genome.fa.s9610.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009610.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116996_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3811333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128926--2129263	113	3.0	113	92	3	554	32	15	20	31	1.94
2131299--2131410	54	2.1	54	93	0	188	36	17	25	20	1.94
2131768--2131846	22	3.6	22	87	0	104	34	16	12	36	1.87
2132284--2132941	113	5.6	113	88	5	806	38	15	19	26	1.91
2132284--2133029	226	3.2	229	83	9	837	39	14	19	26	1.90
2132606--2133029	123	3.4	124	90	2	622	40	15	19	25	1.90
2134686--2134734	20	2.5	19	83	6	62	32	0	2	65	1.04
2139255--2139329	21	3.6	21	76	3	71	22	17	17	42	1.89
2139319--2139412	20	4.7	20	82	2	125	40	19	20	20	1.92
2139319--2139412	41	2.3	41	87	1	127	40	19	20	20	1.92
2139983--2140038	14	3.6	14	74	21	58	42	23	25	8	1.82
2139962--2140054	33	2.8	33	91	1	141	43	24	22	9	1.83
2140050--2140153	33	2.9	34	79	10	111	14	23	23	39	1.91
2140050--2140172	19	6.6	19	80	11	121	14	22	21	40	1.90
2141871--2142246	94	4.1	93	92	2	589	21	12	18	47	1.81
2142079--2142111	17	1.9	17	88	11	50	24	15	15	45	1.84
2142333--2142422	19	4.9	19	71	15	73	11	18	21	48	1.78
2142875--2142941	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2142824--2142941	41	2.8	42	81	6	107	22	35	18	22	1.96
2144288--2144323	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2144430--2144519	19	4.7	19	91	2	137	46	20	20	13	1.83
2144525--2144675	19	8.7	19	63	21	80	12	23	19	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144550--2144637	14	5.6	14	70	23	59	11	23	19	45	1.83
2144529--2144655	33	3.8	33	94	0	218	12	23	18	45	1.83
2146980--2147004	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2147962--2148076	20	5.7	20	80	2	95	25	18	25	31	1.97
2148020--2148079	21	3.0	20	77	2	75	21	15	25	38	1.92
2148065--2148116	20	2.5	20	81	3	59	21	21	17	40	1.91
2148106--2148158	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
2151318--2151369	24	2.1	25	85	3	70	40	1	3	53	1.30
2153065--2153094	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2155500--2155702	103	2.0	103	89	0	307	28	13	8	49	1.71
2157334--2157373	21	1.9	21	89	0	62	45	7	0	47	1.31
2157384--2157434	23	2.2	24	85	3	68	50	9	1	37	1.47
2157334--2157461	61	2.2	60	85	7	172	44	9	2	43	1.49
2157408--2157639	37	6.2	37	81	8	233	40	12	5	41	1.66
2162962--2163019	29	2.0	29	96	0	107	18	5	13	62	1.50
2165754--2165808	24	2.2	25	81	12	69	52	0	1	45	1.11
2165818--2165882	28	2.4	27	82	12	71	43	1	0	55	1.09
2168820--2168894	37	2.0	37	100	0	150	34	21	10	33	1.88
2184735--2184799	2	32.5	2	100	0	130	49	0	0	50	1.00
2196870--2196960	4	22.8	4	86	0	128	52	2	19	25	1.57
2197194--2197244	21	2.4	21	96	0	93	25	9	3	60	1.45
2197416--2197448	16	2.0	17	88	5	50	18	21	30	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2198224--2198270	21	2.2	21	96	0	85	34	6	31	27	1.82
2199336--2199870	84	6.4	83	84	3	662	26	18	22	32	1.97
2201807--2201870	2	32.0	2	93	0	110	50	1	1	46	1.20
2206351--2206420	30	2.4	29	76	9	70	45	7	1	45	1.39
2207143--2207200	26	2.2	26	84	9	73	75	1	0	22	0.89
2207142--2207203	27	2.3	27	81	13	74	74	1	0	24	0.91
2207164--2207215	18	2.9	17	80	13	52	71	0	1	26	0.97
2207603--2207649	24	2.0	23	87	4	67	23	23	27	25	2.00
2208560--2208939	187	2.0	186	92	0	634	45	8	3	42	1.52
2211073--2211115	12	3.6	12	83	0	59	11	16	48	23	1.78
2211113--2211206	2	50.0	2	72	12	74	47	0	0	52	1.00
2211116--2211214	24	4.1	24	79	8	96	50	0	0	49	1.00
2211230--2211266	12	3.0	12	96	4	65	10	16	56	16	1.66
2212389--2212470	22	3.7	22	77	16	98	52	2	7	37	1.43
2212787--2212822	15	2.4	15	85	0	54	69	0	0	30	0.89
