genome.fa.s8982.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008982.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112344_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2253222

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1979040--1979372	83	4.1	82	75	10	290	29	14	22	33	1.93
1979063--1979367	162	1.9	160	79	7	348	29	13	22	33	1.93
1979556--1979651	41	2.3	42	81	1	113	36	17	21	23	1.95
1980583--1980609	14	1.9	14	100	0	54	40	7	7	44	1.60
1982090--1982127	17	2.2	17	86	9	51	44	7	5	42	1.56
1982411--1982496	21	4.1	21	74	3	75	39	18	39	2	1.64
1982850--1983204	87	4.1	85	73	8	236	27	23	21	27	1.99
1982850--1983204	43	8.2	44	77	9	232	27	23	21	27	1.99
1987040--1987079	19	2.1	19	100	0	80	20	10	20	50	1.76
1994428--1994459	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1997020--1997095	30	2.5	30	82	6	91	35	21	11	31	1.89
2004626--2004702	3	25.7	3	94	0	136	63	0	1	35	1.03
2005032--2005592	113	5.0	114	92	0	887	29	18	13	38	1.89
2006321--2006724	83	4.9	83	93	3	663	37	21	13	27	1.91
2007650--2007695	10	4.5	10	82	15	58	0	17	0	82	0.67
2007661--2007695	17	2.1	16	89	5	52	0	17	0	82	0.66
2019722--2019753	13	2.5	13	100	0	64	9	62	28	0	1.26
2020379--2020452	3	24.7	3	91	0	121	62	0	1	36	1.04
2025749--2025800	19	2.7	19	90	0	77	42	28	1	26	1.66
2027163--2027187	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2027402--2027481	31	2.6	31	85	0	115	31	5	7	56	1.49
2027679--2027712	15	2.3	15	89	0	50	26	0	5	67	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2032230--2032263	8	4.2	8	100	0	68	61	11	0	26	1.30
2032464--2032504	21	2.0	21	85	9	57	36	21	14	26	1.93
2032825--2032975	53	2.9	51	84	2	187	50	17	9	22	1.75
2032874--2032964	26	3.6	26	72	19	84	52	19	7	19	1.70
2043694--2043745	19	2.7	19	96	0	95	32	17	28	21	1.96
2044073--2044161	44	2.0	44	100	0	178	29	21	6	42	1.78
2044415--2044473	18	3.2	18	74	9	64	22	18	28	30	1.97
2052798--2052842	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2054071--2054202	31	4.2	31	80	5	149	26	18	21	33	1.97
2054184--2054283	30	3.3	30	91	2	148	21	22	26	31	1.98
2057468--2057512	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2058741--2058842	31	3.3	31	77	8	116	31	15	17	35	1.92
2058854--2058953	30	3.3	30	91	2	148	21	22	26	31	1.98
2063213--2063247	18	1.9	18	94	0	61	17	14	37	31	1.89
2064153--2064207	24	2.3	23	76	11	58	56	7	3	32	1.44
2067880--2067904	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2070141--2070234	39	2.3	40	82	7	111	32	9	18	39	1.83
2081572--2081639	35	1.9	35	85	5	93	44	25	0	30	1.54
2081642--2081720	35	2.3	35	77	4	88	40	0	17	41	1.50
2081963--2082018	28	2.0	28	100	0	112	35	25	3	35	1.73
2088014--2088146	65	2.0	66	98	1	259	33	21	15	29	1.95
2089655--2089697	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2089657--2089705	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2089645--2090057	54	7.6	54	79	12	477	52	11	0	35	1.38
2089700--2089752	14	3.5	14	72	18	52	56	5	0	37	1.23
2089682--2089738	18	3.4	18	69	18	59	54	12	0	33	1.38
2089811--2089864	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22
2089853--2089917	22	3.0	22	95	0	121	50	12	0	36	1.40
2089931--2089979	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
2089983--2090025	22	2.0	22	95	0	77	53	11	0	34	1.37
2089985--2090033	22	2.2	22	85	3	62	57	12	0	30	1.36
2089709--2090236	188	2.8	183	88	6	717	52	11	0	35	1.38
2089988--2090137	80	1.9	80	97	2	284	53	14	0	32	1.41
2090068--2090236	54	3.1	54	96	1	313	52	10	0	37	1.35
2090117--2090161	22	2.0	22	95	0	81	48	11	0	40	1.39
2090144--2090222	22	4.4	18	66	23	58	53	10	0	36	1.35
2090115--2090167	22	2.4	22	87	6	72	52	9	0	37	1.34
