genome.fa.s9460.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009460.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113722_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2853300

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2012872--2012998	60	2.1	60	82	8	152	37	18	14	29	1.90
2015007--2015045	20	2.0	19	85	5	51	66	5	7	20	1.36
2025249--2025277	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2026440--2026760	43	7.5	42	79	7	315	35	20	20	22	1.96
2026406--2026760	128	2.8	125	78	10	349	36	21	20	22	1.95
2026443--2026760	85	3.7	84	82	6	363	35	20	20	22	1.96
2030261--2030768	41	12.3	41	82	3	552	34	18	19	28	1.95
2030302--2030768	125	3.7	125	81	4	372	34	18	18	28	1.95
2030253--2030728	166	2.9	166	91	0	763	35	17	19	27	1.95
2031102--2031154	23	2.4	22	80	3	61	41	18	5	33	1.74
2033583--2033622	21	1.9	21	89	0	62	15	27	25	32	1.95
2037394--2037450	7	7.0	9	70	22	54	24	28	7	40	1.81
2037393--2037450	16	3.6	16	90	0	98	24	27	6	41	1.80
2040489--2040545	22	2.6	21	83	5	69	40	19	7	33	1.78
2044237--2044413	86	2.1	86	80	6	198	24	19	23	32	1.97
2044232--2044413	43	4.2	42	76	6	150	24	20	23	31	1.98
2044517--2044627	43	2.6	43	76	9	111	29	18	17	34	1.94
2044943--2045021	21	3.8	21	91	0	122	0	32	21	45	1.52
2045014--2045072	21	2.8	21	72	10	57	1	37	18	42	1.61
2047927--2048024	41	2.4	42	81	13	105	33	23	12	30	1.91
2051524--2051569	23	2.0	23	82	0	56	19	13	45	21	1.84
2055275--2055305	15	2.1	15	93	0	53	70	0	22	6	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2058603--2058650	14	3.3	15	88	5	73	16	8	2	72	1.18
2065999--2066085	35	2.5	34	78	12	88	52	10	9	27	1.65
2073978--2074025	11	4.4	11	82	7	62	56	0	0	43	0.99
2073978--2074032	11	4.7	13	75	22	59	56	0	1	41	1.10
2078689--2078776	45	1.9	46	90	2	142	28	25	18	28	1.98
2094395--2094435	17	2.4	18	80	12	50	29	4	2	63	1.28
2094424--2094486	11	5.8	11	75	20	53	28	3	1	66	1.16
2094427--2094489	19	3.1	19	70	27	56	28	3	1	66	1.16
2094646--2094683	17	2.2	18	81	13	53	31	0	0	68	0.90
2102309--2102359	24	2.1	25	96	3	95	39	9	15	35	1.81
2105455--2105493	18	2.2	18	85	0	51	23	41	15	20	1.90
2105543--2105609	15	4.5	15	90	0	98	25	35	13	25	1.92
2109815--2109875	23	2.7	23	89	0	95	18	21	26	34	1.96
2113503--2113545	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
2115146--2115206	23	2.7	23	94	0	104	18	24	26	31	1.97
2120201--2120438	117	2.0	120	95	4	439	27	26	14	31	1.95
2133580--2133689	31	3.5	31	87	0	157	47	14	1	36	1.55
2133618--2133666	16	3.1	16	70	5	55	44	20	2	32	1.63
2134177--2134322	71	2.1	71	93	1	249	36	12	24	26	1.91
2135345--2135374	14	2.1	14	93	0	51	10	13	20	56	1.65
2137251--2137344	31	3.0	31	80	0	107	40	11	15	31	1.84
2137668--2137701	13	2.6	13	90	0	50	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137673--2137711	13	3.2	12	86	13	53	46	0	0	53	1.00
2138891--2138973	12	6.9	12	68	10	53	46	18	13	21	1.82
2138881--2138973	24	3.9	24	81	0	78	48	18	11	21	1.80
2138879--2138987	48	2.3	47	82	3	119	47	17	13	21	1.82
2138910--2138987	24	3.2	25	77	10	74	44	17	17	19	1.87
2140681--2140753	36	2.0	36	94	0	128	30	20	8	41	1.81
2141415--2141444	13	2.3	13	100	0	60	13	16	63	6	1.50
2144748--2144781	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
2146233--2146265	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2148628--2148664	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2153443--2153484	15	2.6	17	78	17	54	59	0	35	4	1.19
2153853--2153886	18	2.0	18	88	11	54	23	0	11	64	1.26
2154912--2154980	23	3.0	22	82	4	75	27	24	23	24	2.00
2154996--2155213	103	2.1	103	97	0	409	37	24	13	24	1.92
