genome.fa.s8914.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008914.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112217_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1601432

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
662091--662195	46	2.3	46	95	1	185	42	6	18	32	1.76
662373--662437	17	3.6	17	71	15	58	21	21	30	26	1.98
662344--662439	38	2.5	38	94	0	165	26	21	28	23	1.99
662352--662420	21	3.5	20	71	15	63	24	26	26	23	2.00
666179--666253	23	3.3	22	70	15	71	40	8	20	32	1.81
666161--666265	46	2.3	46	95	1	185	42	6	18	32	1.76
666414--666509	38	2.5	38	93	0	156	26	21	27	25	2.00
666422--666490	21	3.5	20	71	15	63	24	26	26	23	2.00
670242--670316	23	3.3	22	68	15	62	38	8	21	32	1.82
670224--670328	46	2.3	46	93	1	176	41	6	19	32	1.77
670506--670570	17	3.6	17	72	22	60	20	24	30	24	1.98
670477--670572	38	2.5	38	93	0	165	25	23	28	22	2.00
670485--670553	21	3.5	21	70	22	67	24	27	26	21	1.99
677156--677230	23	3.3	22	68	15	62	38	9	20	32	1.84
677138--677242	46	2.3	46	91	1	167	41	8	17	32	1.79
677391--677486	38	2.5	38	91	0	156	25	23	27	23	2.00
677420--677484	17	3.6	17	72	22	60	20	24	30	24	1.98
693136--693166	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
693096--693149	27	1.9	30	88	11	87	44	0	5	50	1.25
695283--695323	3	14.0	3	94	5	75	65	0	0	34	0.93
700687--700726	10	4.0	10	84	12	55	32	27	0	40	1.57
700853--701185	111	3.0	111	94	0	569	36	7	11	44	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
705027--705161	51	2.6	52	80	4	132	23	27	31	17	1.97
706120--706233	60	1.9	60	82	7	142	52	3	7	35	1.48
707294--707540	82	3.0	82	97	0	467	37	19	14	28	1.91
708042--708135	47	2.0	47	91	0	152	35	20	13	30	1.91
708566--708613	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
718749--719010	146	1.8	143	83	8	336	40	15	11	33	1.83
720025--720085	17	3.4	17	78	12	68	24	0	4	70	1.07
720034--720112	20	3.8	20	70	8	59	27	0	3	68	1.07
725446--725506	23	2.7	23	81	0	68	21	8	19	50	1.73
725492--725538	11	4.3	11	83	0	67	17	6	19	57	1.60
725492--725560	33	2.1	33	94	0	120	17	8	18	55	1.67
725519--725563	22	2.0	22	82	0	54	17	13	17	51	1.77
725829--725876	19	2.3	22	86	10	66	56	4	10	29	1.52
728251--728309	20	3.0	20	97	2	111	30	5	25	38	1.77
729783--729822	20	2.0	20	90	0	62	35	20	17	27	1.95
733824--733916	37	2.5	37	92	1	159	37	39	11	10	1.77
735145--735781	112	5.7	113	91	0	958	31	12	13	42	1.81
735893--736062	74	2.3	73	90	4	272	32	12	15	38	1.85
736281--736330	23	2.2	23	85	0	64	36	18	8	38	1.80
736150--736630	158	3.0	158	94	0	827	33	15	11	39	1.84
736439--736488	23	2.2	23	92	0	82	32	18	12	38	1.87
736587--736630	23	1.9	23	90	9	72	34	20	9	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738377--738408	17	1.9	17	93	6	57	78	6	15	0	0.95
741348--741402	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
756542--756570	12	2.4	12	100	0	58	13	17	31	37	1.89
755915--757191	653	2.0	653	97	0	2428	27	22	20	29	1.98
768837--768874	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
768885--769046	65	2.5	65	85	1	209	31	22	15	30	1.95
777190--777227	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
777238--777399	65	2.5	65	82	1	200	31	20	16	30	1.95
777238--777417	64	2.8	64	78	4	191	30	21	17	30	1.96
778337--778372	18	2.0	18	100	0	72	33	16	22	27	1.95
778542--778839	78	3.8	77	80	4	280	38	8	14	38	1.76
780026--780077	23	2.4	22	81	9	61	53	1	3	40	1.30
780354--780541	75	2.5	75	87	6	254	38	16	7	37	1.78
780354--780651	77	3.9	76	81	8	302	37	15	9	36	1.81
781913--781993	31	2.6	31	81	12	87	25	23	12	38	1.90
