genome.fa.s9579.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009579.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116951_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6215474

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2373137--2373176	21	1.9	21	94	0	71	60	15	0	25	1.35
2373164--2373248	39	2.2	39	95	0	152	42	15	2	40	1.60
2373175--2373272	39	2.6	37	77	16	110	44	14	2	38	1.56
2373473--2373538	23	2.9	23	86	0	87	40	18	21	19	1.91
2373677--2373760	29	2.9	29	85	7	116	19	26	38	16	1.92
2375403--2375432	4	7.2	4	92	7	51	26	0	23	50	1.50
2375406--2375431	13	2.0	13	100	0	52	30	0	23	46	1.53
2383593--2383620	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2385179--2385421	44	5.5	44	79	5	226	48	6	17	27	1.73
2389501--2389558	23	2.4	25	74	14	66	41	6	15	36	1.74
2389514--2389561	23	2.1	23	88	0	69	39	6	18	35	1.76
2389477--2389639	87	1.9	87	93	0	281	41	10	14	34	1.80
2389657--2390365	200	3.5	195	82	7	732	31	16	13	39	1.87
2392896--2393443	200	2.7	200	87	2	780	31	15	13	39	1.86
2392896--2393443	199	2.7	198	86	3	771	31	15	13	39	1.86
2396463--2397010	201	2.7	201	94	0	934	33	16	13	36	1.88
2397266--2397314	19	2.6	19	93	0	80	59	8	0	32	1.27
2398800--2398894	33	2.9	33	93	0	163	23	45	0	31	1.53
2398932--2398975	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
2401181--2401647	182	2.6	182	85	3	609	28	15	13	43	1.84
2402161--2402214	2	27.0	2	96	0	99	48	0	1	50	1.11
2402756--2402894	35	3.9	35	88	1	206	19	22	20	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2402756--2402899	71	2.0	71	94	0	252	18	22	19	39	1.92
2403509--2403647	35	3.9	35	88	1	206	19	22	20	38	1.94
2403509--2403652	71	2.0	71	94	0	252	18	22	19	39	1.92
2414707--2414740	3	11.7	3	87	6	52	0	29	2	67	1.05
2423633--2423797	83	1.9	86	89	4	255	44	10	9	35	1.73
2429981--2430096	20	5.8	20	89	2	142	26	15	25	31	1.96
2436140--2436165	9	2.9	9	100	0	52	80	0	11	7	0.89
2440133--2440167	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
2442736--2442819	31	2.7	30	83	5	87	33	29	26	10	1.90
2444508--2444584	19	4.0	20	79	6	61	18	25	24	31	1.97
2444582--2444626	22	2.0	22	91	0	72	17	51	22	8	1.73
2451806--2451863	19	3.1	19	82	5	73	18	24	27	29	1.98
2453283--2453321	17	2.3	17	81	0	51	28	2	7	61	1.37
2456474--2456639	21	7.9	21	72	14	137	20	19	24	35	1.96
2456474--2456636	42	3.9	41	88	3	211	19	19	24	36	1.95
2457439--2457579	21	6.6	21	80	9	160	33	26	19	20	1.96
2457506--2457595	44	2.2	40	88	8	126	35	24	20	20	1.96
2457436--2457579	65	2.3	63	92	2	243	32	26	19	21	1.97
2457464--2457595	21	6.3	20	76	8	61	35	24	18	21	1.96
2457591--2457643	21	2.5	21	85	11	81	20	20	30	28	1.98
2463336--2463369	17	1.9	18	88	5	52	35	0	2	61	1.11
2463989--2464085	48	2.0	48	100	0	194	38	24	12	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2465376--2465411	17	2.2	16	90	5	54	63	5	0	30	1.17
2467286--2467321	14	2.3	17	86	13	51	33	0	0	66	0.92
2467983--2468015	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
2470635--2470695	28	2.1	28	82	14	72	62	4	0	32	1.17
2472688--2472763	31	2.5	30	83	6	91	35	7	18	38	1.80
2485362--2485546	92	2.0	92	100	0	370	28	15	23	32	1.95
2487323--2487384	30	2.0	31	81	6	81	33	16	11	38	1.84
2487330--2487386	30	1.9	30	92	0	96	33	14	8	43	1.76
2487835--2487886	26	2.0	27	96	3	97	38	17	11	32	1.85
2487836--2487892	26	2.2	26	90	3	87	42	14	10	33	1.79
2487777--2488216	185	2.4	187	89	3	670	39	17	7	36	1.77
2487777--2488216	93	4.7	93	89	2	659	39	17	7	36	1.77
2488269--2488326	26	2.2	27	81	9	75	34	15	15	34	1.89
2488764--2488820	30	1.9	30	96	0	105	43	8	10	36	1.70
2489243--2489275	17	1.9	17	88	11	50	51	0	21	27	1.48
