genome.fa.s8985.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008985.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112349_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1528252

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214928--215086	58	2.7	58	75	12	153	30	25	4	39	1.75
215219--215373	60	2.6	60	84	4	215	43	5	20	30	1.75
215219--215394	60	2.9	58	81	6	201	41	5	22	30	1.75
215304--215495	96	2.0	96	96	0	357	40	4	24	31	1.74
215739--215878	36	3.9	36	98	0	262	16	23	14	45	1.84
216980--217150	78	2.2	78	87	2	245	32	2	38	27	1.70
225301--225858	209	2.6	209	91	3	861	51	8	11	28	1.67
225898--225972	7	10.7	7	76	11	64	20	1	28	50	1.56
225897--225972	21	3.7	20	78	5	80	21	1	27	50	1.57
226056--226100	2	22.0	2	95	4	81	48	2	0	48	1.13
226454--226549	28	3.4	28	72	11	81	22	0	25	52	1.48
226467--226538	21	3.5	21	84	5	94	25	0	20	54	1.45
226638--226672	15	2.3	15	90	9	54	42	2	2	51	1.31
226968--226992	13	1.9	13	100	0	50	44	32	8	16	1.76
225960--227610	584	2.9	572	85	8	2108	36	9	11	42	1.74
227085--227179	49	1.9	49	85	4	129	34	7	7	50	1.58
227163--227205	13	3.3	13	93	0	77	41	0	6	51	1.29
227186--227236	20	2.4	21	74	9	59	41	7	5	45	1.57
227244--227273	9	3.3	9	100	0	60	63	0	0	36	0.95
225948--228335	550	4.3	545	79	11	2456	36	8	11	42	1.72
227673--227706	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
227765--227820	22	2.4	22	85	8	67	53	0	5	41	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228118--228171	21	2.6	21	82	8	74	22	0	24	53	1.46
228178--228207	7	4.3	7	100	0	60	53	16	0	30	1.44
228275--228317	17	2.5	17	88	3	59	44	2	4	48	1.36
228266--228297	13	2.5	13	94	0	55	40	0	9	50	1.35
228406--228448	4	10.8	4	84	0	59	44	23	6	25	1.78
228409--228447	8	4.9	8	96	0	69	41	25	7	25	1.82
228661--228701	20	2.1	20	86	4	57	26	26	0	46	1.53
229026--229102	38	2.0	39	87	2	111	58	5	2	33	1.34
229685--229757	38	1.9	38	83	8	96	39	9	17	32	1.82
229839--229926	32	2.8	32	83	0	95	31	25	13	29	1.94
230562--230631	34	2.1	32	89	5	104	22	30	15	31	1.95
232122--232160	20	2.0	20	94	0	69	15	30	33	20	1.94
237317--237360	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
237463--237495	17	1.9	17	88	11	50	36	0	3	60	1.12
237719--237743	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
238213--238327	47	2.4	47	89	0	185	33	15	20	31	1.94
239053--239348	30	9.8	31	77	6	272	38	27	14	19	1.90
239090--239363	90	3.0	90	85	6	342	38	25	15	20	1.92
239084--239356	60	4.6	60	86	4	336	38	26	15	20	1.92
242301--242633	126	2.6	125	89	2	488	26	20	25	27	1.99
242883--242970	32	2.8	32	87	0	113	31	23	14	29	1.95
244196--244238	18	2.4	19	80	11	54	37	6	2	53	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244873--244941	20	3.5	20	78	7	88	53	5	2	37	1.40
245272--245421	76	2.0	76	84	6	196	28	2	10	58	1.44
246125--246202	7	11.0	7	72	5	50	21	2	2	73	1.08
249043--249118	19	3.9	19	66	16	57	27	1	11	59	1.41
249025--249184	58	2.7	58	89	2	223	29	0	14	55	1.44
249809--249885	7	11.0	7	72	8	50	23	2	0	74	0.95
249811--249865	24	2.3	22	80	17	65	20	3	0	76	0.94
251124--251464	30	11.4	30	78	7	327	38	28	14	18	1.90
251161--251449	60	4.8	60	92	0	452	39	27	13	19	1.89
251118--251464	90	3.9	90	81	5	396	38	28	14	19	1.90
255199--255269	20	3.5	19	77	11	70	54	5	1	38	1.33
256493--256667	30	5.8	30	81	4	183	39	24	13	23	1.90
256829--256868	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
260682--260883	68	3.0	68	94	0	341	27	12	12	47	1.78
