genome.fa.s8942.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008942.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112261_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2383254

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4387--4435	19	2.8	17	81	9	55	36	10	6	46	1.63
5602--5632	12	2.6	12	94	0	53	32	12	22	32	1.92
5813--5857	24	1.9	23	90	4	72	53	4	24	17	1.62
5658--6329	113	5.9	113	88	3	879	36	13	20	28	1.91
6260--6643	116	3.3	116	90	4	556	39	16	19	25	1.92
6800--6870	3	23.7	3	77	5	72	38	1	0	60	1.06
6789--6870	15	5.7	15	77	13	82	36	1	0	62	1.03
6787--6867	27	2.9	28	77	13	78	35	2	0	61	1.09
8151--8198	26	1.9	26	83	8	64	33	2	4	60	1.27
10102--10132	6	5.2	6	92	0	53	35	0	16	48	1.46
11210--11252	21	2.0	21	82	8	52	34	2	2	60	1.22
15311--15394	14	6.2	14	75	14	61	79	1	11	7	0.97
15314--15390	21	3.8	21	75	17	65	80	1	12	5	0.94
15314--15374	7	8.7	7	76	20	65	80	0	13	6	0.90
17347--17555	101	2.1	101	84	8	275	30	18	12	39	1.87
17906--18026	44	2.7	45	78	3	111	28	19	18	33	1.95
17999--18496	163	3.1	161	79	4	495	35	16	19	27	1.94
23366--23410	20	2.3	19	88	3	63	53	8	4	33	1.52
23638--23702	30	2.2	30	86	5	89	41	24	4	29	1.75
24247--24310	29	2.2	29	94	0	110	46	12	7	32	1.70
24383--24439	29	1.9	30	89	3	89	49	10	5	35	1.60
24465--24491	14	1.9	14	100	0	54	14	7	25	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24715--24752	17	2.3	17	90	4	60	42	5	5	47	1.48
24567--25034	244	1.9	246	91	3	764	42	11	5	40	1.65
26510--26614	37	2.8	37	85	0	138	30	13	15	40	1.85
27344--28491	106	11.0	103	84	6	1159	23	18	23	34	1.96
27605--27781	90	2.0	90	94	0	309	22	19	23	34	1.96
27695--28491	318	2.5	318	92	1	1312	23	17	24	34	1.96
29317--29393	22	3.5	22	94	0	136	20	14	27	37	1.91
30005--30072	14	4.4	16	69	25	56	0	14	2	82	0.79
30005--30068	8	7.4	8	77	16	65	0	14	3	82	0.78
29996--30069	30	2.5	29	85	10	96	0	13	4	82	0.81
30002--30072	26	2.5	29	82	17	87	0	15	2	81	0.80
29983--30072	9	9.9	9	73	15	69	1	13	4	81	0.90
30382--30414	14	2.4	14	94	0	57	33	6	18	42	1.75
34502--34558	10	5.7	10	78	15	64	75	0	1	22	0.90
34488--34549	16	3.8	16	78	6	54	75	0	4	19	0.97
34517--34557	4	10.8	4	89	10	68	75	0	0	24	0.80
34847--34928	33	2.4	35	86	9	109	58	1	2	37	1.19
35403--35507	37	2.8	37	83	0	129	30	14	16	39	1.88
39742--39798	24	2.4	23	81	16	64	10	19	1	68	1.28
44762--44810	20	2.4	21	83	10	66	38	0	6	55	1.25
46682--46744	27	2.3	27	72	5	65	47	23	9	19	1.78
46722--46799	16	4.9	16	74	12	70	48	28	11	11	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47384--47532	80	1.9	79	84	1	199	39	25	15	19	1.91
47513--47580	31	2.2	31	84	7	86	30	36	14	17	1.90
48365--48456	45	2.0	45	95	4	168	18	13	8	59	1.58
50804--50975	45	3.8	45	89	2	254	28	10	22	38	1.87
50804--50975	91	1.9	92	92	1	292	28	10	22	38	1.87
60585--60622	15	2.4	16	86	8	60	76	0	13	10	1.02
60645--60717	10	7.2	10	73	14	53	76	1	17	4	1.01
60636--60717	28	3.1	27	75	11	80	75	1	18	4	1.04
60649--60717	21	3.4	20	78	11	70	76	1	17	4	1.02
60636--60717	27	3.1	27	76	11	80	75	1	18	4	1.04
62022--62102	37	2.2	37	95	0	144	38	17	23	20	1.93
62113--62725	55	11.3	55	87	4	707	27	16	25	29	1.97
62112--62661	161	3.4	161	87	4	723	28	16	25	29	1.97
62113--62707	216	2.8	216	85	6	760	28	16	25	29	1.97
63247--63338	45	2.0	45	97	0	175	18	14	8	58	1.61
64001--64041	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
