genome.fa.s9610.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009610.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116996_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3811333

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2397164--2397296	42	3.2	42	78	10	157	23	18	19	38	1.93
2397431--2397455	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
2397956--2397986	6	5.2	6	100	0	62	0	16	48	35	1.46
2398219--2398366	48	3.2	48	66	21	143	35	17	22	24	1.95
2398272--2398540	21	12.2	21	76	14	231	32	21	22	23	1.98
2398104--2398408	90	3.4	90	89	3	418	33	20	22	23	1.97
2398272--2398572	111	2.7	111	97	0	566	32	20	22	24	1.98
2399936--2400022	2	45.0	2	93	6	153	50	0	0	49	1.00
2400584--2400620	19	1.9	19	94	0	65	40	16	16	27	1.89
2401734--2401793	19	3.1	19	85	2	75	30	21	21	26	1.99
2401836--2401879	20	2.2	20	87	0	61	29	22	13	34	1.93
2404299--2404338	17	2.4	17	83	4	55	37	2	0	60	1.11
2407654--2407700	22	2.1	22	96	0	85	48	12	2	36	1.53
2411090--2411118	14	2.1	14	100	0	58	27	0	20	51	1.47
2411088--2411120	16	2.1	16	94	0	57	27	0	21	51	1.48
2411706--2411788	42	2.0	42	87	0	121	38	26	10	24	1.88
2415346--2415619	36	7.6	36	82	0	287	20	24	20	33	1.97
2420431--2420477	25	1.9	24	87	12	69	40	0	19	40	1.51
2428802--2428844	21	2.1	20	87	12	61	74	0	2	23	0.93
2430209--2430234	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
2430459--2430485	14	1.9	14	100	0	54	37	22	11	29	1.89
2433431--2433473	18	2.3	19	88	11	63	53	18	2	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2441777--2441842	22	3.1	22	95	4	118	40	9	9	40	1.68
2449025--2449076	19	2.7	19	87	3	68	19	25	28	26	1.98
2449025--2449074	10	5.1	10	74	13	50	20	22	30	28	1.98
2449070--2449110	17	2.4	17	87	0	55	21	36	21	19	1.95
2449104--2449136	7	4.9	7	92	7	59	15	27	30	27	1.96
2449106--2449132	13	2.1	13	100	0	54	14	29	29	25	1.95
2456313--2456381	10	7.1	10	73	12	63	20	23	28	27	1.99
2456313--2456367	19	2.8	19	91	2	83	18	23	29	29	1.98
2456312--2456383	19	3.8	18	83	9	72	20	25	27	26	1.99
2456377--2456451	17	4.4	17	96	0	123	18	42	22	16	1.88
2456441--2456477	7	5.4	7	93	6	67	16	29	29	24	1.96
2456441--2456473	13	2.5	13	95	5	57	15	30	30	24	1.95
2458927--2458990	32	2.0	32	84	0	83	23	9	25	42	1.84
2458928--2458999	32	2.2	32	82	0	81	26	8	22	43	1.81
2459252--2459326	31	2.4	31	90	0	114	33	14	26	25	1.94
2461577--2461615	3	12.7	3	94	5	69	66	0	2	30	1.05
2462818--2462851	18	1.9	17	88	5	50	17	23	29	29	1.97
2465015--2465057	6	7.2	6	100	0	86	0	16	48	34	1.46
2470547--2470590	5	8.8	5	92	0	52	4	40	34	20	1.73
2470588--2470660	6	12.2	6	97	0	137	1	16	49	32	1.54
2470938--2470992	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
2471678--2471760	36	2.3	37	91	6	134	36	4	14	44	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486864--2486896	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
2486969--2487037	16	4.3	16	92	0	93	59	20	8	11	1.58
2486966--2487030	32	2.0	32	90	0	103	58	21	10	9	1.59
2487699--2487761	24	2.6	24	90	5	92	55	22	9	12	1.65
2487705--2487759	14	4.2	14	77	17	64	54	23	10	10	1.67
2487698--2487783	24	3.6	23	80	14	86	52	22	12	12	1.73
2490286--2490325	14	2.9	14	88	3	64	2	10	27	60	1.42
2492657--2492702	25	1.9	24	83	16	60	45	8	4	41	1.55
2495870--2495911	16	2.4	18	80	11	52	59	0	0	40	0.97
2498612--2498687	31	2.5	31	84	0	107	31	18	9	40	1.82
2498891--2498947	22	2.6	22	77	0	60	42	5	1	50	1.35
2502003--2502051	24	2.0	24	100	0	98	38	4	16	40	1.67
2506964--2507069	49	2.1	50	94	1	187	43	6	8	41	1.61
2509794--2509847	23	2.3	24	83	6	74	22	14	40	22	1.90
2509807--2509909	23	4.4	23	75	7	84	18	18	38	24	1.93
2509832--2509893	24	2.6	23	80	12	63	19	20	37	22	1.95
