genome.fa.s9579.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009579.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116951_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6215474

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2731506--2731541	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2733969--2734002	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
2734754--2734891	20	6.9	20	68	10	77	26	16	25	31	1.97
2737379--2737495	5	22.8	5	72	20	66	15	5	2	76	1.09
2737373--2737457	13	6.4	12	73	15	53	11	8	1	78	1.01
2737503--2737532	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
2737552--2737772	5	43.0	5	65	22	52	14	7	4	74	1.19
2737554--2737689	11	11.7	11	68	21	57	13	6	4	75	1.15
2737554--2737697	22	6.8	21	69	20	63	13	6	4	75	1.15
2737559--2737607	23	2.2	22	85	3	62	14	8	4	73	1.21
2737600--2737699	9	11.6	8	72	18	69	14	4	5	77	1.09
2737610--2737774	18	9.7	15	71	22	57	13	7	3	75	1.15
2737614--2737687	33	2.2	33	81	11	80	12	5	4	78	1.06
2737659--2737697	19	2.1	18	95	4	69	15	0	5	79	0.90
2738729--2738844	5	22.8	5	73	20	66	15	6	2	75	1.10
2738729--2738806	17	5.1	14	68	23	50	11	7	1	79	0.99
2738730--2738801	25	2.9	26	78	15	89	11	8	1	79	1.00
2738852--2738877	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2738897--2739117	5	43.0	5	65	22	52	14	7	4	74	1.19
2738899--2739034	11	11.7	11	68	21	57	13	6	4	75	1.15
2738899--2739042	22	6.8	21	69	20	63	13	6	4	75	1.15
2738904--2738952	23	2.2	22	85	3	62	14	8	4	73	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2738945--2739044	9	11.6	8	72	18	69	14	4	5	77	1.09
2738955--2739119	18	9.7	15	71	22	57	13	7	3	75	1.15
2738959--2739032	33	2.2	33	81	11	80	12	5	4	78	1.06
2739004--2739042	19	2.1	18	95	4	69	15	0	5	79	0.90
2739690--2739738	18	2.8	18	90	3	73	28	24	8	38	1.84
2742471--2742513	21	2.0	21	100	0	86	13	13	34	37	1.85
2744458--2744505	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
2744922--2744994	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
2744572--2746489	431	4.5	431	98	0	3617	38	12	7	41	1.72
2745353--2745425	23	3.2	23	90	0	110	38	20	5	35	1.76
2745784--2745856	23	3.2	23	88	0	101	38	21	4	35	1.73
2746229--2746287	23	2.6	23	88	0	82	38	16	5	38	1.71
2746708--2746794	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
2747054--2747101	24	2.0	24	83	0	60	47	12	6	33	1.66
2747480--2747529	25	2.0	25	92	0	82	42	22	10	26	1.84
2747813--2747875	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2748222--2748287	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
2750757--2751249	183	2.7	183	95	0	880	33	17	15	34	1.91
2751625--2751678	23	2.5	21	77	16	56	40	20	3	35	1.70
2751640--2751702	23	2.7	23	92	0	99	36	19	6	38	1.77
2751286--2752321	432	2.4	431	97	0	1941	39	11	7	41	1.69
2752062--2752134	23	3.2	23	84	7	94	39	23	4	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2752390--2752552	86	1.9	86	100	0	326	33	8	14	42	1.76
2752969--2753048	9	8.6	9	72	8	61	22	33	6	37	1.79
2752972--2753060	12	7.4	12	87	0	97	21	33	7	37	1.82
2752968--2753048	6	13.5	6	82	0	81	23	33	6	37	1.80
2752984--2753060	36	2.1	36	92	0	127	20	33	9	36	1.85
2752972--2753063	6	15.3	6	81	0	76	20	33	7	38	1.81
2754529--2755263	199	3.7	199	97	0	1357	31	17	15	36	1.91
2755398--2755444	19	2.5	19	92	0	76	57	10	2	29	1.44
2757239--2757299	32	1.9	32	89	0	95	22	47	0	29	1.52
2757333--2757376	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
2759589--2759631	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
2759617--2759954	161	2.1	162	88	0	498	28	15	14	41	1.86
2759617--2760010	161	2.4	158	81	6	346	27	15	14	42	1.86
2760084--2760570	228	2.2	226	93	1	825	39	7	7	45	1.61
