genome.fa.s9460.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009460.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113722_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2853300

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
562994--563077	17	4.6	18	73	15	66	9	9	2	78	1.05
573683--573717	13	2.7	13	100	0	70	28	8	20	42	1.81
574118--574169	25	2.0	27	88	7	81	44	0	13	42	1.44
574131--574204	35	2.1	35	97	0	139	41	1	10	45	1.47
576341--576373	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
578407--578472	31	2.1	31	81	10	73	43	3	3	50	1.33
578448--578489	18	2.4	17	84	7	57	50	4	0	45	1.23
578491--578536	21	2.1	21	84	4	56	43	2	0	54	1.12
578499--578554	21	2.8	21	81	10	64	44	1	0	53	1.11
578898--579066	42	4.0	42	78	0	151	43	16	11	28	1.83
578902--579059	84	1.9	83	80	6	185	43	17	10	29	1.81
579647--579685	17	2.4	17	91	4	62	43	0	2	53	1.14
581255--581298	20	2.2	20	83	4	52	45	2	6	45	1.42
581589--581613	10	2.5	10	100	0	50	16	12	12	60	1.60
605170--605217	17	2.9	17	82	14	57	54	20	4	20	1.61
606519--607010	55	9.1	53	80	9	375	29	25	16	28	1.97
606528--607010	110	4.5	109	82	6	482	28	25	16	28	1.97
606519--607010	161	3.0	161	80	6	498	29	25	16	28	1.97
606549--607010	216	2.1	216	84	3	583	28	25	16	29	1.97
608386--608487	43	2.3	44	82	11	122	5	18	1	73	1.13
608456--608498	20	2.2	20	88	12	63	9	18	2	69	1.26
608386--608651	16	16.2	16	72	20	96	9	15	0	74	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
608534--608645	8	13.9	8	98	1	215	11	12	0	75	1.04
616539--616585	23	2.0	23	83	8	58	19	25	8	46	1.77
618221--618327	45	2.3	47	88	8	155	40	18	9	31	1.83
618859--618885	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
632680--632820	31	4.5	31	94	0	237	41	21	19	17	1.91
637583--637705	31	4.0	31	91	2	194	38	22	19	19	1.94
647761--647823	20	3.0	20	72	17	65	22	23	25	28	1.99
647761--648169	42	9.6	42	68	14	187	29	17	21	31	1.97
647669--647894	122	1.9	122	89	0	353	30	18	22	28	1.97
647883--647907	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
647802--647987	93	2.0	93	95	0	336	31	18	20	28	1.97
647983--648088	20	5.0	21	65	21	69	28	16	23	32	1.96
648584--648787	53	3.8	53	90	1	311	29	22	26	21	1.99
652084--652240	64	2.5	64	81	4	165	27	17	20	34	1.95
652777--652808	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
657113--657155	12	3.5	12	77	3	50	41	0	0	58	0.98
662121--662216	45	2.1	46	86	5	133	27	14	20	37	1.92
671835--672037	9	23.2	8	69	20	65	74	0	17	7	1.05
671832--672026	14	12.1	15	70	21	80	73	0	18	8	1.07
671858--672025	54	3.1	53	76	13	155	73	0	18	8	1.08
671867--672018	16	9.8	16	74	18	101	73	0	19	7	1.08
671832--672036	7	26.3	7	68	24	69	74	0	18	7	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
671867--672018	45	3.3	45	74	18	125	73	0	19	7	1.08
671896--672036	39	3.6	39	73	20	123	74	0	19	6	1.03
671899--672005	36	2.9	36	79	10	92	74	0	18	6	1.02
671852--672026	55	3.2	53	75	15	160	73	0	18	8	1.08
673126--673170	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
673199--673243	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
674538--674665	31	4.1	31	80	9	152	26	18	21	33	1.96
674624--674720	30	3.2	30	88	1	113	22	20	24	31	1.98
674651--674723	30	2.4	30	95	0	128	24	20	24	30	1.99
676324--676395	37	2.0	36	88	2	108	38	19	20	20	1.93
676397--676764	51	6.9	51	79	9	235	30	15	22	30	1.95
676410--676764	55	6.6	54	80	8	315	30	16	23	30	1.96
676410--676756	111	3.2	109	80	9	272	30	16	22	31	1.95
676575--676794	55	4.0	54	81	5	167	29	15	22	32	1.95
