genome.fa.s9610.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009610.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116996_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3811333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813059--813098	9	4.8	9	76	17	50	52	7	2	37	1.43
813052--813088	15	2.6	14	91	8	58	51	8	2	37	1.46
813115--813193	2	41.0	2	82	12	94	48	0	3	48	1.19
813399--813503	42	2.5	42	89	3	160	40	8	12	39	1.74
813895--813947	21	2.5	21	81	0	70	37	7	5	49	1.55
814106--814426	161	2.0	161	98	1	626	18	35	14	32	1.90
815667--815735	33	2.1	33	100	0	138	40	2	5	50	1.41
815812--815856	20	2.2	20	88	0	63	15	8	15	60	1.59
815949--816002	23	2.3	23	80	0	63	25	9	25	38	1.86
816519--816584	15	4.4	15	71	21	66	39	6	3	51	1.42
816672--816721	23	2.1	24	92	3	84	50	0	0	50	1.00
816732--816794	25	2.6	22	75	24	65	36	1	1	60	1.16
816978--817048	16	4.4	16	90	0	97	43	14	23	18	1.86
819478--819595	48	2.5	48	92	1	202	29	21	9	39	1.84
819601--819642	20	2.1	20	86	0	57	38	19	14	28	1.90
825124--825208	42	2.0	44	83	4	111	51	5	12	29	1.63
827693--827722	14	2.1	14	100	0	60	33	6	20	40	1.78
835663--835704	18	2.3	19	83	4	59	54	0	4	40	1.21
836930--836969	19	2.2	18	86	4	53	42	2	2	52	1.28
842105--842143	15	2.6	15	100	0	78	41	12	28	17	1.87
848414--848452	19	2.1	19	100	0	78	41	0	17	41	1.50
850880--850914	18	1.9	18	100	0	70	28	34	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850880--850921	18	2.4	17	92	8	66	30	35	16	16	1.92
851084--851118	14	2.4	14	85	4	52	34	25	0	40	1.56
862165--862273	35	3.1	35	84	4	130	43	22	0	33	1.60
863398--863435	20	2.0	19	90	10	60	18	15	13	52	1.74
867371--867414	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
868835--868865	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
870548--870672	57	2.2	57	95	0	223	18	21	11	48	1.79
872142--872547	204	2.0	204	94	0	713	39	17	26	17	1.91
872933--872970	20	1.9	20	94	0	67	36	10	26	26	1.89
873746--873770	13	1.9	13	100	0	50	48	8	24	20	1.76
875184--875246	11	5.9	11	73	14	60	57	1	1	39	1.18
875273--875312	15	2.6	16	88	7	57	42	5	0	52	1.23
875446--875479	7	4.9	7	92	0	59	41	41	0	17	1.50
876481--876533	23	2.2	25	80	6	65	47	5	20	26	1.72
879057--879459	203	2.0	203	100	0	806	42	9	20	27	1.83
884282--884334	27	2.0	27	85	3	72	49	20	3	26	1.66
884642--884678	10	3.9	9	89	10	56	21	2	0	75	0.92
884885--885019	57	2.3	59	81	8	168	34	20	14	31	1.92
888995--889044	19	2.6	19	77	3	55	64	0	2	34	1.05
889608--889662	18	3.1	16	80	17	56	78	1	9	10	1.05
894869--894919	18	2.6	20	84	9	70	70	0	7	21	1.12
895336--895366	12	2.6	12	100	0	62	67	0	12	19	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
903535--903561	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
904564--904776	108	1.9	114	83	9	285	39	16	7	35	1.78
905870--905935	33	2.0	33	96	0	123	24	7	21	46	1.76
906003--906069	27	2.5	27	95	0	125	29	19	14	35	1.92
906160--906222	31	2.0	31	100	0	126	34	22	15	26	1.94
906715--906805	31	3.0	30	81	1	101	41	6	9	41	1.64
907254--907307	20	2.7	20	77	11	56	44	5	3	46	1.44
913993--914029	16	2.3	16	100	0	74	16	5	8	70	1.30
914039--914096	25	2.2	26	82	11	66	39	1	6	51	1.39
916075--916126	19	2.7	19	100	0	104	30	17	30	21	1.96
918867--918930	20	3.2	20	93	0	110	28	21	28	21	1.99
923116--923143	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
927341--927412	26	3.0	24	68	27	62	62	4	6	26	1.39
927904--927940	18	2.1	18	89	0	56	29	13	24	32	1.93
929620--929660	18	2.3	18	87	4	57	60	2	7	29	1.36
929701--929725	10	2.5	10	100	0	50	32	0	36	32	1.58
952447--952516	27	2.5	27	77	11	79	41	4	4	50	1.42
