genome.fa.s8982.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008982.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112344_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2253222

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
719224--719397	67	2.6	67	83	7	201	17	26	27	28	1.97
725608--725643	17	2.0	19	89	10	58	44	5	11	38	1.63
725778--725877	31	3.2	31	80	7	121	32	17	19	32	1.94
728404--728503	31	3.2	31	80	7	121	32	17	19	32	1.94
737274--737330	10	5.4	10	74	12	51	8	10	19	61	1.54
737274--737346	33	2.2	34	87	7	105	9	9	19	61	1.54
739785--739811	13	2.1	13	100	0	54	0	14	0	85	0.61
742439--742498	23	2.7	22	85	10	70	21	21	35	21	1.96
742721--742760	21	1.9	21	94	0	71	50	7	10	32	1.64
745841--745910	20	3.5	20	88	0	95	32	18	27	21	1.97
752612--752687	40	1.9	39	94	2	134	40	9	17	32	1.81
756368--756408	20	2.1	20	86	13	59	51	4	17	26	1.65
758140--758383	117	2.1	116	80	4	276	34	11	20	33	1.89
761064--761106	16	2.7	16	96	0	77	37	20	11	30	1.89
762542--762594	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
762584--762710	20	6.3	20	82	3	157	40	19	18	21	1.92
763572--763625	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
766040--766098	20	3.0	20	82	5	75	38	23	16	20	1.92
766225--766261	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
767646--767697	21	2.5	22	81	9	63	21	17	38	23	1.93
767615--767697	42	2.0	42	83	4	105	22	19	36	21	1.95
768206--768272	20	3.3	20	85	0	89	38	22	16	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768319--768442	20	6.5	20	83	10	152	17	20	22	39	1.92
768281--768419	54	2.6	54	89	1	199	16	22	21	39	1.92
770322--770389	20	3.4	20	83	0	73	44	25	16	14	1.85
770435--770481	20	2.3	20	88	0	67	21	19	23	36	1.95
771070--771202	20	6.7	20	84	0	185	22	18	18	40	1.91
771199--771244	21	2.2	21	88	7	67	39	17	26	17	1.91
771363--771478	57	2.0	57	100	0	232	31	10	13	43	1.78
771468--771497	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
777000--777061	32	1.9	32	83	6	81	11	11	29	48	1.74
777016--777062	16	3.0	16	75	3	51	10	8	31	48	1.68
782036--782084	24	2.0	24	84	0	62	10	14	26	48	1.75
782047--782109	24	2.6	24	89	0	90	11	11	20	57	1.64
783181--783213	16	2.1	16	94	0	57	15	15	15	54	1.71
789194--789316	64	1.9	63	83	1	156	23	21	19	35	1.96
801500--801530	11	2.8	11	95	0	53	22	16	32	29	1.95
804057--804110	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
804329--804405	26	2.8	26	72	14	66	53	0	2	44	1.14
804498--804527	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
807528--807606	21	3.7	22	84	5	108	27	20	30	21	1.98
809087--809284	105	1.9	105	86	2	281	25	13	21	38	1.90
813469--813498	8	3.8	8	95	0	51	20	0	26	53	1.46
815329--815916	294	2.0	294	100	0	1176	36	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817270--817298	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
828154--828208	15	3.3	17	67	12	51	3	9	27	60	1.44
828811--828891	25	3.2	25	73	16	76	58	2	1	38	1.20
828822--828891	14	5.3	13	72	19	56	60	2	0	37	1.12
828822--828891	11	5.3	14	68	25	53	60	2	0	37	1.12
828817--828891	27	2.9	25	75	14	80	58	2	0	38	1.12
828875--828937	26	2.7	23	75	20	58	58	3	1	36	1.23
831295--831321	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
834690--834754	3	21.7	3	83	0	85	58	0	6	35	1.23
834835--834862	13	2.2	13	100	0	56	14	7	0	78	0.95
835721--835764	23	1.9	23	85	0	61	54	0	0	45	0.99
838990--839041	20	2.6	20	90	0	77	17	11	7	63	1.50
840721--840746	8	3.2	8	100	0	52	26	15	11	46	1.80
841206--841349	72	2.0	72	93	2	245	25	18	18	37	1.93
844352--844435	23	3.7	23	85	0	114	23	26	25	25	2.00
