genome.fa.s9608.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009608.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116994_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1053610

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  5  of  7  ( 733 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
654053--654332	21	13.3	21	76	12	95	21	17	22	38	1.93
654093--654361	42	6.4	42	79	8	232	23	17	20	39	1.93
654053--654353	63	4.8	62	84	6	342	21	17	21	38	1.93
654072--654366	105	2.8	105	85	6	384	22	17	21	37	1.94
654946--655009	6	11.2	6	94	1	98	0	15	53	31	1.43
654978--655017	18	2.2	18	86	0	53	7	12	45	35	1.70
655109--655246	61	2.3	61	93	2	242	33	23	21	22	1.97
655137--655459	65	5.2	62	84	8	274	34	22	20	21	1.96
655109--655459	21	17.0	20	75	14	236	35	21	20	22	1.96
655219--655449	65	3.7	63	90	6	341	35	21	20	22	1.96
657916--657994	3	26.0	3	92	7	133	65	0	1	32	1.00
658829--658871	22	2.0	20	86	8	59	58	2	16	23	1.50
659026--659114	37	2.5	35	81	5	108	39	13	16	30	1.87
659088--659140	26	2.0	26	100	0	106	47	15	18	18	1.83
659507--659546	16	2.5	16	87	0	53	22	0	25	52	1.47
665497--665556	23	2.6	23	89	0	84	18	23	28	30	1.98
668942--668988	24	2.0	24	86	0	67	21	25	23	29	1.99
670169--670233	30	2.2	30	82	0	76	15	32	29	23	1.95
674100--674130	5	6.2	5	92	0	53	80	3	0	16	0.83
675958--676040	3	27.7	3	90	9	134	65	0	1	33	1.01
683311--683363	27	2.0	27	88	0	79	28	28	20	22	1.99
683756--683836	27	2.9	27	75	7	81	20	6	37	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
686905--686947	17	2.5	17	88	7	61	46	9	16	27	1.77
687660--687697	20	1.9	20	88	0	58	34	21	5	39	1.76
689649--689726	39	2.0	39	97	0	147	34	16	7	41	1.77
692156--692213	21	2.9	19	80	12	64	41	12	13	32	1.82
692553--692613	31	1.9	32	93	3	106	49	3	1	45	1.28
693665--693775	41	3.0	39	70	23	114	15	9	20	54	1.67
694532--694570	20	2.0	20	94	0	69	33	7	25	33	1.84
696440--696531	23	4.0	23	81	0	103	25	11	19	43	1.85
696442--696531	46	2.0	46	86	0	126	25	11	18	44	1.83
696770--696810	16	2.5	17	88	4	57	68	21	2	7	1.26
698553--698658	24	4.4	24	90	3	151	31	24	22	21	1.98
698600--698645	15	3.5	15	67	32	50	34	23	21	19	1.96
700451--700505	24	2.3	24	100	0	110	12	23	40	23	1.89
707508--707636	60	2.2	60	85	2	170	39	4	21	34	1.74
708710--708775	30	2.2	30	88	0	96	10	15	63	10	1.51
708710--708777	15	4.5	15	83	0	82	10	14	63	11	1.53
710161--710232	20	3.7	20	74	18	62	41	13	22	22	1.89
719585--719624	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
721013--721049	3	12.3	3	88	0	56	59	0	0	40	0.97
720994--721052	15	3.9	15	79	2	64	55	0	0	44	0.99
721300--721574	113	2.5	113	96	1	511	28	19	13	37	1.90
721521--721597	39	2.0	39	94	0	136	16	24	7	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721525--721615	39	2.4	38	83	8	123	20	21	7	49	1.74
721650--721975	112	2.9	112	95	1	566	30	18	14	36	1.90
722811--723199	83	4.7	83	93	0	652	37	23	13	25	1.92
724348--724424	1	77.0	1	73	0	55	0	14	0	85	0.59
724348--724427	7	12.1	7	78	15	82	0	15	0	85	0.61
724354--724427	10	6.9	10	81	14	85	0	14	0	85	0.61
724348--724412	34	1.9	33	93	3	112	0	13	0	86	0.58
724347--724426	39	2.0	41	87	4	119	0	16	0	83	0.64
724351--724428	9	8.3	10	78	16	78	0	16	0	83	0.65
731739--731770	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
735764--735803	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
735777--735821	17	2.6	17	85	3	54	46	0	0	53	1.00
737170--737228	15	3.9	15	75	2	55	54	0	0	45	0.99
737180--737239	24	2.5	25	83	8	88	55	0	0	45	0.99
