genome.fa.s9579.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009579.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116951_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6215474

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2115875--2115939	24	2.9	22	80	13	71	24	26	18	30	1.98
2124507--2124562	10	5.2	10	76	16	58	57	17	14	10	1.65
2124749--2124798	24	2.1	24	88	0	73	60	16	10	14	1.59
2124739--2124798	14	4.6	14	70	16	56	60	15	10	15	1.60
2124754--2124815	24	2.5	24	81	5	70	59	19	8	12	1.58
2127297--2127470	87	2.0	87	100	0	348	34	12	19	33	1.90
2127735--2127773	18	2.2	18	100	0	78	25	0	30	43	1.55
2129385--2129430	22	2.1	21	88	4	65	60	0	4	34	1.16
2140024--2140818	182	4.4	182	88	1	1076	41	14	16	28	1.87
2141364--2141412	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
2141763--2142919	199	5.8	199	88	1	1564	38	14	15	31	1.88
2151016--2151046	11	2.7	11	95	5	53	3	9	0	87	0.66
2156879--2156922	3	14.7	3	85	0	61	36	2	27	34	1.70
2156873--2156921	15	3.3	15	88	0	71	38	4	26	30	1.75
2158214--2158268	24	2.3	25	78	9	60	30	5	16	47	1.69
2158225--2158277	24	2.2	24	82	0	61	33	3	15	47	1.63
2158649--2160218	200	7.8	200	89	1	2265	38	13	16	31	1.87
2164325--2165041	198	3.6	199	82	6	785	39	13	14	32	1.85
2166113--2166205	2	49.5	2	70	12	63	49	0	0	50	1.00
2166112--2166205	30	3.0	32	81	10	115	50	0	0	50	1.00
2166099--2166203	15	7.1	15	70	14	67	52	0	0	47	1.00
2167287--2167351	23	2.8	23	100	0	130	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2167339--2167376	17	2.3	17	86	4	51	52	0	0	47	1.00
2176708--2176752	13	3.5	13	87	3	65	15	17	44	22	1.86
2179882--2179921	20	2.0	20	85	9	55	22	5	0	72	1.04
2180683--2180724	20	2.1	20	90	0	66	40	21	14	23	1.90
2180720--2180867	20	7.3	20	71	13	108	39	25	14	20	1.91
2180720--2180867	40	3.7	40	75	11	133	39	25	14	20	1.91
2180731--2180867	60	2.3	60	81	8	163	40	24	15	20	1.91
2181066--2181099	16	2.1	16	88	0	50	29	5	0	64	1.17
2181854--2181907	24	2.2	24	86	0	72	24	18	18	38	1.93
2184175--2184210	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
2185563--2185608	22	2.1	22	83	0	56	21	15	43	19	1.87
2185773--2185836	20	3.2	20	84	4	76	15	6	20	57	1.59
2185998--2186032	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2188447--2188498	21	2.4	23	78	12	65	50	1	0	48	1.12
2191915--2193192	81	15.8	82	75	8	913	25	22	21	30	1.99
2192125--2193206	162	6.7	162	90	0	1569	25	22	21	30	1.99
2194134--2194164	16	1.9	16	93	0	53	38	6	6	48	1.55
2201195--2201249	24	2.3	24	80	0	65	54	16	16	12	1.71
2203783--2203884	32	3.2	32	95	2	188	34	3	25	36	1.75
2203829--2203887	18	3.5	18	68	25	56	30	3	28	37	1.74
2204390--2204522	69	1.9	70	80	9	155	59	6	5	28	1.45
2205904--2206208	105	2.9	103	71	10	251	29	16	28	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2206114--2206388	105	2.6	105	77	7	281	26	19	26	27	1.99
2209453--2209490	6	6.3	6	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2209719--2209776	28	2.1	28	86	0	80	44	6	13	34	1.71
2213742--2213809	30	2.3	30	97	0	127	47	2	0	50	1.16
2220076--2220111	19	1.9	19	88	5	56	55	5	13	25	1.60
2221072--2221106	18	1.9	18	94	0	61	20	20	28	31	1.97
2224976--2225018	19	2.3	19	84	4	52	23	4	27	44	1.73
2225105--2225140	19	1.9	19	88	5	56	55	5	13	25	1.60
2225988--2226034	20	2.3	20	96	0	85	36	4	19	40	1.71
2226127--2226161	18	1.9	18	94	0	61	20	20	28	31	1.97
2227657--2227717	23	2.6	24	89	5	97	32	39	8	19	1.81
2230842--2231017	85	2.1	86	92	1	291	44	6	17	32	1.73
2239083--2239377	43	6.9	43	89	2	450	32	18	24	23	1.97
2239513--2239573	21	2.9	21	97	0	113	52	21	6	19	1.68
2245317--2245679	41	8.9	40	70	19	207	30	17	20	31	1.96