2489514--2489571	29	2.0	30	83	10	75	41	5	15	37	1.70
2489543--2489871	37	8.6	37	72	11	200	43	5	7	43	1.56
2489601--2489869	40	7.1	37	72	6	175	43	5	7	43	1.55
2489674--2489845	78	2.2	78	82	4	204	44	5	5	44	1.50
2489695--2489880	38	4.9	36	75	10	140	44	5	4	45	1.47
2491704--2491758	18	3.2	17	82	7	58	25	3	1	69	1.15
2491703--2491750	25	1.9	25	83	8	62	27	2	2	68	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494485--2494536	20	2.6	20	100	0	104	50	21	19	9	1.76
2494527--2494626	49	2.0	50	88	3	148	41	25	17	17	1.90
2494578--2494640	20	3.2	20	88	4	92	41	23	19	15	1.90
2494736--2494818	6	14.5	6	92	6	120	27	55	16	0	1.42
2494736--2494818	17	4.8	18	89	8	120	27	55	16	0	1.42
2495315--2495392	6	13.5	6	98	1	135	0	16	52	30	1.44
2495474--2495611	20	6.8	20	81	13	140	15	18	26	39	1.90
2495468--2495611	40	3.6	39	88	8	200	14	17	27	40	1.88
2495474--2495611	60	2.3	62	88	6	203	15	18	26	39	1.90
2498643--2498683	21	2.0	21	85	0	55	31	31	17	19	1.95
2499285--2499345	22	2.8	22	89	0	86	24	22	18	34	1.96
2501604--2501651	14	3.4	14	77	11	62	31	16	25	27	1.97
2510906--2511020	60	1.9	60	82	8	144	32	14	16	36	1.89
2511175--2511250	28	2.7	28	93	0	134	32	19	17	30	1.95
2512417--2512453	19	1.9	19	88	0	56	35	29	13	21	1.92
2512564--2512633	20	3.5	20	98	0	131	28	31	17	22	1.96
2512624--2512678	21	2.6	21	94	0	92	41	23	16	18	1.89
2513169--2513225	19	2.7	21	76	15	64	35	28	5	31	1.79
2513183--2513220	19	2.0	19	94	0	67	34	28	5	31	1.80
2517012--2517083	36	2.0	37	81	13	87	61	1	5	31	1.28
2520496--2520534	11	3.6	11	93	3	62	56	0	0	43	0.99
2520496--2520534	13	2.9	14	85	11	55	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2527665--2527747	39	2.1	39	80	8	89	55	1	0	43	1.07
2528396--2528421	13	2.0	13	100	0	52	7	30	53	7	1.57
2528981--2529022	12	3.6	12	80	6	59	28	2	2	66	1.16
2529849--2529907	24	2.7	22	78	19	63	33	1	1	62	1.15
2529849--2529911	21	3.0	21	77	11	67	34	1	1	61	1.15
2534246--2534271	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2540201--2541370	76	15.4	76	98	0	2268	21	21	21	35	1.96
2542632--2542673	12	3.6	12	80	6	59	28	2	2	66	1.16
2546103--2546155	15	3.4	15	81	5	61	47	11	7	33	1.68
2546485--2546539	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
2546525--2546623	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
2546618--2546657	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
2553904--2554810	76	12.0	76	95	0	1606	22	18	21	36	1.95
2555047--2555105	14	4.2	14	88	0	64	47	32	20	0	1.50
2555380--2555404	13	1.9	13	100	0	50	0	24	64	12	1.27
2561206--2561231	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2563826--2564032	114	1.8	114	89	0	324	33	14	18	32	1.92
2566470--2566549	22	3.6	22	68	0	70	36	11	12	40	1.79
2567227--2568354	76	14.9	76	94	1	1894	22	18	21	36	1.95
2568541--2568610	18	3.6	19	76	23	74	42	0	0	57	0.99
2568544--2568610	15	4.5	16	82	14	81	43	0	0	56	0.99
2568536--2568598	3	21.3	3	81	12	69	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2569017--2569075	14	4.2	14	86	0	64	49	30	18	1	1.58
2579793--2579822	15	1.9	16	93	6	53	10	13	0	76	1.01
2582695--2582751	25	2.4	24	86	11	82	43	12	10	33	1.76
2582845--2582902	27	2.2	26	81	9	64	29	5	3	62	1.33
2582858--2582916	26	2.2	28	85	11	79	35	5	0	59	1.20
2583144--2583190	14	3.4	14	72	16	53	42	0	8	48	1.33
2583636--2583693	30	1.9	30	82	6	73	32	5	18	43	1.73
2586773--2586829	21	2.7	20	75	20	62	45	1	0	52	1.11
2586769--2586820	24	2.2	23	80	6	59	48	0	0	51	1.00
2589697--2590045	174	2.0	174	96	0	644	26	15	9	47	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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