genome.fa.s8973.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008973.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112319_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2070395

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188442--188495	15	3.4	15	85	12	72	38	1	7	51	1.41
188453--188495	17	2.5	17	92	3	68	41	2	6	48	1.43
188466--188511	20	2.3	20	85	3	58	39	8	6	45	1.61
189780--189815	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
195168--195223	27	2.1	27	100	0	112	25	16	35	23	1.94
197103--197163	21	2.9	21	75	15	63	26	0	21	52	1.47
197243--197323	15	5.4	15	80	5	83	38	4	9	46	1.59
197332--197370	7	5.6	7	90	0	60	15	0	41	43	1.46
197718--197757	14	2.9	14	88	0	53	20	0	27	52	1.46
198265--198328	2	31.0	2	90	6	101	46	1	1	50	1.20
198265--198336	18	3.9	18	89	7	83	44	1	4	50	1.30
198266--198351	18	4.4	20	88	5	72	44	3	3	48	1.36
198349--198374	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
199174--199229	24	2.3	25	75	9	62	48	16	14	21	1.81
203860--203930	24	3.0	24	80	0	88	50	16	11	21	1.76
203858--203968	48	2.3	48	83	9	129	49	13	13	23	1.77
203861--203968	24	4.5	24	73	11	87	49	13	13	23	1.78
206501--206549	22	2.2	23	85	10	66	51	26	2	20	1.59
208588--208659	24	3.0	24	79	0	90	50	16	12	20	1.78
208586--208679	48	2.0	48	87	4	136	48	13	13	23	1.78
211121--211163	17	2.5	18	81	11	54	27	23	27	20	1.99
215845--216016	57	3.0	57	89	0	263	12	18	32	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216161--216220	27	2.2	27	100	0	120	33	26	11	28	1.91
217276--217519	42	5.8	42	89	0	353	34	22	21	21	1.97
217432--217499	22	3.2	22	60	16	52	30	23	23	22	1.99
221537--221590	21	2.6	20	79	5	63	16	0	31	51	1.45
221674--221726	2	26.0	2	76	3	52	43	1	7	47	1.42
221678--221711	12	2.8	12	95	0	59	38	0	11	50	1.39
221677--221721	18	2.5	18	81	0	63	44	0	8	46	1.34
222095--222138	14	3.2	14	81	15	56	20	0	25	54	1.45
222114--222151	20	1.9	20	88	0	58	21	0	23	55	1.44
222226--222264	17	2.2	18	90	4	62	41	2	2	53	1.28
222235--222280	20	2.3	20	85	3	58	39	8	6	45	1.61
221293--222692	538	2.5	558	87	6	2063	35	9	12	42	1.75
222738--222767	13	2.3	13	94	0	51	40	0	10	50	1.36
223272--223323	17	3.1	17	94	0	95	42	0	7	50	1.31
223456--223487	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
223770--223820	7	7.3	7	90	0	84	17	0	37	45	1.49
223895--223950	17	3.2	17	87	2	76	42	3	5	48	1.43
223921--223966	20	2.3	20	85	3	58	39	8	6	45	1.61
224297--224340	14	3.2	14	81	15	56	20	0	25	54	1.45
224316--224353	20	1.9	20	88	0	58	21	0	23	55	1.44
224436--224479	19	2.4	19	85	11	56	38	4	9	47	1.56
224487--224547	25	2.4	25	81	13	72	57	0	3	39	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224770--224820	13	3.9	13	97	0	93	43	31	9	15	1.80
224878--224944	35	1.9	35	84	0	89	22	1	28	47	1.60
224971--225024	15	3.4	15	87	12	81	40	1	7	50	1.41
224971--225024	17	3.2	17	89	7	76	40	1	7	50	1.41
224995--225040	20	2.3	20	85	3	58	39	8	6	45	1.61
224234--225347	553	2.0	558	86	5	1569	36	10	11	41	1.76
225524--225588	2	32.0	2	80	9	69	43	0	6	50	1.27
225514--225584	25	3.0	23	80	14	83	43	1	5	49	1.35
225524--225588	25	2.9	21	83	16	94	43	0	6	50	1.27
225535--225588	25	2.2	25	96	0	99	44	0	5	50	1.25
226019--226056	7	5.4	7	87	0	58	15	0	34	50	1.45
226019--226069	14	3.6	14	83	0	57	19	0	31	49	1.49
226019--226069	21	2.4	21	86	0	66	19	0	31	49	1.49
226156--226207	2	25.5	2	79	11	52	44	1	5	48	1.38
