genome.fa.s9610.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009610.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116996_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3811333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2636519--2636568	12	4.1	12	76	5	55	58	2	4	36	1.29
2642446--2642479	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2646545--2646611	23	2.8	23	86	8	82	61	25	8	4	1.45
2646545--2646601	23	2.4	24	88	8	89	61	22	10	5	1.48
2647379--2647411	2	17.5	2	87	12	52	48	0	0	51	1.00
2647532--2647595	28	2.3	28	97	2	121	26	31	26	15	1.96
2648495--2648557	18	3.6	17	78	10	65	17	6	1	74	1.10
2648501--2648557	16	3.5	16	80	15	64	17	7	0	75	1.02
2648620--2648661	19	2.2	20	86	4	59	23	2	0	73	0.94
2648967--2648993	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2648963--2649103	8	15.9	8	71	17	59	14	11	1	73	1.17
2649011--2649045	18	1.9	18	88	11	54	11	17	0	71	1.14
2653893--2653917	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2654376--2654451	23	3.5	21	73	18	57	15	26	34	23	1.95
2654390--2654453	22	2.9	21	81	6	65	15	25	37	21	1.93
2654529--2654574	24	1.9	24	100	0	92	45	4	8	41	1.55
2662053--2662315	95	2.7	97	84	6	313	32	17	16	33	1.92
2663421--2664156	110	6.7	110	89	0	1107	35	22	16	26	1.95
2665951--2666019	9	7.3	9	76	9	66	15	27	28	27	1.96
2665978--2666017	19	2.1	19	100	0	80	17	25	32	25	1.97
2665950--2666019	29	2.4	29	85	2	88	17	27	28	27	1.97
2666038--2666075	17	2.2	17	100	0	76	18	47	23	10	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2666016--2666068	22	2.4	22	96	0	97	18	49	22	9	1.76
2666020--2666063	12	3.8	12	82	11	65	18	47	22	11	1.80
2673227--2673303	30	2.6	30	74	17	79	16	23	25	33	1.96
2673226--2673284	20	3.0	20	73	14	59	18	22	23	35	1.96
2673275--2673314	19	2.1	19	100	0	80	17	25	32	25	1.97
2673277--2673316	9	4.3	9	84	6	53	15	30	30	25	1.95
2673313--2673355	22	2.0	22	100	0	86	18	48	23	9	1.76
2675976--2676008	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
2676026--2676104	19	4.2	18	72	16	54	22	8	1	67	1.26
2680248--2680296	23	2.1	23	92	0	80	38	8	20	32	1.82
2680212--2680460	87	2.9	87	91	4	423	42	9	14	33	1.78
2680335--2680383	23	2.1	23	88	0	71	40	4	18	36	1.70
2680478--2680982	199	2.5	195	80	7	561	32	15	12	39	1.85
2684529--2684589	23	2.7	23	81	0	77	26	26	24	22	2.00
2684605--2684822	103	2.1	103	94	0	382	37	21	13	27	1.91
2686369--2686414	21	2.2	21	84	0	56	10	26	30	32	1.90
2687236--2687269	16	2.1	16	94	0	59	38	17	11	32	1.86
2687292--2687662	200	1.9	199	87	1	555	34	15	13	36	1.86
2688015--2688063	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
2689878--2689921	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
2692325--2692871	182	3.0	182	90	1	830	29	16	13	40	1.86
2693083--2693121	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2697262--2697303	22	2.0	21	81	13	50	42	7	0	50	1.30
2698982--2699036	21	2.6	21	97	0	101	40	0	23	36	1.55
2699107--2699227	32	3.8	32	87	2	156	28	19	20	32	1.97
2699227--2699268	22	1.9	22	95	0	75	26	23	26	23	2.00
2699756--2699971	76	2.9	75	90	4	303	28	0	12	57	1.42
2700548--2700586	4	9.5	4	88	5	60	23	0	0	76	0.78
2700548--2700586	21	1.9	20	94	5	69	23	0	0	76	0.78
2706255--2706300	22	2.0	24	91	8	78	19	8	0	71	1.11
2706255--2706299	19	2.2	20	88	11	65	20	8	0	71	1.12
2708169--2708294	44	3.1	43	66	29	123	24	1	12	61	1.40
2708166--2708378	76	2.9	74	87	4	288	28	0	12	58	1.40
2713103--2713192	30	2.9	30	85	3	108	25	18	23	32	1.97
2713103--2713187	32	2.7	32	85	3	111	25	20	22	31	1.98
2713187--2713228	22	1.9	22	95	0	75	26	23	26	23	2.00
2717564--2717628	31	2.1	31	88	5	96	49	7	1	41	1.41
2722508--2722549	22	2.0	21	86	13	59	28	0	7	64	1.20
2723768--2723815	14	3.7	14	68	21	50	43	14	16	25	1.86
