genome.fa.s8985.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008985.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112349_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1528252

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
429--466	16	2.4	16	86	8	51	26	0	2	71	1.00
10045--10079	17	2.0	18	94	5	63	74	0	5	20	1.02
23855--23884	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
31386--31451	30	2.2	30	100	0	132	42	12	3	42	1.57
31843--31873	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
35805--35846	13	3.2	13	86	0	57	28	21	14	35	1.92
36003--36051	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
43849--43888	21	1.9	21	84	0	53	32	10	5	52	1.56
45032--45113	36	2.5	31	80	17	103	25	18	4	51	1.66
48773--48863	41	2.2	40	84	7	112	23	13	26	37	1.91
50546--50608	26	2.4	26	77	15	67	46	0	4	49	1.23
50571--50612	17	2.7	15	83	16	59	50	0	4	45	1.23
50580--50670	17	5.4	17	69	21	75	43	1	6	48	1.36
50590--50686	50	1.9	51	95	4	178	41	2	6	50	1.39
50531--50670	67	2.1	67	84	9	189	45	1	5	47	1.35
51512--51572	20	3.0	20	76	9	61	60	11	13	14	1.59
53883--54280	31	12.8	31	92	1	618	48	23	3	25	1.65
54509--54734	6	38.5	6	76	4	201	5	4	44	45	1.46
54693--54748	28	2.0	28	93	6	96	12	1	39	46	1.52
54699--54740	22	1.9	22	85	0	57	11	2	38	47	1.53
55048--55258	114	1.9	114	92	2	361	35	8	27	28	1.86
55693--55937	18	14.1	18	72	13	219	42	5	6	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55659--55959	51	5.8	51	82	9	369	42	5	6	44	1.56
55771--55828	17	3.5	17	69	21	50	48	5	5	41	1.48
55756--55917	33	4.7	31	78	17	153	42	4	6	45	1.52
55988--56024	18	2.1	18	89	0	56	43	0	5	51	1.24
56102--56229	18	6.8	18	68	22	68	42	7	7	42	1.63
56154--56221	22	3.2	22	70	16	70	41	5	8	44	1.60
56152--56245	42	2.2	41	87	7	127	42	5	8	43	1.57
56194--56239	18	2.6	17	76	10	56	41	6	8	43	1.61
56268--56299	7	4.6	7	100	0	64	43	43	0	12	1.42
56345--56390	23	2.0	23	83	8	58	52	4	2	41	1.33
56308--56483	39	4.6	40	71	17	108	44	5	5	44	1.48
56480--56519	18	2.2	18	90	0	62	40	5	10	45	1.60
56513--56626	2	57.0	2	77	13	110	47	3	1	47	1.29
56605--56690	43	2.0	44	97	2	165	38	4	2	54	1.34
56748--57238	216	2.3	215	95	1	876	28	12	7	51	1.68
57971--58043	26	2.8	25	76	15	67	32	2	2	61	1.24
57970--58054	26	3.2	25	72	25	59	34	2	2	61	1.22
57996--58059	25	2.4	28	80	15	73	34	1	3	60	1.22
58202--58259	21	2.9	19	80	7	53	37	1	3	56	1.26
58185--58264	20	4.1	20	77	7	83	40	1	2	56	1.21
60204--60554	154	2.3	155	84	5	465	49	6	16	28	1.69
66414--66444	16	1.9	16	100	0	62	41	6	19	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72298--72322	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
77036--77421	198	1.9	197	86	6	539	48	5	20	25	1.71
80184--80217	15	2.3	15	89	0	50	14	2	47	35	1.60
83632--83830	31	6.5	31	87	6	255	51	0	0	48	1.00
83670--83815	2	79.0	2	80	15	145	51	0	0	48	1.00
85702--85756	10	5.6	10	85	10	78	34	29	21	14	1.93
85702--85757	19	2.9	19	87	10	78	33	28	21	16	1.95
92928--92958	13	2.4	13	94	0	53	16	19	48	16	1.81
92971--93025	10	5.6	10	85	10	78	34	29	21	14	1.93
92971--93026	19	2.9	19	87	10	78	33	28	21	16	1.95
93678--93735	31	2.0	31	83	10	77	44	22	0	32	1.53
95786--95831	9	4.7	10	78	10	51	32	0	2	65	1.05
95786--95848	28	2.2	28	82	5	72	31	1	3	63	1.19
95783--95830	11	4.6	11	78	21	59	33	0	2	64	1.05
95785--95831	19	2.4	20	80	16	62	31	0	2	65	1.04
96228--96272	17	2.6	17	78	0	54	46	0	4	48	1.22
