genome.fa.s9001.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009001.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112383_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4740655

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

This is table  11  of  24  ( 2777 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2146898--2146956	21	2.8	21	80	14	68	28	11	20	38	1.88
2152413--2153269	182	4.7	182	89	0	1214	40	15	15	27	1.88
2155653--2155699	18	2.6	18	93	0	76	61	0	36	2	1.08
2155706--2156264	199	2.8	196	82	6	628	37	13	15	33	1.87
2157699--2157734	18	2.0	18	88	0	54	50	5	27	16	1.68
2158737--2158763	11	2.5	11	100	0	54	37	11	7	44	1.68
2159192--2160002	200	4.1	199	86	2	1029	36	14	16	31	1.89
2161070--2161790	200	3.6	197	82	5	817	39	14	15	30	1.87
2161791--2161953	87	1.9	87	93	0	281	31	13	11	42	1.80
2162167--2162234	24	2.8	24	91	4	93	14	10	36	38	1.81
2162181--2162236	24	2.3	24	96	0	94	16	10	32	41	1.82
2174851--2175051	101	2.0	101	94	0	348	27	17	23	31	1.97
2181277--2181337	28	2.1	28	84	3	77	40	8	8	42	1.64
2181438--2181519	31	2.8	29	81	7	101	37	12	13	36	1.82
2181421--2181525	29	3.6	29	78	8	106	38	12	11	38	1.79
2189173--2189219	20	2.3	20	82	13	53	55	2	10	31	1.46
2190445--2190497	15	3.6	14	79	20	63	69	3	0	26	1.05
2190467--2190503	16	2.3	17	86	13	60	70	0	0	29	0.88
2190540--2190607	36	1.9	35	87	3	100	50	8	0	41	1.34
2190540--2190641	34	2.9	36	82	10	113	46	9	0	43	1.43
2190612--2190922	35	8.9	35	86	3	369	42	10	3	43	1.56
2190891--2190937	24	2.0	24	83	8	60	44	12	0	42	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2191481--2191546	32	2.1	32	88	0	96	57	6	10	25	1.55
2192413--2192454	14	3.0	14	80	19	52	50	4	7	38	1.51
2194403--2194441	15	2.7	14	84	7	60	76	5	0	17	0.96
2200374--2200571	98	2.0	100	94	2	346	33	17	11	37	1.85
2203483--2203517	18	1.9	18	94	0	61	37	25	0	37	1.57
2211436--2211475	20	2.0	21	85	5	55	40	30	15	15	1.87
2214350--2214745	57	7.0	57	90	2	636	35	17	10	35	1.85
2214350--2214745	113	3.5	114	91	1	636	35	17	10	35	1.85
2221329--2221552	57	3.9	57	88	1	308	35	18	11	34	1.87
2227894--2227956	19	3.2	19	84	11	65	20	31	30	17	1.96
2237873--2237955	31	2.7	31	94	0	139	37	24	18	20	1.94
2243788--2243812	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
2243298--2244025	380	1.9	367	92	4	1206	38	17	14	29	1.89
2276792--2276914	60	2.0	60	80	0	138	31	21	16	30	1.95
2286610--2286667	18	3.2	18	68	18	57	56	8	17	17	1.64
2286593--2286666	36	2.1	36	100	0	148	58	10	14	16	1.64
2287223--2287270	21	2.4	19	80	13	51	39	12	4	43	1.62
2294309--2294364	28	2.0	28	82	0	67	32	8	26	32	1.87
2294469--2294531	23	2.7	23	72	0	54	15	23	22	38	1.93
2295651--2295684	16	2.1	16	94	0	59	52	14	11	20	1.73
2296821--2296890	30	2.3	31	78	7	90	42	11	4	41	1.60
2297081--2297134	27	2.0	27	100	0	108	29	25	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303338--2303362	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
2308767--2308816	23	2.2	23	85	0	64	40	10	8	42	1.68
2311645--2311708	29	2.2	30	88	2	94	45	17	0	37	1.48
2312699--2312745	20	2.3	20	92	0	76	25	27	14	31	1.95
2313871--2314086	32	6.8	31	79	5	182	35	14	19	29	1.92
2313862--2314097	64	3.7	64	73	7	201	35	13	19	30	1.91
2313862--2314097	96	2.5	95	75	5	240	35	13	19	30	1.91
2315248--2315320	20	3.6	21	79	5	87	31	30	17	20	1.96
2315249--2315329	41	2.0	41	85	4	110	35	28	16	19	1.93
2318349--2318398	22	2.3	23	83	10	61	20	30	18	32	1.96
2319309--2319347	21	1.9	20	84	5	51	33	12	17	35	1.88
2321942--2321980	19	2.1	19	85	4	53	15	20	12	51	1.76
2329712--2329780	34	2.0	34	100	0	138	28	23	14	33	1.94
