genome.fa.s9617.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009617.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117005_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3386631

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1418--1457	20	2.0	20	100	0	80	55	5	15	25	1.60
3773--3845	30	2.4	30	93	0	128	26	16	15	42	1.87
16922--17034	29	3.9	29	89	2	165	47	15	19	16	1.82
22690--22730	20	2.0	20	100	0	82	51	4	29	14	1.63
22690--22739	20	2.5	20	93	0	73	48	6	30	16	1.70
23382--23487	45	2.3	46	79	10	112	37	19	14	28	1.91
23883--23992	29	3.8	29	95	2	195	45	16	20	17	1.85
24077--24110	15	2.3	15	94	0	59	14	20	32	32	1.93
25124--25473	127	2.7	127	96	0	637	20	24	22	33	1.97
25877--25978	35	3.0	34	82	2	132	38	2	3	54	1.34
26501--26609	42	2.6	42	89	0	164	23	23	32	20	1.98
26501--26615	21	5.5	21	82	12	137	22	24	33	20	1.97
26619--26666	21	2.3	21	88	0	69	20	12	41	25	1.87
28197--28250	17	3.2	17	78	2	56	59	3	0	37	1.15
29126--29235	41	2.7	40	90	4	175	18	20	25	36	1.94
29151--29223	20	3.6	20	75	3	83	10	21	27	39	1.87
29130--29235	20	5.2	21	68	7	67	17	19	26	35	1.95
29293--29385	20	4.6	20	82	7	125	12	24	22	39	1.89
29268--29365	41	2.4	41	91	3	153	17	22	23	36	1.94
29097--29365	142	1.9	142	91	3	443	19	23	23	34	1.96
29293--29412	61	2.0	61	96	0	222	15	24	22	38	1.92
29625--29700	6	13.5	6	98	1	117	0	17	53	28	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29850--30107	41	6.3	41	97	0	439	36	24	22	15	1.94
30752--30792	17	2.3	18	83	8	57	31	0	2	65	1.05
33201--33328	51	2.5	50	82	2	139	17	34	26	21	1.95
36902--36988	35	2.5	34	78	12	88	54	10	9	26	1.64
37530--37587	27	2.1	27	87	0	80	32	13	34	18	1.91
37538--37600	27	2.3	27	94	0	108	31	14	31	22	1.93
39141--39471	111	3.0	111	89	2	510	45	11	7	35	1.69
43736--43770	15	2.3	15	100	0	70	20	28	25	25	1.99
64735--64781	21	2.2	21	96	0	85	61	12	12	12	1.57
75033--75094	24	2.6	24	78	0	70	14	9	20	54	1.68
76606--76682	16	4.8	16	90	0	127	7	10	23	58	1.57
76752--76783	16	2.0	16	100	0	64	6	12	25	56	1.59
76795--76927	63	2.1	63	98	0	257	27	18	16	36	1.93
78369--78425	25	2.3	26	78	6	64	42	1	5	50	1.35
82874--82920	21	2.2	22	84	3	60	55	2	8	34	1.42
87591--87627	19	1.9	19	89	10	58	37	8	24	29	1.84
97829--97860	17	2.0	17	88	11	50	40	25	12	21	1.88
105830--105905	38	2.0	38	92	5	127	32	21	19	26	1.97
108974--109037	23	2.8	22	83	4	74	28	26	25	20	1.99
109053--109270	103	2.1	103	99	0	427	36	24	13	24	1.92
109729--109870	64	2.2	63	86	5	187	26	19	18	36	1.94
119500--119545	15	3.1	15	81	12	58	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119482--119541	25	2.4	24	81	13	68	46	0	0	53	1.00
119428--119643	109	2.0	106	96	2	396	50	3	1	43	1.30
119717--119788	30	2.4	30	88	0	108	31	5	1	61	1.28
119999--120056	2	31.0	2	75	25	56	50	3	0	46	1.18
119996--120056	22	2.8	22	97	2	115	49	3	0	47	1.18
122884--122924	21	2.0	21	100	0	82	24	19	14	41	1.89
126921--126998	21	3.7	21	74	5	77	6	6	44	42	1.55
126927--127014	42	2.1	42	95	4	160	7	7	45	38	1.63
126939--127013	21	3.6	21	83	0	105	8	9	42	40	1.66
130380--130426	14	3.6	14	72	21	57	8	12	19	59	1.58
130371--130467	24	4.0	24	91	1	131	13	10	16	59	1.60
135151--135188	14	2.9	13	85	11	51	52	0	0	47	1.00
140120--140153	15	2.3	15	89	0	50	32	29	20	17	1.96
140238--140318	29	2.8	29	92	3	137	17	24	14	43	1.87
140768--140818	19	2.7	19	100	0	102	23	25	21	29	1.99
145700--145751	20	2.6	21	81	6	63	30	13	28	26	1.94
