genome.fa.s9001.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009001.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112383_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4740655

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723151--723180	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
723307--723346	21	1.9	21	85	10	55	22	27	15	35	1.94
723467--723518	3	17.0	3	80	11	52	34	1	1	61	1.18
723471--723513	16	2.7	16	85	0	59	34	2	2	60	1.22
723468--723517	19	2.7	19	79	14	59	34	2	2	62	1.18
728916--728951	18	2.1	16	90	10	54	55	11	2	30	1.49
728981--729039	24	2.5	24	97	0	109	44	15	20	20	1.87
728981--729040	12	5.0	12	79	0	66	43	16	20	20	1.88
729764--730054	132	2.2	135	79	5	315	35	20	15	28	1.93
737459--737502	23	1.9	23	90	0	70	34	36	11	18	1.86
748408--748471	32	2.0	32	96	0	119	39	12	17	31	1.87
754134--754192	21	2.8	21	84	0	73	33	27	18	20	1.96
754204--754293	42	2.1	42	81	0	108	38	23	13	24	1.90
754198--754293	21	4.6	21	72	0	75	39	21	14	23	1.91
758160--760344	4	549.2	4	95	1	3818	47	25	1	25	1.59
760634--760689	21	2.7	21	88	5	78	35	32	16	16	1.90
764774--764803	15	2.0	15	93	0	51	46	3	0	50	1.18
764870--764941	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
774111--774202	42	2.2	41	80	5	105	23	20	21	33	1.97
773858--774621	260	2.9	259	86	3	1038	34	15	15	34	1.89
774800--774826	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
779830--779854	13	1.9	13	100	0	50	40	8	28	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789011--789056	16	2.9	16	96	0	83	41	0	43	15	1.46
791616--791659	21	2.0	22	91	4	72	18	15	9	56	1.65
793354--793393	11	3.5	11	86	6	53	75	0	20	5	0.99
793359--793398	16	2.5	15	84	11	53	77	0	20	2	0.88
796827--797637	118	6.9	118	88	0	1052	37	14	22	26	1.92
797456--797519	20	3.2	20	67	20	62	37	9	25	28	1.87
799504--799568	35	2.0	32	82	14	80	44	15	3	36	1.62
800539--800581	21	2.0	21	86	0	59	20	41	25	11	1.86
800928--800997	34	2.1	33	86	5	97	31	15	27	25	1.96
804312--804383	29	2.4	30	72	9	76	30	29	5	34	1.80
805087--805195	45	2.4	45	82	1	128	40	10	10	39	1.73
805312--805345	17	2.0	17	94	0	59	41	8	0	50	1.34
805205--805459	124	2.0	127	84	3	338	40	9	5	43	1.61
805318--805357	19	2.2	17	86	8	53	45	7	2	45	1.45
813166--813286	39	3.1	38	75	14	113	32	16	2	48	1.59
814157--814275	4	29.8	4	100	0	238	50	24	0	25	1.50
814276--814329	20	2.5	20	75	19	56	35	1	5	57	1.33
819096--819150	25	2.2	24	87	6	83	25	10	20	43	1.84
819103--819152	25	2.0	25	96	0	91	26	12	16	46	1.81
820527--820605	3	26.3	3	97	0	149	0	31	0	68	0.90
822759--822808	22	2.2	21	83	16	57	70	6	0	24	1.10
822973--823067	23	4.1	23	67	17	63	60	1	4	34	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829450--829837	103	3.8	101	85	5	478	39	11	11	37	1.77
829450--829828	205	1.9	203	84	4	521	39	11	11	37	1.77
835949--836008	21	2.9	21	75	2	59	30	30	23	16	1.96
837539--837584	18	2.5	18	89	3	65	45	23	30	0	1.53
838658--838706	18	2.6	19	90	6	82	18	40	20	20	1.91
839473--839510	20	1.9	20	88	0	58	15	10	36	36	1.82
842844--843008	68	2.4	69	82	1	188	44	9	11	33	1.73
843263--843314	26	2.0	27	85	11	72	50	0	1	48	1.12
843593--843686	29	3.2	29	76	19	79	48	1	1	48	1.15
843639--843682	22	2.0	22	86	8	63	47	0	0	52	1.00
843988--844161	77	2.3	75	79	7	206	34	17	9	37	1.83
844697--844749	21	2.5	21	96	0	97	18	35	26	18	1.95
851681--851731	21	2.4	21	100	0	102	21	37	21	19	1.95
854252--854280	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
854334--854365	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