2723769--2723828	24	2.5	24	88	0	93	43	16	18	21	1.88
2724610--2724659	24	2.1	24	96	0	91	30	24	24	22	1.99
2724614--2724675	24	2.6	24	84	2	81	27	24	25	22	2.00
2729663--2729923	94	2.7	94	86	5	330	32	17	17	32	1.94
2731249--2731302	15	3.2	17	72	17	58	31	18	3	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2731249--2731308	19	3.4	18	71	19	63	28	20	5	46	1.71
2731184--2731334	36	4.2	36	88	7	227	31	20	10	37	1.87
2731184--2731334	70	2.1	72	89	6	227	31	20	10	37	1.87
2731213--2731746	138	3.9	138	83	3	643	28	18	11	41	1.86
2731349--2731472	36	3.4	35	78	5	122	27	19	12	40	1.88
2731495--2731746	36	7.1	36	71	12	166	26	19	13	40	1.88
2731517--2731587	37	1.9	37	88	2	108	19	19	14	46	1.84
2731783--2731932	79	1.9	79	83	2	194	30	24	20	25	1.99
2732550--2732614	27	2.4	27	76	7	69	41	4	3	50	1.38
2733236--2733285	23	2.2	22	85	3	73	46	6	8	40	1.58
2733687--2733782	25	3.8	25	78	8	97	17	5	1	76	1.03
2733716--2733763	16	2.7	18	78	15	55	20	4	0	75	0.97
2733687--2733745	6	9.5	6	72	20	50	18	3	0	77	0.90
2733687--2733756	8	8.5	8	75	12	70	18	2	0	78	0.87
2733796--2733856	14	4.1	14	72	16	52	29	1	3	65	1.18
2733944--2733972	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2749378--2749470	48	1.9	49	86	2	134	61	6	3	29	1.37
2749450--2749535	40	2.1	41	84	4	111	47	9	5	37	1.60
2752863--2752917	17	3.4	16	76	11	51	41	1	1	54	1.21
2761801--2761852	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
2761843--2761940	21	4.8	20	74	10	65	36	21	19	22	1.95
2761908--2762276	20	18.5	20	88	3	460	34	26	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2762959--2763005	24	2.0	24	83	8	60	27	14	19	38	1.91
2763180--2763204	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2765488--2765794	19	17.4	19	79	16	367	47	18	20	14	1.83
2765541--2765595	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
2765488--2765816	90	3.8	90	83	11	383	46	18	20	14	1.83
2765555--2765816	52	4.9	52	86	10	338	46	17	20	15	1.83
2765488--2765832	71	4.9	71	84	10	435	46	18	20	15	1.84
2765823--2765905	19	4.6	19	81	15	113	14	24	18	43	1.87
2766012--2766048	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2767973--2768107	19	7.6	19	75	16	110	45	25	18	9	1.80
2768029--2768085	14	3.7	14	72	20	51	45	28	19	7	1.76
2768010--2768102	33	2.8	33	91	0	159	47	24	19	8	1.77
2767973--2768107	52	2.5	54	77	18	149	45	25	18	9	1.80
2768103--2768231	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
2768103--2768194	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
2768275--2769022	93	8.1	93	98	1	1452	46	18	12	21	1.83
2768275--2769022	185	4.0	186	98	1	1452	46	18	12	21	1.83
2768275--2769022	278	2.7	278	98	0	1457	46	18	12	21	1.83
2770727--2770816	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
2770719--2770833	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
2770726--2770838	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
2770850--2770904	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2770834--2770904	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
2770845--2770926	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
2770857--2770945	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
2771025--2771095	33	2.2	33	89	0	106	49	18	21	11	1.78
2771277--2771331	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2771477--2771650	20	8.6	20	83	5	217	19	19	26	34	1.96
2771479--2771650	60	2.8	60	84	0	245	19	19	26	34	1.96
2771476--2771670	20	9.6	20	82	1	75	18	19	25	35	1.95
2771726--2771777	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
2773231--2773259	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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