genome.fa.s9579.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009579.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116951_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6215474

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772570--772651	39	2.1	39	86	6	114	8	20	26	43	1.80
772623--772710	33	2.6	33	90	1	131	12	25	23	38	1.90
772689--772735	20	2.3	20	79	13	60	12	25	14	46	1.80
774560--774680	42	2.9	42	80	2	118	23	35	18	23	1.95
774614--774680	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
776039--776075	14	2.6	14	100	0	74	29	0	21	48	1.50
776239--776364	33	3.8	32	85	8	155	15	19	19	45	1.86
776234--776364	19	7.7	19	64	23	76	15	20	19	45	1.86
776231--776363	66	2.0	66	91	0	212	17	20	18	43	1.88
778636--778660	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
779945--779982	20	1.9	20	94	0	67	39	23	21	15	1.92
780006--780059	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
779988--780058	33	2.2	33	84	0	88	19	19	21	39	1.93
780001--780078	33	2.4	33	91	0	120	12	23	21	42	1.87
780166--780202	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
782071--782137	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
782126--782188	14	4.3	14	79	16	74	50	25	15	7	1.71
782110--782184	32	2.3	33	95	2	134	45	25	18	10	1.82
782220--782274	14	3.6	14	77	17	65	10	16	23	49	1.77
782200--782290	32	2.8	32	91	3	137	14	18	21	45	1.85
782275--782318	20	2.2	20	84	4	54	20	25	18	36	1.95
782287--782329	20	2.2	20	86	0	59	16	23	25	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782805--782849	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
784168--784210	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
784475--784518	22	2.0	22	100	0	88	18	18	45	18	1.86
784686--784781	20	4.6	22	71	12	69	22	16	21	38	1.93
784686--784783	41	2.4	41	84	0	133	22	16	21	39	1.92
784769--784844	21	3.7	21	78	3	91	17	25	17	40	1.90
784708--784842	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	38	1.94
784769--784859	20	4.4	20	75	4	83	17	25	16	40	1.90
784769--784859	41	2.2	41	98	0	173	17	25	16	40	1.90
787936--787983	20	2.3	22	75	17	57	54	4	4	37	1.39
788616--788665	21	2.4	21	80	6	57	42	4	0	54	1.19
790285--790321	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
791179--791219	22	1.9	22	85	14	59	14	24	53	7	1.66
792020--792058	4	9.2	4	83	10	51	71	2	0	25	0.98
792015--792061	13	3.6	14	77	13	55	68	2	0	29	1.02
792022--792061	9	4.6	9	81	6	55	72	2	0	25	0.97
798871--798905	18	2.0	18	88	5	54	8	0	11	80	0.92
800469--800631	63	2.6	63	85	2	193	26	19	20	33	1.97
806794--806890	40	2.4	40	89	0	140	28	31	21	17	1.96
806795--806912	22	5.7	22	77	11	126	28	31	22	16	1.96
806795--806868	18	3.9	18	75	13	76	28	33	21	16	1.95
807455--807617	63	2.6	63	82	2	166	26	18	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810568--810607	21	1.9	21	85	10	55	27	22	22	27	1.99
810834--810864	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
811678--811715	20	1.9	20	94	0	67	23	26	10	39	1.87
816295--816364	3	23.3	3	100	0	140	32	0	0	67	0.91
819529--819587	22	2.7	22	86	5	75	28	20	23	27	1.99
823967--824060	43	2.2	43	82	3	109	35	20	20	24	1.96
824056--824170	43	2.7	42	80	1	104	28	13	19	39	1.89
824216--824319	44	2.4	44	86	0	136	33	18	19	28	1.95
824657--824730	33	2.2	34	80	7	89	2	29	20	47	1.64
825899--825931	16	2.1	16	100	0	66	30	27	24	18	1.98
835293--835341	22	2.3	21	82	6	62	67	8	12	12	1.42
841612--841659	22	2.1	23	88	11	73	35	16	6	41	1.74
843864--844344	264	1.9	253	87	4	710	24	11	26	37	1.89
844152--844524	183	2.0	187	89	5	574	26	12	24	36	1.91
844514--844600	38	2.3	37	86	7	131	12	12	36	37	1.82
845541--845618	33	2.6	28	76	18	93	16	8	28	46	1.77
