genome.fa.s9001.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009001.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112383_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4740655

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1940765--1940951	83	2.2	83	82	3	223	32	20	18	28	1.96
1940974--1941013	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
1959837--1959923	42	2.1	42	97	0	165	33	24	17	25	1.96
1960927--1961123	44	4.7	43	75	13	176	47	8	18	25	1.77
1960927--1961185	129	2.0	128	81	10	298	49	8	17	25	1.74
1960942--1961217	44	6.4	43	73	13	169	49	7	16	26	1.71
1963398--1963424	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
1968729--1968774	16	2.6	18	86	10	60	71	13	2	13	1.23
1969811--1969891	28	3.2	28	64	29	81	34	6	3	55	1.42
1969811--1969904	47	2.0	47	100	0	188	36	6	4	53	1.46
1977880--1978154	46	6.0	46	94	0	478	20	22	12	45	1.83
1978204--1978265	18	3.4	18	97	0	115	41	22	4	30	1.74
1981180--1981211	15	2.1	15	94	0	55	34	34	12	18	1.89
1985736--1985767	13	2.4	13	94	5	55	62	0	9	28	1.26
1985766--1985800	18	1.9	18	94	0	61	85	0	2	11	0.69
1986988--1987030	17	2.6	17	82	14	54	76	4	2	16	1.05
1987027--1987075	20	2.4	21	80	10	57	51	8	0	40	1.32
1987039--1987088	26	1.9	26	88	8	75	52	8	0	40	1.31
1987115--1987160	23	2.0	24	82	4	58	41	4	6	47	1.49
1987057--1987550	36	13.3	38	78	10	379	43	6	3	45	1.47
1987368--1987533	38	4.5	37	74	12	108	44	7	3	44	1.49
1987474--1987550	39	2.1	39	83	13	101	45	3	2	48	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1988167--1988574	85	4.8	85	88	1	581	26	16	21	35	1.94
1990167--1990368	99	2.0	99	89	0	305	29	17	18	34	1.94
1995613--1995674	30	2.1	30	81	6	72	72	3	3	20	1.13
1995687--1995781	36	2.6	36	84	3	118	50	7	0	42	1.30
1995821--1995912	36	2.5	37	91	3	150	45	6	5	42	1.53
1995889--1995955	28	2.3	29	97	2	127	46	7	0	46	1.31
1995806--1996030	105	2.2	99	80	9	249	43	6	3	46	1.47
1995916--1996114	38	5.3	38	75	15	148	42	8	3	46	1.48
1995918--1996028	37	2.9	36	84	8	132	43	7	1	47	1.41
1995924--1996126	36	5.4	36	71	18	123	42	7	2	46	1.46
1995916--1996103	74	2.5	77	76	13	187	42	7	3	46	1.49
1996045--1996121	35	2.1	35	88	9	109	42	6	2	48	1.42
2005095--2005150	21	2.6	21	82	5	58	67	3	0	28	1.07
2005095--2005150	28	2.0	28	86	6	78	67	3	0	28	1.07
2005095--2005150	7	7.9	7	76	11	51	67	3	0	28	1.07
2006516--2006589	36	2.1	36	89	5	114	25	1	13	59	1.42
2008701--2008766	33	2.1	31	86	8	89	36	24	15	24	1.93
2013464--2013529	33	2.1	31	83	8	80	36	22	15	25	1.93
2020884--2020918	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2026958--2026991	6	6.0	6	93	6	54	82	0	17	0	0.67
2030245--2030309	16	4.1	15	73	13	60	58	3	0	38	1.14
2030432--2030485	18	3.1	18	82	10	60	57	1	5	35	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2030556--2030597	22	2.0	22	90	4	68	47	2	4	45	1.36
2038014--2038051	18	2.1	18	85	9	51	10	0	10	78	0.95
2038007--2038051	23	1.9	23	86	4	63	11	0	8	80	0.92
2044907--2044977	29	2.4	29	93	4	117	38	18	9	33	1.84
2045174--2045316	60	2.4	60	77	5	137	37	15	14	32	1.88
2049099--2049156	28	2.1	28	87	9	84	37	1	13	46	1.54
2049261--2049292	16	2.1	16	88	11	50	65	0	0	34	0.93
2049306--2049338	17	2.0	17	88	5	50	66	6	9	18	1.40
2049483--2049574	16	5.1	16	73	24	53	45	7	0	46	1.31
2049482--2049598	59	2.0	58	98	1	225	45	8	0	46	1.34
2049498--2049588	21	4.5	21	72	25	72	45	7	0	47	1.31
2051146--2051179	15	2.3	15	100	0	68	17	0	11	70	1.16
2060052--2060086	13	2.8	13	86	4	54	37	2	0	60	1.12
2061305--2061422	51	2.2	53	83	5	150	27	8	20	44	1.80
2064285--2064382	50	1.9	51	93	6	173	9	28	12	50	1.70