2155701--2155743	21	2.0	21	90	0	68	16	23	27	32	1.96
2161409--2161626	103	2.1	103	94	0	382	38	25	12	24	1.90
2162108--2162144	19	1.9	19	88	0	56	10	29	35	24	1.89
2162172--2162214	21	2.0	21	90	0	68	16	23	27	32	1.96
2162858--2163034	88	2.0	88	100	0	354	34	22	10	32	1.88
2167757--2167864	34	3.1	34	72	2	99	25	18	12	43	1.85
2171530--2171567	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
2171732--2171812	11	7.3	11	70	18	51	59	2	3	34	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2172282--2172353	37	2.0	37	89	5	112	29	12	15	43	1.83
2172817--2173440	109	5.9	108	83	6	607	21	20	25	32	1.98
2174020--2174178	67	2.4	67	86	6	216	35	11	20	32	1.88
2174122--2174529	36	11.8	35	67	21	157	38	12	20	28	1.90
2174221--2174529	37	8.9	37	70	16	239	38	13	21	27	1.90
2174120--2174511	102	3.9	102	94	0	660	38	12	20	29	1.89
2176029--2176084	20	2.7	21	83	8	69	1	16	7	75	1.11
2179424--2179463	21	2.0	20	85	5	53	65	2	5	27	1.27
2179444--2179481	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
2179646--2179729	11	7.3	11	71	19	55	59	2	3	34	1.28
2180172--2180271	35	2.8	37	80	6	105	31	15	14	40	1.86
2189537--2189662	47	2.8	45	84	5	155	30	23	7	39	1.81
2189767--2189888	40	3.0	40	100	0	244	32	27	17	22	1.96
2193655--2193702	16	3.3	15	75	24	57	8	18	0	72	1.08
2193653--2193742	34	2.6	33	83	13	103	6	17	3	72	1.21
2193658--2193762	6	17.7	6	79	19	64	8	18	2	70	1.25
2193733--2193762	13	2.3	13	100	0	60	13	13	0	73	1.10
2193657--2193784	17	7.3	17	69	24	63	7	17	3	71	1.23
2195275--2195400	47	2.8	45	85	5	164	29	23	7	39	1.83
2195504--2195625	40	3.0	40	96	0	226	31	26	17	24	1.97
2198664--2198702	16	2.5	16	87	4	53	12	5	10	71	1.28
2199554--2199578	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2199554--2199756	101	2.0	102	98	0	390	35	18	11	33	1.87
2199866--2199904	11	3.5	11	79	6	51	48	12	12	25	1.77
2199857--2199904	23	2.1	23	96	0	87	47	12	10	29	1.74
2202082--2202111	14	2.1	14	93	0	51	30	20	10	40	1.85
2202544--2202606	24	2.6	24	94	2	108	50	6	0	42	1.27
2203362--2203394	13	2.5	13	95	0	57	75	0	15	9	1.03
2205875--2205921	18	2.6	18	78	18	53	68	0	6	25	1.13
2210866--2210914	25	2.0	25	91	0	80	55	14	8	22	1.65
2212419--2212477	22	2.7	21	92	2	91	32	10	28	28	1.90
2212207--2212437	120	1.9	120	84	0	309	29	13	16	41	1.86
2212462--2212500	21	1.9	21	89	5	62	41	12	20	25	1.88
2212508--2212563	20	2.8	20	81	7	69	21	19	21	37	1.94
2215507--2215583	30	2.6	30	97	2	147	33	2	22	41	1.67
2219292--2219331	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
2221869--2221985	58	2.0	58	100	0	234	34	13	23	29	1.93
2222406--2222457	26	2.0	26	96	0	95	32	19	32	15	1.93
2232256--2232290	17	2.0	17	88	5	52	22	0	2	74	0.95
2233357--2233409	20	2.7	20	93	0	88	22	18	5	52	1.66
2233500--2233548	10	4.7	11	77	10	50	26	4	0	69	1.06
2233555--2233602	3	16.7	3	79	16	57	31	2	0	66	1.03
2235448--2235502	21	2.6	21	97	0	101	32	36	14	16	1.89
2236278--2236520	94	2.7	93	82	12	294	31	17	18	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2237549--2237666	43	2.7	43	82	2	139	26	32	21	20	1.97
2238008--2238268	37	7.2	36	74	15	218	27	18	13	40	1.88
2238008--2238350	144	2.4	139	86	5	458	25	18	13	41	1.88
2238336--2238377	22	1.9	22	85	0	57	26	23	11	38	1.90
2239140--2239188	19	2.7	17	84	9	53	30	20	24	24	1.98
2239160--2239369	65	3.2	64	80	9	239	27	18	23	31	1.97
2239692--2239775	40	2.1	40	88	0	123	22	36	1	39	1.62
2242026--2242087	22	3.0	21	79	11	65	24	14	25	35	1.93
2247385--2247422	20	1.9	20	100	0	76	31	28	10	28	1.90
2247872--2248081	65	3.2	64	80	12	241	26	19	24	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14