genome.fa.s8942.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008942.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112261_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2383254

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2220779--2220886	14	7.8	14	71	9	78	25	0	25	47	1.58
2229184--2229289	17	6.1	17	73	4	77	38	8	15	37	1.77
2232345--2232396	22	2.3	22	86	3	68	46	1	0	51	1.12
2232339--2232438	32	3.1	31	84	13	114	47	1	1	51	1.14
2232412--2232445	11	3.2	11	87	8	52	61	0	0	38	0.96
2232434--2232508	26	2.9	25	74	18	64	48	1	2	48	1.24
2232472--2232552	19	4.3	19	72	14	62	49	2	1	46	1.23
2232357--2232527	27	6.2	27	69	17	77	49	1	1	47	1.19
2235482--2235521	17	2.4	17	86	0	62	45	0	7	47	1.31
2235706--2235746	15	2.7	15	88	0	55	39	2	0	58	1.11
2236782--2236844	17	3.5	17	89	10	99	50	1	0	47	1.10
2236960--2237035	33	2.4	33	91	4	120	38	6	10	44	1.65
2236984--2237069	13	6.2	13	68	15	55	41	3	9	45	1.53
2236993--2237038	18	2.6	17	79	3	56	41	6	8	43	1.61
2237079--2237176	42	2.3	42	96	0	178	42	35	2	19	1.63
2238450--2238621	2	81.0	2	65	21	57	47	5	6	40	1.53
2238442--2238540	9	11.3	9	67	28	54	45	3	7	44	1.46
2238494--2238566	20	3.6	20	81	9	78	47	4	5	42	1.45
2238450--2238566	29	4.1	29	71	13	84	47	4	5	41	1.47
2238528--2238654	53	2.4	54	89	2	193	45	7	7	39	1.61
2238616--2238712	20	5.2	19	65	25	55	41	6	11	41	1.66
2238508--2238780	128	2.1	126	82	10	315	42	6	8	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2238610--2238714	35	2.9	36	85	5	140	40	5	11	41	1.65
2238618--2238725	18	5.9	18	72	16	80	41	6	11	40	1.66
2238863--2238913	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
2238863--2239120	20	12.6	20	74	9	117	39	19	22	18	1.93
2239111--2239150	20	2.0	20	90	0	62	52	17	17	12	1.74
2238967--2239140	83	2.1	83	85	0	231	37	17	24	20	1.93
2239228--2239343	6	19.5	6	99	0	225	32	50	16	0	1.45
2240032--2240086	6	9.5	6	98	2	96	0	16	52	30	1.44
2240164--2240207	20	2.2	20	91	0	70	11	18	15	54	1.70
2240194--2240491	20	14.6	20	77	7	143	17	24	19	38	1.93
2240196--2240366	40	4.2	40	85	4	216	19	27	18	35	1.95
2240194--2240387	63	3.1	63	85	2	259	19	27	18	35	1.95
2240441--2240491	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
2240576--2240670	33	2.9	32	87	6	113	47	4	7	41	1.51
2240575--2240620	18	2.6	17	79	3	56	41	6	8	43	1.61
2240594--2240670	33	2.3	33	93	0	127	49	3	6	40	1.47
2240611--2240672	20	3.5	19	70	30	64	51	1	6	40	1.37
2240701--2240758	21	2.7	21	94	2	98	43	31	0	25	1.55
2240751--2240807	22	2.6	22	86	5	71	49	5	1	43	1.35
2240798--2240848	17	2.9	17	85	2	66	52	3	0	43	1.19
2240797--2240843	24	1.9	25	87	12	71	51	4	0	44	1.21
2240796--2240852	24	2.4	23	77	13	62	52	3	0	43	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240854--2240891	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
2240959--2241074	2	57.0	2	73	13	94	45	4	2	47	1.36
2240936--2241004	20	3.6	20	84	5	81	43	2	7	46	1.46
2241355--2241383	14	2.1	14	100	0	58	20	0	6	72	1.07
2241131--2242056	216	4.3	216	94	1	1519	28	11	8	50	1.68
2244866--2244899	16	2.1	17	89	10	54	70	5	0	23	1.09
2251185--2251227	20	2.0	22	91	8	72	30	9	23	37	1.86
2255510--2255592	2	41.0	2	97	2	157	49	0	1	49	1.08
2256646--2256978	21	15.8	21	80	14	83	54	0	0	44	1.06
