genome.fa.s9610.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009610.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116996_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3811333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695494--695576	33	2.4	34	79	16	93	49	2	1	46	1.22
695491--695690	18	10.8	18	66	21	69	47	4	4	44	1.42
695713--695737	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
696199--696237	13	2.9	14	84	7	53	46	25	0	28	1.53
696197--696238	14	3.1	14	79	6	59	42	23	0	33	1.55
696199--696262	26	2.4	26	84	7	76	45	23	1	29	1.62
696284--696351	20	3.6	19	84	5	75	45	2	8	42	1.50
696318--696354	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
696975--697001	8	3.4	8	100	0	54	59	0	0	40	0.98
696996--697045	2	25.0	2	80	15	59	44	0	4	52	1.20
697043--697115	14	5.2	13	74	19	51	21	0	26	52	1.48
697043--697093	21	2.4	21	93	0	84	21	0	27	50	1.48
697046--697120	28	2.7	29	82	11	86	22	0	25	52	1.48
697198--697295	30	3.3	30	68	18	87	43	8	7	40	1.62
697265--697407	18	7.6	17	76	18	117	41	9	6	41	1.65
697262--697407	35	3.9	37	83	11	149	41	9	6	42	1.64
697379--697454	32	2.5	31	81	12	93	42	7	7	42	1.63
697387--697454	32	2.2	30	89	5	100	41	7	7	44	1.60
697415--697542	12	9.6	13	68	21	61	40	7	3	47	1.51
697436--697524	14	6.0	14	71	16	63	39	6	3	50	1.45
697415--697542	46	2.7	48	83	10	156	40	7	3	47	1.51
697581--697710	29	4.3	30	72	19	110	46	6	6	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
697666--697820	48	3.1	49	78	14	181	45	5	7	41	1.55
697710--697818	30	3.8	29	71	15	93	44	5	9	41	1.59
697706--697828	55	2.2	55	82	5	142	44	5	8	41	1.58
699830--699873	23	1.9	23	95	0	79	50	2	0	47	1.13
700146--700214	16	4.3	16	92	0	102	40	13	26	20	1.88
700499--700667	88	1.9	89	89	4	261	33	15	15	35	1.90
701530--701577	18	2.7	18	96	0	87	16	47	22	12	1.80
701554--701583	13	2.3	13	94	0	51	16	43	23	16	1.87
701575--701604	7	4.3	7	100	0	60	13	33	26	26	1.93
702905--702939	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
704041--704100	11	5.2	11	72	18	50	18	16	18	46	1.84
704024--704131	47	2.3	48	80	9	123	20	14	16	48	1.81
704038--704133	24	4.0	24	78	8	90	20	13	16	48	1.80
705006--705062	28	2.0	28	93	6	98	50	7	8	33	1.60
706120--706233	29	3.9	29	93	2	194	15	38	26	19	1.92
706463--706553	37	2.9	29	72	22	92	20	24	37	17	1.94
706471--706543	37	2.0	37	97	0	137	21	21	36	19	1.95
706533--706559	13	2.1	13	100	0	54	22	18	37	22	1.95
707002--707046	22	2.1	22	87	4	65	28	0	15	55	1.41
707533--707591	17	3.2	17	74	21	57	40	0	10	49	1.37
709015--709048	15	2.2	16	94	5	61	55	5	0	38	1.24
709101--709192	30	3.1	30	90	3	141	45	13	0	41	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
709105--709159	15	3.6	16	70	20	55	43	14	0	41	1.45
709344--709379	17	2.1	17	100	0	72	41	41	0	16	1.48
709563--709614	27	1.9	27	100	0	104	44	21	15	19	1.87
711392--711521	3	43.7	3	93	1	226	33	1	0	65	1.02
712299--712325	13	2.1	13	100	0	54	7	29	62	0	1.22
712873--712908	19	1.9	19	94	5	65	22	0	5	72	1.05
712936--712975	19	2.0	20	85	4	55	32	2	2	62	1.22
724198--724296	1	99.0	1	69	0	54	83	0	16	0	0.64
724198--724296	25	4.0	25	79	5	103	83	0	16	0	0.64
724196--724297	45	2.3	43	81	5	123	82	0	17	0	0.67
725225--726233	51	19.8	51	97	0	1880	25	13	23	37	1.91
725225--726233	256	4.0	255	98	0	1880	25	13	23	37	1.91
726671--727343	113	5.9	113	90	6	1040	37	14	19	28	1.91
727625--727740	3	39.7	3	84	6	150	33	2	0	63	1.08
728511--728537	13	2.1	13	100	0	54	7	29	62	0	1.22