146427--146485	23	2.7	23	76	10	61	25	20	23	30	1.98
163007--163033	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
165157--165189	15	2.2	15	100	0	66	27	30	0	42	1.56
165695--165994	151	2.0	149	95	1	537	42	11	12	33	1.79
169333--169374	20	2.2	20	83	8	52	19	4	4	71	1.22
177643--177667	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180704--180740	3	13.0	3	88	11	60	35	0	0	64	0.94
180704--180740	17	2.2	17	100	0	74	35	0	0	64	0.94
180705--180733	14	2.1	14	100	0	58	34	0	0	65	0.93
183965--184010	18	2.6	18	89	3	67	43	6	21	28	1.77
189769--189818	21	2.5	20	80	3	64	26	6	10	58	1.54
191898--191979	26	3.2	26	68	16	71	48	4	2	43	1.37
191898--191995	51	1.9	51	89	4	153	54	4	2	39	1.31
192002--192057	26	2.2	25	84	12	71	51	3	1	42	1.29
197657--197686	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
208338--208630	146	2.0	146	95	0	532	33	16	19	31	1.94
212513--212805	146	2.0	146	96	0	541	33	17	18	30	1.94
217449--218369	137	6.8	137	85	3	1166	29	28	17	23	1.97
217449--218369	273	3.4	273	87	2	1237	29	28	17	23	1.97
218742--218893	47	3.2	47	82	0	196	27	34	11	25	1.91
220436--220500	17	3.6	17	71	15	58	24	30	24	20	1.98
220453--220516	21	3.2	21	69	24	66	20	28	26	25	1.99
220434--220529	38	2.5	38	91	3	158	23	28	22	25	2.00
220678--220782	46	2.3	46	95	1	185	32	18	6	42	1.76
224509--224549	10	4.4	9	91	8	57	43	0	0	56	0.99
224515--224548	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
236058--236153	38	2.5	38	89	0	147	23	27	22	26	2.00
236302--236406	46	2.3	46	95	1	185	32	18	6	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236811--236868	20	2.9	20	89	0	89	18	36	29	15	1.92
250725--250762	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
252967--253002	15	2.4	15	95	0	63	38	22	2	36	1.69
253420--253496	22	3.5	22	76	16	70	48	0	1	50	1.09
255590--255616	14	1.9	14	100	0	54	37	0	7	55	1.28
259793--259872	39	2.1	39	90	4	126	22	33	18	25	1.97
262946--262988	22	2.0	22	85	0	59	37	13	0	48	1.43
264096--264150	16	3.7	16	83	9	64	34	1	5	58	1.32
264094--264144	16	3.2	16	88	2	77	31	1	5	60	1.31
265899--265924	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
273297--273327	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
277989--278197	23	9.3	23	74	9	153	42	10	13	33	1.78
278096--278197	46	2.2	46	92	3	170	42	9	12	35	1.76
277997--278363	156	2.4	152	82	8	399	44	11	11	32	1.77
278186--278334	64	2.3	64	90	0	235	46	13	10	30	1.76
278298--278357	23	2.6	23	83	0	66	45	8	13	33	1.73
278661--278705	14	3.1	14	81	15	56	42	0	2	55	1.12
278684--278756	28	2.6	28	74	6	78	49	1	1	47	1.18
278713--278778	30	2.2	31	83	8	82	50	0	1	48	1.10
279409--279448	21	2.0	20	85	14	55	47	0	2	50	1.14
279410--279492	25	3.4	25	69	23	61	40	2	2	54	1.27
279511--279557	16	3.0	16	75	12	53	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279489--279589	31	3.2	30	77	13	98	51	0	1	46	1.12
279891--280250	184	2.0	183	88	3	544	38	15	14	31	1.88
280294--280341	23	2.1	23	92	0	78	35	16	8	39	1.79
280294--280494	87	2.3	87	90	0	321	34	13	8	42	1.76
280779--280865	33	2.6	33	83	0	111	25	0	24	50	1.49
280802--280846	22	2.0	22	82	0	54	24	0	22	53	1.46
280875--280958	3	27.7	3	92	2	141	63	0	2	34	1.08
281020--281185	84	2.0	83	87	1	242	48	9	14	27	1.74
281191--281228	17	2.2	18	86	13	53	42	5	5	47	1.48
287980--288050	28	2.5	28	97	0	133	29	25	12	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16