genome.fa.s8973.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008973.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112319_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2070395

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862019--862350	52	6.4	52	94	0	583	28	16	25	29	1.97
862069--862153	28	3.2	28	63	13	79	27	15	24	32	1.95
862024--862159	28	5.1	28	60	22	78	27	16	25	30	1.96
862019--862400	156	2.5	153	85	5	462	28	16	25	29	1.97
862336--863161	55	15.4	54	80	7	600	33	17	24	25	1.96
862336--863161	110	7.7	110	78	7	684	33	17	24	25	1.96
862338--862942	54	11.3	54	83	5	614	32	18	23	24	1.97
863404--863443	3	13.7	3	94	5	73	35	0	0	65	0.93
867643--867793	69	2.2	69	93	0	257	25	13	23	37	1.92
867855--867918	11	5.5	11	76	21	60	1	18	3	76	1.00
867861--867913	13	4.3	12	78	21	65	1	16	1	79	0.92
871007--871062	20	2.9	19	70	15	53	76	3	3	16	1.06
871014--871072	18	3.5	17	71	21	52	74	3	5	16	1.13
871268--871323	16	3.2	18	72	12	53	73	0	3	23	0.99
871420--871466	2	23.0	2	83	12	60	48	0	6	44	1.28
871425--871524	22	4.3	23	74	12	64	61	0	6	33	1.21
871484--871522	20	2.0	20	85	10	53	69	0	7	23	1.14
871939--871981	17	2.5	17	85	7	52	37	23	11	27	1.89
874372--874418	18	2.6	18	78	21	53	29	2	0	68	1.02
874372--874413	19	2.2	19	84	16	52	30	2	0	66	1.04
874674--874729	26	2.2	26	96	0	103	17	1	35	44	1.60
879096--879177	15	5.5	15	88	2	121	37	7	19	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879096--879177	30	2.8	30	94	1	139	37	7	19	35	1.80
879091--879177	45	2.0	44	93	2	147	40	6	19	33	1.78
879160--879229	20	3.5	20	96	0	131	40	10	14	35	1.79
879396--879460	28	2.3	27	82	15	78	50	1	1	46	1.20
879395--879554	57	2.7	60	76	18	149	50	1	1	46	1.17
879467--879593	31	4.7	26	70	21	64	48	0	0	50	1.12
879516--879559	22	2.0	23	86	4	63	54	0	0	45	0.99
879414--879565	31	5.1	31	70	23	105	51	1	0	46	1.14
879453--879576	21	5.7	22	68	17	64	50	0	0	48	1.12
879765--879884	42	2.9	42	97	0	222	45	19	20	15	1.86
880099--880719	54	11.6	53	85	3	762	29	18	19	32	1.96
882707--882975	89	3.0	89	86	3	360	30	24	22	21	1.99
889718--890222	54	9.4	54	84	3	547	28	17	20	34	1.95
889718--890222	108	4.7	108	85	3	608	28	17	20	34	1.95
889757--890222	162	2.9	161	86	1	639	28	17	20	34	1.95
892459--892528	34	2.1	32	86	5	95	21	31	14	32	1.93
892743--892782	21	1.9	22	90	10	66	15	10	37	37	1.80
892811--892852	21	2.0	21	90	0	66	26	26	21	26	1.99
892888--892930	21	2.0	21	100	0	86	13	27	44	13	1.83
892956--893034	21	4.0	21	76	18	89	12	27	39	20	1.89
892978--893007	15	2.0	15	100	0	60	13	26	33	26	1.93
892957--893028	36	2.0	36	91	0	117	13	27	37	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894389--894436	22	2.2	22	85	7	62	72	0	2	25	0.95
895992--896051	9	7.0	9	78	14	65	8	11	0	80	0.92
895992--896050	17	3.4	18	88	6	95	8	11	0	79	0.93
897679--898132	9	48.9	9	68	19	115	72	2	7	17	1.20
897680--897730	14	3.6	14	81	5	57	74	1	7	15	1.13
897679--898132	29	15.7	28	66	20	113	72	2	7	17	1.20
897709--897801	23	4.0	23	76	16	84	74	1	11	12	1.14
897857--897923	4	16.8	4	81	17	70	74	2	1	20	1.03
897860--898138	17	16.8	17	67	20	105	73	1	6	18	1.15
897916--897963	20	2.3	21	86	10	64	68	0	12	18	1.20
897907--897965	26	2.4	25	80	11	68	71	0	10	18	1.14
903276--903334	3	19.7	3	96	0	109	67	0	32	0	0.91
904959--904999	15	2.8	15	85	3	57	0	14	2	82	0.76
907247--907282	18	2.0	18	100	0	72	38	16	5	38	1.72
913301--913334	17	2.0	17	88	0	50	5	35	0	58	1.22
921311--921370	32	1.9	32	86	3	86	28	3	5	63	1.31
