genome.fa.s9579.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009579.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116951_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6215474

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
416--460	18	2.5	18	92	0	81	13	13	44	28	1.81
1777--1833	20	2.8	20	86	0	69	43	21	17	17	1.88
2098--2141	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2330--2443	20	5.7	20	82	6	122	24	18	26	30	1.98
2310--2445	41	3.3	41	79	6	159	24	17	25	33	1.97
2433--2525	20	4.5	21	75	4	91	18	24	17	39	1.91
2372--2506	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	37	1.94
2436--2525	41	2.2	41	97	0	171	18	24	16	40	1.91
2757--2804	21	2.3	20	79	10	51	52	6	2	39	1.39
16996--17036	22	1.9	22	85	14	59	31	12	12	43	1.79
25845--25885	20	2.0	20	95	0	73	39	29	14	17	1.89
29230--29271	9	4.6	9	83	16	59	54	0	0	45	0.99
29230--29271	2	22.5	2	81	13	54	54	0	0	45	0.99
29230--29270	7	5.9	7	88	11	66	56	0	0	43	0.99
29230--29268	20	2.0	20	94	0	69	56	0	0	43	0.99
29531--30201	105	6.4	105	96	0	1207	22	18	25	33	1.96
41930--41969	2	20.0	2	89	0	62	47	2	2	47	1.29
43174--43212	11	3.5	11	86	10	53	56	0	0	43	0.99
43174--43213	2	21.5	2	80	14	50	55	0	0	45	0.99
43180--43212	7	4.7	7	89	10	50	57	0	0	42	0.98
43174--43213	18	2.3	17	91	4	62	55	0	0	45	0.99
44000--44044	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45047--45102	26	2.2	26	83	0	67	32	16	32	19	1.94
47331--47365	18	1.9	18	88	11	54	40	2	0	57	1.14
47354--47395	22	1.9	22	90	9	68	35	4	7	52	1.50
53918--53946	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
60912--61009	29	3.3	29	68	17	74	35	7	25	31	1.83
60892--61038	60	2.5	61	81	9	178	36	5	25	31	1.79
62721--62750	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
64629--64774	20	7.3	21	70	11	87	43	24	14	17	1.86
64607--64778	40	4.3	39	79	11	188	41	24	15	18	1.89
64607--64779	80	2.2	80	89	2	267	42	24	15	17	1.88
64890--64940	22	2.3	22	93	0	84	19	43	15	21	1.88
66776--66808	17	1.9	17	100	0	66	18	33	30	18	1.94
67376--67547	63	2.6	63	86	9	204	29	2	15	52	1.55
67411--67547	63	2.2	64	92	4	224	29	1	17	51	1.54
67974--68009	18	2.0	18	100	0	72	16	5	22	55	1.62
70247--70326	24	3.3	24	91	0	124	37	17	18	26	1.93
71263--71393	19	6.7	20	84	6	146	29	12	20	36	1.90
71360--71496	20	6.8	20	72	15	104	21	16	22	39	1.92
71360--71490	40	3.2	40	80	7	131	22	16	22	38	1.92
71380--71495	60	1.9	60	82	6	146	21	16	22	39	1.92
71416--71507	40	2.3	40	90	0	139	19	15	23	41	1.89
71419--71507	20	4.4	20	79	0	106	20	15	24	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71782--71818	14	2.6	15	83	8	51	56	2	2	37	1.28
73297--73334	17	2.2	17	86	9	51	36	0	0	63	0.95
79471--79510	21	1.9	22	90	10	66	77	0	7	15	0.98
79485--79558	24	3.1	24	72	16	64	75	5	4	14	1.13
80679--80721	6	6.1	7	87	12	54	83	2	0	13	0.74
80691--80732	17	2.5	17	84	3	50	78	2	0	19	0.86
80711--80741	14	2.3	13	94	5	53	67	0	0	32	0.91
80748--81115	37	9.9	37	87	5	462	43	7	4	45	1.51
81117--81162	15	3.2	15	77	17	53	47	6	2	43	1.41
81117--81159	13	3.2	13	78	12	50	48	6	2	41	1.43
81604--81668	20	3.2	20	88	0	94	21	38	26	13	1.91
89949--89990	21	2.0	21	95	0	75	26	21	28	23	1.99
92539--92578	20	2.0	20	90	4	64	37	0	7	55	1.29
92772--92843	36	2.0	36	89	2	110	19	36	26	18	1.94
94165--94230	10	5.9	10	71	22	51	7	12	21	59	1.57
96827--96883	29	2.0	28	96	3	105	29	31	14	24	1.94
99665--99872	68	3.1	68	61	18	164	53	8	4	33	1.51