2064913--2065383	234	2.0	233	97	2	897	34	15	18	31	1.92
2069783--2069823	21	1.9	21	85	5	55	41	24	2	31	1.68
2071485--2071553	32	2.2	32	89	0	102	21	34	26	17	1.95
2071485--2071541	15	3.7	15	75	9	60	21	36	26	15	1.93
2074169--2074222	27	2.0	27	100	0	108	18	14	29	37	1.91
2074963--2074999	14	2.6	14	95	0	65	13	35	0	51	1.41
2077772--2077816	22	2.0	22	82	4	54	31	31	26	11	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079027--2079388	119	3.0	121	92	1	620	25	14	24	35	1.93
2079249--2079284	18	2.0	18	100	0	72	11	22	33	33	1.89
2079391--2079463	23	3.3	23	82	3	96	23	21	23	31	1.98
2083265--2083309	22	2.0	22	82	4	54	33	33	24	8	1.86
2084610--2084645	18	2.0	18	100	0	72	11	22	33	33	1.89
2084507--2084868	121	3.0	120	94	0	636	24	13	25	36	1.93
2084731--2084766	18	2.0	18	94	0	63	13	19	33	33	1.91
2084582--2084768	62	3.1	62	63	26	153	24	13	25	36	1.92
2084875--2084935	23	2.7	23	89	0	95	19	26	27	26	1.99
2086168--2086237	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
2086237--2086267	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
2087420--2087460	18	2.3	18	91	0	64	46	17	4	31	1.69
2087586--2087621	18	2.0	18	89	10	56	38	22	5	33	1.77
2099117--2099148	8	4.0	8	91	0	55	59	12	3	25	1.48
2102051--2102217	84	2.0	83	96	3	309	34	40	4	20	1.73
2103699--2103744	24	1.9	24	95	0	83	19	43	17	19	1.88
2103983--2104007	12	2.1	12	100	0	50	84	8	8	0	0.79
2104788--2104846	31	1.9	31	82	6	75	22	1	6	69	1.21
2107114--2107155	7	6.0	7	81	8	50	14	16	14	54	1.71
2107114--2107155	15	3.0	14	83	10	50	14	16	14	54	1.71
2107215--2107273	26	2.3	26	84	0	82	22	11	8	57	1.61
2109222--2109280	17	3.6	16	78	15	57	83	3	10	3	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2109218--2109268	19	2.7	18	81	6	57	84	3	7	3	0.86
2111518--2111985	81	5.7	81	96	1	785	27	13	21	36	1.91
2112005--2112204	104	1.9	104	88	2	303	31	11	21	36	1.89
2114832--2114886	22	2.5	22	90	0	92	34	12	14	38	1.84
2115356--2116465	118	9.7	115	90	4	1546	35	13	20	30	1.91
2116872--2117209	76	4.5	76	94	1	563	24	21	18	35	1.96
2116872--2117209	151	2.2	152	93	1	572	24	21	18	35	1.96
2117336--2117444	3	35.7	3	85	3	146	36	1	0	61	1.07
2117562--2117625	27	2.4	27	97	0	119	18	43	18	18	1.88
2117869--2117898	14	2.1	15	93	6	53	76	6	16	0	0.99
2118698--2118748	19	2.8	18	82	8	68	19	1	5	72	1.15
2122874--2122915	21	2.0	21	86	9	59	35	30	9	23	1.87
2123775--2123859	41	2.0	44	82	11	106	47	4	3	44	1.41
2124015--2124054	14	2.9	14	92	7	64	35	2	0	62	1.09
2124024--2124071	8	6.2	8	76	9	55	39	0	0	60	0.97
2124052--2124112	20	3.2	19	73	17	56	50	0	0	49	1.00
2126868--2126922	3	18.3	3	100	0	110	65	0	0	34	0.93
2127045--2127211	40	4.2	40	85	1	210	28	16	30	23	1.97
2127871--2127972	43	2.4	43	88	0	141	23	17	31	27	1.97
2128069--2128178	43	2.6	43	89	0	157	20	18	30	30	1.96
2127852--2128292	206	2.1	206	90	0	702	22	20	26	30	1.98
2128390--2128512	64	1.9	64	88	3	185	30	9	19	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2129898--2129954	17	3.2	17	76	16	53	1	10	5	82	0.90
2129898--2129960	21	2.9	22	81	11	76	1	11	4	82	0.88
2129915--2129961	17	2.8	17	86	0	67	4	8	4	82	0.91
2129915--2129972	17	3.5	17	83	2	55	3	12	5	79	1.02
2135198--2135222	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2135198--2135247	15	3.6	14	80	15	59	38	0	0	62	0.96
2137601--2137639	21	1.9	20	89	5	60	33	20	17	28	1.96
2140041--2140098	20	2.9	20	97	0	107	29	15	37	17	1.90
2140137--2140206	21	3.5	21	90	5	101	34	15	21	28	1.94
2140531--2140967	55	7.9	55	87	1	534	34	17	21	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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