739004--739072	29	2.4	28	78	7	84	26	15	7	50	1.70
739793--739825	17	1.9	17	100	0	66	30	9	0	60	1.27
743020--743325	43	7.1	42	79	6	292	30	18	23	26	1.98
743020--743325	85	3.6	83	77	9	301	30	18	23	26	1.98
747656--747711	15	3.7	16	75	20	66	64	7	0	28	1.20
747651--747725	30	2.5	30	97	2	143	62	5	0	32	1.17
748340--748410	31	2.3	31	95	0	124	30	15	26	26	1.96
748363--748443	31	2.6	31	88	0	108	34	12	28	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
748424--748484	31	2.0	31	83	0	77	29	18	19	32	1.95
748510--748550	21	2.0	20	86	13	57	43	4	0	51	1.23
757070--757613	113	4.8	113	88	3	713	32	16	21	28	1.96
757070--757613	227	2.4	226	86	3	720	32	16	21	28	1.96
777387--777422	3	11.7	3	88	5	54	61	0	2	36	1.11
777387--777423	19	1.9	19	94	0	65	59	0	2	37	1.12
778145--778229	41	2.1	41	88	0	125	21	9	37	31	1.85
778496--778592	48	2.0	48	87	0	140	34	14	9	42	1.78
778423--778660	113	2.1	113	91	2	379	35	13	10	40	1.79
781806--781954	55	2.7	55	90	2	228	28	17	23	30	1.97
781973--783502	89	17.2	88	84	1	1779	31	20	17	30	1.96
783206--783356	47	3.3	47	68	9	132	31	21	17	29	1.96
783551--784352	62	12.5	62	73	15	424	33	14	23	28	1.94
783655--784296	67	9.9	67	74	10	361	33	14	23	28	1.94
783551--784197	191	3.3	190	81	5	636	32	14	24	28	1.95
783863--783922	29	2.1	28	84	3	75	26	18	26	28	1.98
783592--784352	129	5.9	129	73	10	374	33	14	23	28	1.94
785534--785619	44	2.0	43	86	2	118	36	22	13	27	1.92
789094--789120	14	1.9	14	100	0	54	33	14	14	37	1.88
789140--789205	16	4.5	15	71	19	50	36	7	21	34	1.82
789124--789218	43	2.2	43	100	0	190	36	6	21	35	1.79
789617--789726	23	5.0	22	84	5	134	16	22	27	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789609--789723	21	5.2	23	82	6	105	16	24	26	33	1.96
789938--789985	18	2.7	18	86	0	69	37	0	25	37	1.56
793212--793295	37	2.3	37	100	0	168	32	11	15	40	1.84
793528--793590	23	2.9	21	79	9	81	15	25	25	33	1.95
793818--793846	15	1.9	15	100	0	58	55	0	6	37	1.27
799667--799749	29	2.8	29	90	1	130	43	8	15	32	1.77
804291--804373	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
805570--805628	11	5.4	10	80	15	55	67	1	3	27	1.16
805570--805628	22	2.7	22	84	5	75	67	1	3	27	1.16
806845--806903	3	20.0	3	83	10	77	64	0	1	33	1.04
807251--807673	112	3.8	112	84	5	572	28	19	13	38	1.90
807251--807658	221	1.9	220	92	1	692	28	19	12	38	1.89
807671--808052	76	5.1	76	96	0	705	34	21	20	24	1.97
807671--808052	151	2.5	151	96	1	703	34	21	20	24	1.97
808720--808779	21	2.8	22	92	5	104	38	15	10	36	1.80
815393--815431	20	2.0	20	84	0	51	53	7	12	25	1.65
816990--817045	23	2.3	23	84	9	67	71	0	1	26	0.96
817798--817856	11	5.4	10	80	15	55	67	1	3	27	1.16
817798--817856	22	2.7	22	84	5	75	67	1	3	27	1.16
819086--819119	14	2.3	15	90	5	52	26	0	0	73	0.83
826544--826590	20	2.6	17	78	18	58	21	29	19	29	1.97
826552--826589	20	1.9	20	94	0	67	23	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827544--827593	25	2.0	25	88	0	73	28	6	20	46	1.74
833312--833348	12	3.1	12	96	0	65	37	0	21	40	1.54
834701--834887	31	6.0	31	88	3	243	22	16	21	40	1.91
834701--834887	93	2.0	93	88	2	277	22	16	21	40	1.91
834701--834887	62	3.0	62	88	0	275	22	16	21	40	1.91
836900--837021	31	3.9	31	70	12	79	17	24	27	30	1.97
836900--837023	63	2.0	63	82	6	153	16	24	28	30	1.97
837040--837089	25	2.0	25	88	0	73	30	8	18	44	1.78
839604--839647	19	2.3	19	84	0	52	36	29	11	22	1.89
839705--839753	20	2.5	19	87	9	71	46	20	12	20	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7