925809--925847	17	2.3	17	86	8	53	35	0	12	51	1.40
926957--927019	30	2.1	30	96	0	117	23	20	6	49	1.72
941052--941107	21	2.7	21	94	0	103	39	14	23	23	1.91
941093--941170	41	1.9	41	91	0	129	37	24	17	20	1.94
941096--941230	20	6.7	20	83	5	137	31	25	19	23	1.98
941774--941849	20	3.8	20	91	0	98	39	22	21	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
941868--941932	19	3.7	19	84	13	86	13	20	18	47	1.82
941938--941976	20	2.0	20	94	0	69	12	10	30	46	1.75
943519--943610	42	2.2	42	88	1	141	20	15	42	21	1.89
943546--943606	21	2.9	21	73	9	70	21	13	42	22	1.87
943973--944047	20	3.8	20	96	1	134	30	24	29	16	1.96
943953--944038	40	2.2	40	87	4	120	31	26	24	17	1.97
944032--944090	19	3.4	19	68	22	65	47	18	18	15	1.83
944048--944106	14	3.9	14	74	20	55	49	22	16	11	1.78
944032--944111	33	2.4	33	95	0	142	47	21	18	12	1.81
944147--944201	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
944736--944783	18	2.7	18	90	0	78	16	12	43	27	1.84
946411--946454	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
946711--946784	20	3.7	20	69	3	67	16	18	22	41	1.89
946777--946847	22	3.4	22	71	11	76	18	15	25	40	1.89
946799--946866	19	3.4	19	72	18	66	19	16	22	42	1.89
946715--946870	41	3.8	40	85	6	179	18	17	22	41	1.90
946946--946970	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
947509--947550	6	7.5	6	94	2	54	0	14	54	30	1.40
947509--947544	10	3.3	11	92	7	56	0	16	55	27	1.42
947630--947699	19	3.5	19	74	11	77	41	20	18	20	1.91
947627--947718	41	2.3	41	94	1	159	39	22	17	20	1.93
947627--947739	41	2.8	40	85	10	131	40	22	18	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
947731--947784	21	2.6	21	90	0	90	29	27	14	27	1.95
947708--947792	21	4.1	21	77	6	66	36	25	15	22	1.93
948019--948125	20	5.3	20	82	6	117	23	17	27	31	1.97
947992--948127	41	3.3	41	79	6	150	24	17	23	34	1.96
948115--948166	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
948156--948208	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
954246--954412	81	2.1	82	97	2	320	38	7	5	48	1.55
956341--956745	186	2.2	186	82	2	492	39	11	14	34	1.83
956725--956765	20	2.0	20	95	0	73	34	14	14	36	1.87
970205--970300	31	3.1	31	83	5	124	35	20	16	27	1.94
973544--973590	21	2.2	21	88	0	76	19	25	17	38	1.92
973551--973596	21	2.2	21	84	0	56	21	26	19	32	1.97
973637--973752	20	5.8	20	88	0	169	41	17	17	24	1.90
973616--973772	60	2.6	59	83	3	188	38	18	18	24	1.93
973949--974014	22	3.0	22	76	8	71	27	36	13	22	1.92
974365--974417	20	2.7	20	90	0	79	16	18	26	37	1.93
976305--976480	20	9.5	20	78	17	166	40	20	19	18	1.91
976326--976405	32	2.4	33	79	6	90	46	22	20	11	1.82
976539--976651	60	1.9	60	90	0	181	20	20	22	37	1.95
976523--976651	20	6.4	20	90	0	159	21	19	22	36	1.95
977135--977239	21	5.0	21	72	3	86	21	37	18	22	1.94
977162--977242	42	1.9	42	82	5	101	22	38	18	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
978614--978648	14	2.5	14	85	0	52	31	0	20	48	1.50
978776--978829	14	3.5	14	73	22	54	44	20	24	11	1.83
978756--978851	33	2.8	33	92	3	147	42	20	23	12	1.86
978789--978855	20	3.7	19	72	22	72	46	19	22	11	1.82
978887--978940	14	3.5	14	73	22	54	11	24	20	44	1.83
978865--978960	33	2.8	33	90	3	138	12	22	20	43	1.86
978932--979020	20	4.4	20	91	2	144	16	22	25	34	1.95
981255--981281	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
982351--982444	20	4.7	20	94	0	152	25	18	25	30	1.98
982350--982457	20	5.4	20	92	0	144	25	18	24	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11