genome.fa.s9001.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009001.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112383_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4740655

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490865--2490924	25	2.4	24	73	13	59	26	5	18	50	1.67
2499146--2499270	24	5.2	24	83	8	146	26	15	20	38	1.91
2499164--2499202	12	3.2	12	79	13	53	28	12	23	35	1.91
2500612--2500636	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2500835--2500884	24	2.1	24	88	0	73	44	20	12	24	1.85
2500845--2500969	24	5.2	25	84	12	145	38	20	16	25	1.92
2500887--2500983	48	2.0	48	82	4	115	43	17	15	23	1.87
2503437--2503475	18	2.2	18	95	0	69	17	20	43	17	1.88
2513303--2513347	20	2.2	20	100	0	90	51	13	26	8	1.70
2515100--2515136	14	2.7	13	91	8	56	40	2	2	54	1.29
2515346--2515506	87	1.8	88	94	1	288	42	10	13	33	1.79
2515508--2516230	199	3.6	198	80	6	773	32	14	13	39	1.85
2519526--2520687	199	5.8	197	79	5	1242	31	16	13	38	1.88
2519523--2520689	400	2.9	399	91	1	1815	31	16	13	38	1.88
2520688--2520726	15	2.6	15	87	0	51	33	7	20	38	1.81
2520998--2521049	11	4.5	11	72	13	50	42	9	11	36	1.74
2522038--2522090	6	8.8	6	89	0	52	30	28	3	37	1.75
2522337--2522371	18	1.9	18	88	0	52	17	22	28	31	1.96
2522915--2523002	2	44.0	2	100	0	176	50	0	0	50	1.00
2523662--2524618	200	4.8	199	85	4	1142	32	14	13	39	1.85
2524875--2524923	19	2.6	19	93	6	82	55	8	2	34	1.41
2526489--2526555	18	3.7	18	100	0	134	0	37	4	58	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2526796--2526860	21	3.1	21	95	0	112	13	33	9	43	1.76
2529201--2529996	182	4.4	182	89	1	1112	27	16	14	41	1.87
2529851--2530148	150	2.0	150	91	0	488	26	18	16	38	1.92
2532269--2532305	16	2.2	18	85	9	51	70	0	0	29	0.88
2533693--2533739	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
2533481--2533953	181	2.6	181	90	1	716	41	13	17	27	1.87
2533874--2533920	20	2.4	19	79	10	58	53	8	17	21	1.70
2536141--2536205	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
2536239--2536304	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
2538094--2538142	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
2538379--2539139	200	3.8	200	94	1	1274	36	14	18	30	1.90
2540606--2540657	6	8.7	6	82	0	59	40	5	32	21	1.77
2540606--2540657	12	4.3	12	85	0	68	40	5	32	21	1.77
2540606--2540657	18	2.9	18	88	0	68	40	5	32	21	1.77
2541868--2542456	183	3.2	183	95	1	1029	34	14	16	34	1.89
2542330--2542576	120	2.1	120	95	0	440	31	13	16	38	1.88
2542147--2543044	303	3.0	302	95	0	1598	34	14	16	35	1.89
2542633--2542879	120	2.1	120	91	0	395	32	12	15	38	1.86
2541868--2543044	486	2.4	475	76	10	1304	34	14	16	34	1.89
2546466--2546511	23	2.1	22	84	8	58	36	17	8	36	1.81
2546382--2546630	87	2.9	87	93	1	412	34	15	8	41	1.78
2546785--2546815	16	1.9	16	93	0	53	61	22	0	16	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2546826--2546872	22	2.1	22	88	0	67	48	23	6	21	1.72
2546886--2546944	22	2.6	22	81	5	64	42	16	8	32	1.79
2548261--2548367	36	3.1	36	77	13	132	19	19	23	37	1.94
2548540--2548602	11	5.9	11	69	14	51	38	1	3	57	1.24
2553715--2553852	21	6.6	21	89	5	165	40	21	22	15	1.91
2556194--2556282	2	44.5	2	100	0	178	49	0	0	50	1.00
2556510--2556550	11	3.6	11	90	6	64	80	0	19	0	0.71
2556516--2556551	12	3.1	12	96	4	65	83	0	16	0	0.65
2559242--2559509	36	7.4	36	90	1	385	35	24	20	20	1.96
2559870--2560470	54	11.3	55	84	5	672	34	18	25	22	1.96
2560467--2560595	55	2.3	55	80	2	134	34	17	18	29	1.94
2565045--2565094	26	1.9	26	83	0	64	38	4	22	36	1.73
2566336--2566382	18	2.6	18	100	0	94	23	21	31	23	1.98
2567071--2567192	23	5.2	23	75	12	90	22	22	22	32	1.98