788323--788449	61	2.1	61	85	5	168	23	14	22	39	1.91
797616--797645	13	2.3	13	100	0	60	16	46	23	13	1.82
800145--800222	24	3.2	24	83	7	104	20	15	17	46	1.84
802405--802451	8	6.5	8	75	22	50	12	38	27	21	1.90
802400--802429	13	2.3	13	100	0	60	16	46	23	13	1.82
803748--803783	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
804922--804999	24	3.2	24	83	7	104	20	15	17	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810840--810898	31	1.9	31	92	0	100	42	6	10	40	1.65
810923--810965	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
810925--810973	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
810928--811078	80	1.9	80	95	2	277	52	14	0	32	1.42
811025--811678	32	22.4	32	69	25	336	52	12	0	34	1.44
811121--811163	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
811123--811171	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
811057--811678	80	7.6	80	85	8	758	52	12	0	34	1.44
811307--811358	18	3.1	18	68	21	58	55	11	0	32	1.36
811447--811489	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
811335--811730	134	2.9	133	80	10	373	52	11	1	35	1.44
811449--811497	22	2.2	22	88	3	71	55	12	2	30	1.48
811057--811678	166	3.8	165	88	7	894	52	12	0	34	1.44
811581--811623	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
811608--811664	18	3.4	18	69	18	59	54	12	0	33	1.38
811583--811631	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
811626--811693	14	4.5	14	70	15	55	54	5	0	39	1.25
811658--811730	15	4.5	15	74	22	67	52	4	0	43	1.20
811572--811730	54	3.1	48	82	12	169	52	8	0	39	1.31
812168--812209	3	14.0	3	94	0	75	2	64	0	33	1.07
813426--813478	2	26.5	2	100	0	106	0	50	0	49	1.00
814188--814235	21	2.3	21	78	7	53	72	6	2	18	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816925--816969	20	2.3	20	85	7	58	46	4	24	24	1.71
820046--820102	21	2.7	21	100	0	114	21	40	19	19	1.92
826481--826505	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
831124--831201	2	39.0	2	100	0	156	50	0	0	50	1.00
834061--834186	64	2.0	64	91	0	207	35	17	16	30	1.92
838353--838468	20	5.7	20	75	9	74	30	27	11	31	1.91
838379--838509	60	2.1	61	82	8	160	28	24	12	34	1.92
838413--838614	105	1.9	104	83	6	257	29	22	14	33	1.94
838523--838701	40	4.4	40	74	11	125	30	23	12	33	1.92
838606--838702	40	2.4	40	86	6	126	27	22	12	37	1.90
838525--838733	20	10.5	20	72	13	110	29	23	11	34	1.91
838868--838911	16	2.9	15	83	6	52	27	9	0	63	1.24
839818--839857	21	1.9	21	94	0	71	32	20	30	17	1.95
841876--841910	6	5.8	6	86	0	52	60	20	2	17	1.49
841877--841917	18	2.3	18	95	0	73	56	24	2	17	1.53
843652--843706	21	2.6	21	88	0	83	20	18	38	23	1.93
843997--844157	21	7.7	21	69	9	78	32	33	13	20	1.91
844060--844157	42	2.3	41	74	8	99	30	35	14	19	1.91
844293--844360	21	3.2	21	63	29	54	22	16	33	27	1.95
844272--844412	42	3.4	42	92	0	228	18	18	35	27	1.94
845901--845948	20	2.5	19	80	6	60	45	22	12	18	1.83
845895--845946	20	2.6	19	79	8	59	48	21	11	19	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845944--845999	20	2.8	20	97	0	103	10	19	19	50	1.77
846584--846685	42	2.5	41	80	10	102	29	10	25	34	1.90
846605--846650	22	2.1	21	84	4	56	39	10	21	28	1.87
846628--846686	20	3.0	20	77	7	66	23	11	28	35	1.91
859513--859551	14	2.8	14	88	0	51	15	12	12	58	1.62
859520--859574	14	3.9	14	81	6	58	9	10	20	60	1.57
859759--859815	23	2.4	24	82	2	71	12	12	17	57	1.64
859765--859828	13	5.1	13	70	14	53	14	9	15	60	1.57
861409--861467	28	2.1	28	93	0	100	40	23	15	20	1.90
863231--863268	12	2.9	14	80	15	53	39	0	60	0	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8