952591--952628	15	2.4	17	83	16	55	68	0	0	31	0.90
952550--952700	69	2.2	69	93	2	259	56	1	2	39	1.22
952664--952697	17	2.1	17	88	5	52	64	0	2	32	1.08
956855--956884	10	3.0	10	100	0	60	50	10	0	40	1.36
963326--963752	213	2.0	215	98	1	831	29	18	20	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
970012--970036	13	1.9	13	100	0	50	60	0	16	24	1.36
972019--972381	181	2.0	182	99	0	719	33	12	18	36	1.88
973489--973700	106	2.0	106	100	0	424	33	21	16	28	1.95
975775--975821	21	2.2	21	88	0	67	40	6	0	53	1.27
977148--977193	22	2.1	22	87	0	65	15	17	13	54	1.71
986279--986315	18	2.0	19	89	5	58	51	10	2	35	1.51
988678--988875	99	2.0	99	94	2	344	28	15	15	40	1.88
992480--992507	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
993593--993668	30	2.5	30	75	8	82	48	14	5	31	1.66
995592--996702	369	3.0	369	99	0	2195	28	15	23	31	1.95
1000029--1000058	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
1000058--1000086	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
1002596--1002628	15	2.1	16	88	5	50	75	0	3	21	0.93
1006639--1006667	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1006958--1006987	14	2.1	14	93	0	51	53	0	0	46	1.00
1008881--1008923	22	2.0	22	90	0	68	34	4	4	55	1.41
1009026--1009069	21	2.1	21	86	0	61	50	4	9	36	1.55
1014727--1014836	35	3.1	35	88	5	150	33	4	18	43	1.70
1015248--1015281	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
1019355--1019415	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
1019347--1019465	35	3.3	37	88	8	174	31	5	18	44	1.71
1022346--1022388	16	2.5	17	81	11	52	37	0	6	55	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1025218--1025251	16	2.2	16	94	5	61	52	32	8	5	1.56
1025991--1026138	31	4.7	32	86	1	210	34	26	16	22	1.95
1025994--1026138	63	2.3	63	88	4	204	34	26	16	22	1.95
1027207--1027243	20	1.9	19	89	10	58	48	10	21	18	1.78
1038233--1038301	34	2.1	34	94	2	122	65	4	5	24	1.33
1039494--1039541	24	2.0	23	88	4	69	60	20	8	10	1.55
1040347--1040566	110	2.0	110	94	0	386	34	11	17	36	1.86
1041200--1041228	6	4.8	6	100	0	58	34	31	17	17	1.93
1068080--1068130	20	2.5	20	93	6	86	25	15	5	52	1.65
1068129--1068174	23	2.0	23	100	0	92	43	26	4	26	1.73
1070394--1070438	24	1.9	24	86	4	65	64	0	2	33	1.06
1072272--1072344	36	2.0	36	100	0	146	52	0	28	19	1.46
1072947--1073108	65	2.5	63	80	11	161	32	19	21	26	1.97
1073647--1073742	22	4.5	22	89	5	146	14	26	31	28	1.95
1073709--1073743	18	1.9	18	94	0	61	20	22	31	25	1.98
1080141--1080176	12	3.0	12	87	0	54	38	22	5	33	1.77
1086832--1086867	12	3.0	12	87	0	54	38	22	5	33	1.77
1087170--1087326	64	2.5	63	85	4	190	28	18	20	32	1.96
1089202--1089237	18	2.0	18	94	0	63	16	19	33	30	1.94
1090813--1090891	22	3.7	22	93	5	126	29	24	26	20	1.99
1090927--1090971	22	2.0	22	91	4	72	28	33	26	11	1.91
1091394--1091438	19	2.3	20	92	3	74	44	2	31	22	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1092316--1092378	22	2.8	23	78	4	74	22	26	23	26	2.00
1093255--1093309	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
1095059--1095096	20	1.9	20	84	10	51	47	2	0	50	1.15
1096415--1096455	19	2.2	19	86	0	55	24	19	34	21	1.97
1103629--1103694	33	2.0	34	96	3	125	40	24	15	19	1.90
1110829--1110888	30	2.0	30	96	0	111	30	5	20	45	1.72
1111068--1111143	21	3.7	21	96	1	136	19	34	18	27	1.95
1112431--1112479	20	2.5	19	80	6	53	51	6	12	30	1.64
1113625--1113664	21	1.9	21	94	0	71	32	10	7	50	1.64
1113774--1113833	30	2.0	30	96	0	111	30	5	20	45	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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