genome.fa.s8985.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008985.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112349_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1528252

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
692173--692258	27	3.1	27	84	5	91	63	9	2	24	1.35
692612--693051	37	11.8	37	74	13	271	44	3	7	44	1.48
692697--693056	37	9.8	36	78	9	325	47	2	7	42	1.44
692691--693056	73	5.0	72	81	9	384	46	2	7	43	1.46
692929--692968	14	2.7	15	88	11	64	45	0	7	47	1.31
694255--694323	29	2.4	29	74	13	79	31	11	5	50	1.62
699575--699737	85	1.9	85	84	2	220	30	20	22	25	1.98
700360--700399	20	2.1	19	85	4	53	27	0	2	70	1.01
700398--700491	39	2.4	38	81	10	104	41	4	10	43	1.59
700398--700621	36	6.1	37	77	13	107	43	4	8	43	1.54
700465--700664	36	5.5	35	82	5	132	46	3	7	44	1.46
700574--700791	40	5.2	45	77	14	161	48	2	5	44	1.37
700603--700654	28	1.9	26	88	7	77	46	3	5	44	1.45
700459--701019	111	4.9	110	78	12	458	45	2	6	45	1.42
700660--701025	37	9.8	37	80	9	370	46	1	6	45	1.37
701032--701085	10	5.6	10	78	20	53	29	1	0	68	1.00
701036--701072	13	2.8	13	100	0	74	29	0	0	70	0.88
701040--701091	16	3.1	16	81	10	59	26	3	0	69	1.06
702470--702495	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
703698--703778	3	27.0	3	100	0	162	33	0	66	0	0.92
703777--703936	54	3.0	54	93	0	257	38	11	30	18	1.87
704154--704233	31	2.6	31	95	0	142	32	12	7	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708183--708208	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
711739--711813	21	3.6	21	79	0	87	24	22	20	33	1.97
712513--712565	21	2.5	21	93	0	97	28	22	26	22	1.99
712555--712608	21	2.6	21	84	0	72	27	20	22	29	1.98
721728--721767	20	1.9	22	90	10	66	57	0	15	27	1.38
723685--723787	12	8.7	12	70	17	63	27	3	28	40	1.74
723684--723794	48	2.3	49	87	4	156	27	4	27	39	1.76
723685--723788	24	4.4	23	84	8	120	26	4	27	40	1.76
724080--724117	18	2.1	18	100	0	76	39	23	10	26	1.87
726834--726881	19	2.6	19	83	9	55	25	29	18	27	1.98
726702--726861	65	2.5	65	85	7	202	31	23	17	27	1.97
734990--735044	25	2.4	22	82	11	67	38	0	41	20	1.52
734999--735049	25	2.0	25	96	0	93	41	0	33	25	1.56
735356--735515	65	2.5	63	82	9	180	32	22	16	28	1.95
735488--735535	19	2.6	19	83	9	55	25	29	18	27	1.98
749377--749411	18	1.9	18	88	0	52	48	11	20	20	1.79
749397--749426	15	1.9	16	93	6	53	36	13	30	20	1.90
765327--765360	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
768294--768393	45	2.2	44	78	5	103	34	18	22	26	1.96
768403--768460	20	2.7	20	81	10	62	31	17	22	29	1.96
770015--770082	23	3.0	23	82	0	82	17	23	26	32	1.97
771385--771464	23	3.5	23	96	0	142	50	16	12	21	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783207--783246	19	2.1	19	85	0	53	5	5	7	82	0.94
784100--784124	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
785705--785741	19	1.9	19	88	0	56	8	16	0	75	1.02
789827--789860	16	2.1	16	88	0	50	64	8	5	20	1.43
789902--789934	15	2.1	17	88	11	52	69	6	3	21	1.24
791516--791725	96	2.3	90	85	5	276	21	24	13	40	1.89
791871--791933	20	3.2	20	86	0	90	31	20	19	28	1.97
792011--792047	19	1.9	19	88	0	56	37	21	16	24	1.93
791879--792146	118	2.3	119	91	1	421	32	19	16	31	1.94
792789--792837	22	2.2	22	96	0	89	38	16	10	34	1.82
792933--793036	54	1.9	54	88	0	154	30	19	5	44	1.74
799185--799223	15	2.6	15	79	0	51	58	7	10	23	1.56
799265--799304	17	2.5	16	88	8	55	67	5	2	25	1.23
803669--803718	21	2.3	21	86	3	64	10	20	8	62	1.52