99626--99890	132	2.0	133	99	0	523	49	12	4	33	1.60
101296--101321	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
101792--101883	35	2.7	35	86	5	125	35	16	8	39	1.79
101976--102032	17	3.4	17	75	18	57	28	1	3	66	1.18
108298--108325	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111279--111303	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
111907--111987	35	2.3	36	93	2	137	41	25	1	30	1.63
111907--112003	36	2.7	35	90	1	140	40	28	2	28	1.68
112292--112584	148	2.0	148	94	0	514	47	9	6	36	1.63
112759--112835	35	2.2	35	90	0	118	29	0	25	44	1.55
113266--113368	35	2.9	35	82	2	118	43	12	9	33	1.75
113266--113369	18	5.9	18	75	4	95	43	12	9	34	1.75
113315--113376	18	3.3	20	72	21	62	45	11	6	37	1.66
120020--120046	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
120858--120935	40	2.0	39	84	2	102	26	19	12	41	1.87
129778--129838	26	2.3	26	100	0	122	26	32	6	34	1.82
131448--131489	4	10.5	4	100	0	84	50	23	0	26	1.50
135439--135500	19	3.0	21	76	21	69	48	0	0	51	1.00
136038--136079	11	4.1	10	79	14	50	69	0	4	26	1.08
139901--139953	20	2.7	20	90	0	79	26	26	5	41	1.78
141436--141469	15	2.3	15	89	0	50	35	2	0	61	1.11
141523--141547	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
141652--141706	26	2.1	27	82	3	67	16	14	21	47	1.82
141819--141855	18	2.0	19	94	5	67	48	32	16	2	1.60
141844--141885	20	2.0	21	86	13	59	52	30	9	7	1.61
151432--151558	63	2.0	63	96	0	236	42	19	18	19	1.89
154418--154472	22	2.5	22	93	0	101	32	12	29	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154414--154577	22	8.0	20	75	12	88	25	14	26	33	1.94
154482--154577	19	4.9	19	76	12	86	21	15	27	35	1.94
154906--155287	189	2.0	192	98	1	743	32	20	17	29	1.95
156884--156946	7	8.6	7	80	13	65	80	0	19	0	0.70
156880--156946	15	4.5	15	72	20	61	79	0	20	0	0.74
156881--156947	22	3.0	21	86	6	89	80	0	19	0	0.71
157815--158390	122	4.7	122	94	1	983	40	14	19	25	1.90
159976--160008	9	3.8	9	84	8	50	45	0	0	54	0.99
160066--160118	23	2.4	22	75	12	54	56	3	0	39	1.17
164850--164892	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
164898--165016	53	2.2	57	80	8	133	35	5	1	57	1.30
165142--165170	8	3.6	8	100	0	58	37	10	0	51	1.36
168021--168059	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
169244--169294	9	5.3	9	77	13	57	84	5	9	0	0.78
169242--169300	16	3.8	16	74	17	61	81	6	11	0	0.87
169235--169310	30	2.5	31	78	4	91	77	6	15	0	0.96
169250--169293	12	3.7	12	87	6	63	84	6	9	0	0.79
169899--169942	22	2.0	22	91	8	72	38	22	11	27	1.88
170908--171095	36	5.4	36	74	12	149	27	18	13	40	1.89
170859--171012	65	2.4	65	84	3	195	29	18	12	38	1.88
170974--171095	36	3.4	36	85	3	165	25	19	14	40	1.90
171768--172322	105	5.3	105	93	1	877	32	27	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173474--173516	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
178294--178376	32	2.9	26	75	19	76	49	12	27	10	1.73
178314--178363	14	3.0	18	66	22	54	52	14	24	10	1.71
178314--178374	32	1.9	32	93	0	104	47	13	27	11	1.77
178710--178736	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
184019--184061	22	1.9	23	85	4	61	39	0	2	58	1.11
186506--186536	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
194194--194219	4	6.5	4	100	0	52	76	0	23	0	0.78
195508--195546	12	3.2	12	88	0	51	51	2	35	10	1.50
197222--197280	22	2.8	21	75	10	57	52	1	0	45	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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