260750--260857	37	3.1	37	63	20	95	28	12	12	46	1.78
260971--261035	32	2.0	33	90	3	105	29	6	16	47	1.71
262269--262331	26	2.4	26	97	0	117	49	22	22	6	1.72
263740--263818	30	2.6	30	84	4	88	39	32	12	15	1.85
263769--264110	30	11.4	29	81	5	342	36	27	16	19	1.93
263777--264110	60	5.6	60	89	2	483	36	27	15	20	1.93
263769--264095	90	3.6	90	85	3	397	36	27	15	19	1.93
266963--267092	30	4.4	29	75	7	100	40	29	11	19	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269055--269109	21	2.6	21	94	0	92	25	20	23	30	1.98
273296--273335	21	2.0	21	90	5	64	45	7	12	35	1.70
273438--273490	26	2.0	26	100	0	106	49	11	13	26	1.75
274443--275010	205	2.8	202	83	5	680	38	14	11	35	1.82
275077--275109	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
275315--275385	32	2.2	32	84	0	88	32	18	11	38	1.86
278154--278476	36	8.9	36	89	0	475	32	21	26	19	1.97
281032--281104	21	3.7	21	70	18	66	52	2	2	42	1.30
281099--281327	22	10.5	22	74	16	130	36	8	1	54	1.39
281104--281248	36	4.0	36	78	12	170	35	7	2	55	1.40
281104--281238	73	1.9	72	84	10	186	35	6	1	56	1.35
281273--281346	29	2.5	29	80	8	78	39	8	0	52	1.31
281317--281350	14	2.4	14	90	0	50	47	11	0	41	1.40
281448--281495	24	2.0	24	88	8	71	47	0	14	37	1.44
281830--281890	6	9.8	6	87	5	86	44	16	3	36	1.64
282320--282407	29	3.3	27	77	6	81	54	2	9	34	1.44
282364--282606	20	11.5	20	73	18	142	48	3	4	44	1.39
282335--282427	7	13.1	7	69	13	57	51	3	10	34	1.53
282423--282549	2	63.0	2	80	16	147	50	1	3	44	1.27
282382--282549	18	9.4	18	80	11	118	50	2	4	42	1.36
282570--282597	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
282524--282605	31	2.7	30	76	14	89	43	7	1	47	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282597--282746	7	21.9	7	70	17	68	54	4	8	34	1.49
282597--282746	13	10.9	13	71	13	88	54	4	8	34	1.49
282690--282869	8	23.0	8	70	21	75	51	2	8	37	1.47
282639--282930	22	13.8	22	67	24	107	51	2	8	37	1.46
282642--282747	20	5.0	21	75	15	60	54	3	8	33	1.48
282620--282889	71	3.8	71	72	15	211	51	3	7	36	1.48
283570--283629	12	5.0	12	68	8	50	50	16	15	18	1.79
283564--283666	24	4.3	25	75	11	90	49	15	15	19	1.80
284624--284654	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
291313--291357	13	3.3	14	82	14	58	51	0	4	44	1.21
291246--291352	22	4.8	21	70	25	78	52	1	8	37	1.43
291348--292040	6	107.0	6	68	20	85	36	7	2	53	1.40
291350--291565	17	13.2	17	67	21	90	37	6	1	54	1.35
291335--291913	99	6.1	92	70	22	355	36	7	2	53	1.41
291321--291537	2	111.0	2	65	22	70	41	5	1	52	1.34
291447--291759	140	2.2	140	85	8	406	35	8	2	53	1.45
291672--291982	73	4.5	68	75	16	302	35	8	1	54	1.43
291689--291982	51	5.8	50	71	22	172	35	8	2	54	1.43
291517--291982	213	2.2	210	82	10	535	34	8	2	54	1.44
291873--291928	23	2.4	24	85	5	80	37	10	1	50	1.48
291975--292469	2	252.0	2	62	21	104	45	4	5	45	1.45
292091--292135	21	2.1	21	83	0	54	46	0	6	46	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
292209--292271	31	2.1	30	85	8	83	44	4	7	42	1.54
291321--292464	22	55.5	20	67	20	120	40	6	3	50	1.44
292234--292335	35	2.9	35	76	14	93	46	5	2	45	1.42
292283--292469	11	17.5	11	64	22	62	45	3	5	45	1.44
292091--292425	20	17.1	20	69	17	138	44	5	6	44	1.51
292220--292460	132	1.8	132	83	7	326	45	4	5	44	1.47
292346--292464	61	2.0	61	83	6	152	47	3	6	42	1.46
294753--294819	24	2.8	24	77	4	64	55	17	10	16	1.69
299393--299451	24	2.3	26	80	17	77	37	18	10	33	1.85
299402--299450	24	2.0	24	96	0	89	38	20	10	30	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9