2090171--2090271	22	4.5	22	70	7	85	51	8	0	39	1.33
2090216--2090364	15	9.5	15	82	11	165	49	2	1	46	1.21
2090162--2090318	69	2.3	67	86	7	203	50	5	1	42	1.34
2089794--2090349	54	10.8	49	79	12	209	51	9	0	38	1.38
2090192--2090364	45	3.6	46	78	15	165	49	3	1	46	1.26
2092959--2093062	35	2.9	35	83	5	138	31	2	18	47	1.63
2092959--2093064	37	3.0	36	85	9	146	32	2	17	47	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2093133--2093206	37	2.0	37	100	0	148	40	27	2	29	1.70
2096888--2096938	22	2.3	22	93	0	84	41	17	23	17	1.90
2097596--2097712	35	3.2	36	83	7	139	33	5	16	44	1.72
2097596--2097713	37	3.2	37	84	4	141	33	5	16	44	1.72
2098873--2098915	22	1.9	23	85	4	61	32	9	16	41	1.80
2098923--2098970	23	2.1	23	84	0	60	37	12	14	35	1.84
2099449--2099515	23	2.9	23	84	0	89	38	20	1	38	1.62
2099932--2100004	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
2099040--2100841	490	3.7	490	97	0	3384	40	10	7	41	1.69
2100431--2100494	23	2.8	23	90	0	101	34	23	6	35	1.80
2103336--2104092	183	4.1	183	96	1	1324	33	17	14	35	1.89
2105295--2105342	3	16.0	3	82	0	60	27	33	6	33	1.82
2105296--2105357	12	5.2	12	84	3	81	24	33	8	33	1.85
2105314--2105365	12	4.4	12	85	4	70	19	34	11	34	1.88
2106961--2108993	200	10.1	200	96	1	3730	31	17	14	36	1.90
2106961--2108993	399	5.1	400	96	1	3730	31	17	14	36	1.90
2109100--2109160	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
2109112--2109160	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
2110951--2111016	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
2111050--2111114	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
2113131--2113183	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
2113336--2113383	20	2.4	20	82	6	53	22	12	8	56	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2113509--2113555	20	2.3	20	89	10	78	17	19	8	55	1.67
2113295--2113767	181	2.6	182	89	1	700	26	17	13	42	1.87
2117024--2117055	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2122338--2122404	20	3.3	20	75	10	64	31	28	10	29	1.90
2122335--2122425	41	2.2	40	80	5	103	34	26	9	29	1.89
2122456--2122504	20	2.5	20	89	0	80	34	26	4	34	1.76
2122562--2122627	26	2.5	27	92	2	116	48	15	3	33	1.60
2122869--2122943	20	3.7	20	85	7	98	24	12	30	33	1.91
2138150--2138179	9	3.3	9	100	0	60	10	0	0	90	0.47
2138150--2138197	9	4.9	10	85	7	55	14	0	2	83	0.74
2138152--2138197	21	2.4	19	85	10	58	15	0	2	82	0.76
2138230--2138332	48	2.1	48	89	3	154	26	0	21	51	1.54
2138230--2138321	24	3.8	24	95	0	157	27	1	22	48	1.57
2142418--2142470	24	2.2	24	96	0	97	9	22	18	49	1.76
2142442--2142549	37	2.9	38	86	5	150	22	19	16	41	1.90
2142581--2142688	36	2.9	37	79	8	130	24	19	14	41	1.89
2142925--2143788	106	8.2	106	92	0	1343	34	25	17	23	1.96
2145381--2145409	9	3.3	9	95	4	51	10	0	0	89	0.48
2145387--2145427	21	2.1	19	86	9	55	14	0	2	82	0.76
2145460--2145562	48	2.1	48	89	3	154	26	0	21	51	1.54
2145460--2145551	24	3.8	24	95	0	157	27	1	22	48	1.57
2145567--2145623	27	2.0	28	83	12	73	12	12	1	73	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2149693--2149748	24	2.3	25	75	3	60	25	17	10	46	1.80
2150771--2150830	29	2.1	29	87	6	86	25	10	48	16	1.77
2150938--2150962	12	2.1	12	100	0	50	24	8	24	44	1.80
2151201--2151344	30	4.5	30	74	15	119	46	0	4	49	1.21
2151201--2151318	15	7.5	15	81	13	121	47	0	2	50	1.14
2151298--2151395	32	3.4	31	73	26	115	36	0	10	53	1.35
2151321--2151363	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
2151216--2151373	69	2.3	67	84	6	203	44	0	5	50	1.26
2151298--2151970	54	12.4	54	75	12	494	34	0	13	52	1.43
2151366--2151413	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12