genome.fa.s9460.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009460.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113722_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2853300

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2523143--2523301	66	2.4	66	91	0	246	31	23	18	25	1.98
2523330--2523736	84	4.8	83	74	5	291	32	20	18	28	1.96
2523306--2523736	168	2.6	168	85	4	539	31	20	18	28	1.97
2527959--2527998	22	1.9	20	90	10	62	47	0	7	45	1.31
2531207--2531248	16	2.7	16	85	3	59	28	2	0	69	1.01
2531215--2531251	15	2.5	15	87	12	58	37	0	0	62	0.96
2535861--2535925	22	2.9	22	79	2	67	43	9	10	36	1.72
2537221--2537251	16	1.9	16	100	0	62	32	19	19	29	1.96
2540033--2540078	23	2.0	23	86	0	65	17	28	23	30	1.97
2540047--2540121	24	3.2	24	70	9	73	21	21	24	33	1.97
2540733--2540783	25	2.0	25	92	0	84	21	15	25	37	1.93
2546904--2546948	11	4.3	11	83	11	58	55	0	0	44	0.99
2548174--2548351	64	2.8	63	79	10	189	26	17	26	29	1.97
2548192--2548351	65	2.5	65	85	3	207	27	16	26	30	1.97
2548193--2548400	65	3.2	65	79	12	198	27	17	25	29	1.97
2548730--2548809	31	2.6	31	91	0	124	31	35	2	31	1.71
2554392--2554438	20	2.2	21	78	17	53	44	6	12	36	1.68
2556474--2556578	45	2.3	46	86	4	142	30	15	22	31	1.95
2556562--2556600	19	2.1	19	95	0	69	25	15	38	20	1.92
2557028--2557282	36	7.3	36	70	13	165	38	14	20	27	1.91
2556934--2557163	102	2.3	102	82	5	276	39	12	21	26	1.89
2557130--2557390	36	7.5	36	72	11	186	37	14	21	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557322--2557398	36	2.1	36	87	0	109	41	14	19	24	1.89
2557398--2558111	84	8.6	84	77	5	576	24	20	24	30	1.99
2557406--2558111	165	4.3	162	77	6	612	24	20	24	29	1.99
2557398--2558111	249	2.9	248	85	2	934	24	20	24	30	1.99
2566992--2567060	23	3.0	23	86	0	93	27	26	26	20	1.99
2567076--2567288	103	2.1	103	96	0	390	36	23	13	25	1.92
2567543--2567574	13	2.5	13	100	0	64	25	15	12	46	1.81
2568667--2568726	20	2.9	21	90	7	95	18	26	25	30	1.98
2569469--2569592	39	3.2	39	66	21	114	29	22	6	41	1.78
2569442--2569607	78	2.1	78	96	0	305	28	24	7	40	1.81
2572312--2572380	23	3.0	23	80	4	86	28	26	24	20	1.99
2572396--2572608	103	2.1	103	92	1	365	37	23	13	26	1.91
2573986--2574045	20	2.9	21	90	7	95	18	25	25	31	1.97
2575133--2575204	23	3.1	23	72	18	76	19	25	25	30	1.98
2575133--2575207	24	3.2	24	77	9	82	20	24	24	32	1.98
2577510--2577565	21	2.7	21	83	5	60	19	21	21	37	1.94
2577597--2577668	20	3.5	20	77	17	76	23	13	25	37	1.92
2577600--2577677	41	1.9	41	84	5	104	25	12	24	37	1.91
2579224--2579256	12	2.5	14	85	14	52	42	0	0	57	0.98
2584039--2584096	24	2.4	24	94	0	107	24	25	20	29	1.99
2584420--2584496	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28
2587591--2587641	20	2.6	19	87	6	66	35	11	23	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2588209--2588283	23	3.4	22	85	7	98	25	21	26	26	1.99
2600725--2600765	21	2.0	21	85	9	57	26	12	0	60	1.31
2601662--2601743	39	2.1	40	84	11	107	32	14	3	48	1.61
2613627--2613666	2	21.5	2	85	14	59	45	0	0	55	0.99
2613627--2613675	8	5.7	9	86	11	59	42	0	0	57	0.99
2617150--2617194	22	2.1	21	84	12	56	66	0	4	28	1.11
2617150--2617194	21	2.1	22	84	12	58	66	0	4	28	1.11
2638349--2638378	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2647146--2647193	25	2.0	24	87	4	69	56	0	0	43	0.99
2647145--2647194	12	4.2	11	80	16	55	58	0	0	42	0.98
2647093--2647433	172	2.0	173	93	1	585	47	4	4	43	1.46
2666832--2666863	12	2.7	12	100	0	64	28	21	25	25	1.99
2668448--2668782	30	11.0	29	70	17	207	39	8	0	50	1.40
2668448--2668609	59	2.7	60	83	5	204	38	9	1	51	1.42
2668581--2668663	42	2.0	43	85	2	114	38	10	0	50	1.37