2519836--2519893	30	1.9	31	89	3	91	41	6	10	41	1.66
2519897--2519951	22	2.5	22	82	8	58	58	5	0	36	1.21
2520015--2520065	14	3.1	17	72	27	56	54	7	0	37	1.29
2520020--2520359	32	10.8	32	72	18	159	52	11	0	35	1.42
2520084--2520126	22	2.0	22	95	0	77	53	11	0	34	1.37
2520086--2520134	22	2.2	22	85	3	62	57	12	0	30	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2520129--2520181	14	3.5	14	72	18	52	56	5	0	37	1.23
2519940--2520647	198	3.6	198	82	9	857	52	12	0	34	1.44
2519909--2520647	166	4.4	167	83	8	693	52	11	0	34	1.43
2520240--2520293	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22
2520020--2520647	112	5.4	115	75	17	475	52	11	0	34	1.42
2520282--2520324	22	2.0	22	90	0	68	46	13	2	37	1.57
2520250--2520572	54	5.9	54	80	7	391	51	12	0	34	1.45
2520340--2520413	22	3.2	22	70	16	60	55	17	0	27	1.42
2520406--2520459	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22
2520384--2520577	32	6.7	32	74	21	203	52	11	0	35	1.42
2520448--2520490	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2520450--2520498	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2520250--2520647	220	1.8	220	96	0	733	52	12	0	34	1.43
2520561--2520633	22	3.3	22	66	19	53	54	13	0	31	1.39
2520627--2520760	15	8.5	15	80	13	153	50	2	0	47	1.13
2520601--2520760	52	3.3	47	79	9	169	50	3	0	45	1.19
2521622--2521668	22	2.1	22	96	0	85	38	4	10	46	1.58
2521627--2521675	22	2.2	22	88	0	71	38	4	10	46	1.57
2524973--2525045	35	2.1	35	84	2	94	58	10	4	26	1.49
2527224--2527279	24	2.3	24	93	0	94	21	37	17	23	1.94
2528331--2528369	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2534961--2535028	2	34.0	2	100	0	136	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2535253--2535277	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2535493--2535552	2	30.0	2	96	0	111	48	0	1	50	1.11
2536169--2536193	4	6.2	4	100	0	50	0	0	24	76	0.80
2536242--2536311	30	2.2	30	82	7	77	18	11	17	52	1.73
2536307--2536362	12	4.7	12	75	0	58	35	12	3	48	1.58
2536307--2536362	24	2.3	24	100	0	112	35	12	3	48	1.58
2536735--2536966	117	2.0	117	100	0	464	34	18	9	37	1.83
2539911--2539965	24	2.4	22	76	11	56	58	1	1	38	1.20
2540982--2541009	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2550797--2550849	18	2.9	18	97	0	97	18	20	33	26	1.96
2551686--2551732	21	2.2	21	85	11	60	27	25	27	19	1.99
2563446--2563483	20	1.9	20	94	0	67	31	21	26	21	1.98
2573009--2573043	18	1.9	18	88	0	52	20	17	34	28	1.95
2576245--2576304	23	2.6	23	86	0	84	25	26	28	20	1.99
2576314--2576536	103	2.2	103	95	1	403	36	24	13	26	1.92
2581199--2581267	23	3.0	23	91	0	111	26	26	28	18	1.98
2581285--2581497	103	2.1	103	92	2	365	35	23	13	27	1.92
2587795--2587917	61	2.0	61	87	3	176	26	22	12	38	1.90
2599664--2599689	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2600356--2600409	29	1.9	29	85	7	76	44	0	3	51	1.19
2600818--2600844	7	3.9	7	100	0	54	29	29	25	14	1.95
2602149--2602177	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2606304--2606332	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2608852--2608904	18	2.9	17	89	10	79	28	33	18	18	1.95
2609453--2609587	64	2.1	62	81	12	152	26	20	20	33	1.97
2614257--2614296	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2616976--2617015	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2623939--2624011	18	3.9	18	82	7	92	28	28	20	21	1.98
2627198--2627263	24	2.8	24	76	2	71	31	25	21	21	1.98
2632792--2632834	12	3.6	12	87	0	59	44	23	9	23	1.82
2632870--2632936	32	2.1	32	91	0	107	25	26	19	28	1.99
2633651--2633716	24	2.8	24	81	2	89	31	24	21	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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