66730--66782	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
67616--67647	15	2.0	17	88	11	50	43	6	28	21	1.77
75889--76009	39	3.1	39	87	2	179	23	17	28	31	1.97
76745--76831	39	2.2	40	89	4	131	22	18	26	32	1.97
77648--77687	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
78169--78594	47	9.1	47	90	1	658	21	21	11	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78169--78594	142	3.0	141	90	1	667	21	21	11	45	1.83
78917--78971	22	2.6	21	83	8	76	27	25	14	32	1.95
78855--79043	95	2.0	96	85	3	256	29	23	13	33	1.93
79033--79084	20	2.5	21	87	3	70	30	21	17	30	1.96
85171--85564	47	8.4	47	90	1	578	22	21	11	43	1.85
85223--85396	20	7.7	20	69	24	105	21	24	12	42	1.86
85248--85569	27	13.5	25	65	25	139	21	21	11	45	1.83
86039--86092	22	2.6	21	82	8	74	27	25	14	31	1.95
85942--86165	95	2.3	96	83	3	265	27	22	14	34	1.94
87370--87408	16	2.4	16	78	0	51	48	0	33	17	1.48
93347--94881	200	7.7	199	88	2	2087	39	14	14	31	1.86
95097--95141	23	2.0	23	95	0	81	8	6	22	62	1.48
95211--95260	15	3.1	15	83	13	64	30	40	6	24	1.79
106256--106311	21	2.8	20	72	20	53	48	16	0	35	1.46
106583--106634	25	2.0	26	82	14	63	28	23	1	46	1.63
114092--114135	17	2.6	17	85	3	54	34	18	20	27	1.96
119456--119610	78	2.0	78	91	2	249	35	16	10	36	1.84
121747--122143	54	7.4	54	86	0	533	27	19	19	34	1.96
122588--122617	14	2.1	14	100	0	60	36	23	13	26	1.92
128540--128804	54	4.9	54	86	3	374	29	18	17	34	1.94
128534--128804	106	2.5	106	87	4	391	30	18	16	33	1.94
129323--129373	20	2.5	20	96	0	93	23	9	15	50	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132682--132713	14	2.3	14	100	0	64	21	12	31	34	1.91
134469--134532	32	2.0	32	100	0	128	21	25	21	31	1.98
143509--143565	22	2.6	21	81	10	60	63	0	3	33	1.12
144943--144988	19	2.5	18	79	6	56	15	13	0	71	1.14
144921--144967	21	2.3	21	78	10	53	19	8	2	70	1.24
145096--145168	9	7.7	9	73	20	51	20	8	0	71	1.11
155697--155749	6	9.2	6	83	4	56	81	0	11	7	0.88
155689--155744	17	3.2	17	82	9	69	80	0	10	8	0.91
156345--156385	21	2.0	21	85	0	55	53	17	7	21	1.67
158833--158881	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
164664--164744	24	3.5	24	70	20	75	22	24	23	29	1.99
166910--166986	2	38.5	2	100	0	154	49	0	0	50	1.00
167463--167614	45	3.4	45	83	8	175	31	20	18	29	1.96
167584--167632	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
167491--167615	46	2.7	46	88	3	173	30	20	18	30	1.97
168596--168654	27	2.1	27	81	3	64	20	6	1	71	1.18
172112--172152	11	3.8	11	81	15	50	12	4	2	80	0.97
172094--172153	20	3.0	20	81	11	70	10	6	5	78	1.08
173047--173108	32	1.9	32	83	0	79	32	8	22	37	1.83
173323--173363	21	2.0	21	90	0	64	41	0	19	39	1.52
174504--174582	25	3.0	25	75	23	65	46	2	1	49	1.23
174540--174607	30	2.3	32	82	12	83	48	0	1	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175295--175372	25	3.0	25	74	22	63	46	2	2	48	1.29
176154--176217	28	2.4	27	75	14	69	48	0	0	51	1.00
176899--176958	30	2.0	30	83	6	77	50	0	1	48	1.11
176936--176999	28	2.4	27	75	14	69	48	0	0	51	1.00
177631--177675	15	3.1	15	83	6	56	44	2	0	53	1.13
173285--180246	787	8.9	784	95	1	12168	44	8	8	38	1.66
180206--180244	20	2.0	19	90	5	60	48	5	15	30	1.66
180476--180812	87	3.9	87	92	1	523	33	12	9	43	1.76
180560--180604	23	2.0	23	86	0	63	40	15	8	35	1.79
180647--180691	23	2.0	23	90	0	72	37	17	8	35	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11