genome.fa.s8973.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008973.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112319_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2070395

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681706--682026	45	7.1	45	93	0	480	21	21	12	44	1.85
682470--682507	20	1.9	20	100	0	76	18	28	5	47	1.70
682469--682519	20	2.5	20	87	0	75	19	27	9	43	1.82
684087--684159	26	2.8	26	87	4	103	31	2	17	47	1.62
687364--687399	13	2.7	13	91	4	54	11	19	27	41	1.85
687999--688111	29	3.9	29	82	4	147	24	24	15	34	1.95
687998--688111	58	2.0	58	87	0	165	25	24	15	34	1.95
689309--689339	14	2.2	14	100	0	62	41	29	22	6	1.78
695994--696060	21	3.2	20	81	10	73	23	22	17	35	1.95
696022--696242	20	11.0	20	75	9	100	33	22	16	28	1.95
695970--696122	41	3.8	39	73	9	128	32	20	18	28	1.96
696131--696227	40	2.4	40	81	5	115	30	23	14	30	1.94
696213--696255	20	2.2	20	87	4	61	34	18	11	34	1.87
697026--697059	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
697183--697236	24	2.2	24	86	0	72	22	16	18	42	1.89
699956--700005	25	2.0	25	84	0	64	30	8	20	42	1.80
700387--700423	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
700379--700431	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
701590--701636	6	7.8	6	90	0	58	57	21	4	17	1.56
701591--701643	12	4.4	12	75	0	52	54	24	3	16	1.59
701591--701643	24	2.2	24	89	0	79	54	24	3	16	1.59
701918--702016	20	4.9	20	83	0	135	22	19	20	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701907--702019	40	2.8	40	82	0	154	23	20	21	34	1.97
702079--702213	64	2.1	65	90	1	209	51	16	2	29	1.56
703409--703526	21	5.7	20	70	11	85	23	18	35	22	1.96
703406--703531	42	3.0	39	80	12	135	23	18	37	20	1.94
705579--705618	17	2.4	17	95	4	73	30	17	10	42	1.82
705640--705710	19	3.7	20	84	5	92	47	22	16	12	1.80
706178--706226	25	1.9	26	83	4	64	36	10	18	34	1.85
706195--706232	20	2.0	20	84	5	51	44	10	15	28	1.80
706290--706339	21	2.4	21	83	12	59	40	24	20	16	1.91
706301--706346	21	2.2	21	88	7	67	41	21	21	15	1.90
707546--707585	15	2.7	15	100	0	80	17	30	35	17	1.93
708098--708126	12	2.5	12	94	5	51	44	6	0	48	1.29
709904--710224	45	7.1	45	93	0	480	21	21	12	44	1.85
710668--710705	20	1.9	20	100	0	76	18	28	5	47	1.70
710667--710717	20	2.5	20	87	0	75	19	27	9	43	1.82
712285--712357	26	2.8	26	87	4	103	31	2	17	47	1.62
715559--715594	13	2.7	13	91	4	54	11	19	27	41	1.85
716199--716311	29	3.9	29	82	4	147	24	24	15	34	1.95
716198--716311	58	2.0	58	87	0	165	25	24	15	34	1.95
717508--717538	14	2.2	14	100	0	62	41	29	22	6	1.78
723858--723901	13	3.4	13	90	0	70	34	22	11	31	1.90
723817--723968	80	1.9	80	91	0	250	30	21	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723946--723992	13	3.8	13	86	11	71	29	21	6	42	1.77
723946--723992	24	2.0	24	95	0	85	29	21	6	42	1.77
723959--723992	11	2.9	11	91	8	50	29	20	8	41	1.82
732084--732123	20	2.0	20	85	4	55	37	22	12	27	1.90
734253--734413	54	3.0	54	87	1	225	32	18	18	29	1.95
746546--747120	287	2.0	286	94	1	999	36	8	13	40	1.76
748934--748967	17	2.0	17	88	0	50	29	17	26	26	1.98
756158--756183	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
756193--756243	23	2.3	24	75	25	58	23	0	5	70	1.09
756200--756279	22	3.9	21	75	18	62	25	0	5	70	1.08
757034--757091	26	2.4	23	80	8	62	36	1	10	51	1.46
758243--758291	26	1.9	26	87	4	73	73	6	8	12	1.24
758312--758392	39	2.1	39	100	0	162	51	4	9	33	1.56
758385--758418	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
