genome.fa.s8982.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008982.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112344_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2253222

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2369--2393	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
7747--7821	31	2.3	32	90	6	116	38	1	8	52	1.40
9279--9336	19	3.1	19	97	0	107	32	27	15	24	1.95
9351--9405	20	2.7	20	82	2	65	21	23	16	38	1.93
9421--9485	20	3.2	20	93	0	112	26	29	18	26	1.98
9970--10068	44	2.3	42	93	6	180	33	35	12	19	1.88
10579--10647	20	3.5	20	87	0	102	36	26	20	17	1.94
11964--11990	14	1.9	14	100	0	54	7	18	29	44	1.77
11965--11997	14	2.5	13	90	9	50	6	21	24	48	1.72
12190--12249	24	2.5	24	83	0	84	38	18	18	25	1.93
13064--13150	20	4.3	20	85	0	111	29	20	25	24	1.99
13165--13210	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
13176--13212	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
14327--14385	21	2.7	22	86	5	75	35	5	1	57	1.31
14920--14965	21	2.2	21	84	3	58	73	2	2	21	1.04
17106--17177	36	2.0	36	97	2	137	30	8	15	45	1.75
17262--17368	36	2.9	36	87	1	142	40	14	20	25	1.90
17387--17461	36	2.1	36	92	2	125	45	9	17	28	1.79
17437--17548	27	3.9	28	70	17	86	32	12	18	36	1.88
17502--17767	94	2.7	96	89	7	387	37	13	18	30	1.89
17620--17692	37	2.0	37	94	0	128	41	13	19	26	1.88
17585--17767	102	1.8	101	93	3	323	37	12	18	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20879--20931	21	2.5	20	76	11	52	11	32	9	47	1.71
23285--23309	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
25020--25240	21	10.6	21	74	13	197	19	19	25	35	1.96
25020--25265	42	5.9	41	89	4	327	20	19	23	36	1.95
25035--25265	84	2.8	83	93	4	376	20	19	23	36	1.95
25996--26130	21	6.5	21	72	10	125	34	25	20	20	1.96
25969--26104	42	3.3	42	92	2	213	36	24	18	20	1.95
25969--26130	42	3.9	40	86	3	189	36	24	19	20	1.95
26421--26507	44	2.0	45	90	2	140	41	21	10	26	1.85
27060--27112	5	10.6	5	81	18	58	64	0	0	35	0.94
27051--27112	17	4.0	17	80	17	73	64	0	0	35	0.94
29141--29181	21	2.0	21	90	0	64	43	0	14	41	1.45
29422--29510	33	2.8	33	86	3	110	25	28	35	10	1.88
29543--29617	33	2.3	33	90	0	114	8	40	24	28	1.83
29609--29655	14	3.4	14	90	0	76	6	27	40	25	1.80
31519--31598	31	2.6	30	80	11	90	42	1	3	52	1.27
31552--31601	20	2.5	20	78	12	59	40	2	2	56	1.22
31672--32529	3	291.7	3	78	15	814	2	32	2	62	1.21
33676--33700	7	3.6	7	100	0	50	24	32	12	32	1.91
34891--34951	30	2.1	29	84	3	77	37	6	16	39	1.75
37466--37515	24	2.2	22	82	7	55	52	0	0	48	1.00
41552--41617	22	3.2	20	72	12	62	40	9	6	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45273--45335	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
56322--56363	21	2.0	21	100	0	84	33	14	0	52	1.42
56351--56495	33	4.5	33	93	1	249	31	8	15	44	1.76
59165--59216	24	2.2	24	100	0	104	15	26	17	40	1.89
73681--73723	21	2.0	22	90	4	70	46	0	0	53	1.00
77903--77942	21	1.9	21	85	10	55	50	2	5	42	1.37
79135--79292	21	7.8	20	71	9	88	38	25	16	19	1.92
79195--79311	20	5.7	20	75	12	78	38	23	17	20	1.93
79279--79488	20	10.5	20	81	5	210	36	24	18	20	1.95
80168--80214	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
80387--80411	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
82689--82889	33	5.9	34	80	14	204	46	18	21	13	1.83
82703--82867	19	9.4	19	76	19	189	46	18	21	13	1.83
82731--82889	52	3.0	52	98	0	300	46	16	22	13	1.83
82914--82992	19	4.4	19	80	16	105	13	22	17	45	1.84
