genome.fa.s8982.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008982.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112344_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2253222

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  12  of  12  ( 1401 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2151343--2151492	80	1.9	80	100	0	300	32	0	15	52	1.43
2151298--2151663	134	2.7	134	98	0	705	34	0	13	52	1.43
2151422--2151529	32	3.7	32	76	23	146	34	0	13	51	1.42
2151455--2151497	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2151477--2151955	80	5.9	80	86	9	698	33	0	13	52	1.44
2151556--2151695	32	4.7	31	78	18	154	35	0	11	52	1.43
2151620--2151673	14	3.6	14	72	18	54	37	0	5	57	1.22
2151713--2151774	32	1.9	32	93	6	108	32	0	14	53	1.41
2151755--2151794	20	2.0	20	100	0	80	35	0	15	50	1.44
2151775--2151858	32	2.6	32	92	0	141	34	1	11	52	1.46
2151918--2151960	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2151985--2152043	31	1.9	31	92	0	100	42	10	6	40	1.65
2161038--2161143	3	35.0	3	98	1	203	66	0	0	33	0.92
2161396--2161493	24	4.2	24	85	3	128	17	11	12	59	1.61
2163284--2163374	29	3.1	30	82	4	105	43	8	16	30	1.78
2163328--2163372	14	3.1	14	75	6	54	46	8	13	31	1.74
2163771--2163821	19	2.7	19	78	6	50	60	1	1	35	1.19
2165450--2165523	21	3.5	21	88	3	105	22	27	14	35	1.94
2165513--2165727	41	5.3	41	70	12	156	37	20	18	24	1.94
2165513--2165709	20	9.6	20	69	14	100	38	19	17	24	1.93
2165737--2165766	12	2.5	12	94	0	51	36	16	0	46	1.47
2165793--2165861	27	2.6	27	100	0	138	37	20	0	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165916--2166021	39	2.7	39	79	13	128	37	15	0	46	1.52
2166067--2166109	22	2.0	22	85	0	59	27	2	0	69	1.00
2168822--2168868	14	3.4	14	87	0	58	53	23	12	10	1.70
2176315--2176664	43	8.1	43	83	2	255	32	21	22	24	1.98
2176292--2176664	129	2.9	127	78	7	367	32	21	22	23	1.98
2176353--2176664	86	3.6	86	81	5	339	33	21	22	22	1.98
2182971--2183019	22	2.2	22	85	0	62	20	18	14	46	1.83
2188700--2188770	36	2.0	36	91	0	115	29	11	12	46	1.77
2188885--2188922	19	2.0	19	85	10	51	39	5	0	55	1.23
2189069--2189099	15	2.1	15	93	0	53	38	3	0	58	1.15
2195345--2195407	28	2.4	25	78	19	74	65	1	25	7	1.29
2199522--2199562	22	1.9	21	85	5	55	70	9	7	12	1.33
2201799--2201833	16	2.1	17	89	5	54	11	5	14	68	1.37
2202604--2202643	19	2.1	19	100	0	80	25	27	15	32	1.95
2203069--2203133	31	2.1	31	88	0	94	21	7	20	50	1.72
2212924--2212951	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2220998--2221035	20	2.0	19	85	10	51	50	5	21	23	1.69
2221181--2221250	37	1.9	37	85	8	99	45	4	1	48	1.30
2230195--2230224	13	2.3	13	94	0	51	60	3	0	36	1.14
2230362--2230390	13	2.2	13	100	0	58	79	0	0	20	0.74
2231632--2231797	39	4.4	36	73	15	133	45	7	4	42	1.52
2231626--2231776	72	2.1	75	84	10	197	47	7	4	41	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232904--2232961	28	2.1	28	100	0	116	55	3	10	31	1.50
2232917--2232971	21	2.7	20	74	5	56	58	1	9	30	1.40
2232969--2233014	21	2.1	22	96	4	85	23	36	0	39	1.55
2235245--2235306	20	3.0	20	80	2	79	14	25	37	22	1.92
2239091--2239130	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2242001--2242100	21	4.8	21	72	9	78	25	13	37	25	1.91
2241975--2242100	42	3.0	41	81	5	155	23	14	38	23	1.91
2242390--2242511	63	1.9	62	81	6	147	31	33	12	22	1.91
2244218--2244273	19	2.9	19	92	5	87	51	21	16	10	1.74
2244286--2244325	20	2.0	20	95	0	71	10	17	20	52	1.72
2244665--2244711	22	2.1	22	84	0	58	19	17	38	25	1.92
2244841--2244933	20	4.7	20	74	15	93	21	17	18	43	1.89
2244837--2244953	60	2.0	60	91	3	191	18	17	19	44	1.87
2244837--2244945	20	5.4	20	69	12	80	18	18	19	44	1.88
2244938--2244977	21	1.9	21	94	0	71	25	12	30	32	1.92
2244938--2245028	20	4.6	19	69	13	58	23	14	29	32	1.94
2250239--2250277	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2250739--2250855	30	3.5	33	72	22	109	71	2	7	17	1.21
2250808--2250862	24	2.3	24	78	6	58	78	1	3	16	0.98
2250772--2250862	38	2.3	38	83	14	107	75	2	6	15	1.10
2250874--2250933	14	4.0	14	78	19	59	75	0	5	20	0.99
2250877--2250922	23	2.0	24	87	12	69	73	0	6	19	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2250885--2250935	27	2.0	25	85	14	68	78	0	3	17	0.90
2250885--2250946	26	2.3	26	81	13	65	74	3	3	19	1.10
2250944--2251000	21	2.6	22	78	10	64	66	1	12	19	1.32
2250918--2251000	43	1.9	44	85	7	116	68	3	8	19	1.30
2252078--2252126	1	49.0	1	79	0	53	89	2	2	6	0.62
2252077--2252128	19	2.6	19	90	6	77	86	1	1	9	0.72
2252092--2252125	9	3.7	9	96	4	59	91	0	0	8	0.43
2252077--2252128	10	5.2	10	86	9	79	86	1	1	9	0.72
2252165--2252559	35	11.2	36	75	19	232	45	7	3	44	1.46
2252167--2252552	34	10.9	34	77	16	319	45	6	3	44	1.46
2252263--2252366	30	3.4	30	76	10	104	47	5	2	44	1.42
2252177--2252552	76	5.3	74	77	19	326	44	7	3	44	1.47
2252301--2252378	29	2.9	27	76	12	70	46	7	2	43	1.46
2252167--2252545	111	3.6	102	78	16	305	44	7	3	44	1.47
2252258--2252552	37	8.4	35	78	16	285	44	7	3	45	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12

The End!