845542--845609	33	2.1	33	91	0	109	19	10	27	42	1.83
846274--846323	18	2.8	18	96	0	91	28	30	6	36	1.81
850000--850066	32	2.1	32	83	5	82	34	10	17	37	1.85
850058--850105	23	2.1	23	88	0	69	45	14	8	31	1.74
850520--850721	103	2.0	104	93	1	352	37	7	6	48	1.58
853205--853239	13	2.8	12	83	8	52	62	2	0	34	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856533--856670	21	6.7	21	71	6	77	36	25	18	20	1.95
856637--856830	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
856637--856830	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
857213--857283	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
857363--857472	21	5.8	20	74	17	108	45	18	24	11	1.83
857356--857472	41	3.1	38	81	14	145	46	17	25	11	1.81
857423--857479	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
857415--857495	33	2.5	33	95	0	144	46	22	22	8	1.78
857521--857585	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
857520--857583	20	3.2	20	82	4	92	12	25	15	46	1.81
859283--859751	93	5.1	93	98	0	904	22	12	18	46	1.83
859799--859927	19	7.3	19	73	17	116	46	27	17	8	1.77
859835--859927	33	2.8	32	90	4	141	47	26	18	7	1.75
859801--859927	52	2.5	51	75	13	134	47	27	17	7	1.75
859945--860001	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
859928--860020	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
859923--860037	19	6.6	19	73	18	106	10	20	23	46	1.81
861966--862001	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
862108--862205	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
862108--862223	53	2.2	53	98	1	225	43	18	24	13	1.86
862271--862378	33	3.2	33	80	7	146	12	20	19	47	1.82
862252--862364	19	6.4	19	73	20	102	14	19	18	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864662--864686	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
864861--864907	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
865590--865799	20	10.5	20	84	2	206	19	18	24	38	1.93
865786--865868	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
865766--865864	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
868529--868873	174	2.0	174	87	1	494	28	11	28	31	1.91
872656--872682	14	1.9	14	100	0	54	33	7	7	51	1.58
876059--876106	20	2.5	20	96	3	89	60	12	4	22	1.49
876212--876258	2	23.5	2	95	0	85	48	0	0	51	1.00
877202--877260	31	1.9	31	85	0	82	40	3	10	45	1.54
877285--877327	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
877311--877362	18	3.1	18	68	21	58	55	11	0	32	1.36
877287--877335	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
877275--877578	54	5.6	54	70	16	232	53	11	0	35	1.37
877307--877579	32	8.7	32	71	22	170	53	11	0	34	1.38
877420--877468	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
877463--877515	14	3.5	14	72	18	52	58	3	0	37	1.16
877504--877546	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
877386--877627	86	2.9	85	90	4	370	53	11	0	34	1.38
877506--877554	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
877589--877674	22	3.7	22	79	11	109	51	13	0	34	1.42
877558--877719	48	3.2	48	87	6	209	51	14	0	33	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877472--877807	182	1.9	181	89	5	536	52	11	0	36	1.38
877560--877682	22	5.2	22	74	14	84	52	15	0	31	1.43
877684--877728	22	2.1	21	87	4	63	51	11	0	37	1.38
877589--877850	54	5.1	52	83	10	235	51	9	0	38	1.34
877705--877785	32	2.5	32	90	6	128	53	7	0	39	1.29
877731--877850	15	7.5	15	73	19	100	53	4	0	42	1.20
878180--878229	24	2.2	23	83	13	68	36	32	22	10	1.87
882809--882871	24	2.6	24	89	0	99	39	17	39	3	1.66
883001--883064	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
886656--886684	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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