genome.fa.s8942.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008942.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112261_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2383254

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2028612--2028660	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
2030436--2030501	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
2030534--2030596	21	3.0	21	92	0	99	17	30	11	41	1.84
2031046--2031075	15	2.0	15	93	0	51	16	26	16	40	1.90
2038409--2038455	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
2038376--2038848	181	2.6	182	88	1	671	26	16	13	43	1.85
2039751--2039828	23	3.4	22	74	23	72	23	3	5	67	1.27
2039778--2039828	24	2.2	24	86	13	72	21	3	3	70	1.20
2040399--2040439	17	2.4	17	81	18	50	26	7	0	65	1.18
2040860--2040884	13	1.9	13	100	0	50	48	16	24	12	1.79
2041762--2041801	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
2041920--2041953	3	11.3	3	93	0	59	29	0	0	70	0.87
2044996--2045052	15	3.7	15	75	9	60	42	8	12	36	1.74
2045000--2045033	17	2.0	17	88	0	50	38	8	11	41	1.73
2045447--2045501	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
2045487--2045585	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
2045580--2045619	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
2050312--2050402	33	2.8	33	89	1	130	45	13	6	35	1.69
2054065--2054313	38	6.6	37	75	6	198	32	16	9	42	1.80
2054047--2054313	75	3.5	75	83	3	322	32	16	9	41	1.81
2055860--2056094	72	3.3	71	89	1	371	26	22	11	39	1.89
2056052--2056157	55	1.9	55	88	3	160	23	23	12	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057280--2057352	2	37.0	2	82	8	87	49	1	1	47	1.18
2057320--2057448	19	6.3	18	71	25	66	51	0	0	46	1.11
2057374--2057412	17	2.2	16	90	4	51	48	0	2	48	1.15
2061599--2061638	17	2.3	18	87	8	57	12	7	2	77	1.07
2061599--2061643	17	2.6	17	86	10	56	11	6	6	75	1.18
2062271--2062323	26	2.0	26	100	0	106	43	26	7	22	1.80
2077277--2077346	24	2.9	24	84	0	68	38	25	15	20	1.92
2077926--2077985	30	2.0	30	96	0	111	10	25	26	38	1.87
2081346--2081391	17	2.7	17	75	0	56	17	28	0	54	1.43
2089139--2089307	29	5.8	28	74	13	119	47	7	3	40	1.49
2089147--2089307	58	2.8	58	76	11	141	49	8	3	38	1.50
2091065--2091109	18	2.5	19	85	7	58	33	4	0	62	1.15
2093447--2093500	15	3.5	15	75	5	54	66	11	9	12	1.44
2094318--2094381	28	2.2	29	81	10	78	51	3	3	42	1.33
2094444--2094500	26	2.3	26	90	6	91	40	3	10	45	1.56
2094469--2094691	37	5.9	38	77	16	200	42	3	11	43	1.57
2094470--2094696	112	2.0	111	85	10	300	42	3	11	43	1.57
2094664--2094715	24	2.2	24	82	6	61	53	5	5	34	1.49
2094620--2094737	61	1.9	61	87	3	175	43	3	10	43	1.55
2096167--2096219	17	2.9	17	75	20	54	28	1	0	69	0.99
2104656--2104972	94	3.3	95	68	18	246	45	9	4	40	1.58
2104573--2104987	191	2.2	192	87	4	615	44	10	5	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2106575--2106603	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
2107120--2107159	3	13.7	3	85	15	57	65	2	0	32	1.06
2107323--2107817	117	4.2	117	90	1	776	25	21	14	37	1.92
2108591--2108629	21	1.9	20	84	5	51	38	7	17	35	1.79
2109775--2109917	52	2.8	50	83	8	164	20	21	18	39	1.93
2111014--2111101	8	10.2	8	83	16	106	3	14	0	81	0.81
2111014--2111101	18	5.1	17	89	10	110	3	14	0	81	0.81
2111014--2111101	23	3.4	25	86	13	108	3	14	0	81	0.81
2111037--2111102	1	66.0	1	78	0	51	0	13	0	86	0.57
2114202--2114263	14	4.5	14	76	11	56	54	14	14	16	1.71
2116249--2116277	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
2118019--2118049	15	2.1	15	93	0	53	45	6	0	48	1.28
2120229--2120253	8	3.1	8	100	0	50	0	0	52	48	1.00
2120303--2120365	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