99654--99700	23	2.0	23	84	8	60	31	10	2	55	1.46
104991--105025	13	2.6	14	91	8	56	5	11	2	80	1.00
105459--105489	16	1.9	16	93	0	53	54	25	3	16	1.56
107102--107158	21	2.8	20	71	10	53	22	0	29	47	1.52
115134--115182	14	3.3	16	75	16	52	73	0	0	26	0.83
115205--115248	22	2.0	23	81	4	54	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115203--115262	30	2.0	30	83	9	77	51	1	1	45	1.21
116257--116290	17	2.1	16	88	5	50	47	26	0	26	1.53
116952--116980	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
121478--121534	11	5.4	11	77	8	55	54	1	0	43	1.10
121463--121540	14	5.6	14	75	17	54	51	2	0	46	1.14
125812--125875	26	2.4	26	94	2	110	34	14	23	28	1.93
137528--137572	7	6.4	7	92	0	72	2	37	0	60	1.09
143475--143500	12	2.2	12	100	0	52	30	0	0	69	0.89
149732--149766	18	1.9	18	94	0	61	34	14	25	25	1.94
151320--151365	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
152536--152588	21	2.5	21	93	0	97	24	20	28	26	1.99
153396--153474	27	2.9	27	96	0	140	29	5	29	36	1.79
154668--154702	18	1.9	18	94	0	61	37	17	22	22	1.94
156186--156249	23	2.8	23	82	0	92	32	26	25	15	1.95
157412--157452	18	2.3	18	100	0	82	43	21	4	29	1.73
157829--157891	20	2.9	20	77	15	63	23	26	19	30	1.98
157829--157893	24	2.9	22	80	13	71	24	26	18	30	1.98
157937--158116	83	2.2	83	95	0	324	26	25	19	28	1.99
166838--166880	3	14.0	3	90	4	68	67	0	30	2	1.03
167045--167085	6	6.8	6	94	0	73	51	14	0	34	1.43
167045--167091	18	2.6	18	93	0	76	51	12	0	36	1.40
175745--175774	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176587--176738	71	2.2	70	83	7	184	35	19	15	28	1.93
177134--177288	2	83.0	2	73	24	135	45	0	4	49	1.22
177134--177287	9	17.8	9	73	18	96	46	0	4	49	1.22
177134--177288	29	5.6	28	77	16	130	45	0	4	49	1.22
177134--177288	27	5.6	29	78	15	132	45	0	4	49	1.22
177137--177289	5	30.2	5	75	19	88	45	0	4	50	1.22
186956--187007	20	2.7	18	77	16	59	48	0	3	48	1.20
186956--187015	21	3.0	20	71	9	50	48	1	5	45	1.34
188675--188746	35	2.1	35	97	0	135	41	11	20	26	1.86
189106--189145	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
189149--189173	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
189202--189230	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
189545--189621	41	1.9	39	89	5	118	19	27	5	48	1.70
189783--189825	9	4.7	9	78	16	52	16	4	0	79	0.90
189775--189844	14	5.2	13	78	13	52	15	7	2	74	1.16
200878--200904	14	1.9	14	100	0	54	37	22	18	22	1.95
200939--201442	106	5.0	95	85	5	400	34	22	19	23	1.97
201034--201473	106	4.2	105	86	2	587	33	22	20	24	1.97
201032--201473	210	2.1	211	87	1	645	33	22	20	24	1.97
201956--202027	35	2.1	35	100	0	144	40	11	20	27	1.87
202402--202441	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
202613--202647	17	2.1	17	88	0	52	42	5	0	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202660--202729	28	2.6	28	76	10	83	35	5	0	58	1.22
202672--202713	22	1.9	22	85	9	59	42	7	0	50	1.30
202928--203007	40	2.0	40	86	9	112	31	5	7	56	1.49
211058--211111	22	2.5	22	96	0	99	37	24	27	11	1.89
211502--211553	23	2.4	21	85	14	79	36	15	13	34	1.87
211510--211559	23	2.2	23	100	0	100	36	20	14	30	1.91
212500--212542	8	5.4	8	82	0	50	39	23	9	27	1.85
212500--212542	16	2.7	16	81	0	59	39	23	9	27	1.85
214896--215086	60	3.2	58	78	5	179	30	24	5	40	1.77
214928--215086	59	2.7	59	77	6	171	30	25	4	39	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9