2245399--2245692	82	3.6	78	72	11	250	30	18	20	30	1.96
2245343--2245659	164	1.9	165	90	1	503	29	17	20	31	1.96
2245467--2245692	123	1.8	122	84	6	305	29	19	20	30	1.97
2252487--2252514	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2257521--2257570	23	2.2	23	85	7	66	36	10	8	46	1.67
2258347--2258413	28	2.4	28	94	0	116	16	28	29	25	1.97
2259300--2259356	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2260991--2261046	30	2.0	27	86	10	76	23	17	3	55	1.58
2263054--2263090	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
2268241--2268265	12	2.1	12	100	0	50	72	0	0	28	0.86
2283959--2283996	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2285772--2285815	16	2.6	17	78	3	54	22	2	2	72	1.07
2285751--2285808	25	2.2	27	78	9	66	27	1	6	63	1.29
2291772--2291903	62	2.1	62	84	0	174	29	21	9	39	1.84
2297010--2297041	4	8.0	4	100	0	64	75	0	25	0	0.81
2298759--2298799	18	2.3	18	86	0	55	7	31	31	29	1.85
2304232--2304269	19	2.0	20	90	10	62	63	0	0	36	0.95
2311159--2311530	186	2.0	186	100	0	744	33	17	11	37	1.87
2314805--2314844	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2315735--2315946	65	3.3	65	83	5	243	30	25	16	28	1.96
2317178--2317417	20	11.9	20	78	2	212	40	22	14	22	1.90
2317166--2317413	40	6.2	40	80	2	264	41	22	13	22	1.89
2317166--2317413	60	4.1	61	81	3	254	41	22	13	22	1.89
2317529--2317579	22	2.3	22	89	0	75	21	41	15	21	1.90
2317984--2318037	20	2.7	19	83	8	72	14	16	22	46	1.84
2319432--2319476	16	2.8	16	79	0	63	33	26	24	15	1.95
2319758--2319811	21	2.6	21	93	0	90	24	16	27	31	1.96
2319899--2319953	21	2.6	21	94	0	92	21	10	30	36	1.88
2320065--2320118	4	13.5	4	92	0	90	25	0	1	72	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2320262--2320360	21	4.7	21	76	9	94	23	34	19	23	1.97
2320285--2320380	21	4.6	21	79	7	88	22	34	20	21	1.97
2320280--2320380	42	2.4	42	78	6	107	21	35	19	22	1.96
2321709--2321884	66	2.6	65	88	8	248	27	2	17	52	1.58
2322290--2322325	18	2.0	18	88	0	54	19	2	22	55	1.56
2324434--2324487	24	2.2	24	93	0	90	42	11	16	29	1.83
2324434--2324501	24	2.8	24	86	4	66	39	13	16	30	1.86
2324613--2324646	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
2325241--2325278	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
2325435--2325528	21	4.6	21	92	4	122	27	14	23	34	1.94
2325516--2325622	20	5.3	20	82	0	142	17	14	25	42	1.88
2325495--2325626	40	3.3	40	91	4	205	18	15	24	41	1.89
2325474--2325663	60	3.1	60	78	10	183	21	16	23	38	1.92
2325455--2325645	40	4.8	40	86	7	203	21	15	23	39	1.91
2325616--2325662	20	2.3	20	88	0	76	23	19	21	36	1.95
2325628--2325703	20	3.8	21	75	6	68	27	15	26	30	1.96
2342674--2342798	47	2.8	45	83	9	157	40	6	21	31	1.78
2345275--2345331	24	2.3	24	90	6	87	47	0	15	36	1.46
2345417--2345453	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2345670--2345710	22	1.9	21	85	5	55	63	0	7	29	1.21
2346367--2346399	17	1.9	17	88	11	50	57	0	0	42	0.98
2353360--2353471	45	2.5	46	89	4	167	38	25	19	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2368052--2368133	25	3.3	25	67	13	78	36	13	12	37	1.82
2368036--2368137	50	2.0	50	100	0	204	38	11	11	38	1.79
2368985--2369028	21	2.1	21	86	0	61	31	0	13	54	1.39
2368998--2369063	28	2.4	28	82	10	98	31	0	12	56	1.36
2369893--2369937	13	3.5	13	76	11	56	51	2	0	46	1.13
2369884--2369945	26	2.4	26	100	0	124	50	4	0	45	1.23
2372498--2372548	22	2.3	22	93	0	93	41	13	0	45	1.44
2372644--2372757	41	2.9	37	74	18	97	45	13	0	40	1.49
2372767--2372806	21	1.9	21	94	0	71	57	12	0	30	1.36
2373018--2373082	28	2.3	29	82	10	82	46	15	1	36	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29