2256697--2257131	7	61.9	7	81	12	488	56	1	1	41	1.16
2257409--2257467	19	3.1	18	75	4	55	28	25	16	28	1.97
2259288--2259347	22	2.9	22	85	9	81	36	15	18	30	1.91
2259289--2259360	22	3.5	21	81	9	78	34	15	22	27	1.94
2259703--2260294	55	10.7	55	89	0	747	35	11	17	35	1.86
2260484--2260551	30	2.2	31	89	5	102	25	19	13	42	1.87
2265837--2266482	55	11.8	55	86	3	741	34	11	18	36	1.86
2265860--2266482	164	3.8	165	86	3	783	34	11	18	35	1.87
2266383--2266539	54	2.9	54	82	2	138	35	13	17	33	1.89
2268109--2268193	24	3.5	24	74	6	82	17	16	17	48	1.82
2268246--2268351	54	2.0	54	92	0	176	15	22	29	33	1.94
2270328--2270368	13	3.0	14	85	3	57	17	41	19	21	1.90
2272738--2272841	55	1.9	55	87	0	154	14	21	28	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2274830--2274862	17	1.9	17	93	0	57	21	27	21	30	1.98
2277265--2277320	24	2.3	25	81	6	71	23	16	14	46	1.83
2281847--2281918	24	3.0	23	76	9	74	18	15	18	48	1.81
2286554--2286612	24	2.5	24	80	5	66	22	15	16	45	1.84
2286677--2286786	55	2.0	55	94	0	193	13	21	31	32	1.92
2290892--2291000	55	2.0	54	92	1	182	11	19	33	34	1.88
2294607--2294647	20	2.0	21	85	4	57	39	21	14	24	1.91
2295255--2295327	24	3.0	23	76	7	65	19	17	16	46	1.84
2297137--2297194	21	3.0	20	78	16	61	18	22	1	56	1.50
2297139--2297199	19	3.2	19	77	13	63	16	22	1	59	1.46
2298497--2298530	16	2.1	16	100	0	68	52	0	29	17	1.45
2299521--2299574	17	3.2	17	81	0	72	42	3	12	40	1.61
2299520--2299587	34	2.0	34	82	5	84	42	4	14	38	1.66
2306188--2306229	16	2.6	16	96	0	75	45	11	14	28	1.80
2306724--2306761	20	1.9	20	94	0	67	42	7	18	31	1.79
2317292--2317331	21	1.9	21	89	0	62	20	20	32	27	1.97
2319237--2319398	63	2.6	63	91	2	236	41	8	28	21	1.83
2320424--2320507	43	2.0	43	85	4	116	25	11	21	41	1.87
2324967--2324991	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2331914--2331975	30	2.1	30	100	0	124	25	3	33	37	1.72
2338223--2338263	16	2.5	17	88	11	59	48	4	31	14	1.65
2339421--2339461	18	2.3	18	95	0	73	19	17	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2349471--2349521	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
2350625--2350755	65	2.0	65	96	0	244	49	3	25	21	1.64
2352206--2352252	20	2.3	20	79	13	53	23	10	14	51	1.74
2367186--2367262	23	3.5	22	80	7	93	25	25	20	27	1.99
2369459--2369501	22	2.0	22	95	0	77	39	0	30	30	1.57
2369867--2369942	34	2.2	34	83	0	107	27	25	15	31	1.96
2369915--2370071	65	2.4	65	86	2	199	28	22	17	31	1.97
2373870--2373941	38	1.9	38	88	2	110	41	5	8	44	1.58
2374009--2374068	25	2.5	23	79	10	75	43	6	10	40	1.64
2374031--2374169	71	2.0	70	92	4	235	42	4	13	39	1.64
2374138--2374186	23	2.2	21	86	10	71	42	4	8	44	1.53
2374032--2374170	36	3.9	36	82	10	180	43	4	12	39	1.63
2374234--2374300	15	4.3	16	74	23	63	38	2	0	58	1.14
2374265--2374334	10	7.3	10	73	16	51	30	0	2	67	1.05
2374270--2374339	37	1.9	36	83	13	90	27	0	2	70	1.02
2376209--2376239	16	1.9	16	100	0	62	51	9	6	32	1.60
2376298--2376335	20	1.9	20	100	0	76	44	18	10	26	1.82
2377677--2377767	41	2.2	41	80	18	102	23	17	10	48	1.79
2377802--2377851	25	2.0	25	84	7	66	0	14	6	80	0.90
2377819--2377865	23	2.0	25	87	8	71	2	12	4	80	0.94
2378521--2378603	28	3.0	25	75	20	69	4	15	2	77	1.05
2378523--2378572	19	2.6	19	84	12	59	4	14	2	80	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11

The End!