genome.fa.s9460.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009460.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113722_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2853300

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

This is table  5  of  14  ( 1601 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784238--784360	42	2.9	41	85	4	174	23	19	36	20	1.95
784669--784743	21	3.6	21	68	12	55	30	36	12	21	1.90
784966--785014	18	2.7	18	100	0	98	12	12	46	28	1.77
786501--786566	19	3.4	20	89	6	100	50	22	16	10	1.76
786811--786859	25	1.9	26	87	4	73	73	4	0	22	1.00
786810--786856	16	2.9	16	78	6	51	74	4	0	21	0.99
787069--787106	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
787117--787161	20	2.2	20	92	0	72	22	11	22	44	1.84
787152--787232	20	4.0	20	76	10	58	28	17	23	30	1.97
788012--788145	65	2.1	65	88	4	200	26	23	19	29	1.98
793498--793599	44	2.3	44	84	3	134	32	22	16	28	1.96
795333--795368	13	2.8	14	84	16	51	41	8	11	38	1.71
795700--795858	65	2.4	66	84	5	207	28	22	15	33	1.95
801121--801201	21	3.9	21	78	3	92	17	19	18	44	1.87
801116--801216	41	2.5	41	86	3	132	19	21	18	39	1.92
801143--801270	41	3.1	41	82	2	123	28	21	20	29	1.98
801199--801296	21	4.8	21	82	3	119	37	20	21	20	1.94
801199--801291	41	2.3	41	96	0	168	38	20	22	18	1.93
802602--802637	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
802744--802803	19	3.4	18	71	21	56	46	21	20	11	1.82
802744--802819	33	2.3	33	86	0	98	47	22	18	11	1.81
802829--802946	19	6.7	19	67	19	85	12	23	20	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802833--802926	33	2.8	33	96	0	170	11	24	19	44	1.84
802899--802992	20	4.7	20	75	8	75	23	18	23	35	1.96
806112--806172	22	2.8	22	92	2	97	27	9	37	24	1.87
806343--806436	20	4.7	20	82	2	73	22	18	21	38	1.93
806427--806472	21	2.2	21	84	0	56	39	17	26	17	1.91
806544--806756	20	10.4	21	75	9	174	20	17	22	39	1.92
806565--806756	40	4.7	41	83	1	253	20	18	22	38	1.93
806524--806756	121	1.9	122	83	4	301	20	18	22	39	1.93
806525--806756	61	3.8	61	79	8	240	20	18	22	39	1.93
806893--807102	20	10.3	21	80	5	182	30	20	17	32	1.95
806912--807129	21	10.7	21	79	4	88	31	19	19	29	1.96
806975--807087	41	2.8	41	97	0	208	21	22	17	38	1.93
806968--807087	61	2.0	61	88	3	179	22	21	17	38	1.93
807846--807932	44	2.0	43	84	2	111	49	6	8	35	1.59
808856--808945	20	4.5	20	70	13	60	27	17	14	40	1.89
808817--808945	60	2.2	60	81	4	154	27	17	14	39	1.89
809057--809111	22	2.5	22	90	0	92	14	49	16	20	1.80
809471--809543	34	2.1	34	97	0	137	47	17	13	20	1.81
809482--809523	20	2.1	20	86	0	57	50	16	14	19	1.79
809539--809576	20	1.9	20	88	0	58	36	10	18	34	1.85
811057--811157	39	2.5	41	83	4	125	28	36	12	21	1.91
811258--811387	21	6.2	21	78	3	118	20	9	33	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811266--811416	63	2.4	63	82	0	185	19	11	33	35	1.88
811742--811818	21	3.7	21	79	6	84	22	36	14	27	1.92
816419--816520	24	4.2	24	91	0	150	38	18	15	27	1.91
817331--817391	20	3.0	20	78	4	70	37	6	18	37	1.76
817395--817477	20	4.2	20	67	6	60	38	13	19	28	1.89
817527--817586	20	3.1	19	78	7	75	25	18	21	35	1.96
817528--817604	40	1.9	40	86	5	111	25	16	24	32	1.96
824268--824308	18	2.3	18	100	0	82	29	9	34	26	1.88
833062--833091	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
837404--837468	23	2.8	23	90	0	103	47	7	6	38	1.57
837674--837720	24	2.0	24	87	8	69	42	10	23	23	1.85
839865--839903	17	2.2	18	86	4	53	51	15	5	28	1.64
845497--845564	30	2.3	30	84	0	82	42	19	5	32	1.75
853660--853763	39	2.6	40	85	10	124	24	33	19	23	1.97
853728--853823	47	2.1	45	90	7	149	28	33	15	22	1.95
