genome.fa.s9001.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009001.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112383_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4740655

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2628323--2628381	16	3.8	16	80	6	68	42	0	0	57	0.98
2633323--2633390	25	2.8	24	82	10	70	72	1	2	23	1.07
2633324--2633405	28	2.8	31	81	13	79	68	2	2	26	1.15
2633441--2633528	32	2.8	31	86	8	124	45	4	3	46	1.40
2633519--2633735	38	5.8	36	83	7	204	45	4	4	46	1.43
2633719--2633767	2	25.0	2	91	4	82	48	2	0	48	1.12
2634410--2635045	84	7.7	80	78	8	512	25	20	24	29	1.99
2634410--2635137	165	4.4	165	89	0	974	25	20	24	29	1.99
2634476--2635095	81	7.6	81	79	8	646	24	21	24	29	1.99
2635482--2635708	95	2.6	87	85	10	293	32	21	18	28	1.97
2635540--2635729	95	2.0	96	92	3	321	31	18	17	32	1.94
2638647--2638685	21	1.9	21	89	5	62	71	0	7	20	1.10
2638647--2638692	21	2.2	21	84	7	58	73	2	6	17	1.14
2640038--2640187	38	3.9	38	82	7	171	46	4	3	46	1.38
2640038--2640155	38	3.1	40	87	8	174	47	2	3	46	1.32
2640043--2640207	38	4.2	40	80	9	166	46	4	3	45	1.42
2641027--2641109	29	2.8	29	94	1	148	40	13	14	31	1.84
2645574--2645625	22	2.4	22	96	0	95	50	26	5	17	1.69
2645803--2645885	29	2.8	29	92	1	139	39	13	15	31	1.86
2647569--2647618	20	2.5	20	86	0	55	40	24	14	22	1.90
2647609--2647657	20	2.5	20	93	0	80	46	24	10	18	1.79
2649383--2649506	29	4.6	27	76	14	96	33	4	12	50	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2650234--2650322	24	3.7	24	75	0	97	28	11	15	44	1.81
2650244--2650347	48	2.2	48	92	0	181	25	14	17	42	1.87
2650258--2650343	24	3.6	24	72	0	73	26	13	17	41	1.87
2650791--2650829	19	2.1	19	86	13	55	30	5	5	58	1.41
2656709--2656766	29	2.0	30	89	3	91	31	5	17	46	1.70
2657480--2657565	24	3.6	24	75	0	100	27	13	15	43	1.85
2657490--2657593	48	2.2	48	96	0	190	25	15	17	42	1.88
2658077--2658115	19	2.1	19	86	13	55	30	5	5	58	1.41
2660441--2660479	14	2.8	14	92	0	69	35	0	17	46	1.49
2660427--2660621	78	2.5	78	91	0	309	28	1	17	52	1.54
2660519--2660557	14	2.8	14	100	0	78	30	0	23	46	1.53
2660763--2660848	20	4.3	20	87	0	118	18	19	18	43	1.89
2663380--2663433	24	2.2	24	86	0	72	42	20	14	22	1.88
2663396--2663447	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
2664176--2664213	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
2664369--2664478	20	5.4	20	72	17	84	33	12	23	30	1.92
2664370--2664486	40	2.9	40	81	6	146	35	11	23	29	1.91
2664637--2664821	41	4.5	41	85	1	255	36	16	19	27	1.93
2664791--2664851	31	2.0	31	93	0	104	32	13	21	32	1.91
2671734--2671781	23	2.1	23	92	0	78	39	8	14	37	1.76
2672377--2673016	182	3.5	181	90	1	969	27	15	13	42	1.85
2672887--2673348	112	4.1	112	92	0	703	26	14	13	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2693397--2693613	59	3.7	59	84	4	219	31	22	10	35	1.88
2700417--2700725	59	5.2	60	77	9	219	30	22	10	36	1.87
2703070--2703122	20	2.7	19	74	8	52	39	16	9	33	1.81
2703716--2703925	5	42.6	5	91	8	351	40	0	0	59	0.97
2714883--2714918	15	2.4	14	90	9	54	44	8	0	47	1.33
2716053--2716090	16	2.4	16	95	0	67	21	28	15	34	1.94
2718033--2718065	16	2.1	16	94	0	57	21	33	12	33	1.90
2719206--2719246	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2730552--2730595	20	2.2	20	100	0	88	9	18	13	59	1.60
2734188--2734515	166	2.0	167	89	2	500	27	10	28	32	1.91
2741326--2741424	45	2.2	45	98	0	189	35	9	24	31	1.86
2743398--2743433	18	1.9	19	88	5	56	11	30	5	52	1.59
2744274--2744344	34	2.1	35	86	2	99	50	8	15	25	1.72
2744916--2744993	41	1.9	41	89	0	120	34	15	17	32	1.92
2747129--2747200	20	3.4	20	71	26	67	47	12	8	31	1.71