2760818--2760842	11	2.3	11	100	0	50	36	24	8	32	1.84
2766167--2766207	3	13.7	3	100	0	82	68	0	31	0	0.90
2773948--2774034	45	1.9	45	81	6	104	35	4	5	54	1.45
2776821--2776871	22	2.3	22	93	0	84	27	19	37	15	1.92
2776888--2776931	23	1.9	23	95	0	79	9	27	40	22	1.84
2776889--2776938	23	2.2	23	88	0	73	12	26	40	22	1.88
2777107--2777167	30	2.0	30	100	0	122	31	9	39	19	1.84
2777387--2777723	170	2.0	171	90	1	534	40	4	17	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2780101--2780869	47	17.5	47	76	18	705	50	7	2	40	1.43
2780146--2780929	39	19.4	39	81	13	774	49	7	2	40	1.44
2779981--2780957	8	128.8	8	74	17	750	50	6	2	40	1.42
2784322--2784355	17	1.9	18	94	5	61	29	29	17	23	1.97
2785303--2785344	12	3.4	12	90	3	66	9	26	0	64	1.24
2791058--2791315	129	2.0	129	93	0	444	24	24	23	27	2.00
2795895--2795935	16	2.6	16	88	3	57	36	12	21	29	1.90
2796733--2796800	29	2.3	29	100	0	136	32	13	19	35	1.90
2819246--2819507	36	7.4	36	83	8	263	36	23	19	20	1.95
2819246--2819489	104	2.3	108	83	6	318	37	23	20	18	1.94
2819676--2820291	51	11.6	52	78	11	540	33	19	24	22	1.97
2819668--2820291	162	3.9	156	81	8	658	33	19	24	22	1.97
2819667--2820243	265	2.2	263	81	9	651	33	20	24	22	1.97
2819666--2820280	104	5.8	101	78	10	427	33	19	24	22	1.97
2820280--2820730	55	8.3	55	87	2	617	30	14	28	26	1.95
2820280--2820730	108	4.2	108	93	0	722	30	14	28	26	1.95
2821007--2821033	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
2824888--2824932	2	24.0	2	86	13	69	48	0	0	51	1.00
2825122--2825266	71	2.0	71	100	0	290	53	4	2	39	1.34
2825105--2825262	23	6.7	23	70	10	95	54	3	2	39	1.32
2825887--2825950	26	2.4	25	80	15	65	45	4	3	46	1.39
2827572--2827626	23	2.4	23	100	0	110	50	12	20	16	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2828161--2828191	16	1.9	16	93	0	53	58	0	9	32	1.31
2828404--2828448	14	3.1	14	83	3	54	48	26	0	24	1.51
2828722--2828767	12	3.6	12	81	16	56	45	17	19	17	1.85
2828728--2828768	12	3.1	13	80	19	57	46	14	17	21	1.84
2831058--2831097	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
2831092--2831190	33	3.0	33	92	1	155	32	8	15	44	1.75
2831176--2831230	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
2831426--2831482	21	2.7	21	94	0	96	22	28	24	24	2.00
2831647--2831702	15	3.6	15	79	9	67	32	12	12	42	1.80
2831666--2831699	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
2832987--2833018	10	3.2	10	100	0	64	71	0	0	28	0.86
2839837--2839983	73	2.0	73	100	0	294	23	19	34	23	1.96
2841207--2841255	22	2.2	22	89	7	73	26	4	20	48	1.67
2841244--2841305	20	3.2	20	70	6	56	17	4	22	54	1.61
2841269--2841317	26	2.0	25	88	8	73	18	6	24	51	1.69
2842384--2842625	121	2.0	121	100	0	484	38	12	17	31	1.87
2847060--2847131	34	2.2	33	82	7	83	22	26	16	34	1.95
2847491--2847569	20	4.0	20	91	0	122	32	24	25	17	1.97
2847597--2847691	42	2.3	42	81	7	113	22	18	35	23	1.96
2847611--2847654	22	2.0	23	95	4	81	22	22	29	25	1.99
2847597--2847691	21	4.6	20	80	13	84	22	18	35	23	1.96
2847776--2847835	29	2.0	31	84	12	72	45	13	8	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2847776--2847835	31	2.0	29	87	6	84	45	13	8	33	1.73
2849666--2849691	13	2.0	13	100	0	52	30	23	38	7	1.83
2860287--2860362	19	3.8	21	77	10	70	18	26	25	30	1.98
2860365--2860412	19	2.5	19	93	3	78	22	54	18	4	1.61
2863217--2863261	23	2.0	23	82	8	56	22	2	2	73	1.05
2863955--2864031	31	2.5	31	78	2	82	27	29	27	15	1.96
2863908--2864031	63	2.0	63	80	6	144	25	28	28	17	1.98
2864917--2865107	29	6.6	29	83	4	215	37	19	5	37	1.76
2864926--2865108	58	3.2	58	83	6	237	36	19	6	37	1.77
2864919--2865107	87	2.2	88	84	5	251	36	20	5	37	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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