758290--758396	39	2.6	43	82	14	152	54	5	7	32	1.52
758647--758701	20	2.8	21	81	13	71	47	3	7	41	1.49
772281--772325	20	2.3	20	88	3	65	24	17	20	37	1.93
778110--778856	55	13.8	54	81	3	792	25	24	18	30	1.98
778103--778856	165	4.6	165	83	2	891	25	24	18	31	1.98
793582--793624	22	2.0	22	90	0	68	46	20	11	20	1.82
793560--793642	38	2.2	38	82	0	94	48	22	12	16	1.80
793605--793693	16	5.6	16	69	4	63	48	24	11	15	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793605--793682	32	2.4	32	82	6	95	50	24	11	14	1.75
798263--799025	379	2.0	379	98	0	1481	37	16	16	29	1.91
799016--799076	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
798968--799077	35	3.1	35	92	3	168	43	20	4	31	1.71
803027--803051	12	2.1	12	100	0	50	40	16	16	28	1.89
807997--808337	168	2.0	168	97	0	637	23	21	19	35	1.96
811462--811490	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
817414--817540	63	2.0	63	100	0	254	37	14	20	27	1.91
819766--820015	43	5.9	43	77	6	240	33	16	23	26	1.96
824553--824596	15	2.9	15	77	16	54	22	2	2	72	1.07
829987--830051	5	12.8	5	79	12	62	21	3	3	72	1.12
829988--830023	18	1.9	19	94	5	65	19	2	0	77	0.88
829987--830051	27	2.6	23	85	11	76	21	3	3	72	1.12
832298--832341	15	2.9	15	77	16	54	22	2	2	72	1.07
833978--834245	82	3.3	83	79	5	278	39	18	14	26	1.89
833976--834267	41	7.1	40	76	3	206	38	19	15	27	1.91
837001--837027	6	4.5	6	100	0	54	55	0	0	44	0.99
837134--837188	2	27.5	2	92	0	92	50	1	0	47	1.11
837256--837286	16	2.0	15	93	6	53	70	0	3	25	1.02
837383--837430	16	2.9	16	81	3	51	77	4	4	14	1.08
839013--839336	106	3.0	106	87	3	418	20	17	27	33	1.96
839713--839893	65	2.8	65	92	0	299	35	12	20	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839778--840133	102	3.5	101	92	1	577	36	12	21	30	1.90
839843--840151	37	8.9	37	67	19	200	36	12	21	28	1.91
839899--840058	50	3.2	50	61	13	119	36	11	20	31	1.89
840047--840151	36	2.9	36	89	1	156	38	13	22	25	1.91
841034--841077	22	2.0	22	91	8	72	27	6	22	43	1.78
841729--841768	16	2.6	16	85	14	57	0	12	10	77	0.99
842919--842963	22	2.2	20	84	8	54	48	4	20	26	1.68
844902--844940	10	3.7	11	83	10	55	71	0	2	25	0.98
845037--845084	16	2.9	16	81	3	51	77	4	4	14	1.08
847656--847718	15	4.3	15	89	4	92	42	1	0	55	1.09
847658--847715	29	2.0	30	89	3	91	41	1	0	56	1.09
848291--848347	25	2.4	22	76	18	60	71	7	7	14	1.28
848336--848377	19	2.2	19	87	8	59	78	2	2	16	0.96
848336--848377	10	4.4	10	82	8	52	78	2	2	16	0.96
848568--848628	18	3.5	18	77	4	54	73	0	4	21	1.01
848600--848679	16	5.1	16	71	17	60	68	2	2	26	1.14
848730--848780	2	25.0	2	84	11	68	49	0	5	45	1.26
848776--848830	20	2.8	19	81	10	65	70	0	5	23	1.07
848802--848836	16	2.2	16	94	0	61	71	0	0	28	0.86
848769--848813	24	1.9	23	90	9	65	68	0	6	24	1.13
851124--851307	65	2.8	65	79	7	174	37	9	21	32	1.85
851159--851307	65	2.3	67	81	6	178	38	8	20	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851256--851480	36	6.4	36	74	13	191	40	12	19	28	1.87
851247--851453	65	3.1	65	70	19	170	40	12	18	28	1.87
851201--851460	138	1.9	138	85	1	360	41	12	19	26	1.87
851289--851550	101	2.6	101	84	3	312	38	12	18	30	1.87
851579--851612	3	11.7	3	93	6	61	35	0	0	64	0.94
860223--860340	10	12.8	9	75	20	77	79	0	10	9	0.97
860232--860355	9	13.1	10	77	16	90	80	1	8	8	0.97
860299--860355	1	57.0	1	75	0	51	87	3	5	3	0.73
861635--862026	55	7.2	55	89	2	612	28	14	28	27	1.96
861635--862026	109	3.6	110	95	2	684	28	14	28	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11