2567115--2567194	24	3.4	24	77	6	83	22	23	23	30	1.99
2568460--2568560	22	4.6	22	96	0	184	26	16	16	39	1.90
2568460--2568575	22	5.3	23	89	8	179	25	17	18	38	1.92
2568460--2568600	44	3.2	44	89	2	158	25	17	18	39	1.92
2568460--2568600	66	2.1	66	84	5	178	25	17	18	39	1.92
2569474--2569535	30	2.1	29	87	3	88	33	11	1	53	1.46
2569520--2569567	25	1.9	25	100	0	96	43	10	0	45	1.38
2569611--2569756	30	4.9	29	77	7	125	54	0	6	37	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2569772--2569818	18	2.6	18	82	3	58	42	0	10	46	1.38
2570008--2570051	22	2.0	22	95	0	79	65	4	2	27	1.23
2570016--2570057	10	4.0	10	77	22	50	69	2	0	28	1.01
2570013--2570057	11	4.2	11	85	2	65	66	2	0	31	1.04
2571517--2571652	58	2.3	58	87	7	204	33	29	3	33	1.75
2571523--2571652	57	2.2	57	90	5	199	32	30	3	33	1.76
2573127--2573163	19	1.9	19	88	0	56	21	16	2	59	1.49
2573763--2573801	21	1.9	21	89	5	62	35	5	12	46	1.65
2577536--2577569	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
2579519--2579569	20	2.4	22	83	6	61	31	11	21	35	1.90
2582601--2582634	10	3.3	10	92	8	59	20	17	11	50	1.77
2583682--2583716	18	1.9	18	88	11	54	28	22	5	42	1.76
2585569--2585627	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
2585902--2585946	23	2.0	23	86	0	63	35	22	22	20	1.96
2587748--2587798	25	2.0	25	100	0	102	27	31	3	37	1.75
2587836--2587869	10	3.3	10	88	8	50	23	17	5	52	1.66
2589643--2589701	30	2.0	30	96	3	111	37	6	11	44	1.68
2589785--2589835	20	2.5	21	93	3	86	23	37	15	23	1.93
2590298--2590367	34	2.1	32	84	5	86	31	17	28	22	1.96
2591229--2591276	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
2592372--2592458	42	2.1	42	95	0	156	36	13	14	34	1.86
2592591--2592649	30	2.0	30	93	3	102	35	6	13	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2592762--2592791	14	2.1	14	93	0	51	33	33	13	20	1.91
2592786--2592875	20	4.9	18	72	14	60	28	30	16	24	1.97
2593240--2593309	34	2.1	32	84	5	86	31	15	28	24	1.96
2596012--2596084	30	2.4	30	84	6	94	61	9	12	16	1.56
2596012--2596107	30	3.3	29	82	8	90	61	9	14	14	1.56
2597712--2597742	13	2.5	13	94	5	55	67	0	0	32	0.91
2597712--2597742	3	10.0	3	93	6	53	67	0	0	32	0.91
2597704--2597747	22	2.0	22	86	8	63	65	2	0	31	1.05
2597946--2598150	40	4.8	42	72	16	154	20	18	35	25	1.95
2597942--2598433	134	3.7	134	94	1	774	21	18	33	26	1.96
2598050--2598384	43	7.6	45	68	19	195	21	18	33	26	1.96
2598442--2598521	28	2.9	28	86	3	90	46	15	16	22	1.84
2598658--2598793	74	1.9	70	80	8	157	36	11	17	33	1.86
2599056--2599130	31	2.4	31	84	8	91	40	13	17	29	1.87
2599181--2599237	30	1.9	29	89	3	87	43	12	19	24	1.85
2599313--2599343	15	2.1	15	100	0	62	48	19	19	12	1.81
2599441--2599471	16	1.9	16	100	0	62	25	6	6	61	1.45
2599671--2599804	36	3.7	34	79	7	124	34	14	17	33	1.90
2601619--2601648	13	2.3	13	94	0	51	10	6	3	80	1.01
2601630--2601689	15	3.8	16	76	8	52	1	15	8	75	1.12
2604445--2604527	22	3.9	22	82	14	86	62	0	0	37	0.95
2604443--2604506	22	2.9	23	84	15	91	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2604471--2604534	14	4.4	15	84	9	80	65	0	0	34	0.93
2604476--2604528	7	7.4	7	81	10	63	67	0	0	32	0.91
2604469--2604534	29	2.3	28	82	12	80	66	0	0	33	0.92
2605175--2605199	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
2612954--2613029	6	12.7	6	92	0	116	50	15	0	34	1.45
2615486--2615546	3	20.7	3	74	3	52	59	3	31	6	1.39
2615633--2615671	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
2626408--2626530	59	2.1	59	98	1	239	34	14	16	34	1.89
2628321--2628369	3	15.7	3	79	8	53	40	0	0	59	0.98
2628313--2628358	22	2.1	22	88	8	67	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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