804203--804255	19	2.8	20	86	11	67	52	9	20	16	1.71
809876--810099	119	1.9	119	96	0	412	52	9	7	30	1.62
813848--813897	20	2.5	20	78	12	59	40	2	2	56	1.22
813816--813898	31	2.7	30	81	10	96	40	1	3	54	1.26
814609--814695	31	2.8	30	84	6	111	56	3	0	40	1.16
814609--814695	11	8.3	11	71	18	69	56	3	0	40	1.16
814641--814693	20	2.5	21	74	20	56	58	3	0	37	1.16
816538--816580	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817340--817379	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
818059--818096	17	2.2	17	90	0	58	63	0	0	36	0.95
822514--822562	3	16.3	3	91	0	80	30	0	4	65	1.11
829724--829757	13	2.6	14	86	13	54	58	23	11	5	1.55
832441--832465	12	2.1	12	100	0	50	36	0	32	32	1.58
837439--837477	17	2.4	17	91	4	62	64	5	0	30	1.15
838020--838057	19	2.0	19	85	10	51	76	0	5	18	0.97
840862--840986	47	2.8	45	86	7	173	31	20	8	40	1.82
842111--842149	14	2.8	14	96	0	69	23	20	20	35	1.96
842375--842438	29	2.2	30	80	5	76	34	23	4	37	1.76
845353--845440	2	44.0	2	100	0	176	50	0	0	50	1.00
847308--847342	6	5.8	6	90	10	54	34	0	11	54	1.37
855746--855840	49	1.9	49	86	0	136	49	14	21	14	1.79
856570--857272	105	6.7	105	95	0	1217	33	24	18	22	1.97
858897--858931	6	5.8	6	90	10	54	34	0	11	54	1.37
863964--864019	20	2.8	20	78	10	69	21	5	5	67	1.31
863964--864018	10	5.4	10	79	12	58	20	5	5	69	1.29
864325--864351	14	1.9	14	100	0	54	59	0	3	37	1.15
865124--865161	17	2.2	17	86	9	51	68	0	13	18	1.21
866658--866878	49	4.6	49	77	5	189	32	23	13	31	1.92
867820--867868	20	2.5	20	89	0	80	28	22	12	36	1.90
869104--869229	50	2.6	48	78	12	139	32	26	11	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874605--874656	21	2.5	21	96	0	95	51	9	15	23	1.72
875458--875488	16	1.9	16	93	0	53	48	9	16	25	1.76
880693--880728	12	2.7	14	83	16	58	44	8	5	41	1.58
884576--884615	18	2.3	17	82	4	53	70	0	10	20	1.16
884885--884919	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
885274--885310	9	4.0	9	92	3	56	83	2	13	0	0.74
891729--891820	32	2.9	31	79	14	98	29	15	8	46	1.75
891729--891856	66	2.0	66	84	7	172	30	14	7	47	1.71
891729--891960	35	6.9	34	76	11	140	31	15	6	46	1.72
891728--891982	69	3.7	68	77	11	213	31	16	7	45	1.75
891728--892213	36	14.0	35	72	15	217	32	15	8	44	1.76
892279--892586	66	4.7	67	75	12	280	33	15	12	39	1.84
892274--892606	130	2.5	131	81	4	386	34	14	12	38	1.83
892486--892541	29	2.0	28	85	3	76	39	10	12	37	1.78
893731--893785	27	2.0	27	92	0	92	29	20	5	45	1.73
895000--895037	18	2.1	18	90	0	58	21	10	36	31	1.87
900784--900819	18	2.0	18	88	0	54	8	8	8	75	1.21
903269--903308	20	2.0	20	100	0	80	55	5	15	25	1.60
911140--911171	16	1.9	17	93	6	57	50	6	18	25	1.70
923226--923258	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
939031--939087	20	2.9	19	80	16	71	15	21	29	33	1.94
939032--939087	9	5.6	10	80	16	71	14	21	30	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939100--939130	13	2.4	13	94	0	53	16	48	19	16	1.81
939149--939215	29	2.3	29	86	0	89	25	10	25	38	1.87
944491--944521	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
946342--946372	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
951721--951751	13	2.4	13	94	0	53	16	19	48	16	1.81
951763--951819	19	2.9	20	85	14	75	35	28	21	15	1.94
951763--951818	9	5.7	10	85	10	80	35	28	21	14	1.92
951763--951819	30	1.9	30	96	0	105	35	28	21	15	1.94
960145--960183	13	3.0	13	96	0	69	17	20	46	15	1.84
960186--960240	10	5.6	10	85	10	78	34	29	21	14	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9