2747148--2747180	12	2.8	12	95	0	57	48	12	9	30	1.71
2748454--2748529	31	2.5	31	82	0	89	48	10	9	31	1.69
2758395--2758464	24	2.9	25	80	17	62	60	2	2	34	1.26
2758378--2758465	19	4.3	20	75	23	78	62	2	2	32	1.20
2758377--2758471	9	10.1	9	78	16	70	62	3	2	32	1.23
2758586--2758638	17	3.1	17	86	5	79	45	7	1	45	1.42
2758501--2758629	42	3.1	41	78	9	120	44	8	3	44	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2758588--2758646	17	3.3	18	81	11	68	44	10	1	44	1.48
2765974--2766023	24	2.1	24	96	0	91	28	18	30	24	1.97
2769848--2769926	39	2.1	39	82	2	97	54	8	8	27	1.61
2775682--2775716	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
2777020--2777064	13	3.5	13	81	0	63	22	20	42	15	1.89
2777042--2777085	18	2.4	18	92	0	79	15	15	50	18	1.79
2780852--2780886	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
2782177--2782227	13	3.9	13	84	0	66	21	21	41	15	1.90
2782208--2782253	18	2.6	18	96	0	83	15	17	50	17	1.79
2782206--2782230	13	1.9	13	100	0	50	20	16	48	16	1.82
2783200--2783404	103	2.0	103	98	0	392	41	22	19	17	1.90
2785465--2785506	7	6.0	7	100	0	84	0	28	0	71	0.86
2788554--2788822	2	141.5	2	72	11	190	48	0	50	1	1.08
2788547--2788819	17	16.2	17	92	2	417	48	0	50	1	1.08
2795782--2795829	19	2.6	19	80	3	53	33	0	16	50	1.46
2797369--2797415	21	2.3	21	85	3	60	17	10	8	63	1.49
2797382--2797434	21	2.6	20	88	8	72	18	11	7	62	1.52
2797382--2797434	20	2.6	20	87	3	70	18	11	7	62	1.52
2797350--2797459	47	2.3	47	80	10	127	19	12	8	60	1.57
2799570--2799703	72	1.9	72	92	3	225	29	20	16	33	1.95
2801807--2801979	75	2.3	75	87	5	260	32	12	22	32	1.91
2802853--2802963	54	2.1	54	89	0	168	37	13	22	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2803543--2803600	22	2.6	23	86	5	84	34	13	10	41	1.79
2804581--2804643	20	3.0	22	73	17	78	34	22	22	20	1.96
2804267--2804864	117	5.1	117	91	0	930	31	20	20	27	1.97
2805011--2805083	3	25.3	3	90	8	116	34	0	0	65	0.93
2806554--2806746	100	1.9	99	95	1	350	32	22	14	30	1.94
2815478--2815521	20	2.2	20	91	0	70	43	22	15	18	1.88
2817178--2817262	18	4.7	18	82	0	80	31	29	9	29	1.88
2817178--2817269	36	2.6	36	82	0	103	32	27	10	29	1.91
2817205--2817302	36	2.7	36	82	6	110	30	30	10	28	1.90
2817306--2817428	60	2.0	60	86	6	169	28	16	15	39	1.89
2818099--2818151	21	2.5	21	96	0	97	45	22	15	16	1.85
2818787--2818839	21	2.5	21	78	0	61	18	22	18	39	1.92
2818829--2818962	20	6.7	20	91	1	214	39	23	20	16	1.92
2819160--2819225	22	3.0	21	82	8	78	24	36	15	24	1.93
2819554--2819644	20	4.6	20	83	1	94	16	17	21	43	1.87
2819608--2819651	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
2821508--2821684	20	9.5	20	78	16	157	40	22	18	18	1.91
2821531--2821611	33	2.4	33	83	2	99	45	23	19	11	1.82
2821731--2821782	20	2.6	20	100	0	104	28	19	21	30	1.97
2822280--2822384	21	5.0	21	74	3	95	20	37	19	22	1.95
2822277--2822387	42	2.6	42	78	5	118	20	37	18	22	1.94
2823908--2824003	33	2.9	34	88	3	140	42	19	22	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2823941--2824008	19	3.8	19	72	21	74	45	19	22	13	1.84
2824018--2824102	33	2.5	33	88	1	116	14	22	17	45	1.84
2824085--2824173	20	4.4	20	88	2	126	16	20	25	37	1.93
2827310--2827383	22	3.4	22	98	1	141	28	8	37	25	1.84
2827544--2827591	20	2.4	20	85	0	60	27	18	22	31	1.97
2827643--2827686	21	2.1	21	91	0	70	40	15	25	18	1.90
2832156--2832220	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
2832639--2832694	2	28.0	2	96	0	103	51	0	0	48	1.00
2833863--2834191	141	2.4	138	86	6	459	38	15	13	32	1.86
2836467--2836544	31	2.5	31	93	0	129	52	15	10	21	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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