226144--226207	15	4.4	15	80	13	62	43	3	4	48	1.39
226156--226202	15	3.5	14	86	13	64	44	0	6	48	1.28
226504--226547	14	3.2	14	81	15	56	20	0	25	54	1.45
226523--226560	20	1.9	20	88	0	58	21	0	23	55	1.44
226635--226671	15	2.4	15	90	4	56	40	2	2	54	1.29
226690--226747	22	2.4	25	77	11	68	55	0	3	41	1.17
226971--227008	13	2.9	13	92	0	58	42	28	10	18	1.83
227159--227216	17	3.2	17	88	11	89	41	1	6	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227159--227216	19	3.1	19	90	7	84	41	1	6	50	1.39
227593--227629	14	2.6	14	91	0	56	21	0	27	51	1.48
227717--227789	2	36.0	2	82	8	85	43	0	5	50	1.25
227701--227789	33	2.6	34	85	5	126	44	1	4	49	1.29
227717--227789	19	3.6	20	83	7	85	43	0	5	50	1.25
228231--228281	7	7.3	7	81	0	66	15	0	33	50	1.44
228231--228281	14	3.6	14	91	0	84	15	0	33	50	1.44
228356--228411	17	3.2	17	87	2	76	42	3	5	48	1.43
228382--228427	20	2.3	20	85	3	58	39	8	6	45	1.61
228758--228823	7	9.4	7	74	0	51	22	0	27	50	1.50
228913--228954	2	21.0	2	83	9	50	45	0	7	47	1.30
228904--228949	21	2.2	21	96	0	83	43	0	6	50	1.28
229340--229386	21	2.2	21	85	7	60	19	2	25	53	1.56
229762--229799	13	2.9	13	96	0	67	42	31	10	15	1.81
229845--229889	14	3.2	14	81	12	56	20	0	28	51	1.48
229856--229902	21	2.2	21	84	0	67	19	0	29	51	1.47
229986--230025	17	2.4	17	86	0	53	40	0	12	47	1.41
229977--230025	15	3.1	15	77	11	62	38	0	12	48	1.41
230001--230046	20	2.3	20	85	3	58	34	8	10	45	1.70
230120--230160	21	2.0	21	90	0	64	21	0	24	53	1.46
229815--230346	262	2.0	263	93	3	908	34	5	12	46	1.65
230239--230292	15	3.4	15	82	12	72	38	1	9	50	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230239--230292	17	3.2	17	84	7	67	38	1	9	50	1.45
230660--230704	14	3.2	14	78	12	56	20	0	24	55	1.43
230799--230850	15	3.4	15	87	12	79	40	1	5	51	1.37
231196--231227	14	2.3	14	94	0	55	15	3	34	46	1.62
240433--240457	12	2.1	12	100	0	50	60	8	0	32	1.26
240857--240921	14	4.6	15	72	14	50	18	0	29	52	1.46
240996--241040	19	2.3	19	88	3	63	51	2	0	46	1.13
241064--241089	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
241400--241460	7	8.7	7	85	0	68	18	0	34	47	1.49
241595--241633	13	3.0	13	100	0	78	53	0	0	46	1.00
240347--242096	544	3.2	540	88	5	2592	35	9	12	43	1.74
241955--242001	21	2.2	21	80	0	58	17	2	29	51	1.57
241984--242086	48	2.1	50	78	5	111	32	7	12	47	1.70
242076--242142	17	3.8	17	86	6	89	38	1	8	50	1.43
242215--242279	21	3.1	21	74	12	62	20	0	23	56	1.42
242376--242453	35	2.3	35	89	8	117	38	3	10	47	1.56
242400--242453	15	3.4	15	78	12	63	38	3	9	48	1.53
242378--242479	20	4.8	20	70	20	66	38	4	9	47	1.58
242822--242864	14	3.1	14	83	12	61	16	0	27	55	1.41
243006--243032	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
243006--243048	13	3.1	14	86	6	52	55	0	2	41	1.12
243366--243403	9	4.4	9	87	9	53	34	5	2	57	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243398--243453	2	28.5	2	90	3	87	46	0	3	50	1.19
244344--244401	14	4.1	14	73	8	55	20	0	31	48	1.50
244974--245046	2	36.5	2	74	10	60	43	2	5	47	1.40
243493--244990	523	2.9	503	86	7	2003	34	9	12	42	1.76
244979--245022	17	2.6	17	96	0	79	43	0	6	50	1.29
245000--245031	13	2.5	13	100	0	64	40	0	6	53	1.26
245044--245070	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
245044--245086	13	3.1	14	86	6	52	55	0	2	41	1.12
245457--245507	2	24.0	2	80	11	57	43	1	3	50	1.31
245448--245502	13	4.3	13	90	4	94	41	0	5	52	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11