2339932--2339991	19	3.2	19	80	4	68	23	30	18	28	1.98
2342346--2342391	19	2.5	19	82	3	58	23	36	15	23	1.93
2352434--2352462	14	2.0	15	93	6	51	34	17	6	41	1.76
2360998--2361031	15	2.3	15	100	0	68	29	20	26	23	1.99
2369759--2369799	19	2.2	19	100	0	82	0	14	29	56	1.39
2373425--2373459	17	2.1	17	94	0	61	54	8	5	31	1.54
2376419--2376485	23	2.9	23	90	0	107	37	8	16	37	1.80
2376316--2376564	110	2.3	111	86	2	340	39	10	14	34	1.81
2376526--2376573	23	2.1	23	84	0	60	37	8	20	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2376938--2377338	111	3.6	109	86	5	545	44	11	11	31	1.78
2377248--2377428	90	2.0	91	90	3	285	44	9	12	33	1.75
2377327--2377698	110	3.4	111	89	2	554	44	11	12	32	1.77
2381550--2381592	21	2.0	21	82	8	52	37	13	0	48	1.43
2382582--2382954	155	2.4	156	84	4	473	30	16	6	46	1.72
2384637--2384680	15	3.0	15	80	6	54	45	0	2	52	1.13
2384645--2384754	41	2.6	40	83	9	130	40	0	4	54	1.21
2384654--2384754	42	2.4	42	85	8	136	40	0	3	55	1.18
2384718--2384791	24	3.2	24	78	14	68	54	1	1	43	1.17
2384718--2384761	21	2.1	21	87	8	63	52	0	2	45	1.13
2387689--2387814	60	2.1	60	82	5	148	36	23	7	32	1.82
2391096--2391135	13	3.3	13	73	20	50	60	20	10	10	1.57
2391072--2391147	23	3.3	23	86	1	98	56	18	11	13	1.66
2391357--2391391	14	2.5	14	95	0	61	57	17	14	11	1.66
2393443--2393477	16	2.1	17	89	5	54	31	5	8	54	1.54
2396836--2396937	42	2.5	42	76	7	100	26	23	20	29	1.99
2397091--2397177	41	2.1	41	84	2	111	28	18	19	33	1.95
2396837--2397793	240	4.0	238	91	2	1451	32	14	17	35	1.90
2398490--2398551	24	2.7	24	82	5	65	48	11	4	35	1.60
2400635--2400729	3	32.0	3	95	2	174	31	0	0	68	0.90
2400821--2400872	23	2.3	23	86	0	68	46	36	9	7	1.66
2401833--2401891	30	1.9	30	86	10	84	35	5	16	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2401833--2401891	29	2.0	31	90	6	95	35	5	16	42	1.71
2405895--2405927	17	1.9	17	93	0	57	81	0	3	15	0.80
2405956--2405996	21	2.0	21	90	9	66	73	2	7	17	1.17
2407470--2408804	106	12.6	106	93	0	2256	22	18	24	34	1.96
2412556--2412597	22	2.0	21	90	4	66	73	2	7	16	1.15
2420733--2420763	13	2.4	13	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2420733--2420766	12	2.8	12	90	4	50	50	0	0	50	1.00
2424341--2424518	87	2.0	87	100	0	356	39	11	10	38	1.75
2426517--2426543	14	1.9	14	100	0	54	66	0	7	25	1.17
2427097--2427160	17	3.8	16	80	13	58	7	4	7	79	1.04
2427120--2427153	13	2.7	13	90	4	52	5	5	8	79	1.05
2427115--2427161	17	2.8	17	84	9	60	8	4	8	78	1.07
2428727--2428839	32	3.6	32	87	1	156	33	23	20	22	1.97
2428685--2428839	63	2.5	61	82	7	179	34	21	18	25	1.96
2429329--2429398	18	3.8	18	69	14	54	45	24	2	27	1.67
2431441--2431469	13	2.1	14	93	6	51	55	6	3	34	1.44
2433233--2433713	48	10.3	48	80	7	535	32	18	21	27	1.96
2433259--2433713	96	5.0	90	90	4	621	31	18	21	28	1.97
2434844--2434877	17	1.9	17	88	5	50	2	14	0	82	0.79
2434864--2434907	23	1.9	23	86	9	63	6	13	2	77	1.07
2450864--2450894	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2451986--2452020	17	2.1	17	89	5	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452637--2452735	20	4.9	20	86	0	117	38	21	15	25	1.92
2454464--2454545	42	2.0	42	82	0	101	24	21	19	34	1.97
2459951--2459988	15	2.5	15	84	16	51	63	5	0	31	1.17
2471724--2471772	8	6.1	8	97	0	89	61	0	24	14	1.33
2475231--2475271	16	2.5	17	80	7	50	34	0	0	65	0.93
2475548--2475591	18	2.5	17	85	10	54	27	0	4	68	1.09
2477027--2477097	36	2.0	35	94	2	124	47	16	4	30	1.66
2477036--2477096	21	3.2	21	63	26	53	49	16	3	31	1.62
2481619--2481734	34	3.4	34	90	2	160	40	14	10	34	1.80
2485015--2485067	26	2.0	26	100	0	106	15	18	26	39	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24