2668660--2668774	54	2.1	56	85	8	155	40	7	0	50	1.37
2669585--2669618	16	2.1	16	94	0	59	41	17	29	11	1.85
2670059--2670145	32	2.7	32	80	7	104	29	16	22	31	1.96
2670921--2671073	36	4.2	36	89	0	225	30	19	9	39	1.84
2670925--2671061	72	1.9	73	95	1	249	27	19	10	43	1.83
2671088--2671417	36	9.3	36	78	10	340	24	19	14	42	1.88
2670922--2671417	174	2.8	173	88	2	726	26	19	12	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2671262--2671417	37	4.3	36	86	3	206	23	19	14	42	1.88
2671262--2671417	73	2.2	73	89	1	233	23	19	14	42	1.88
2673378--2673420	22	2.0	22	90	9	70	13	11	4	69	1.33
2679573--2679603	16	1.9	16	100	0	62	45	19	0	35	1.51
2681385--2681409	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2681857--2681937	21	3.8	21	77	7	74	14	23	35	25	1.93
2689588--2689629	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
2690506--2690599	32	2.9	32	78	7	109	30	15	22	30	1.95
2691367--2691519	36	4.2	36	87	0	216	30	20	8	40	1.82
2691534--2691863	36	9.3	36	78	10	331	24	18	14	42	1.87
2691368--2691863	174	2.8	173	87	2	663	26	18	12	42	1.86
2691708--2691863	37	4.3	36	86	3	215	23	19	14	42	1.88
2691708--2691863	73	2.2	73	90	1	242	23	19	14	42	1.88
2693737--2693773	15	2.4	16	86	9	58	18	5	2	72	1.15
2693768--2693811	23	1.9	23	86	9	63	22	9	2	65	1.32
2693858--2693925	21	3.1	21	68	20	50	16	16	0	67	1.23
2694286--2694375	29	3.1	29	88	0	126	51	0	5	43	1.25
2694298--2694401	29	3.6	27	78	10	91	51	1	7	38	1.42
2694286--2694401	58	2.0	58	82	0	142	50	1	7	39	1.41
2694420--2694466	18	2.6	18	82	3	58	44	0	8	46	1.33
2696965--2696995	15	2.1	15	93	0	53	64	0	9	25	1.24
2701321--2701377	17	3.3	17	65	4	51	43	26	12	17	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2702308--2702334	11	2.5	11	100	0	54	25	18	29	25	1.98
2702339--2702464	57	2.2	56	86	8	168	27	18	22	31	1.97
2711018--2711141	64	1.9	65	90	4	189	30	20	20	29	1.97
2711019--2711156	64	2.2	64	84	7	174	31	19	20	28	1.97
2714282--2714331	2	24.5	2	95	4	91	50	0	2	48	1.12
2716864--2716934	35	2.1	35	91	2	117	46	23	12	16	1.82
2719381--2719433	21	2.4	23	84	6	65	54	1	3	39	1.29
2720088--2720172	44	1.9	45	88	9	131	45	0	2	51	1.13
2720079--2720182	43	2.4	41	76	14	111	47	0	1	50	1.12
2723290--2723338	21	2.3	21	89	6	73	28	12	12	46	1.77
2725103--2725232	68	1.9	68	86	9	185	40	5	11	42	1.64
2725248--2725451	75	2.8	75	78	5	213	26	6	14	52	1.66
2733679--2733712	17	2.0	17	94	0	59	20	5	20	52	1.67
2737549--2737597	3	16.7	3	87	12	75	32	0	0	67	0.91
2737550--2737596	23	2.0	23	92	8	78	34	0	0	65	0.93
2740175--2740229	22	2.6	21	83	13	60	34	16	27	21	1.95
2740543--2740986	54	8.4	54	84	6	584	34	20	16	27	1.95
2750881--2751131	53	4.7	54	88	6	343	36	22	15	25	1.93
2750881--2751131	107	2.3	107	86	8	350	36	22	15	25	1.93
2755565--2755774	41	5.1	40	67	8	116	29	13	23	33	1.93
2755565--2755692	42	3.1	42	71	9	118	30	13	24	32	1.93
2755565--2755774	83	2.5	82	82	3	224	29	13	23	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2755859--2756080	75	3.0	75	89	1	338	26	35	14	23	1.94
2756920--2756978	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
2757002--2757044	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2757004--2757052	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2756992--2757290	54	5.6	54	76	12	294	52	13	0	33	1.41
2757006--2757568	80	6.8	79	78	16	526	52	14	0	33	1.44
2757061--2757133	22	3.3	22	70	19	62	54	16	0	28	1.42
2757216--2757258	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
2757218--2757266	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
2757272--2757367	22	4.1	22	83	10	102	53	16	0	30	1.44

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