854456--854487	15	2.1	15	94	0	55	12	9	0	78	0.97
854457--854510	21	2.6	20	80	13	56	14	5	5	74	1.19
854382--854555	14	11.3	15	69	22	62	25	4	2	66	1.25
854483--854559	32	2.4	32	79	14	88	19	2	6	71	1.20
867813--867886	16	4.7	15	75	14	60	35	2	1	60	1.19
867889--867920	15	2.1	15	94	0	55	12	9	0	78	0.97
867890--867943	21	2.6	20	80	13	56	14	5	5	74	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867916--867993	32	2.4	32	79	12	88	20	2	6	70	1.21
873773--873823	25	2.0	25	88	0	75	39	23	23	13	1.91
873806--873914	23	4.8	23	71	7	62	33	22	23	20	1.97
878855--878947	23	4.1	23	78	1	107	34	26	20	18	1.96
884858--885013	81	1.9	81	97	0	294	39	13	11	35	1.81
890317--891227	134	6.8	134	80	4	960	27	17	24	30	1.97
890333--891227	269	3.3	265	83	4	1044	27	17	24	30	1.97
896647--896673	12	2.2	12	100	0	54	51	22	7	18	1.70
901001--901059	29	2.2	25	82	14	66	16	8	13	61	1.56
901007--901085	30	2.7	30	82	2	97	17	11	16	54	1.71
908162--908199	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
911782--911882	43	2.4	42	80	5	123	32	12	13	40	1.83
915174--915227	28	1.9	28	88	7	83	29	24	12	33	1.92
915544--915584	18	2.3	18	87	4	57	29	7	2	60	1.36
916652--920213	965	3.7	969	91	1	5647	22	24	24	27	2.00
920214--925318	966	5.3	970	90	1	7939	22	24	24	28	1.99
926399--926432	12	2.8	12	90	4	50	64	5	2	26	1.30
926714--926874	51	3.2	51	86	3	209	27	26	26	19	1.99
926903--926973	29	2.4	29	88	6	108	30	11	29	28	1.91
930023--930064	22	1.9	22	90	0	66	45	2	0	52	1.13
929998--930091	32	2.8	33	76	14	95	50	1	0	48	1.07
930054--930136	28	2.9	29	77	12	73	51	0	1	46	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
930099--930137	20	1.9	21	94	5	71	51	0	0	48	1.00
930001--930136	30	4.5	30	70	16	84	50	0	0	48	1.11
930168--930274	9	11.6	9	73	19	87	47	0	1	49	1.18
930166--930250	8	9.4	9	75	19	61	48	0	2	49	1.14
930166--930231	27	2.4	27	100	0	132	48	0	3	48	1.17
930242--930314	23	3.1	23	82	5	76	52	2	0	45	1.15
932981--933009	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
935947--936032	32	2.7	33	80	7	106	46	18	9	25	1.79
935975--936156	32	5.7	32	83	0	211	40	17	14	27	1.88
935980--936158	96	1.9	96	84	0	241	41	17	13	26	1.88
938352--938389	19	2.0	20	94	5	69	47	21	2	28	1.64
944200--944246	24	2.0	24	95	0	85	29	25	21	23	1.99
954919--954944	12	2.2	12	100	0	52	30	0	30	38	1.58
957398--958029	320	2.0	320	95	0	1138	26	20	20	32	1.97
961376--961408	17	1.9	17	93	0	57	30	3	21	45	1.67
961503--961551	5	9.8	5	100	0	98	59	0	20	20	1.38
967269--967306	20	1.9	20	89	10	60	21	28	21	28	1.98
973500--973526	13	2.1	13	100	0	54	37	14	0	48	1.45
978441--978698	138	1.9	139	81	4	324	40	15	13	30	1.86
980713--980910	32	6.3	32	88	2	285	27	17	20	34	1.95
987504--987555	19	2.7	19	100	0	104	17	21	34	26	1.95
988078--988108	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
995825--995882	26	2.2	26	100	0	116	18	24	29	27	1.98
998247--998502	137	1.9	137	84	1	343	42	16	12	28	1.84
1001064--1001144	28	2.9	27	79	15	94	37	2	1	59	1.19
1001830--1001893	29	2.2	29	100	0	128	32	6	17	43	1.74
1007728--1007812	42	2.0	42	95	0	152	28	28	2	41	1.68
1010087--1010141	23	2.4	23	85	8	76	25	20	34	20	1.96
1013958--1013997	21	1.9	21	90	10	64	32	7	5	55	1.50
1015871--1015922	19	2.7	19	93	0	86	13	17	38	30	1.88
1015964--1016001	20	1.9	20	100	0	76	10	26	34	28	1.90
1016306--1016856	54	10.2	54	92	0	854	30	15	17	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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