83099--83135	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
85045--85091	20	2.4	20	89	3	69	44	29	14	10	1.79
85082--85138	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
85063--85155	33	2.8	33	91	0	150	47	23	19	9	1.79
85096--85160	19	3.7	19	78	19	86	46	20	21	12	1.83
85156--85284	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
85156--85247	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85331--85612	93	3.1	93	98	1	541	45	19	12	22	1.83
87302--87363	20	3.2	20	79	4	81	43	19	24	12	1.86
87347--87403	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
87300--87420	33	3.5	33	90	6	179	44	20	23	10	1.83
87300--87425	19	7.1	19	72	18	101	43	20	24	11	1.84
87437--87493	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
87451--87539	19	4.9	19	71	15	71	11	22	21	44	1.83
87477--87551	19	3.8	20	76	5	80	13	22	20	44	1.86
87421--87510	33	2.7	33	94	0	153	8	22	25	43	1.82
87630--87700	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
87882--87935	21	2.5	22	78	3	65	20	16	38	24	1.92
88082--88275	20	9.6	20	81	5	212	19	19	25	35	1.96
88082--88273	60	3.2	60	84	0	249	19	19	26	34	1.96
88262--88344	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
88242--88340	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
90790--90866	36	2.1	36	83	7	93	48	1	5	45	1.33
90842--90889	18	2.7	18	80	9	62	54	4	0	41	1.20
97433--97507	21	3.6	21	94	0	132	30	32	16	21	1.95
97522--97575	21	2.6	21	90	0	81	20	20	25	33	1.97
97927--97964	6	6.5	6	93	6	69	0	15	52	31	1.43
97924--97960	17	2.2	17	100	0	74	0	18	51	29	1.47
98103--98203	41	2.5	41	90	0	157	36	21	18	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98088--98286	21	9.6	21	74	11	153	32	25	19	23	1.97
98295--98348	21	2.6	21	90	0	81	20	20	25	33	1.97
99799--99848	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
100254--100286	17	1.9	17	88	11	50	63	0	3	33	1.10
100363--100398	17	2.2	16	90	5	54	44	5	0	50	1.25
100632--100727	33	3.0	33	84	3	115	28	14	23	33	1.94
107011--107081	29	2.4	29	90	0	115	19	30	12	36	1.89
111812--111848	19	1.9	19	94	0	65	24	13	8	54	1.66
115236--115290	22	2.4	23	81	3	67	70	21	3	3	1.18
115533--115564	14	2.1	16	88	11	50	50	18	15	15	1.79
125292--125317	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
131187--131227	22	2.0	20	85	9	55	29	0	9	60	1.28
132607--132644	15	2.5	15	95	0	67	28	7	18	44	1.78
137154--137196	21	2.0	21	86	0	59	20	13	11	53	1.71
142935--142976	19	2.3	18	91	4	66	42	0	2	54	1.13
144214--144247	14	2.4	14	90	5	50	61	2	5	29	1.34
145556--145603	21	2.3	20	86	10	62	31	10	22	35	1.88
148346--148416	24	3.0	24	85	2	90	21	19	23	35	1.96
151076--151123	21	2.3	21	85	3	62	31	14	18	35	1.91
156325--156399	30	2.5	30	89	2	107	52	16	12	20	1.75
162167--162284	56	2.2	54	84	4	148	42	8	15	33	1.77
162672--162705	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162693--162759	35	1.9	35	90	6	109	49	0	0	50	1.00
166514--166558	20	2.2	20	84	7	56	46	2	0	51	1.13
172973--173013	20	2.0	20	100	0	82	24	17	19	39	1.92
172918--173090	77	2.2	77	88	0	247	28	14	19	37	1.91
173050--173110	20	3.0	20	82	0	77	24	14	19	40	1.89
172973--173187	97	2.2	97	89	1	333	28	14	18	37	1.91
173150--173187	20	1.9	20	100	0	76	23	15	21	39	1.92
173070--173398	77	4.3	77	91	3	509	29	13	18	38	1.90
172930--173264	174	1.9	174	89	2	521	28	14	18	37	1.91
173224--173264	20	2.0	20	100	0	82	24	17	19	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12