728745--728779	17	1.9	19	88	11	56	22	0	5	71	1.07
728807--728846	19	2.0	20	85	4	55	35	2	2	60	1.24
738196--738236	17	2.5	17	92	4	66	31	2	26	39	1.70
738211--738244	16	2.1	16	88	0	50	35	0	23	41	1.55
740676--740711	18	2.0	18	94	0	63	30	11	36	22	1.89
745974--746085	59	1.9	58	82	7	138	33	14	15	37	1.87
748734--748766	15	2.2	15	100	0	66	39	6	33	21	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751772--751829	26	2.3	26	90	3	91	44	10	37	6	1.65
752172--752249	36	2.2	36	78	19	83	44	0	8	46	1.35
754651--754767	50	2.4	50	80	10	138	50	8	0	40	1.39
754725--754787	28	2.2	30	94	5	112	57	12	0	30	1.36
754729--754794	28	2.4	28	87	10	107	56	12	0	31	1.36
754764--754812	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
755377--755435	19	3.4	19	68	22	56	27	35	16	20	1.94
762660--762755	42	2.3	42	82	7	122	26	34	15	23	1.95
762660--762755	21	4.6	21	73	8	79	26	34	15	23	1.95
764128--764267	66	2.2	65	86	7	191	31	0	16	51	1.50
764178--764217	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
764582--764668	39	2.2	39	93	0	147	19	14	19	45	1.85
764981--765017	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
764974--765036	24	2.7	23	78	11	65	49	11	4	34	1.59
765514--765558	20	2.2	20	96	0	81	40	24	17	17	1.91
765569--765607	20	2.0	20	94	0	69	20	20	23	35	1.96
768002--768032	3	10.3	3	92	0	53	0	32	0	67	0.91
768207--768260	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
768207--768274	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
768386--768419	12	2.8	12	95	0	59	14	0	26	58	1.36
769157--769226	19	3.6	20	80	5	72	24	14	22	38	1.91
769554--769601	22	2.1	23	84	3	62	54	2	0	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770690--770774	30	2.8	30	96	0	161	15	21	44	18	1.86
770925--771026	50	2.0	50	100	0	204	25	1	15	56	1.50
774218--774243	6	4.3	6	100	0	52	0	15	53	30	1.42
783665--783764	28	3.5	28	68	8	83	31	26	11	32	1.91
783639--783764	59	2.1	59	95	0	225	28	24	13	33	1.93
783641--783737	31	3.2	31	71	8	101	26	24	13	35	1.93
783843--783887	3	15.0	3	90	0	72	0	33	0	66	0.92
783938--783978	17	2.4	17	87	0	64	48	29	0	21	1.50
783995--784145	81	1.9	81	92	0	257	25	5	20	49	1.70
790116--790167	16	3.2	16	76	15	61	23	5	25	46	1.74
790189--790229	3	13.7	3	84	0	55	65	2	31	0	1.05
790818--790859	20	2.2	20	86	4	59	52	2	2	42	1.27
791513--791552	20	2.0	21	90	5	64	47	5	10	37	1.59
794528--794560	15	2.2	15	94	0	57	30	33	21	15	1.94
794645--794718	29	2.6	29	95	2	132	20	20	16	43	1.88
795058--795282	64	3.5	64	81	3	204	27	20	20	32	1.97
800040--800113	29	2.6	29	95	2	132	17	21	17	43	1.88
800460--800684	64	3.5	64	84	2	229	27	19	20	32	1.97
802087--802336	125	2.0	125	100	0	500	23	27	24	24	2.00
802333--802366	14	2.4	14	90	0	50	23	32	20	23	1.98
802377--802409	17	1.9	17	93	0	57	39	0	12	48	1.40
804009--804158	74	2.0	74	100	0	300	34	17	14	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804606--804653	24	2.0	24	95	0	87	25	10	25	39	1.87
806817--806885	30	2.3	30	85	7	95	39	15	1	43	1.56
807730--807765	17	2.1	17	94	0	63	52	25	0	22	1.47
811448--811484	13	3.0	13	88	7	51	0	0	13	86	0.57
811445--811485	16	2.6	16	88	0	55	0	0	17	82	0.66
812870--813042	36	4.9	36	72	10	142	46	5	2	45	1.38
812857--812948	2	48.0	2	69	20	54	51	3	0	45	1.17
812857--813088	13	18.1	13	67	20	73	46	5	3	44	1.42
812878--813042	18	9.4	18	73	17	125	46	5	2	46	1.39
813014--813088	28	2.9	25	71	21	64	45	5	5	44	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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