2124169--2124208	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2127112--2127150	19	2.1	19	86	13	55	58	5	5	30	1.41
2127490--2127528	19	2.1	19	86	13	55	58	5	5	30	1.41
2128812--2128867	13	4.3	13	79	0	58	21	19	39	19	1.93
2133900--2133938	19	2.1	19	86	13	55	58	5	5	30	1.41
2142562--2142624	21	3.0	21	76	0	63	52	6	26	14	1.65
2145767--2146972	182	6.6	182	88	1	1731	43	13	15	26	1.85
2145767--2146972	365	3.3	365	91	1	1904	43	13	15	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2147362--2147406	19	2.4	19	92	3	74	42	0	20	37	1.52
2147658--2147696	18	2.2	18	86	9	53	48	5	5	41	1.47
2148659--2148714	24	2.5	22	77	13	60	41	1	7	50	1.40
2150567--2150609	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
2153219--2153245	6	4.5	6	100	0	54	55	0	29	14	1.40
2161568--2161606	18	2.2	18	95	0	69	53	0	41	5	1.23
2162633--2162682	19	2.7	19	87	3	66	34	2	8	56	1.40
2163028--2165273	199	11.3	199	89	2	3257	42	15	14	27	1.86
2163028--2165273	797	2.8	795	89	3	3369	42	15	14	27	1.86
2168687--2168725	20	2.0	20	89	0	60	41	7	15	35	1.76
2168692--2168731	20	2.0	20	85	0	53	47	7	15	30	1.72
2168954--2169001	23	2.1	23	92	0	78	37	14	8	39	1.76
2170298--2170370	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
2170713--2170785	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
2169902--2171797	415	4.5	429	93	4	3298	39	7	13	39	1.73
2171144--2171205	22	2.8	23	85	7	83	35	4	22	37	1.76
2171144--2171212	23	3.1	22	80	14	70	33	4	23	39	1.74
2171560--2171632	23	3.2	23	96	0	128	34	6	21	36	1.81
2169902--2171797	846	2.2	845	95	3	3363	39	7	13	39	1.73
2172045--2172117	23	3.2	23	96	0	128	34	6	21	36	1.81
2171358--2172995	486	3.4	488	95	2	2926	41	7	11	39	1.70
2172533--2172605	23	3.2	23	94	0	119	34	2	21	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2175205--2175250	20	2.3	20	88	0	65	32	19	17	30	1.95
2177903--2177972	20	3.5	20	82	1	70	40	11	15	32	1.83
2181007--2181057	26	2.1	24	82	10	59	21	17	23	37	1.94
2182574--2183079	170	3.0	168	80	3	559	32	15	18	33	1.92
2185892--2185929	16	2.3	17	86	4	51	13	0	13	73	1.09
2185879--2185957	30	2.5	32	77	4	81	18	1	10	69	1.23
2186021--2186077	30	1.9	30	88	0	87	43	7	5	43	1.54
2186793--2186876	44	1.9	44	90	0	132	30	14	8	46	1.74
2187639--2187663	9	2.8	9	100	0	50	72	0	8	20	1.10
2190515--2190550	18	1.9	19	94	5	65	27	0	8	63	1.23
2191190--2191836	108	5.8	109	69	12	400	38	13	15	32	1.87
2191104--2191792	226	3.1	224	88	1	1036	38	14	15	31	1.87
2196161--2196194	15	2.3	15	94	0	59	44	11	5	38	1.65
2201544--2201591	23	2.1	23	84	0	60	37	2	16	43	1.60
2202025--2202477	183	2.5	182	90	1	712	27	16	14	42	1.86
2202349--2202590	111	2.2	111	91	3	387	25	15	15	43	1.86
2202166--2202772	294	2.1	295	89	1	914	26	15	14	42	1.86
2202460--2202951	182	2.7	181	88	3	738	27	15	13	43	1.84
2202027--2202951	477	1.9	476	92	1	1539	27	15	13	43	1.85
2203757--2203858	2	51.0	2	95	0	78	12	50	0	36	1.40
2203776--2203869	32	2.9	32	95	0	170	20	51	0	28	1.48
2207050--2207082	16	2.1	16	94	0	57	42	6	12	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207556--2207586	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2209945--2210013	20	3.5	20	79	14	72	33	27	15	23	1.95
2212392--2212425	12	2.8	12	81	0	50	55	0	44	0	0.99
2212392--2212446	21	2.6	21	79	0	56	56	0	38	5	1.23
2214180--2214816	265	2.4	267	84	3	814	31	17	13	37	1.88
2215875--2215935	29	2.1	29	85	11	81	31	16	18	34	1.93
2217012--2217051	20	2.0	20	95	0	71	40	15	22	22	1.91
2219887--2219917	15	2.1	15	100	0	62	32	25	0	41	1.56
2220097--2220248	81	1.9	82	83	4	200	38	10	16	34	1.83
2220782--2220898	28	4.2	28	73	6	85	23	1	25	48	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11