853842--853958	43	2.8	40	71	12	103	23	32	18	24	1.97
854106--854138	3	11.7	3	87	12	52	27	0	0	72	0.85
856734--856811	35	2.2	35	90	4	122	53	17	5	23	1.63
857544--857658	53	2.1	54	88	1	169	36	20	13	29	1.91
864913--864948	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
866613--866730	41	2.9	40	87	5	164	34	27	5	33	1.79
870078--870122	21	2.1	21	83	0	54	17	22	35	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872886--872937	22	2.4	22	87	6	70	21	0	7	71	1.11
873506--873534	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
873850--873905	2	28.0	2	100	0	112	0	50	0	50	1.00
875074--875138	31	2.1	31	85	0	85	55	6	6	32	1.49
876356--876390	16	2.1	18	89	10	56	65	0	8	25	1.21
876324--876418	17	5.2	17	67	21	50	68	2	8	21	1.27
876493--876517	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
876959--877060	34	2.9	36	88	7	163	28	13	13	44	1.82
877606--878537	105	9.0	105	92	2	1434	22	17	26	33	1.96
877605--878537	206	4.5	208	91	2	1387	22	17	26	33	1.96
877605--878537	311	3.0	313	91	2	1425	22	17	26	33	1.96
879173--879326	68	2.3	66	82	6	186	36	8	22	32	1.84
879306--879586	36	8.0	35	77	12	272	40	13	19	25	1.89
879248--879567	138	2.3	137	84	3	419	40	12	20	26	1.88
879342--879530	102	1.9	102	88	2	290	41	13	18	26	1.87
880517--880565	22	2.2	22	92	0	80	28	14	24	32	1.94
880529--880572	22	2.0	22	86	0	61	31	13	22	31	1.93
881216--881261	16	2.8	17	80	6	51	0	17	8	73	1.07
881249--881301	16	3.5	15	80	7	54	0	11	7	81	0.88
881255--881301	15	3.1	16	82	14	55	0	10	8	80	0.89
885092--885193	34	2.9	36	85	7	154	29	14	11	44	1.81
888327--888533	114	1.8	114	93	0	360	37	20	13	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890797--890887	35	2.7	35	80	10	116	28	23	17	30	1.97
901918--901959	20	2.2	19	83	8	50	35	2	7	54	1.41
902321--902409	22	4.0	22	78	7	81	21	25	28	24	1.99
902333--902392	23	2.7	23	84	5	79	18	26	31	23	1.97
905069--905111	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
905091--905243	67	2.2	69	89	2	229	26	26	28	18	1.98
905610--905668	30	2.0	30	86	6	84	38	3	22	35	1.71
905882--905948	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
911143--911185	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
911165--911315	67	2.2	68	89	2	225	27	27	26	18	1.98
911682--911740	30	2.0	30	86	6	84	38	3	22	35	1.71
911954--912020	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
914756--914794	20	2.0	20	89	0	60	23	33	33	10	1.88
921476--921518	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
934761--934825	32	2.0	32	100	0	130	40	20	12	27	1.88
938416--938463	19	2.5	20	89	3	71	50	8	10	31	1.66
941711--941748	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88
946777--946830	18	3.0	18	83	0	63	25	46	7	20	1.77
954185--954218	16	2.1	16	88	0	50	58	11	11	17	1.62
954498--954560	32	2.0	32	84	6	83	34	26	15	22	1.94
969585--969665	39	2.1	39	100	0	162	40	14	22	22	1.90
974350--974388	18	2.2	18	100	0	78	33	28	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
984745--984774	15	2.0	15	100	0	60	20	6	46	26	1.75
987361--987543	52	3.5	52	88	3	271	40	12	15	30	1.85
990359--990404	22	2.1	22	83	0	56	15	23	30	30	1.95
992710--992792	3	27.7	3	81	18	102	36	0	1	62	1.03
994876--994933	28	2.1	27	84	6	73	32	5	1	60	1.29
998227--998258	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
1006606--1006889	93	3.0	93	93	2	473	30	13	20	34	1.92
1007680--1008192	113	4.5	113	85	2	670	37	13	17	30	1.89
1008462--1008531	3	22.7	3	86	13	90	35	0	1	62	1.04
1008895--1008955	27	2.5	25	84	12	74	75	14	9	0	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14