849889--849951	23	2.7	23	87	0	90	20	23	26	28	1.99
851894--851918	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
853148--853202	26	2.1	26	96	0	101	40	3	18	38	1.68
860489--860569	21	3.8	22	79	7	78	23	37	24	14	1.93
865032--865094	23	2.7	23	95	0	108	20	26	26	25	1.99
866237--866426	46	4.1	46	89	0	290	28	26	8	36	1.86
866987--867165	75	2.4	75	86	0	250	31	16	22	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867998--868157	54	3.0	53	82	7	189	34	14	21	29	1.93
868518--868640	22	5.6	22	90	0	183	32	13	12	41	1.82
868517--868640	44	2.8	43	92	2	203	32	13	12	41	1.81
869296--869817	116	4.5	116	92	1	776	30	20	20	28	1.98
869789--869842	20	2.7	20	94	5	92	27	22	22	27	1.99
875079--875112	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
875152--875185	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
875655--875902	130	1.9	130	92	0	415	35	12	14	36	1.85
876299--876374	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
877975--878041	25	2.7	25	75	11	66	53	2	0	43	1.16
878061--878120	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
878694--878764	21	3.4	21	76	3	72	40	7	2	49	1.45
879910--879975	28	2.4	27	80	14	73	57	7	4	30	1.47
883367--883519	41	3.7	41	76	5	139	31	18	18	30	1.96
885133--885610	112	4.3	112	89	0	661	45	13	14	26	1.81
885468--886142	182	3.7	182	93	0	1136	41	12	17	29	1.85
886185--886230	20	2.3	20	96	0	83	52	19	10	17	1.74
886624--886671	23	2.1	23	96	0	87	37	16	8	37	1.79
887973--888005	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
888646--888699	25	2.2	24	83	3	63	27	7	3	61	1.40
888671--888716	20	2.3	20	88	3	67	26	4	4	65	1.30
889038--889070	17	1.9	17	88	11	50	24	9	6	60	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893421--893527	13	7.3	13	75	21	88	15	45	21	16	1.85
893434--893506	18	4.3	18	78	16	93	16	49	20	13	1.79
893417--893512	31	3.1	31	93	0	174	16	48	19	14	1.80
893488--893527	8	5.5	8	77	22	52	15	40	25	20	1.90
893488--893533	15	3.2	14	87	6	58	17	36	23	21	1.94
894824--894858	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
902998--903032	13	2.7	13	90	0	52	48	22	0	28	1.51
903574--903637	34	1.9	34	87	3	94	12	25	20	42	1.87
903574--903662	20	4.8	19	71	20	57	13	23	17	44	1.84
906280--906431	68	2.2	68	87	2	207	28	26	26	17	1.98
906761--906820	30	2.0	31	90	3	95	36	6	23	33	1.81
907041--907128	22	4.0	22	100	0	176	18	27	27	27	1.98
913191--913343	68	2.2	68	87	2	209	28	26	26	17	1.98
913673--913732	30	2.0	31	90	3	95	36	6	23	33	1.81
913953--914040	22	4.0	22	100	0	176	18	27	27	27	1.98
914884--915034	21	7.2	21	62	10	58	22	37	19	21	1.95
914862--915034	42	4.1	42	81	3	197	22	36	19	21	1.95
914829--915004	84	2.1	84	97	0	334	21	37	17	23	1.94
914829--915034	84	2.5	84	91	1	297	22	36	17	23	1.95
916329--916365	14	2.6	14	88	12	58	29	0	21	48	1.50
916487--916551	14	4.3	14	73	17	58	46	21	23	9	1.80
916472--916552	33	2.5	33	93	0	135	44	19	22	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
916472--916532	19	3.5	19	72	21	60	44	19	21	14	1.86
916562--916687	33	3.8	32	86	8	182	15	22	19	42	1.88
916563--916687	19	7.4	19	65	24	91	16	22	18	43	1.88
916562--916686	66	1.9	66	96	0	232	16	22	19	42	1.89
918978--919014	12	3.1	12	100	0	74	0	27	0	72	0.84
919189--919242	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
920015--920066	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
920051--920142	20	4.6	20	71	2	67	40	21	17	20	1.92
920367--920474	54	2.0	53	89	1	162	43	19	19	17	1.88
920468--920541	19	4.5	16	83	16	66	13	20	18	47	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12