2213131--2213314	77	2.4	77	84	8	223	34	11	6	47	1.66
2213178--2213332	77	2.0	77	98	0	301	34	13	9	43	1.76
2214227--2214315	32	2.7	33	77	13	103	56	0	8	34	1.31
2215007--2215069	21	2.9	22	83	7	83	9	19	22	49	1.76
2228588--2228641	19	2.7	20	94	5	92	18	44	22	14	1.86
2247620--2247670	26	2.0	26	100	0	102	31	19	11	37	1.88
2270571--2270614	21	2.1	21	82	0	52	59	4	2	34	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2275114--2275161	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2279215--2279283	23	3.0	23	89	0	111	17	24	26	31	1.97
2282450--2282506	22	2.6	22	91	0	87	29	28	19	22	1.98
2282504--2282564	30	2.1	29	90	3	95	39	22	13	24	1.90
2282984--2283019	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2283767--2283830	22	2.9	22	81	4	85	29	23	17	29	1.97
2283828--2283889	30	2.1	30	93	0	106	38	22	14	24	1.91
2284328--2284357	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2286240--2286270	16	1.9	16	100	0	62	45	25	0	29	1.54
2289684--2289723	18	2.2	18	90	0	62	20	32	0	47	1.50
2296067--2296136	36	1.9	36	100	0	140	24	17	24	34	1.96
2297342--2297374	2	17.0	2	87	6	50	51	3	0	45	1.16
2297345--2297375	15	2.1	15	93	0	53	54	3	0	41	1.16
2298416--2298461	24	1.9	24	86	8	67	47	15	13	23	1.80
2301180--2301291	56	2.0	56	98	1	217	28	19	25	26	1.99
2309056--2309114	23	2.5	24	72	10	59	59	1	1	37	1.18
2310609--2310921	157	2.0	154	95	4	567	35	22	12	30	1.90
2314583--2314615	3	11.0	3	87	12	50	66	0	0	33	0.92
2328300--2328356	23	2.6	22	75	8	64	24	36	19	19	1.94
2334073--2334099	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
2336737--2336869	45	3.0	45	92	0	212	33	13	24	28	1.93
2342534--2342569	18	2.0	18	100	0	72	5	16	38	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2349933--2349982	21	2.4	21	83	9	59	48	0	4	48	1.20
2355617--2355657	21	2.0	21	90	0	64	21	26	21	29	1.99
2355700--2355768	36	1.9	36	85	11	97	24	17	31	26	1.97
2356065--2356112	21	2.2	22	77	11	53	43	8	14	33	1.75
2356074--2356131	21	3.0	19	78	14	73	50	10	10	29	1.70
2356074--2356131	18	3.1	18	80	11	71	50	10	10	29	1.70
2357248--2357294	18	2.5	19	86	6	60	29	12	6	51	1.65
2358252--2358296	23	2.0	23	91	4	74	33	26	22	17	1.96
2358459--2358508	21	2.4	21	86	6	66	30	20	10	40	1.85
2358855--2359107	54	4.6	55	92	4	406	30	21	18	29	1.97
2358855--2359107	109	2.3	108	91	4	402	30	21	18	29	1.97
2360560--2360605	22	2.1	22	95	0	83	43	32	8	15	1.77
2365250--2365294	23	2.0	23	90	0	72	28	24	26	20	1.99
2365456--2365496	21	2.0	21	85	0	55	34	19	9	36	1.85
2365847--2366043	55	3.6	55	89	0	279	30	21	17	30	1.96
2367906--2367939	14	2.3	15	90	5	52	20	5	2	70	1.21
2384026--2384100	21	3.6	21	90	0	114	29	25	21	24	1.99
2384109--2384196	21	4.2	21	91	0	140	25	20	26	28	1.99
2384269--2384409	21	6.8	19	72	19	104	24	19	21	35	1.96
2384269--2384405	42	3.3	42	94	0	238	22	18	21	36	1.95
2385113--2385230	42	2.8	42	94	0	209	36	22	20	21	1.95
2385159--2385303	63	2.3	63	91	2	236	37	22	20	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2385116--2385303	42	4.4	41	86	5	177	37	21	19	21	1.95
2385117--2385312	105	1.9	105	97	0	374	37	22	19	20	1.95
2386590--2386640	20	2.5	21	84	9	70	70	0	7	21	1.12
2386687--2386728	17	2.4	18	88	4	59	71	0	4	23	1.05
2386704--2386751	21	2.2	23	81	7	55	66	2	8	22	1.29
2390341--2390547	75	2.7	75	88	3	283	57	12	0	29	1.42
2394341--2394381	21	2.0	21	95	4	75	24	19	24	31	1.98
2396827--2396859	6	5.5	6	100	0	66	51	15	15	18	1.77
2397124--2397308	21	9.0	19	81	8	127	22	18	22	35	1.96
2397124--2397286	63	2.6	61	90	3	209	23	19	21	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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