687400--687523	62	2.0	62	100	0	248	45	12	19	22	1.84
713994--714046	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
714036--714258	20	10.6	20	75	10	169	36	19	19	24	1.95
714036--714258	41	5.3	41	71	12	166	36	19	19	24	1.95
713994--714247	129	2.0	130	92	0	429	33	20	18	27	1.96
714150--714284	41	3.3	39	74	15	114	37	18	18	25	1.94
714486--714538	27	1.9	27	84	3	70	41	30	7	20	1.80
714802--714856	19	2.8	20	86	2	85	43	21	21	12	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
714905--714959	14	3.6	14	73	21	56	9	23	23	43	1.82
714887--715008	33	3.5	33	84	8	145	11	22	18	46	1.81
714918--715008	20	4.9	20	74	17	81	10	24	19	45	1.83
716695--717070	94	4.1	93	93	2	598	21	13	18	47	1.82
717159--717274	20	6.3	19	81	12	125	48	21	20	9	1.78
717164--717264	33	2.8	36	85	10	118	48	21	20	8	1.77
717280--717387	19	5.8	19	74	13	91	11	20	23	45	1.83
717833--717899	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
717781--717899	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
719251--719286	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
719393--719439	19	2.5	19	96	0	85	44	21	21	12	1.85
719464--719610	19	8.5	19	69	21	99	14	23	17	44	1.85
719474--719594	33	3.7	33	90	0	197	14	23	16	45	1.84
719468--719594	66	1.9	66	93	0	218	14	22	16	45	1.84
719578--719621	20	2.3	19	88	4	61	25	20	18	36	1.95
719588--719660	20	3.6	20	65	17	51	26	17	23	32	1.97
722131--722184	24	2.2	24	90	0	81	40	18	18	22	1.91
723047--723280	20	11.5	19	76	11	180	41	17	19	22	1.91
723058--723357	21	14.7	20	78	10	238	39	17	21	22	1.93
723058--723358	41	7.4	40	81	6	270	38	17	20	22	1.93
723047--723358	61	5.1	61	83	8	314	38	17	20	23	1.93
723266--723315	20	2.5	20	93	3	84	22	22	22	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724105--724473	77	4.8	75	80	5	337	37	8	16	37	1.79
724105--724433	153	2.1	153	83	3	412	37	8	17	36	1.80
724558--724908	81	4.4	80	69	16	246	38	9	9	42	1.70
724515--724817	153	2.0	153	85	5	407	39	8	10	40	1.72
724711--724759	21	2.3	21	86	10	64	42	8	8	40	1.64
725039--725565	99	5.3	99	80	6	508	37	10	13	37	1.80
725040--725567	200	2.6	200	80	4	591	38	10	13	37	1.80
725819--726030	73	2.9	72	80	8	198	35	10	7	46	1.65
725858--726035	74	2.4	74	81	9	179	35	8	6	48	1.61
726380--726527	78	1.9	78	84	1	199	35	16	11	37	1.85
727457--727809	54	6.5	54	89	1	521	28	17	21	32	1.96
731705--731763	23	2.5	24	75	8	77	38	18	20	22	1.93
732730--732805	31	2.5	31	93	0	125	31	10	11	46	1.75
733067--733142	31	2.5	31	91	4	118	31	9	11	47	1.72
733865--733924	24	2.7	22	78	19	70	43	6	0	50	1.28
733867--733924	21	2.6	21	84	12	80	43	6	0	50	1.29
734370--734408	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
747488--747529	19	2.3	19	84	12	52	14	2	38	45	1.58
752043--752084	19	2.3	19	84	12	52	50	2	0	47	1.14
752051--752179	29	4.4	30	80	10	124	41	6	0	52	1.26
752069--752195	28	4.3	29	76	15	111	43	5	0	51	1.25
764181--764275	46	2.1	46	89	0	145	40	3	8	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768128--768170	21	2.0	21	86	8	61	30	4	11	53	1.57
770550--770657	53	2.0	53	98	0	207	28	26	7	37	1.84
773235--773278	20	2.2	20	91	0	70	43	20	20	15	1.88
773369--773503	37	3.5	37	70	11	110	51	15	2	29	1.58
773422--773458	14	2.6	14	91	0	65	48	18	2	29	1.62
773358--773533	78	2.3	78	93	0	307	50	17	2	30	1.58
773500--773533	14	2.4	14	100	0	68	47	20	0	32	1.51
777784--777843	20	2.8	21	82	12	68	21	25	33	20	1.97
777806--777845	20	2.0	20	95	0	71	22	25	32	20	1.98
784238--784352	21	5.5	21	79	4	124	22	20	36	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14