	0	76	0.97
150082--150140	2	30.5	2	86	6	86	47	1	0	50	1.11
159720--159744	12	2.1	12	100	0	50	36	8	32	24	1.84
160760--160804	22	2.1	21	87	4	63	46	4	4	44	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8